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Estudos cromossômicos e moleculares em Rhamdia (Pisces, Siluriformes, Heptapteridae): análise de relações evolutivas / Cromossomic and molecular studies in Rhamdia (Pisces, Siluriformes, Heptapteridae): a relationship overviewGarcia, Caroline 15 September 2009 (has links)
O gênero Rhamdia, popularmente conhecido como jundiá, pertence à família Heptapteridae, uma das maiores radiações de bagres neotropicais de água doce. Estes peixes de médio porte e hábitos oportunistas e noturnos são encontrados em pequenos rios e córregos. No passado, Rhamdia foi considerado um dos gêneros mais especiosos dentro de Siluriformes, contando com cerca de 100 espécies descritas. Entretanto, após uma revisão taxonômica recente o número de espécies desse gênero foi reduzido a 12. Dados genéticos, de natureza cromossômica e molecular, caracterizam o gênero Rhamdia como um grupo que apresenta grande diversidade, sugerindo a existência de complexos de espécies, principalmente para a espécie R. quelen, a única estudada do ponto de vista citogenético até o momento. No presente trabalho, foram utilizadas diferentes metodologias com o intuito de caracterizar cromossomicamente populações de diferentes espécies de Rhamdia, bem como estabelecer as relações evolutivas entre elas, contribuindo para o reconhecimento de padrões e processos evolutivos envolvidos em sua diferenciação. Foram analisados exemplares de R. enfurnada, R. itacaiunas, R. laukidi e R. quelen, provenientes das principais bacias hidrográficas da América do Sul, sendo somadas as análises sequências de genes mitocondriais de R. cinerascens, R. guatemalensis e R. laticauda provenientes do GenBank, totalizando sete das 12 espécies reconhecidas para o gênero. A análise de cinco regiões do genoma mitocondrial identificou a existência de 15 grupos bem definidos e com altos valores de suporte para o que hoje é reconhecido como R. quelen, confirmando a existência de um complexo de espécies. A divisão das espécies de Rhamdia em um grupo Cis-Andino e um grupo Trans-Andino, proposta anteriormente, também foi recuperada, embora o gênero não tenha sido confirmado como monofilético. Os dados citogenéticos permitiram o estabelecimento de tendências de evolução cromossômica dentro do grupo e a sugestão de um possível mecanismo de origem e diferenciação dos cromossomos supranumerários. O presente trabalho reforça a importância da utilização de diferentes abordagens na realização de estudos taxonômicos e evolutivos, sugerindo uma nova revisão do gênero Rhamdia que leve em consideração os dados genéticos obtidos. / The genus Rhamdia, popularly known as jundia, belongs to the family Heptapteridae, one of the greatest radiations within neotropical freshwater catfish. This group of middle-sized fish of opportunistic behavior is found in small rivers and streams. In the past, Rhamdia was considered one of the most specious genera of Siluriformes, comprising about 100 described species. However, after a recent taxonomic review, the number of species within this genus was reduced to 12. Genetic data, whether chromosomal or molecular, have characterized the genus Rhamdia as a high diverse group, suggesting the existence of species complexes, mainly in R. quelen, the only species where cytogenetic data are available so far. In the present work, different methodologies were used in order to characterize cytogenetically populations of distinct species of Rhamdia, as well as their evolutionary relationships, thus contributing to the recognition of evolutionary patterns and processes involved in their differentiation. Specimens of R. enfurnada, R. itacaiunas, R. laukidi and R. quelen, from the main South-American hydrographic basins were analyzed, coupled with sequence analyses of the mitochondrial genes of R. cinerascens, R. guatemalensis and R. laticauda, available in the GenBank, thereby comprising seven of the 12 valid species in the genus. The analysis of five regions of mitochondrial genome identified 15 well-defined groups with high bootstrap values within the so-called R. quelen, confirming the occurrence of a species complex. The division of Rhamdia species into a Cis-Andean group and a Trans- Andean group, as previously proposed, was also revalidated, although the genus seems not to be monophyletic. The cytogenetic data allowed establishing trends of chromosomal evolution within the group and a hypothesis for the origin and differentiation of supernumerary chromosomes could be drawn. The present work reinforces the importance of distinct approaches in taxonomic and evolutionary studies, suggesting a new revision within the genus Rhamdia that takes the present genetic data into account.
