Thesis (Ph. D.)--Northwestern University, 1980. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 579-588).

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Tropheryma whipplei est détectée avec une prévalence variable dans les selles et de salive. Pour déterminer les facteurs épidémiologiques qui peuvent influencer l'histoire naturelle de la bactérie, nous avons réalisé des études sur l'ensemble de la population de 2 villages au Sénégal (Dielmo et Ndiop), chez les personnes sans domicile fixe (SDF) et dans les familles en France. Dans ces différentes populations, la prévalence du portage de T. whipplei dans les selles était respectivement de 31.2% (139/446), 12,9% (21/162) et 37,5% (24/64). En ce qui concerne les résultats des études phylogénétiques, nous avons identifié au Sénégal 22 génotypes, dont 16 étaient nouveaux. Un seul génotype (53) était commun aux deux villages. Parmi les génotypes spécifiques, l'un (n ° 52) était épidémie à Dielmo (15/28, 53,4%, p <10-3) et l'autre (n ° 49) à Ndiop (27,6%, p = 0,002). Deux génotypes, le génotype 3 et le génotype 85, circulent plus fréquemment chez les SDF par rapport à d'autres groupes personnes positives pour T. whipplei. Au Sénégal, la séroprévalence était estimée à 72,8% (291/400). Dans les familles, la séroprévalence était plus élevée chez les membres (23/30, 77%) par rapport à la population générale (143/300, 48%). Nos résultats montrent que T. whipplei est une bactérie fréquente et contagieuse qui est contractée très tôt dans l'enfance. La mise en évidence de génotypes épidémiques associée à l'absence de la bactérie dans des échantillons d'eau, chez les arthropodes vecteurs; la très faible présence (<1%) dans les selles des animaux domestiques et dans les écouvillons de poussière suggèrent une transmission interhumaine du T whipplei. / Tropheryma whipplei is detected with variable prevalence in stool and saliva. To investigate the epidemiological factors which influences the natural history of the bacterium; we performed studies in entire population of 2 villages in Senegal (Dielmo and Ndiop) in homeless people and in family in Marseille-France. In these populations, the prevalence of T. whipplei in stool was respectively 31.2% (139/446), 12.9% (21/162) and 37.5% (24/64).Regarding findings from phylogenetic studies we identified in Senegal 22 genotypes, 16 of which were new. Only one genotype (#53) was common to both villages. Among the specific genotypes, one (#52) was epidemic in Dielmo (15/28, 53.4%, p<10-3) and another (#49) in Ndiop (27.6%, p=0.002). Two genotypes, the genotype 3 and the genotype 85, circulate more frequently in the homeless people compared to other people positive for T. whipplei and are epidemic. The same circulating genotype was significantly more common in families compared to other people. In Senegal, the seroprevalence was estimated at 72.8% (291/400). In family study, the seroprevalence was higher in the relatives (23/30, 77%) compared to the general population (143/300, 48%). Our findings show that T. whipplei is a common and contagious bacterium that is contracted early in childhood. Epidemic genotypes associated with absence of the bacterium in water samples, arthropods vector; almost no presence (< 1%) in domestic animals and dust suggest a human transmission of T whipplei.

Choledochal cysts (CCs) are rare, congenital cystic dilations of the hepatobiliary tree that require surgical resection to avoid complications such as increased risk of malignancy. A 25‑week gestational age male infant developed acholic stools, elevated alkaline phosphatase, and ultrasound findings consistent with CC Todani Type IVA. Surgery was deferred due to the patient’s low weight. The patient’s symptoms and radiographic findings subsequently resolved spontaneously. CCs have not been previously reported in extremely preterm infants. There are rare reported cases of spontaneously resolving hepatic cysts, all containing key differences from our patient. In patients in whom immediate surgery is not feasible, conservative management with close follow‑up and serial ultrasound examinations would appear to be a reasonable course of action.

Discussions of Asante stools in Western literature and museum records have focused exclusively on their association with male chiefs. My research, which combines archival and oral histories, and sets the existing literature and documentation on stools in comparative perspective, reframes existing thinking by asserting that asese dwa (sing. sese dwa), or conventional Asante stools, are intimately connected with women, and especially, queen mothers. Although the stool today is known widely as a symbol of male chieftaincy, chiefs do not sit on them in public. They use them only in very specific private spheres. It is queen mothers who sit on stools publically as seats of authority. The physical form of the stool, especially the mmaa dwa or "woman's stool" is a powerful symbol of female fecundity and the propagation of the Asante peoples. By exploring queen mother’s archives of stools and their dynamic uses of them, I present a more expansive history of these important cultural objects that challenges the taxonomies established by R. S. Rattray (1927) and others during the twentieth century. Contrary to the clearly defined hierarchies of symbolism, materials and structure that have informed assessments of historical stools in the West, Asante queen mothers have commissioned and used stools in an ongoing and context-dependent process of negotiation for at least a century. In this dissertation I explore the history of Asante stools since the late-nineteenth century through the lens of queen mothers’ perspectives. / History of Art and Architecture

