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Caracterização dos sítios arqueológicos em dunas do litoral oriental do Rio Grande do Norte

lopes da Silva, Marluce January 2003 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:35:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7720_1.pdf: 1883228 bytes, checksum: 761ba9ba211f63a2a3981a24198aa49f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Na década de 1990, nos campos de dunas do litoral oriental do Rio Grande do Norte, foi localizado um conjunto significativo de sítios arqueológicos. Em tais sítios foram encontrados abundantes vestígios de cultura material em superfície. Esses sítios, em virtude da dinâmica dunar, apresentam distribuições espaciais variáveis dos materiais arqueológicos. Tais sítios eólicos são tidos na bibliografia por apresentarem poucas possibilidades de preservação do registro arqueológico. Não obstante, esses sítios apresentam graus diferenciados de preservação da integridade espacial dos conjuntos de artefatos, estruturas e dos demais vestígios da atividade humana. O presente trabalho se propõe a caracterizar os sítios arqueológicos em dunas do litoral norte-rio-grandense a partir dos dados geomorfológicos, arqueológicos e dos fatores de perturbação do seu registro arqueológico. Para alcançar tais objetivos foi realizada uma pesquisa bibliográfica, levantamentos de campo e laboratório. Quanto aos fatores de perturbação, constatou-se que a deflação e os movimentos de massa e gravidade, através da movimentação vertical e horizontal, são os que provocam maiores perturbações do registro arqueológico.As reocupações dos sítios também causam modificações pós-deposicionais, estas foram inferidas pela cultura material. A reutilização dos sítios pode, ainda, modificar os contextos precedentes de deposição cultural primária ou secundária, remobilizando conjuntos artefatuais, estruturas ou sedimentos. Em menor escala, mas, também atuante na modificação pós-deposicional dos sítios está a bioturbação. Como resultado desse trabalho foram definidos três tipos de sítios, passíveis de ocorrerem nas dunas: os sítios sobre dunas móveis, os sítios sobre dunas fixas ou dunas vegetadas e os sítios sobre os sedimentos do Grupo Barreiras. Tais sítios apresentam diferentes graus de preservação do seu registro arqueológico. Dentre estes, os que se encontram mais bem preservados são os sítios sobre dunas fixas
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Estudo da Ligação de Cátions Divalentes em Sítios EF-hand Utilizando a Cadeia Leve Regulatória de Miosina de Músculo Liso / Study of divalent cations binding to EF-hand sites using smooth muscle myosin regulatory light chain

Almeida, Tharin Maria Blumenschein de 24 March 2000 (has links)
O objetivo deste trabalho é estudar a afinidade e especificidade de sítios EF-hand, e correlacionar estas propriedades com a estrutura primária do sítio, com as interações entre aminoácidos nas posições de coordenação, e com prováveis características da estrutura terciária da proteína. Os efeitos de três mutações no sítio EF-hand da cadeia leve regulatória de miosina (RLC) foram estudados: D5S, em que o aspartato presente na posição 5 do sítio foi substituído por uma serina; D9E, substituindo o aspartato da posição 9 por um glutamato, e D12E, substituindo o aspartato da posição 12 por um glutamato. Todas as combinações destas três mutações foram produzidas. Os mutantes simples D5S e D9E e o duplo mutante D5S/D9E têm baixa afinidade por cálcio. Todos os mutantes contendo a mutação D12E são específicos para cálcio, com afinidades maiores que RLC tipo selvagem. Todos os mutantes estudados possuem menor afinidade por magnésio que RLC tipo selvagem. As mudanças na energia livre de ligação e as energias de acoplamento sugerem que há interações inespecíficas entre todas as posições, e uma interação específica entre uma serina na posição 5 e um glutamato na posição 9. Esta interação ocorre somente na presença de magnésio, e quando há um aspartato na posição 12. O glutamato na posição 9 pode ser capaz de coordenar a ligação de magnésio diretamente no duplo mutante D5S/D9E. Embora um aminoácido ou um certo arranjo deles possa determinar