Les monocytes sont des leucocytes circulants dont la caractérisation est longtemps restée difficile. La dissection de l’ensemble de ces cellules en sous-populations fonctionnelles chez l’homme reste à ce jour insuffisante. Les monocytes sont cependant des précurseurs circulants de plusieurs populations de cellules dendritiques et de macrophages tissulaires, et occupent donc à ce titre une place prépondérante dans la mise en place des réponses immunitaires normales et pathologiques.À l'heure actuelle, trois sous-populations sont décrites chez l’homme : les monocytes classiques CD14+CD16neg, les non-classiques CD14dimCD16+ et les intermédiaires CD14+CD16+. Fonctionnellement, ces sous-populations sont diverses et hétérogènes et dotées de propriétés pro- et anti-inflammatoires apparemment redondantes. En pathologie, une augmentation du ratio entre CD16+ et CD16neg monocytes a été décrite en situation inflammatoire, suggérant un rôle des premières dans le développement et/ou l’amplification de l’inflammation. Parmi les monocytes non-classiques, des cellules capables de détecter des altérations de l’endothélium et ayant donc des propriétés spécifiques de surveillance du lit vasculaire ont été identifiées et caractérisées. Dans le but d’obtenir une meilleure définition des populations monocytaires et de les subdiviser en sous-populations où l’identification des fonctions de ces cellules serait plus accessible, je me suis attachée, dans ce travail de thèse, à analyser les différentes populations de monocytes humains circulants de manière aussi exhaustive que possible et avec les outils d’analyse biologiques et informatiques actuels. Les résultats, obtenus par l’analyse en cytométrie de flux de PBMC de 28 donneurs sains après marquage des cellules par vingt anticorps dirigés contre les molécules de surface, ont révélé l’existence d’une population de monocytes de plus grande taille. Ces « large » monocytes se subdivisent également en populations CD16neg et CD16+ (monocytes la14+16neg et la14+16+). Les monocytes restant ou « small » se composent de sm14+16neg largement majoritaires, de sm14+16+, et de sm14dim16+ auxquels se rajoutent des monocytes sm14lo16neg dont nous confirmons l’existence. L’expression des divers marqueurs sélectionnés a été faite par des méthodes d’analyse classiques, manuelles, ainsi que par l’utilisation d’algorithmes d’analyse non-supervisée. Les résultats ont montré les particularités d’expression propres à chaque population mais ont aussi indiqué que l’hétérogénéité phénotypique à l’intérieur de ces six populations de monocytes reste importante. Cependant, des profils d’expression qui sont partagés par plusieurs donneurs sains ont été identifiés. L’expression des molécules d’adhésion telles que CD49d, CD62L, CD162, ainsi que CD43 a été particulièrement utile pour cette identification. Quatre groupes phénotypiques majeurs ont ainsi été définis chez les 28 donneurs sains analysés. / Monocytes are circulating leukocytes which characterization has long been difficult. Dissection of these cells into functional subpopulations in humans is still insufficient. Monocytes are however circulating precursors of several populations of dendritic cells and tissue macrophages, and play a prominent role in the development of immune response in steady state and pathology. At present, three monocyte subpopulations are described in humans: classical CD14+CD16neg, non-classical CD14dimCD16+ and intermediates CD14++CD16. Functionally, these subpopulations are diverse and heterogeneous and with apparently redundant pro - and anti-inflammatory properties. In pathology, an increase in the ratio of CD16 + to CD16neg monocytes has been described in inflammatory situation, suggesting a role of the former in the development and amplification of inflammation. Among the non-classical monocytes, cells that can detect changes in the endothelium and having then specific properties of vascular bed monitoring have been identified and characterized. In order to get a better definition of monocyte populations and break them down into subpopulations in which the identification of the cell functions would be more accessible, I endeavoured in this thesis work to analyse different populations of circulating human monocytes as comprehensively as possible and with state of the art analytical and computer tools. The results of flow cytometry analysis of PBMC from 28 healthy donors after cell staining with twenty antibodies directed against surface molecules revealed the existence of a population of monocytes of larger size.

