Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-28T12:42:51Z No. of bitstreams: 1 Walkiria Alves da Silva.pdf: 874748 bytes, checksum: 5da61c26a69ee185c1ff223877497242 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-28T12:42:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Walkiria Alves da Silva.pdf: 874748 bytes, checksum: 5da61c26a69ee185c1ff223877497242 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / The onion is the third vegetable in economic importance on the world, with emphasis on Brazil as one of the most economically important vegetable, both by the volume and the income produced. This culture can be affected by various diseases, especially the scale rot, caused by bacteria of the Burkholderia cepacia complex. In an attempt to determine the favorable conditions for the development of epidemics, the knowledge of host-pathogen-environment interaction is essential. Thus, the appropriate inoculum concentration, the temperature range, the period of humidification exposure and the age, which the plant host becomes more susceptible to the establishment of high levels of disease, should be identified for each host-pathogen association. Although these epidemiological characteristics are the key factors for infection and subsequent development of rot in scale, there is no consistent information about the influence of these parameters on the behavior of the disease. Therefore, this study aimed to select and identify six isolates of B. cepacia complex, and determine the in vitro temperature, evaluate the effect of the inoculum concentration, temperature, presence and exposure to moisture chamber and the age of the bulbs in the severity of scale rot onion. Through Bayesian inference, the isolates CRMB31, and CRMB109 CRMB259 were identified as B. cenocepacia, while the isolates CRMB76, and CRMB199 CRMB222 were identified as B. arboris. The optimum temperature for in vitro growth of the isolates B. cenocepacia was 30°C, while for the isolates of B. arboris was 28°C. The conditions that predispose the occurrence of rot severity scale at higher inoculum were load of 108 CFU/mL, together on a wetness of 48 h, temperature between 35 and 40°C and more young tissues. To our knowledge, this is the first study to determine the environmental factors favorable to the development of rot in onion scale. In addition, the information obtained in this study will be useful for understanding the epidemics of the rot in scale and will assist in the implementation of strategies to control the disease. / A cebola é a terceira hortaliça em importância econômica no mundo, tendo destaque no Brasil como uma das hortaliças economicamente mais importantes, tanto pelo volume produzido como pela renda gerada. Esta cultura pode ser acometida por várias doenças, destacando-se a podridão em escama causada por bactérias do complexo Burkholderia cepacia. Na tentativa de determinar as condições favoráveis ao desenvolvimento de epidemias, o conhecimento da interação patógeno-hospedeiro-ambiente é imprescindível. Assim sendo, a concentração de inóculo adequada, a faixa de temperatura, o período de exposição à umidificação e a idade em que a planta hospedeira se torna mais suscetível para o estabelecimento de altos níveis de doença devem ser definidos para cada associação patógeno-hospedeiro. Embora essas características epidemiológicas sejam fatores primordiais para infecção e posterior desenvolvimento da podridão em escama, não existem informações consistentes a respeito da influência desses parâmetros sobre o comportamento da doença. Portanto, o presente trabalho teve como objetivos selecionar e identificar seis isolados do complexo B. cepacia e determinar a temperatura in vitro, avaliar o efeito da concentração de inóculo, temperatura, presença e tempo de exposição à câmara úmida e idade dos bulbos na severidade da podridão em escama da cebola. Por meio de Inferência Bayesiana, os isolados CRMB31, CRMB109 e CRMB259 foram identificados como B. cenocepacia, enquanto os isolados CRMB76, CRMB199 e CRMB222 foram identificados como B. arboris. A temperatura ideal de crescimento in vitro para os isolados de B. cenocepacia foi de 30°C, enquanto para os isolados de B. arboris foi de 28°C. As condições que predispuseram a ocorrência de severidade da podridão em escama mais elevadas foram carga de inóculo de 108 UFC/mL, em conjunto com um período de molhamento de 48 h, temperaturas entre 35 e 40°C e tecidos mais novos. Para o nosso conhecimento, este é o primeiro estudo realizado para determinação dos fatores ambientais favoráveis ao desenvolvimento da podridão em escama da cebola. Além disso, as informações obtidas neste estudo serão úteis para o entendimento de epidemias da podridão em escama e auxiliarão a implementação de estratégias para o controle da doença.