características específicas do sítio EF-hand, o conjunto de propriedades depende da estrutura terciária, uma vez que sítios homólogos podem possuir afinidades e especificidades bastante diferentes. / The aim of this thesis was to study affinity and specificity in EF-hand sites, and how these properties are related to the site primary structure, interactions between amino acids in coordinating positions, and probable tertiary structure properties. The effects of three mutations on the EF-hand Ca2+/Mg2+ binding site of smooth muscle myosin regulatory light chain (RLC) were studied: D5S, in which an aspartate is replaced by a serine in position 5 of the loop; D9E, in which an aspartate is replaced by a glutamate in position 9, and D12E, in which the aspartate in position 12 is replaced by a glutamate. All possible combinations of the three mutations were produced. The single mutants D5S and D9E and the double mutant D5S/D9E have low affinity for Ca2+. All the mutants containing mutation D12E are Ca2+-specific and have higher affinities than wild type, even when containing mutations D5S or D9E. All the mutants studied have lower affinity for Mg2+ than wild type RLC. Coupling energies and changes in binding free energy suggest that all positions interact in a non-specific way, and a specific interaction occurs between a serine in position 5 and a glutamate in position 9. This interaction can be seen only in the presence of magnesium, and with an apartate in position 12. Glutamate in position 9 may be able to coordinate Mg2+ directly in the double mutant D5S/D9E. Even though an amino acid or a few amino acids in certain positions can determine specific characteristics for an EF-hand site, the site properties depend on the tertiary structure, since homologue sites can have very different affinities and specificities.
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Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs / Incorporation of biological evidences for the identification of SNPs interfering with miRNA target sites

Oliveira, Paula Prieto 10 December 2018 (has links)
SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets) é uma ferramenta computacional que realiza a predição de interferência de SNPs em sítios alvos de miRNAs. Dada uma lista de SNPs, SIMTar analisa uma janela ao redor de cada SNP e verifica se tal SNP cria ou rompe um sítio de miRNA utilizando como base programas de predição de sítios de miRNAs nos vários alelos desta janela. Se o resultado da predição para um dado miRNA é diferente para diferentes alelos, então tal SNP está potencialmente interferindo em tal sítio. O presente trabalho teve como objetivo melhorar o processo de identificação de interferência de SNPs em sítios alvos de miRNAs, usando um novo programa de predição de sítios de miRNAs, assim como a incorporação de resultados biológicos experimentais. A hipótese deste trabalho é que com estas modificações poderia-se diminuir a expectativa de falsos positivos sem diminuir a sensibilidade. Os resultados obtidos validam a hipótese e ainda mostram que o SIMTar possui vantagens quando comparado com outras ferramentas ou bancos de dados de propósito similar. / SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets) is a computational tool that performs the prediction of SNPs interference in miRNA target sites. Given a list of SNPs, SIMTar analyzes a window around each SNP and checks whether such SNP creates or breaks a miRNA site based on miRNA target prediction programs in the various alleles of this window. If the prediction result for a given miRNA is different for different alleles, then such SNP is potentially interfering in such site. The present study had the aim to improve the SNPs interference identification in miRNA sites, using a new prediction program of miRNAs targets, as well as the incorporation of experimental biological results. The hypothesis of this study is that with these modifications the expectation of false positives could be reduced without diminishing the sensitivity. The results obtained validate the hypothesis and also show that the SIMTar has advantages when compared to other tools or databases with similar purpose.
