Darbo tikslas - nustatyti pagrindines 2004-2006 m. ES struktūrinės paramos administravimo klaidas ir jų priežastis, ir, išanalizavus 2007-2013 m. ES struktūrinės paramos administravimo sistemą įvertinti, ar naujoji paramos administravimo sistema leis išvengti ankstesnio paramos periodo klaidų. Tiriant nustatytos pagrindinės 2004-2006 m. ES struktūrinės paramos administravimo klaidos ir įvardintos jų priežastys, išskirtos pagrindinės 2004-2006 m. paramos administravimo sistemos probleminės sritys. Išanalizuota 2007-2013 m. ES struktūrinės paramos administravimo sistema (apžvelgiant institucinio valdymo modelio, paramos administravimo procedūrų tinkamumą ir jas reglamentuojančių teisės aktų kokybę), ji palyginta su 2004-2006 m. paramos administravimo sistema. Lyginant didžiausias dėmesys skirtas 2004-2006 m. paramos administravimo sistemoje užfiksuotoms probleminėms sritims. Vertinant, ar naujojoje paramos administravimo sistemoje išvengta ankstesnio paramos periodo klaidų konstatuota, jog 2007-2013 m. paramos administravimo sistema efektyvesnė – stebima institucinio valdymo modelio dalinė decentralizacija, nustatytos efektyvesnės paramos administravimo procedūros ir patobulinti teisės aktai. Atsižvelgiant į neišspręstas problemas, pateiktos bendrosios rekomendacijos 2007-2013 m. paramos administravimo sistemai tobulinti, jos efektyvumui gerinti. / The objective of the thesis is to identify main problems of EU structural assistance system for 2004-2006 in Lithuania and to assess whether the new structural assistance system for 2007-2013 will allow to avoid problems and will be more efficient in terms of EU funds management system (institutional management structure: integrated/differenciated, centralized/decentralized ), structural assistance procedures, and quality of legal acts.