Les entérovirus (EV) sont des Picornavirus (virus nus à génome ARN positif), caractérisés par une grande diversité génétique et antigénique (116 types classés en 4 espèces taxonomiques EV-A à D) et une évolution rapide. Les infections humaines sont très fréquentes, hautement contagieuses à partir des selles et épidémiques. La plupart des infections sont asymptomatiques ou bénignes ; elles peuvent être graves voire mortelles, en particulier chez les jeunes enfants. La poliomyélite, modèle d’infection à EV, est en voie d’éradication grâce aux programmes de vaccination et de surveillance sous l’égide de l’OMS. La détection de poliovirus sauvages dans des pays déclarés exempts de polio depuis plusieurs années et l’émergence récente de plusieurs EV non poliomyélitiques (EV-A71, EV-D68) associés à des manifestations cliniques sévères dans plusieurs régions du monde montrent l’importance de surveiller la circulation des EV dans la population humaine. Le but de la thèse était de rechercher et caractériser les EV dans les eaux usées de l’agglomération de Clermont-Ferrand et de comparer les données à celles de la surveillance clinique pour avoir une image plus complète de la circulation virale dans la population générale. Une méthode de concentration virale à partir des eaux usées prélevées en entrée (eaux usées brutes) et sortie (eaux usées traitées) de station d’épuration a été mise au point, permettant la détection moléculaire des EV et de 6 autres virus entériques humains. La présence de génomes viraux a été détectée dans tous les échantillons d’octobre 2014 à octobre 2015, avec une médiane de 6 virus différents en entrée de station et de 4 virus en sortie. L’analyse phylogénétique des séquences d’EV et des virus des hépatites A et E présents dans les eaux usées et les prélèvements cliniques des patients hospitalisés au CHU de Clermont-Ferrand pendant la même période, a validé l’approche mise en place pour surveiller la circulation communautaire d’un virus entérique. La diversité des EV présents dans les eaux usées brutes a été analysée par séquençage d’amplicons avec une technique haut débit Illumina (metabarcoding). Les résultats montrent la présence d’une grande diversité d’EV et la circulation silencieuse de 25 types (notamment 9 EV-C, dont des séquences de poliovirus 1 vaccinal) dans la population générale. L’analyse phylogénétique des variants intra-typiques a mis en évidence plusieurs profils épidémiques parmi les principaux types ayant circulé pendant la période d’étude. Les données obtenues montrent la faisabilité et la sensibilité de la stratégie développée pour détecter et caractériser les EV présents dans les eaux usées. Ils permettent de discuter la place de la surveillance environnementale dans la surveillance des infections à EV non polio (études épidémiologiques, prévention des épidémies, alertes sanitaires). Surveiller conjointement les virus entériques dans l’environnement et chez les patients permet une meilleure compréhension de leur prévalence. Cette approche globale de la circulation virale et de l’écologie de la santé représente un engagement important de la part des laboratoires et nécessitera une intégration dans des réseaux structurés de collaboration nationales et internationales dépassant la seule surveillance des EV. / Enterovirus (EV) are Picornaviruses (non-enveloped, positive-sense RNA viruses), characterized by a large genetic and antigenic diversity (116 types classified within 4 taxonomic species EV-A to D) and rapid evolution. Human infections are frequent, highly contagious from stools and occur as outbreaks. The infections are mainly asymptomatic or benign but severe or fatal cases can be reported in young children. Poliomyelitis is the model EV infection. Combined with clinical and virological surveillance, mass vaccination is closer than ever to achieve the WHO program of the Global Polio Eradication Initiative. However, the detection of wild type polioviruses in polio-free countries and the recent worldwide emergence of non-polio enteroviruses (EV-A71, EV-D68) associated with severe clinical manifestations underscore the importance of surveilling EV circulation in the general population. The aim of the PhD thesis was the detection and identification of EV strains in wastewater treated in the sewage treatment plant at Clermont-Ferrand (France). The viral data were compared with those reported through clinical surveillance to obtain a comprehensive picture of the viral circulation in the local population. A method was developed to concentrate viruses from raw and treated wastewater and molecular assays were used to detect EVs and 6 other human enteric viruses. The viral genomes were detected in all samples from October 2014 to October 2015, with a median of 6 and 4 different viruses in raw and treated wastewater respectively. Phylogenetic analysis of viral sequences (EV, hepatitis A and E viruses) determined in wastewater and reported in patients during the sampling period, showed the efficiency of the method for surveilling enteric viruses in the community. The EV diversity in raw wastewater was analyzed by sequencing of amplicons with the Illumina high throughput technology (metabarcoding). The analysis revealed a large viral diversity and the silent circulation of 25 types not detected from hospital data (in particular 9 EV-C, of which sequences of vaccine poliovirus 1). The phylogenetic analyses of intra-typic variants showed different epidemic patterns in the predominant EV types circulating over the study period. The data demonstrate the feasibility and sensitivity of the strategy developed for the detection and characterization of EV in wastewater and provide a future prospect for the implementation of environmental surveillance of non-polio EV infections in epidemiological studies, epidemic prevention, and for health alert. Combining the surveillance of enteric viruses in the environment and in the clinical setting allows a better understanding of their prevalence. This global approach of virus circulation and ecological health represents an important investment for laboratories, which will require integration in national and international collaboration networks beyond the scope of enterovirus surveillance.