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Drosofilídeos (Diptera) associados a flores e fungos da mata atlântica: identificação de novas espécies e evolução do cromossomo Y / Drosophilids (Diptera) associated to flowers and fungi of the Atlantic Forest: identification of new species and Y-chromosome evolution

Vaz, Suzana Casaccia 19 November 2014 (has links)
A análise do conteúdo gênico do cromossomo Y em 12 espécies de Drosophila com genoma sequenciado em 2008 mostrou que o Y é pouco conservado entre espécies e está em processo de aquisição de genes, o que contradiz o modelo atual de evolução de cromossomos sexuais que o descreve como um homólogo degenerado do X, com constante perda de genes. Este resultado inicial incitou o estudo espécies adicionais de Drosophila e de gêneros próximos. Uma dificuldade relevante para obtenção de espécimes é que muitos grupos taxonômicos de drosofilídeos não estão disponíveis nos “stock-centers”, e seus hábitos de vida são pouco conhecidos. Muitas espécies são encontradas na natureza associadas a fungos, flores, ou exsudados vegetais, e raramente são atraídas por isca com banana fermentada, que é o método usual de coleta de drosofilídeos. Os objetivos do presente trabalho foram: I) analisar o conteúdo gênico do cromossomo Y de drosofilídeos provenientes de substratos “não usuais”, II) determinar substratos de desenvolvimento larval e identificar espécies novas, e III) analisar a composição de bases de genes no Y. Os resultados revelam a natureza dinâmica de aquisição e perdas de genes do cromossomo Y na família Drosophilidae que, em poucos casos, inclui um movimento de todo o cromossomo (p.e., fusão do Y a um autossomo). Descrevemos uma nova espécie, Drosophila calatheae, cuja larva se desenvolve em flores do gênero Calathea (Marantaceae). Uma segunda espécie, provisoriamente codificada como Drosophila I4, e cujas larvas também se desenvolvem nessas flores, está em fase de descrição. A partir de análise morfológica, nenhuma dessas duas espécies pôde ser incluídas em algum dos grupos de espécies conhecidos. Uma filogenia molecular preliminar com dois genes do cromossomo Y (kl-3 and kl-5) sugere que ambas pertencem à radiação virilis-repleta e que D. calatheae tem relações (morfológicas e moleculares) com as espécies do grupo bromeliae. A análise do conteúdo GC de genes no Y mostrou que genes neste cromossomo são enriquecidos em AT em relação a genes autossômicos, e esta diferença na composição de bases é proporcional ao tempo que um gene está presente no Y. Portanto, o conteúdo GC pode servir como ferramenta no estudo da evolução do cromossomo Y ao determinar o estado ancestral de um gene (autossômico vs. ligado ao Y) e datar o movimento de genes entre esses dois compartimentos genômicos / The analyses of the Y chromosome gene content in 12 Drosophila species whose genome were sequenced in 2008 showed that the Y is not well conserved among species and is currently in the process of acquiring genes, contradicting the current model of sex chromosome evolution that describes the Y as a degenerate homolog of the X, in constant gene loss. This initial result prompted the study of additional Drosophila species and related genera. One of the difficulties in obtaining specimens is the fact that drosophilids from many taxonomic groups are not available in stock- centers and little is known about their ecology. Many species are found in nature associated with fungi, flowers, or plant exudates, and are rarely attracted to baits with fermented banana, the usual method of collecting drosophilids. The objectives of this study were: I) analysis of the Y chromosome gene content of species from \"unusual\" substrates, II) determination of drosophilids breeding / larval development sites, and III) analysis of the base composition of genes in the Y chromosome. The results emphasize the Y-chromosome dynamic nature of genes acquisition and loss in the family Drosophilidae, including a few cases of whole chromosome movements (p.e., Y-autosome fusion). We describe a new species, Drosophila calatheae, whose larvae develop in flowers of the genus Calathea (Marantaceae). Drosophila I4 (to be described) also breeds in these flowers. None of these two species could be included in a known taxonomic group of species. A phylogeny with two Y-chromosome genes (kl-3 and kl-5) suggests that they belong to the virilis-repleta radiation and D. calatheae is related to the bromeliae group. Analysis of base composition of Y-chromosome genes shows that they are AT-rich when compared to autosomal genes, and this difference is proportional to the time that a gene has been in the Y. Thus, GC content can be a tool to study the evolution of this chromosome
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Avaliação antracológica em sítios pré-coloniais como ferramenta para a análise da História Ambiental da Bacia Hidrográfica do Rio Forqueta, Rio Grande do Sul, Brasil.