Les bactéries Planctomycetes sont des bactéries qui ne possèdent pas de peptidoglycane dans leur paroi cellulaire, se reproduisent par bourgeonnement et présentent une compartimentalisation intracellulaire. Malgré quelques études rapportant la présence d'ADN de bactéries Planctomycetes au sein des microbiomes cutanées et intestinaux, les relations existantes entre l'Homme et ces bactéries n'étaient pas encore spécifiquement explorées. L'objectif de cette étude était donc d'explorer cette relation par la détection et l'isolement de bactéries Planctomycetes chez l'Homme. De nouveaux outils basés sur le gène de l'ARNr 16S ont été spécifiquement développés pour la détection des Planctomycetes. Ils ont permis de montrer que l'ADN des bactéries Planctomycetes était présent au sein du microbiome intestinal humain avec une prévalence variant de 0,4 à 1,8%. De plus, une importante diversité a été observée au sein des microbiomes avec une majorité d'organismes proche du genre Gemmata. Ces mêmes outils ont été utilisés lors de dépistage de sérum de patient aplasique fébrile. Sur 100 sérums de patients testés, deux sérums ont donné des résultats positifs. Une entité clinique a pu être identifiée incluant leucémie aigüe myéloïde, fièvre, éruptions cutanées, diarrhées, pneumonies micronodulaires et colites neutropéniques. De nouveaux outils ont également été testés et développés pour faciliter l'isolement et l'identification des bactéries Planctomycetes. La possibilité d'isoler par coculture avec les amibes a été ainsi évaluée. Ces tests ont cependant montré leur inefficacité. En effet, les cinq espèces de Planctomycetes testées ont été phagocytées et lysées après 17h d'incubation. / Planctomycetes are peptidoglycan-less bacteria with budding reproduction and intracellular compartmentation. Despite some study reporting Planctomycetes DNA presence in intestinal and cutaneous microbiome, relationship between Human and these bacteria were not specifically explored. The objective of this study was therefore to explore this relationship by detection and isolation of Planctomycetes bacteria in Human. New 16S rRNA gene-based tools were specifically developed for the Planctomycetes detection. They showed that Planctomycetes DNA was present in the Human intestinal microbiome with 0.4 to 1.8% prevalence. Moreover, an important diversity was observed in microbiomes with a majority of organisms closed to the Gemmata genus. Same tools were used during a febrile aplasic patients' blood screening and 2% (2/100) samples were positive. A clinic entity was identified including acute myeloid leukemia, fever, rash, diarrhea, micronodular pneumonia and neutropenic colitis. New tools were also developed to facilitate the isolation and identification of Planctomycetes. The possibility to isolate by coculture with amoeba was evaluated. These tests showed the inefficiency of this method. Indeed, the five Planctomycetes species tested where phagocyted and lysed after 17H of incubation. Antibiotic sensibility profile was also determined. Planctomycetes bacteria showed an important antibiotic resistance, offering interesting selection tools. Due to expensive, laborious and time consuming characteristic of 16S rRNA gene-based identification, a new tool was developed.

Le mycobiome digestif comprend l’ensemble des espèces de champignons contenu dans le tube digestif. Au cours de cette thèse, nous avons réalisé dans un premier temps une revue de la littérature sur le mycobiome digestif afin d’établir le répertoire des espèces de champignons décrites dans le tube digestif et leur implication dans les infections digestives et systémiques. Puis dans un second temps, notre travail expérimental a combiné l’approche culture et l’approche moléculaire basée sur le séquençage des clones pour explorer la diversité du mycobiome digestif. Nous avons répertorié une variété d’amorces PCR dans la littérature ciblant le gène 18S rRNA et ITS rRNA. En appliquant ces outils moléculaires et la culture à l’analyse d’une selle chez un sujet obèse nous avons détecté 16 espèces de champignons dont 11 espèces sont associées à l’alimentation avec 8 espèces de champignons observées pour la première fois dans les selles.Ensuite, la même approche appliquée à une selle collectée chez un sujet anorexique a permis de détecter 8 espèces de champignons dont 5 espèces associées au régime alimentaire du sujet et 3 espèces retrouvées pour la première fois dans les selles humaines.Dans un dernier temps en utilisant la même méthodologie, nous nous sommes intéressés à la diversité du mycobiome en fonction de l’origine géographique des sujets. Pour cela, nous avons exploré la communauté du mycobiome dans les selles provenant des quatre continents Afrique, Asie, Amérique et l’Europe. Dans ce travail, nous avons détecté 40 espèces de champignons provenant de l’environnement dont certains pathogènes opportunistes. / The human gut mycobiome, comprising of all fungal species detected in the gut. The Human Microbiome Project and the Metagenomics of the Human intestinal tract projects has led to new interest in the study of the human gut mycobiome. Recently, culture-independent approaches including PCR-based molecular clone libraries sequencing and high-throughput sequencing allowed to explore the diversity of gut mycobiota. In this thesis, firstly, we reviewed fungal species described in the human gut and their implication in systemic infections. We reported from literature fungal species described in healthy individuals compared to repertoire described in diseased individuals.Secondly, in our experimental work we used molecular and culture approaches to explore gut mycobiota diversity related to host physiology. We selected various set of PCR primers from literature targeting 18S rRNA gene and ITS rRNA gene. Combining molecular and culture tools in stool specimen from an obese individual we detected 16 fungal species, 11 were linked to food and 8 species were found for first in the human stools. Using the same approaches in an anorexic individual stool we identified 8 fungal species, five were associated to subjected diet collected and three fungal species were observed for the first time in the human stools. From these two studies, we observed that the gut mycobiome diversity is part associated to diet.Using the same methodology, we to explored gut mycobiota diversity according to different geographical locations. For this, fungal diversity was screened in stools samples from four continents Africa, America, Asia and Europe.