L'utilisation des pesticides par les jardiniers amateurs s'est élevée à 3500 tonnes environ en 2008 pour les quinze millions de jardins privés que compte la France, ce qui représente une surface totale d'un million d'hectares. Dans le contexte d'une sensibilité sociale croissante aux problématiques sanitaires et environnementales, alors que la réduction des pesticides en agriculture est affichée comme un objectif politique du Grenelle de l'environnement et que l'Europe définit des politiques de contrôle des substances chimiques (REACH), une étude de l'usage des pesticides dans les pratiques de jardinage constitue un bon observatoire pour comprendre les représentations, les dispositions et les pratiques sociales liées à l'usage des pesticides dans les jardins privés, pour questionner l'écologisation annoncée des modes de vies, pour apprécier la capacité de la chaine de production-distribution commerciale à se saisir d'une telle problématique, et finalement pour évaluer la direction et l'impact des politiques publiques de prévention des risques sanitaires et environnementaux. Les résultats de la thèse s'appuient sur des enquêtes sociologiques menées auprès de jardiniers amateurs (par questionnaire (N=900) et par entretiens (N=24)), auprès de fabricants et de distributeurs de produits phytosanitaires et de la presse spécialisée jardin (N=17) en France. Un contrepoint à la situation française est apporté par une analyse du Code de gestion des pesticides appliqué depuis 2003 au Québec et qui constitue une régulation de type réglementaire qui interdit l'utilisation et la vente d'une partie des pesticides reconnus comme étant les plus dangereux pour la santé dans les municipalités et les jardins privés. La thèse met en évidence, dans le cas de la France, une forme de régulation composite des risques sanitaires et environnementaux liés aux usages des pesticides par les jardiniers amateurs, qui comporte trois principales dimensions. (1) Intimement articulée aux mécanismes de marché, cette forme de régulation impute l'essentiel de la responsabilité à l'utilisateur considéré en tant que consommateur à responsabiliser, alors que les autorités publiques considèrent les firmes de pesticides comme des opérateurs économiques dont les avantages compétitifs sont à valoriser, veillant donc à respecter la dynamique de l'offre et de la demande tout en se chargeant d'encadrer ce marché par l'homologation des produits. (2) Elle épouse les principes de la société singulariste où l'individu serait la référence centrale de la dynamique des sociétés contemporaines et le régulateur des problèmes collectifs par ses choix de consommation et ses prises de positions individuelles. (3) Elle s'opère dans un contexte où l'État a perdu sa centralité sous la double influence de l'européanisation et de la décentralisation et où les modes de régulations politiques sont caractérisés par des formes moins dirigistes de gouvernement pouvant être définies comme des " politiques sans politique ". La régulation composite des pesticides domestiques est porteuse d'un postulat implicite qui impute la responsabilité des risques aux usagers et qui, si elle laisse ouverte la voie à une potentielle réduction de l'usage des produits, tend à limiter leur exclusion et réduit les possibilités d'une transition vers un jardinage sans pesticides.