Secchi, Mariela Inês 17 December 2012 (has links)
Submitted by Ana Paula Lisboa Monteiro (monteiro@univates.br) on 2013-03-01T13:47:47Z No. of bitstreams: 3 MarielaSecchi.pdf: 6073379 bytes, checksum: a815027d32b1fd31cad2124d1267dd60 (MD5) license_text: 19927 bytes, checksum: 24891eab170680c4b7a264ff8f59f8d1 (MD5) license_rdf: 23599 bytes, checksum: 9e2b7f6edbd693264102b96ece20428a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-01T13:47:47Z (GMT). No. of bitstreams: 3 MarielaSecchi.pdf: 6073379 bytes, checksum: a815027d32b1fd31cad2124d1267dd60 (MD5) license_text: 19927 bytes, checksum: 24891eab170680c4b7a264ff8f59f8d1 (MD5) license_rdf: 23599 bytes, checksum: 9e2b7f6edbd693264102b96ece20428a (MD5) / As mudanças ambientais globais estão, provavelmente, entre os maiores desafios da humanidade para o Século XXI. Por isso, o prognóstico da futura evolução dos ambientes é um importante ponto de discussão em diferentes esferas e áreas da ciência em todo o mundo. Para auxiliar no entendimento das questões ambientais do passado, o estudo de (paleo)incêndios vegetacionais é ferramenta importante, já que o fogo age como modelador dos ambientes terrestres desde que as primeiras plantas terrícolas surgiram sobre a Terra. Nesse contexto, a Antracologia aparece como sendo o campo das ciências que estuda e interpreta os restos de madeira carbonizados, provenientes de sítios arqueológicos ou de solos, que se relacionam com o testemunho de paleoincêndios de origem antrópica, procurando responder qual a relação entre o uso do fogo e o ambiente e de que forma a vegetação era utilizada pelas comunidades pré-coloniais. Além disso, outra ciência que auxilia no entendimento das questões pretéritas é a História Ambiental, que representa uma alternativa para a análise integrada dos ecossistemas, onde se deve levar em conta tanto a dimensão humana quanto seus atributos físicos e biológicos. Desta forma, utilizar o estudo dos carvões vegetais antracológicos associados às ocupações pré- coloniais no Sítio Arqueológico RS-T-101, comparando-se os dados encontrados com o trabalho realizado para o Sítio RS-T-114, para contribuir com a análise da história ambiental da Bacia Hidrográfica do Rio Forqueta. Além disso, este estudo pretende contribuir com a análise multidisciplinar da história ambiental da bacia, viabilizando a construção de um mosaico acerca do tema. Sendo assim, avaliou-se, nesse trabalho, a presença de carvão vegetal macroscópico no sedimento coletado pelos pesquisadores do Setor de Arqueologia do Museu de Ciências Naturais no Sítio RS-T-101, localizado no Município de Marques de Souza, Rio Grande do Sul. Nesse estudo, os fragmentos de carvão vegetal macroscópico do Sítio RS-T-101 foram separados manualmente do sedimento e analisados sob Microscópio Eletrônico de Varredura – MEV. As microfotografias foram comparadas com catálogos de referência em Anatomia Vegetal, para descrição das estruturas celulares. A partir das microfotografias dos fragmentos de carvão, foi feita uma comparação intersítios possibilitando que fossem feitas interpretações paleoambientais. Posteriormente, com as informações obtidas, foi possível identificar a ocorrência de carvão vegetal macroscópico em apenas dois dos níveis estratigráficos do Sítio RS-T-101, diferentemente do que ocorreu para o Sítio RS-T- 114, onde foram encontrados fragmentos carbonizados em todos os níveis. Além disso, foi possível datar as amostras pela técnica de carbono-14 as quais resultaram nas idades de 370±30 BP e 300±30 BP e 410±30 BP, respectivamente, Sítio RS-T- 101 e RS-T-114 (Área 1 e Área 2). As microfotografias obtidas sob MEV possibilitaram identificar que a temperatura de combustão a que os lenhos foram 7 expostos foi de até 340oC, demonstrando que o fogo foi de baixa intensidade. Além disso, foram descritos seis morfotipos de lenhos para o Sítio RS-T-101, enquanto que para o Sítio RS-T-114 haviam sido descritos sete. Dois dos morfotipos encontrados no Sítio RS-T-101 são coincidentes com morfotipos já descritos para o Sítio RS-T-114. Ainda com as análises das microfotografias obtidas sob MEV, foi possível identificar a ocorrência de hifas de fungos em apenas uma das amostras do Sítio RS-T-101, o que se diferencia do encontrado para o Sítio RS-T-114, uma vez que haviam sido encontradas hifas de fungos em todas as amostras analisadas. Com isso, foi possível inferir que a utilização de madeira morta pelos povos pré- coloniais não era uma constante, visto a diferença entre os sítios no que se refere a ocorrência de material vegetal em algum estágio de decomposição.