Les monocytes détectent des signaux métaboliques circulants qu’ils traduisent en signaux immunologiques. ils infiltrent les tissus inflamés et sont également les précurseurs des macrophages. Dans l’obésité, la fréquence, le nombre, le phénotype et la fonctionnalité des sous populations de monocytes (CD14++CD16- [CM], CD14++CD16+ [IM] et CD14+CD16++ [NCM]) sont spécifiquement modulés. Le phénotype des monocytes est pro-inflammatoire avec une plus forte réponse à la stimulation de TLR4 et de TLR8. Nos travaux suggèrent une capacité migratoire accrue des CM et des IM. La comparaison du transcriptome des sous populations chez des sujets obèses et des témoins, révèle une signature spécifique de chaque sous population montrant un plus fort impact de l’obésité sur les CM. Ils soutiendraient l’inflammation en modulant des gènes impliqués dans la signalisation cellulaire. Ils migreraient avec les IM vers les tissus inflamés. Les NCM resteraient plus longtemps dans la circulation où leur fonction de « patrouilleurs » serait accrue. Les gènes les plus modulés par les CM et les IM, respectivement Clusterine et CDGSH iron sulfur domain 1 sont des ponts entre la réponse immunitaire, le métabolisme et la réponse au stress. L’étude des « tops » gènes dont l’expression est la plus fortement modulée et des fonctions les plus probablement modulées révèle que le métabolisme des monocytes serait modifié dans l’obésité. Ce travail ouvre des perspectives concernant : 1) une éventuelle composante auto-immune de l’inflammation de bas grade et 2) des relations entre des modifications du métabolisme des monocytes et leur fonctionnalité. / Systemic inflammation is pivotal in establishing and sustaining the obesity low-grade inflammatory status. Studying monocytes is important because they can detect metabolic cues in the circulation that are then translated into immunological factors. Monocytes infiltrating inflamed tissues are also macrophage precursors. In obesity, frequency, number, phenotype and functionality of the three monocyte-subsets (CD14++CD16- [CM], CD14++CD16+ [IM] et CD14+CD16++ [NCM]) are specifically altered. We observed a pro-inflammatory phenotype of monocytes in obesity with an increased response to TLR4 and TLR8 stimulation. Our work suggests an increased migratory capacity of CM and IM. Comparison of the transcriptome of the three subsets in obese and control subjects shows an increased imprint of obesity on CM. CM could sustain inflammation by modulating genes involved in cell signaling. They most probably migrate with the IM toward inflamed tissues. Whereas, NCM should stay longer in the circulation where their patrolling function could be increased. The most modulated genes by CM and IM, respectively Clusterin and CDGSH iron sulfur domain 1 (CISD1) are bridges between immune response, metabolism and stress response. The analysis of the top modulated genes and of the most probably modulated functions indicates that monocyte metabolism is altered by obesity. We open new paths of research: 1) a possible auto-immune trait of the low grade inflammation and 2) a possible link between altered monocyte metabolism and their functionality.

Environ, 60 % des personnes atteintes d’un cancer auront au moins une séance de radiothérapie au cours de la prise en charge thérapeutique de leur maladie. Les doses de radiothérapie sont limitées en raison du risque important de fibrose séquellaire des tissus sains. Les rayonnements ionisants (RI) peuvent induire différents types de mort cellulaire y compris l'apoptose et la sénescence. Les cellules sénescentes ont une sensibilité réduite à l'apoptose et un phénotype sécrétoire inflammatoire. De plus, les RI peuvent induire la production d’espèces réactives de l’oxygène (ERO) qui provoquent des lésions de l'ADN dans les tissus non ciblés, et des effets systémiques associés à l'inflammation. Différentes équipes ont proposé des tests prédictifs de la radiosensibilité individuelle des patients basés sur l’évaluation du taux d'apoptose radio-induite des lymphocytes T CD4+/CD8+ (LT). Cependant, l’impact des différences de sensibilité à l’apoptose/sénescence des sous-populations de LT sur le taux d’apoptose n’a pas été étudié. Notre hypothèse est que la sensibilité à l’apoptose/sénescence radio-induite des LT circulants est associée à la sur/sous-représentation de sous-populations particulières de LT CD4+ dont les fonctions sont en rapport avec la survenue de fibrose. Nos résultats chez le donneur sain montrent que les LT CCR6+Th17 pro-fibrogéniques