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-12-02T12:42:24Z No. of bitstreams: 1 Willams Jose de Oliveira.pdf: 1187273 bytes, checksum: 3d0f4978c0a4ad8c65c3b398bf1ec2aa (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-02T12:42:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Willams Jose de Oliveira.pdf: 1187273 bytes, checksum: 3d0f4978c0a4ad8c65c3b398bf1ec2aa (MD5) Previous issue date: 2015-02-19 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / It was produced approximately 1,601,767 tons of onions in the 2014 harvest in Brazil, and the northeastern region with approximately 23% of this production. The culture of the onion can be affected by various diseases, among them are the bacterial rot. Between the types of decay occurring in onion bulbs stands out the scales rot because it causes significant losses in Brazil. This disease is associated with bacteria from the Burkholderia cepacea complex, Burkholderia gladioli pv. alliicola, Pseudomonas aeruginosa and Serratia marcescens. Given that for the application of efficient management measures it is necessary to understand the etiology of the disease and that it is not known for sure what the genera and species that are associated with the rot of onion scales in the semi-arid northeast, the present study have the following objectives: i) identify the bacteria involved with the disease in this region by sequencing and phylogenetic analysis of 16S rRNA region, ii) evaluate the behavior relatedness of the species identified by rep-PCR, and iii) evaluate the pathological behavior of different species identified. For this purpose, samples were taken in the main producing regions of onion in Pernambuco and Bahia semi-arid region, followed by the isolation and storage of strains in Culture Collection Rosa Mariano (CRM) of the Phytobacteriology Laboratory at the Federal Rural University of Pernambuco. We obtained 45 strains which were grouped into three clades: clade I, containing strains identified as B. cepacia complex (n = 29), clade II containing strains identified as B. gladioli (n = 10) and clade III containing strains identified as P. aeruginosa (n = 6). These strains were submitted to analysis of rep-PCR and were separated into 31 groups with level 70% of similarity. However, it was not possible to identify these three clades by this technique. When artificially inoculated in onion scales, strains of B. cepacia complex and B. gladioli were significantly more aggressive than P. aeruginosa strains. Based on phylogenetic identification performed in this study, it is concluded that the rot of onion bulb scales in the Brazilian semi-arid northeast is caused by the strains of B. cepacia complex, B. gladioli e P. aeruginosa. Moreover, more than one species of the B. cepacia complex may be associated with rot scales in this region. / O Brasil produziu aproximadamente 1.601.767 toneladas de cebola na safra de 2014, sendo a região nordeste responsável por 23% dessa produção. A cultura da cebola pode ser acometida por diversas doenças, destacando-se as podridões bacterianas. Dentre os tipos de podridões que ocorrem em bulbos de cebola destaca-se a podridão de escamas, a qual pode causar perdas de até 50% no Brasil. Essa doença está associada a bactrérias do complexo Burkholderia cepacea, Burkholderia gladioli pv. alliicola, Pseudomonas aeruginosa e Serratia marcescens. Visto que para aplicação de medidas de manejo eficientes faz-se necessário o conhecimento da etiologia da doença e que ainda não se sabe ao certo quais são os gêneros e espécies que estão associadas à podridão de escamas da cebola no semiárido nordestino, o presente estudo teve como objetivos: i) identificar as bactérias envolvidas com a doença nessa região por meio de sequenciamento e análise filogenética da região 16S rRNA, ii) avaliar o comportamento genético das espécies identificadas por meio de rep-PCR, e iii) avaliar o comportamento patológico das diferentes espécies identificadas. Para isto foram realizadas coletas nas principais regiões produtoras de cebola do semiárido Pernambucano e Baiano, seguindo-se o isolamento e depósito dos isolados na Coleção de Culturas Rosa Mariano (CRM) do Laboratório de Fitobacteriologia da Universidade Federal Rural de Pernambuco. Foram obtidos 45 isolados, os quais foram agrupados em três clados: clado I, contendo isolados identificados como sendo do complexo B. cepacia (n= 29), clado II, contendo isolados de identificados como B. gladioli (n=10) e clado III, contendo isolados identificados como P. aeruginosa (n=6). Esses isolados foram submetidos a análises de rep-PCR, sendo separados em 31 grupos ao nível de 70 % de similaridade. No entanto, não foi possível identificar esses três clados por meio desta técnica. Quando artificialmente inoculados em escamas de cebola, os isolados do complexo B. cepacia e de B. gladioli foram significativamente mais agressivos do que os isolados de P. aeruginosa. Com base na identificação filogenética realizada no presente estudo, conclui-se que a podridão de escamas de bulbos de cebola no semiárido nordestino brasileiro é causada por isolados do complexo B. cepacia, B. gladioli e P. aeruginosa. Além disso, mais de uma espécie do complexo B. cepacia pode estar associada à podridão de escamas nessa região.