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Comportamento dos íons Cu, Ni, Pb e Zn em área impactada da região metropolitana de São Paulo / not available

Paula, Renata Aparecida Lima de 23 February 2016 (has links)
Neste trabalho foi estudado o comportamento químico e geoquímico dos íons cobre, chumbo, níquel e zinco em área impactada por efluente industrial. Foram também consideradas uma área de montante não impactada que possibilitou a caracterização de background e outras duas áreas de jusante que possibilitaram a verificação da extensão da contaminação. Em cada área foram coletadas amostras de solo da Zona Não Saturada, Franja Capilar e Zona Saturada. Amostras de água subterrânea também foram coletadas, nos períodos chuvosos e de seca. O solo é composto essencialmente por Quartzo e Caulinita. Os resultados das análises granulométricas das amostras estudadas indicam textura predominantemente areia siltica e silte arenoso, já as análises químicas apontam para quantidades quase nulas de matéria orgânica, baixo CTC e ?pH negativo. A água subterrânea apresenta características ácidas, sendo que a Área Fonte apresenta pH médio inferior a 4. Nas áreas de Montante e Jusantes os valores médios de pH são respectivamente 6,7 e 5,7. Os resultados do estudo demonstraram que os altos teores de íons metálicos observados na Área Fonte podem estar associados por adsorção e oclusão junto às partículas de solo na forma de oxi-hidróxidos de Fe, Al e Mn. As altas concentrações da solução, principalmente de íons cobre, causaram saturação dos sítios de adsorção da caulinita ali presente, explicando as altas concentrações de íons também em água subterrânea. As baixas concentrações catiônicas observadas nas águas subterrâneas à Jusante possivelmente estão relacionadas aos fenômenos de dispersão, resultando na diluição da solução por variação na velocidade de percolação, bem como no transporte de contaminante de zonas mais concentradas para menos concentradas, caracterizado pela difusão. Fenômenos de adsorção e precipitação também contribuem para as baixas concentrações nas áreas de jusante, onde o pH se apresenta mais alto e as soluções mais diluídas. Assim como o sistema DPE e a barreira hidráulica, através do fenômeno de advecção. / The chemical and geochemical behavior of copper, lead, nickel and zinc was studied in an impacted area. It was also considered a not affected area located up gradient and one down-gradient to evaluate the extent of contamination. In each area soil samples were collected from the unsaturated zone and capillary fringe and saturated zone. Groundwater samples were also collected, in rainy periods and drought. The soil consists mainly of quartz and kaolinite. Soil texture analysis indicate texture predominantly sand-loam and silt-loam. Chemical analyses do not show a significant amount of organic matter, low CEC and DpH negative. Groundwater has acidic characteristics; source area has an average pH of less than 4. In the areas up gradient and down-gradient the mean values of pH are respectively 6.7 and 5.7. Results demonstrate that the high metallic ions levels observed in the source area may be associated by adsorption and occlusion with the soil particles in the form of oxy- hydroxides of Fe , Al and Mn. High ion metals concentrations observed in the source area, mainly copper ion, caused saturation of the adsorption sites, elucidating the elevated ion concentrations in groundwater. The low cationic concentrations observed in down-gradient groundwater can be linked to the dispersion phenomenon, resulting in dilution by variation in speed, as well as transport of contaminant from more concentrated to less concentrated zones, characterized by molecular diffusion . Adsorption and precipitation phenomena are expected to be in place at down gradient areas, where pH is higher and solutions more diluted. Finally, it is understood that the DPE system and the hydraulic barrier have also contributed through advection phenomenon to reduce concentrations in groundwater.