sont moins sensibles à l’apoptose et plus sensibles à la sénescence que les LT CCR6negTh et les Treg. Cette sénescence peut être préjudiciable car les lymphocytes CCR6+Th17 situés dans les tissus irradiés peuvent sécréter de l'IL-8 et du VEGF-A. La modulation des voies ERO/MAPK ou mTOR pourrait être une cible potentielle pour la prévention de la radiotoxicité induite par les CCR6+Th17 sénescents. Enfin, le ratio de cellules circulantes H2A.J+CCR6+Th17 sénescentes / CCR6+Treg pourrait être utilisé comme marqueur potentiel de la radiosensibilité individuelle. / On average, 60% of cancer patients have at least one radiation session during their care throughout the history of their disease. The doses of radiotherapy are limited because of the high risk of fibrosis-type side effects of healthy tissues. Ionizing radiation can induce a variety of cell death responses including apoptosis, but also senescence. Senescent cells have reduced sensitivity to apoptosis, and a pro-inflammatory secretory phenotype. In addition, ionizing radiations can induce the production of reactive oxygen species (ROS) that cause DNA damage in non-target tissues, and systemic effects associated with inflammation. In order to improve the personalization of radiotherapy, different teams proposed predictive tests of the individual radiosensitivity of patients by establishing a relationship between a low rate of radio-induced apoptosis of CD4+/CD8+ T lymphocytes (LT) and a high risk of secondary fibrosis. However, the impact of the differences in individual cell sensitivity to radiation-induced senescence on the ratio between LT cell subpopulations has not been studied. Our results on healthy donors show that pro-fibrogenic CCR6+ Th17 cells are less sensitive to apoptosis and more susceptible to senescence compared to CCR6neg LT. This senescence can be detrimental as irradiated CCR6+Th17 lymphocytes located in the irradiated tissue can secrete IL-8 and VEGF-A. Modulation of ROS/MAPK or mTOR signaling pathways could be potential targets for the prevention of this CCR6+Th17-induced radiotoxicity. Finally, the ratio of circulating H2A.J+ senescent CCR6+ Th17/CCR6+Treg cells may be used as a potential marker of individual radiosensitivity.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Une fois activées, les cellules dendritiques (DCs) migrent dans les organes lymphoïdes ou elles exercent leur rôle de cellules présentatrices d’antigène professionnelles. Elles sont capables d’activer et d’induire la différenciation des lymphocytes T naïfs en différentes sous-populations de lymphocytes T auxiliaires. L’ajustement de la réponse lymphocytaire T au type d’inflammation est assuré par les DCs à deux niveaux. Premièrement, grâce à leur plasticité, les DCs adaptent leur comportement en fonction de la combinaison de signaux issus du microenvironnement inflammatoire. Deuxièmement, il existe différentes sous-populations de cellules dendritiques ayant de différentes spécialisations fonctionnelles.Mon travail de thèse s’est concentré sur l’étude de la diversité des réponses des sous-populations de cellules dendritiques humaines suite à la stimulation par la cytokine lymphopoïetine stromale thymique (TSLP). Cette cytokine est secrétée par les cellules épithéliales et la peau au cours de l’inflammation. La TSLP active principalement les DCs myéloïdes, induisant celles-ci à secréter les chimiokines inflammatoires CCL17 et CCL22. Les DCs activées par la TSLP (TSLP-DCs) induisent une réponse inflammatoire de type Th2, et sont impliquées dans le développement de l’allergie. La comparaison systématique de la réponse à la TSLP par les sous-populations de DCs du sang, BDCA1+ et BDCA3+, nous a permis de montrer que ces deux sous-populations sont activées par la TSLP. Toutefois, nos résultats montrent que la TSLP, en synergie avec le TGF-β, induit la différenciation des DCs BDCA-1+ en cellules de Langerhans, mais pas celle des DCs BDCA-3+. De plus, la TSLP induit la migration cellulaire et la sécrétion de chimiokines seulement chez la sous-population de DCs BDCA-1+. Des analyses complémentaires des mécanismes impliqués dans la migration des DCs BDCA-1+ en réponse à la TSLP révèlent que, d’une part la TSLP est indispensable à l’induction de la migration et d’autre part, qu’un récepteur de chimiokines, sensible à la Toxine Pertussique serait impliqué. Au final, nos résultats révèlent (i) de nouvelles capacités des DCs en tant que cellules précurseurs, (ii) de différentes propriétés fonctionnelles des sous-populations de DCs en