Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1926_1.pdf: 4513686 bytes, checksum: 82857a9d1fda0d1383f9eae7c1258c95 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / XML tornou-se o padrão de fato para troca de informações entre diversas fontes de dados e aplicações. Assim, sistemas de gerenciamento de bancos de dados XML nativos (SGBD XML nativos) têm se tornado peça fundamental na infra-estrutura de empresas que lidam com tal diversidade de fontes de dados e aplicações. Gestores do mundo corporativo estão sempre precisando de informações sobre seus negócios, para que possam tomar decisões de forma rápida e eficiente. Entretanto, as interfaces gráficas disponíveis para recuperar estas informações não demonstram preocupação com esta classe de usuários, disponibilizando apenas interfaces textuais que os obrigam a ter conhecimento nas linguagens de consulta para XML, mais especificamente a XQuery. Visando contribuir para a melhoria desta situação, este trabalho apresenta a ViXQueL, que é uma ferramenta web de abstração para acesso aos SGBD XML nativos, permitindo que usuários não especialistas recuperem informações de bases de dados sem conhecimento na linguagem de consulta XQuery. Esta abstração foi alcançada por meio de uma interface gráfica para criação de consultas visuais, que por sua vez são transformadas em consultas textuais na linguagem XQuery. Devido à extensividade e complexidade, o protótipo desenvolvido permite a criação de consultas que representam um subconjunto da XQuery. Para a primeira versão da ferramenta foram considerados e avaliados diversos SGBD XML nativos, sendo escolhido o Sedna, por sua completude de funcionalidades, além de ser open source. Com o intuito de formalizar o processo de transformação da ferramenta, foram utilizados conceitos de MDA na definição e implementação do processo de geração do código XQuery. Dois metamodelos foram especificados em Ecore, que é a implementação de metamodelagem do Eclipse Modeling Framework (EMF), para representar as consultas visuais e as consultas textuais. Além disso, foram implementados dois scripts, na linguagem Kermeta, para realizar as transformações necessárias entre instâncias destes metamodelos

abstract: Continuous advancements in biomedical research have resulted in the production of vast amounts of scientific data and literature discussing them. The ultimate goal of computational biology is to translate these large amounts of data into actual knowledge of the complex biological processes and accurate life science models. The ability to rapidly and effectively survey the literature is necessary for the creation of large scale models of the relationships among biomedical entities as well as hypothesis generation to guide biomedical research. To reduce the effort and time spent in performing these activities, an intelligent search system is required. Even though many systems aid in navigating through this wide collection of documents, the vastness and depth of this information overload can be overwhelming. An automated extraction system coupled with a cognitive search and navigation service over these document collections would not only save time and effort, but also facilitate discovery of the unknown information implicitly conveyed in the texts. This thesis presents the different approaches used for large scale biomedical named entity recognition, and the challenges faced in each. It also proposes BioEve: an integrative framework to fuse a faceted search with information extraction to provide a search service that addresses the user's desire for "completeness" of the query results, not just the top-ranked ones. This information extraction system enables discovery of important semantic relationships between entities such as genes, diseases, drugs, and cell lines and events from biomedical text on MEDLINE, which is the largest publicly available database of the world's biomedical journal literature. It is an innovative search and discovery service that makes it easier to search/navigate and discover knowledge hidden in life sciences literature. To demonstrate the utility of this system, this thesis also details a prototype enterprise quality search and discovery service that helps researchers with a guided step-by-step query refinement, by suggesting concepts enriched in intermediate results, and thereby facilitating the "discover more as you search" paradigm. / Dissertation/Thesis / M.S. Computer Science 2010

The basis of my work represents a research focused on the problematic of native XML databases. The main goal is to draw comparison between the selected database systems in a sphere of user control and management of XML data. Database products are tested via XMark benchmark test using its XQuery queries and testing XML data. Final comparisons and recommendations for use are based on the concluding evaluation and findings. The results of research may improve orientation in solved problematics. They could help with the selection of a suitable database product to store XML data.