Les échanges commerciaux s'intensifient et s'étendent à l'ensemble de la planète. Le consommateur est exigeant et sensible à la qualité et à l'origine des produits alimentaires qu'il achète. Devant la difficulté de mettre en place des systèmes documentaires dans les pays d'Afrique sub-saharienne, des nouvelles stratégies de traçabilité émergent. Parmi les nouveaux moyens de tracer les produits d'origine végétale, l'idée de créer un « code barre biologique » basé sur l'analyse des ADN de microorganismes présents sur les fruits est une piste intéressante. Cette thèse est l'objet d'étude d'un WP dirigé par D. Montet obtenu dans le cadre du projet Inco Innovkar géré par JM Bouvet de l'UR 39. Cette méthode repose sur l'hypothèse que la microflore commensale du fruit de karité est spécifique entre autre d'une zone géographique de production. L'écologie des bactéries, levures et moisissures seront étudiées par le thésard sur le karité et le Physalis, une plante à fruit de la même zone géographique à fort potentiel commercial. L'analyse biochimique des fruits ainsi que l'activité antimicrobienne de certaines molécules sera étudiée (physaline). / Trade intensified and spread to the entire planet. The consumer is demanding and sensitive to the quality and origin of food products they buy. Given the difficulty of setting up documentation systems in countries in sub-Saharan Africa, new strategies are emerging traceability. Among the new means of tracing products of plant origin, the idea of creating a "biological bar code" based on the analysis of DNA of microorganisms on fruit is an interesting idea. This thesis is the subject of a study conducted by D. Montet WP obtained under the Inco project managed by JM Bouvet Innovkar of UR 39. This method assumes that the commensally microflora of the fruit of Shea is among other a specific geographical area of production. The ecology of bacteria, yeasts and molds will be reviewed by the PhD student on Shea butter and Physalis, a plant with fruit of the same geographical area with high commercial potential. Biochemical analysis of fruit and antimic robial activity of certain molecules will be studied (physaline).