réponse à la stimulation par la TSLP, (iii) et démontrent la complexité des mécanismes impliqués dans la migration des DCs induite par la TSLP. / Once activated, Dendritic Cells (DCs) migrate to the lymphoid organs and exert their role as professional antigen presenting cells. They are able to induce the activation and differentiation of naïve T cells into different types of T helper cells. The T cell response must be suited to the type of inflammation. This is ensured by DCs at two levels. First DCs are functionally plastic. This means that their behavior is subdued to the integrated signals coming from the inflammatory microenvironment. Secondly, the DC population is diverse. Indeed, different DC subsets have different functional specializations. My thesis was focused on the differential response of human DC subsets to Thymic stromal lymphopoietin (TSLP). This cytokine is secreted by inflamed skin and epithelia, and strongly activates myeloid DCs. The TSLP-activated DCs secrete the inflammatory chemokines CCL17 and CCL22, prime an inflammatory Th2 response, and have been involved in the pathogenesis of allergic inflammation. By systematically comparing the response of human blood BDCA-1+ and BDCA-3+ DCs to TSLP stimulation we found that both of these DC subsets get activated by TSLP. However TSLP synergizes with TGF-β to induce the differentiation of blood BDCA-1+ and not BDCA-3+ DCs into Langerhans Cells. Moreover, TSLP induces cell migration and chemokine secretion only on the blood BDCA-1+ subset. Further analysis of the mechanisms implicated in TSLP-induced DC migration revealed that TSLP is required to induce DC migration, but this effect is dependent on the expression of a PTX-sensitive chemokine receptor. Overall our results reveal new precursor capacities of blood DC subsets, different functional properties of blood DC subsets stimulated by TSLP and highlight intricate mechanisms underlying TSLP-induced DC migration.

L’étude des phénomènes de regroupement spatial des individus en milieu urbain se focalisesouvent sur les espaces les plus fortement polarisés, qu’il s’agisse des « ghettos » de « riches » ou de« pauvres ». Pourtant, ces quartiers ne représentent qu’une partie très congrue de l’espace urbainfrançais. Sans occulter l’existence de ces zones, ce travail se propose d’étudier les phénomènes deregroupement spatial sous un angle exhaustif. Ceci a nécessité le développement d’une méthodologiepermettant de rendre compte de la complexité de la spécialisation socioéconomique etsociodémographique des territoires. L’impact de l’échelle géographique retenue dans les analyses surles résultats aussi bien en terme d’intensité que d’évolution est ainsi apparu comme une donnéecentrale de la problématique. En se basant sur cette analyse comparative des échelles géographiquesde regroupement, ce travail dresse un panorama des profils de regroupements des individus dans 18aires urbaines françaises. Il est ainsi apparu qu’il existe une grande similarité de ces phénomènes entreles grandes villes. Les individus s’y distribuent selon un modèle sectoriel d’un point de vuesocioéconomique quand ils suivent un schéma concentrique d’un point de vue sociodémographique.La combinaison de ces deux logiques a ainsi permis une analyse globale des phénomènes deregroupement socio-spatial. / The study of spatial clustering’s phenomena of people in zones often focuses on the moststrongly polarized spaces, it can be about "ghettos" of "rich" or "poor people". Nevertheless, theseareas represent a small part of the French urban space. Without denying the existence of these zones,this work will study the phenomena of spatial clustering from an exhaustive point of view. Thisrequired the development of a methodology allowing to take into account the complexity of thesocioeconomic and sociodemographic specialization of territories. The impact of the geographicalscale selected in analyses, on the results both in term of intensity and evolution is turned to be acentral topic of the problematic. By basing itself on this comparative analysis of the geographicalscales of clustering, this work gives an overview of the clustering profiles in 18 French urban areas. Itappeared that there is a similarity of these phenomena between big cities. Human distributions followa sectorial model on a socioeconomic point of view when they follow a concentric model bysociodemographic variables. The combination of these two paradigms of grouping so allowed a globalanalysis of the phenomena of socio-spatial clustering.