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Estudo da Ligação de Cátions Divalentes em Sítios EF-hand Utilizando a Cadeia Leve Regulatória de Miosina de Músculo Liso / Study of divalent cations binding to EF-hand sites using smooth muscle myosin regulatory light chain

Tharin Maria Blumenschein de Almeida 24 March 2000 (has links)
O objetivo deste trabalho é estudar a afinidade e especificidade de sítios EF-hand, e correlacionar estas propriedades com a estrutura primária do sítio, com as interações entre aminoácidos nas posições de coordenação, e com prováveis características da estrutura terciária da proteína. Os efeitos de três mutações no sítio EF-hand da cadeia leve regulatória de miosina (RLC) foram estudados: D5S, em que o aspartato presente na posição 5 do sítio foi substituído por uma serina; D9E, substituindo o aspartato da posição 9 por um glutamato, e D12E, substituindo o aspartato da posição 12 por um glutamato. Todas as combinações destas três mutações foram produzidas. Os mutantes simples D5S e D9E e o duplo mutante D5S/D9E têm baixa afinidade por cálcio. Todos os mutantes contendo a mutação D12E são específicos para cálcio, com afinidades maiores que RLC tipo selvagem. Todos os mutantes estudados possuem menor afinidade por magnésio que RLC tipo selvagem. As mudanças na energia livre de ligação e as energias de acoplamento sugerem que há interações inespecíficas entre todas as posições, e uma interação específica entre uma serina na posição 5 e um glutamato na posição 9. Esta interação ocorre somente na presença de magnésio, e quando há um aspartato na posição 12. O glutamato na posição 9 pode ser capaz de coordenar a ligação de magnésio diretamente no duplo mutante D5S/D9E. Embora um aminoácido ou um certo arranjo deles possa determinar características específicas do sítio EF-hand, o conjunto de propriedades depende da estrutura terciária, uma vez que sítios homólogos podem possuir afinidades e especificidades bastante diferentes. / The aim of this thesis was to study affinity and specificity in EF-hand sites, and how these properties are related to the site primary structure, interactions between amino acids in coordinating positions, and probable tertiary structure properties. The effects of three mutations on the EF-hand Ca2+/Mg2+ binding site of smooth muscle myosin regulatory light chain (RLC) were studied: D5S, in which an aspartate is replaced by a serine in position 5 of the loop; D9E, in which an aspartate is replaced by a glutamate in position 9, and D12E, in which the aspartate in position 12 is replaced by a glutamate. All possible combinations of the three mutations were produced. The single mutants D5S and D9E and the double mutant D5S/D9E have low affinity for Ca2+. All the mutants containing mutation D12E are Ca2+-specific and have higher affinities than wild type, even when containing mutations D5S or D9E. All the mutants studied have lower affinity for Mg2+ than wild type RLC. Coupling energies and changes in binding free energy suggest that all positions interact in a non-specific way, and a specific interaction occurs between a serine in position 5 and a glutamate in position 9. This interaction can be seen only in the presence of magnesium, and with an apartate in position 12. Glutamate in position 9 may be able to coordinate Mg2+ directly in the double mutant D5S/D9E. Even though an amino acid or a few amino acids in certain positions can determine specific characteristics for an EF-hand site, the site properties depend on the tertiary structure, since homologue sites can have very different affinities and specificities.