Caractérisée par la présence de la mutation JAK2 V617F, la polyglobulie primitive voit son développement contenu par des saignées mais est associée à une incidence plus élevée de cancers. Une exploration globale de l'immunité des patients a été réalisée par la quantification des sous populations lymphocytaires de l'immunité innée et adaptative. Ceci a permis la mise en évidence d'une diminution des lymphocytes B et d'une augmentation des cellules NK. Les cellules NK sont réputées pour leurs propriétés antitumorales mais elles ne sont pourtant pas capables d'éradiquer la PV, posant la question de leurs capacités fonctionnelles. Si les cellules NK des patients présentent une activité cytotoxique basale inférieure aux témoins, elles ne présentent pas d'anomalies de l'expression de leurs récepteurs, de la production de molécules cytolytiques ou de prolifération. Par contre, les cellules NK d'un patient ayant développé une érythroleucémie ou des cellules NK de sujets âgés par rapport à des témoins plus jeunes présentent des anomalies d'expression des récepteurs. L'augmentation des cellules NK pourrait être liée à la mutation JAK2 V617F. Si cette mutation est présente dans les lymphocytes de tous les patients, il existe des arguments pour sa présence dans les cellules NK de certains patients. Enfin, une analyse transcriptomique a permis de définir un profil d'expression propre aux cellules NK des patients. / Characterized by the presence of the JAK2 V617F mutation, polycythemia vera's development is content by phlebotomy but is associated with a higher incidence of cancer. A global exploration of the immunity of patients was performed by quantification of lymphocyte subpopulations of innate and adaptive immunity. This allowed the detection of a decrease in B cells and an increase in NK cells. NK cells are known for their antitumor properties but they are not yet able to eradicate PV, raising the question of their functional abilities. If NK cells of patients have a lower basal cytotoxic activity than healthy donors, they do not show abnormal expression of their receptors, the production of cytolytic molecules or proliferation. On the contrary, NK cells from a patient who developed erythroleukemia or NK cells from elderly healthy donors compared with younger healthy donors exhibit abnormalities of receptors expression. The increase in NK cells could be related to the JAK2 V617F mutation. If the mutation is present in cells of all patients, there are arguments for its presence in the NK cells of some patients. Finally, transcriptome analysis has identified an expression profile specific to NK cells of patients.

Les cellules dendritiques (DCs) détectent les particules virales et présentent les antigènes viraux afin d’organiser la réponse immunitaire. La réplication virale dans les DCs induit une réponse immune cytosolique. Comment les DCs tolèrent les virus afin de maintenir leur intégrité fonctionnelle est inconnu. Les DCs sont organisées en sous-populations distinctes d’un point de vue ontogénique. Nous avons observé que le virus du VIH et de la grippe infectaient préférentiellement les DCs CD1c+ par rapport au DCs CD141+ et aux pDCs. La réplication de ces virus au sein des DCs CD1c+ est essentielle afin d’établir une activation efficace des lymphocytes T CD8+ et d’assurer une détection cytosolique. Les DCs CD141+ et les pDCs, quant à elles, répondent aux virus exogènes. L’étape de fusion virale virale est constitutivement réduite dans les DCs CD141+ et les pDCs en comparaison des DCs CD1c+. La petite GTPase RAB15 est exprimée sélectivement dans les DCs CD141+ et les pDCs et contribue à la résistance de ces deux sous-populations de DCs au VIH et à la grippe. La résistance sélective des sous-populations de DC à l’infection virale pourrait représenter un mécanisme de tolérance afin d’augmenter la réponse antivirale. / Dendritic cells (DCs) sense viral particles and present viral antigens to induce immune responses. Viruses also replicate in DCs, engaging cytosolic immune responses. How DCs tolerate viruses to ensure functional integrity is unknown. DCs are developmentally organized in distinct subsets. We find that HIV and influenza preferentially infect CD1c+ DCs over CD141+ DCs and pDCs. Replication in CD1c+ DCs was essential for efficient CD8+ T cell activation and cytosolic sensing, while CD141+ DCs and pDCs responded to exogenous virus. Viral fusion was constitutively reduced in CD141+ and pDCs compared to CD1c+ DCs. The small GTPase RAB15 expressed selectively in CD141+ and pDCs contributed to the resistance. Selective resistance of DC subset to viral infections may thus represent a tolerance mechanism to maximize antiviral responses.

La primo-infection est un moment critique de l'établissement du réservoir justifiant de l'initiation d'un traitement précoce. Nous avons initié un essai randomisé évaluant l'impact de deux ans d'un traitement antirétroviral intense (essai ANRS147 OPTIPRIM, trithérapie versus pentathérapie) sur le réservoir et avons initié des études physiopathologiques au cours de cet essai. Nous montrons ainsi la faible diversité génétique des virus en primo-infection dans les compartiments sanguins et rectaux. Le réservoir s'établit dès le premier mois de l'infection par diffusion d'un cluster viral homogène au sein des lymphocytaires T CD4 naïfs (TN) et mémoires centrales (TCM), transitionnelles (TTM), effectrices (TEM) quiescents. Il en résulte une perturbation de l'homéostasie lymphocytaire associée à une faible contribution au réservoir des cellules peu différenciées à longue demi-vie, TN et TCM. Par ailleurs nous montrons que la majorité des patients au moment de leur primo-infection n'ont pas la capacité de développer des réponses T CD8 à même de supprimer la réplication virale comme chez les patients HIV Controllers. Après deux ans de traitement, nous observons que la diversité virale n'a pas évolué, par contre la taille du réservoir est fortement réduite. Les anomalies de l'homéostasie lymphocytaire T CD4 persistent, par contre le traitement très précoce a permis de protéger les TN et TCM. Il n'y a pas de bénéfice additionnel d'une pentathérapie mais nous avons validé le concept qu'un traitement précoce permet d'induire un contrôle virologique au long cours après arrêt de traitement. Nos résultats indiquent qu'un traitement plus long que deux ans permettrait de renforcer la diminution du réservoir. Ces résultats seront à prendre en compte pour l'élaboration de futurs essais en primo-infection visant à réduire le réservoir pour une rémission au long cours.

La primo-infection est un moment critique de l’établissement du réservoir justifiant de l’initiation d’un traitement précoce. Nous avons initié un essai randomisé évaluant l’impact de deux ans d’un traitement antirétroviral intense (essai ANRS147 OPTIPRIM, trithérapie versus pentathérapie) sur le réservoir et avons initié des études physiopathologiques au cours de cet essai. Nous montrons ainsi la faible diversité génétique des virus en primo-infection dans les compartiments sanguins et rectaux. Le réservoir s’établit dès le premier mois de l’infection par diffusion d’un cluster viral homogène au sein des lymphocytaires T CD4 naïfs (TN) et mémoires centrales (TCM), transitionnelles (TTM), effectrices (TEM) quiescents. Il en résulte une perturbation de l’homéostasie lymphocytaire associée à une faible contribution au réservoir des cellules peu différenciées à longue demi-vie, TN et TCM. Par ailleurs nous montrons que la majorité des patients au moment de leur primo-infection n’ont pas la capacité de développer des réponses T CD8 à même de supprimer la réplication virale comme chez les patients HIV Controllers. Après deux ans de traitement, nous observons que la diversité virale n’a pas évolué, par contre la taille du réservoir est fortement réduite. Les anomalies de l’homéostasie lymphocytaire T CD4 persistent, par contre le traitement très précoce a permis de protéger les TN et TCM. Il n’y a pas de bénéfice additionnel d’une pentathérapie mais nous avons validé le concept qu’un traitement précoce permet d’induire un contrôle virologique au long cours après arrêt de traitement. Nos résultats indiquent qu’un traitement plus long que deux ans permettrait de renforcer la diminution du réservoir. Ces résultats seront à prendre en compte pour l’élaboration de futurs essais en primo-infection visant à réduire le réservoir pour une rémission au long cours. / HIV primary infection is a critical period in the establishment of the reservoirs that justifies the initiation of an early treatment. We started a randomised trial to assess the impact of a two-year intense HAART (ANRS147 OPTIPRIM trial: five-drug therapy versus. three-drug therapy) on the blood reservoir; within this this trial, we included some pathophysiological studies. Thus, we show that during the primary infection, viruses have a low genetic diversity in blood and rectal compartments. The reservoir establishes itself as early as the first month of the infection by spreading a homogeneous viral cluster in CD4 T cells subsets, naive T cells (TN), central memories (TCM), transitional memories (TTM), effector memories (TEM), and resting T cells. This results in a disruption of the lymphocyte homeostasis, linked to the low contribution to the reservoir of TN and TCM, which are little differentiated cells with long half-lives. Moreover, we show that, at the time of the primary infection, the majority of patients do not have the ability to develop CD8 T cells responses that could suppress the viral replication, as HIV Controllers patients do. After two years of treatment, we observe that there is no evolution of the viral diversity, but the size of the reservoir is significantly reduced. The abnormalities of the CD4 T cells lymphocyte homeostasis remain, but the very early treatment was able to protect the TN and TCM. The five-drug therapy does not have any additional benefit, but we confirm the idea that early treatment can induce long-term virological control after the discontinuation of the treatment. Our results show that a treatment lasting more than two years would be able to reinforce the reduction of the reservoir. These results should be taken into account in the development of future trials aiming to reduce the reservoir in patients treated at the time of primary infection for a sustainable remission.