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Estudo dos restos de peixes dos sítios arqueológicos da área de influência da usina hidrelétrica Machadinho, RS, Brasil

Ricken, Claudio January 2002 (has links)
Durante o resgate do material arqueológico dos sítios da região de Piratuba, SC, e de Aratiba, Machadinho e Maximiliano de Almeida, RS, área de influência da Usina Hidroelétrica de Machadinho, foram observadas grandes quantidades de ossos e escamas de peixes incorporando os restos alimentares encontrados nestes locais. Utilizando uma coleção osteológica de referência pudemos identificar restos de Salminus maxillosus Valenciennes, 1850, Brycon orbignyanus (Valenciennes, 1849), Pogonopoma obscurum Quevedo & Reis, 2002, Hemiancistrus fuliginosus Cardoso & Malabarba, 1999, Prochilodus lineatus (Valenciennes, 1836), Schizodon sp., Leporinus sp., Hoplias sp., Hypostomus sp. e Crenicichla sp. Com base em medições realizadas em exemplares de coleções, foram obtidas regressões a partir das dimensões do osso pré-maxilar em Crenicichla spp. e do esporão peitoral em Hemiancistrus fuliginosus, Pogonopoma obscurum e Hypostomus spp. correlacionadas com o comprimento padrão e peso dos espécimes. A partir das estimativas de comprimento padrão e peso das peças ósseas encontradas foi possível formular hipóteses sobre a tecnologia de pesca utilizada pelos habitantes destes sítios.
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Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs / Incorporation of biological evidences for the identification of SNPs interfering with miRNA target sites

Paula Prieto Oliveira 10 December 2018 (has links)
SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets) é uma ferramenta computacional que realiza a predição de interferência de SNPs em sítios alvos de miRNAs. Dada uma lista de SNPs, SIMTar analisa uma janela ao redor de cada SNP e verifica se tal SNP cria ou rompe um sítio de miRNA utilizando como base programas de predição de sítios de miRNAs nos vários alelos desta janela. Se o resultado da predição para um dado miRNA é diferente para diferentes alelos, então tal SNP está potencialmente interferindo em tal sítio. O presente trabalho teve como objetivo melhorar o processo de identificação de interferência de SNPs em sítios alvos de miRNAs, usando um novo programa de predição de sítios de miRNAs, assim como a incorporação de resultados biológicos experimentais. A hipótese deste trabalho é que com estas modificações poderia-se diminuir a expectativa de falsos positivos sem diminuir a sensibilidade. Os resultados obtidos validam a hipótese e ainda mostram que o SIMTar possui vantagens quando comparado com outras ferramentas ou bancos de dados de propósito similar. / SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets) is a computational tool that performs the prediction of SNPs interference in miRNA target sites. Given a list of SNPs, SIMTar analyzes a window around each SNP and checks whether such SNP creates or breaks a miRNA site based on miRNA target prediction programs in the various alleles of this window. If the prediction result for a given miRNA is different for different alleles, then such SNP is potentially interfering in such site. The present study had the aim to improve the SNPs interference identification in miRNA sites, using a new prediction program of miRNAs targets, as well as the incorporation of experimental biological results. The hypothesis of this study is that with these modifications the expectation of false positives could be reduced without diminishing the sensitivity. The results obtained validate the hypothesis and also show that the SIMTar has advantages when compared to other tools or databases with similar purpose.
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O complexo arqueológico dos Perdigões e a construção da paisagem em Reguengos de Monsaraz

Evangelista, Lucy Shaw January 2004 (has links)
O trabalho pretende abordar, de forma estrutural, as formas de apropriação do espaço levadas a cabo pelas populações que ocuparam a região de Reguengos de Monsaraz, principalmente a partir do 5º milénio a.C., altura em que se inicia a efectiva domesticação do meio. Com base em alguns princípios da Arqueologia da Paisagem e tomando como ponto ed partida as informações actualmente conhecidas para a região de Reguengos de Monsaraz, procura-se encontrar uma linha explicativa que justifique o desenvolvimento, algures em meados do 4º milénio a.C., de um enorme complexo arqueológico como o dos Perdigões, cujos 16ha de área cercada por fosso albergam inúmeras estruturas, incluíndo uma vasta necrópole de monumentos tipo "tholoi".

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