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Estudos cromossômicos e moleculares em Rhamdia (Pisces, Siluriformes, Heptapteridae): análise de relações evolutivas / Cromossomic and molecular studies in Rhamdia (Pisces, Siluriformes, Heptapteridae): a relationship overviewCaroline Garcia 15 September 2009 (has links)
O gênero Rhamdia, popularmente conhecido como jundiá, pertence à família Heptapteridae, uma das maiores radiações de bagres neotropicais de água doce. Estes peixes de médio porte e hábitos oportunistas e noturnos são encontrados em pequenos rios e córregos. No passado, Rhamdia foi considerado um dos gêneros mais especiosos dentro de Siluriformes, contando com cerca de 100 espécies descritas. Entretanto, após uma revisão taxonômica recente o número de espécies desse gênero foi reduzido a 12. Dados genéticos, de natureza cromossômica e molecular, caracterizam o gênero Rhamdia como um grupo que apresenta grande diversidade, sugerindo a existência de complexos de espécies, principalmente para a espécie R. quelen, a única estudada do ponto de vista citogenético até o momento. No presente trabalho, foram utilizadas diferentes metodologias com o intuito de caracterizar cromossomicamente populações de diferentes espécies de Rhamdia, bem como estabelecer as relações evolutivas entre elas, contribuindo para o reconhecimento de padrões e processos evolutivos envolvidos em sua diferenciação. Foram analisados exemplares de R. enfurnada, R. itacaiunas, R. laukidi e R. quelen, provenientes das principais bacias hidrográficas da América do Sul, sendo somadas as análises sequências de genes mitocondriais de R. cinerascens, R. guatemalensis e R. laticauda provenientes do GenBank, totalizando sete das 12 espécies reconhecidas para o gênero. A análise de cinco regiões do genoma mitocondrial identificou a existência de 15 grupos bem definidos e com altos valores de suporte para o que hoje é reconhecido como R. quelen, confirmando a existência de um complexo de espécies. A divisão das espécies de Rhamdia em um grupo Cis-Andino e um grupo Trans-Andino, proposta anteriormente, também foi recuperada, embora o gênero não tenha sido confirmado como monofilético. Os dados citogenéticos permitiram o estabelecimento de tendências de evolução cromossômica dentro do grupo e a sugestão de um possível mecanismo de origem e diferenciação dos cromossomos supranumerários. O presente trabalho reforça a importância da utilização de diferentes abordagens na realização de estudos taxonômicos e evolutivos, sugerindo uma nova revisão do gênero Rhamdia que leve em consideração os dados genéticos obtidos. / The genus Rhamdia, popularly known as jundia, belongs to the family Heptapteridae, one of the greatest radiations within neotropical freshwater catfish. This group of middle-sized fish of opportunistic behavior is found in small rivers and streams. In the past, Rhamdia was considered one of the most specious genera of Siluriformes, comprising about 100 described species. However, after a recent taxonomic review, the number of species within this genus was reduced to 12. Genetic data, whether chromosomal or molecular, have characterized the genus Rhamdia as a high diverse group, suggesting the existence of species complexes, mainly in R. quelen, the only species where cytogenetic data are available so far. In the present work, different methodologies were used in order to characterize cytogenetically populations of distinct species of Rhamdia, as well as their evolutionary relationships, thus contributing to the recognition of evolutionary patterns and processes involved in their differentiation. Specimens of R. enfurnada, R. itacaiunas, R. laukidi and R. quelen, from the main South-American hydrographic basins were analyzed, coupled with sequence analyses of the mitochondrial genes of R. cinerascens, R. guatemalensis and R. laticauda, available in the GenBank, thereby comprising seven of the 12 valid species in the genus. The analysis of five regions of mitochondrial genome identified 15 well-defined groups with high bootstrap values within the so-called R. quelen, confirming the occurrence of a species complex. The division of Rhamdia species into a Cis-Andean group and a Trans- Andean group, as previously proposed, was also revalidated, although the genus seems not to be monophyletic. The cytogenetic data allowed establishing trends of chromosomal evolution within the group and a hypothesis for the origin and differentiation of supernumerary chromosomes could be drawn. The present work reinforces the importance of distinct approaches in taxonomic and evolutionary studies, suggesting a new revision within the genus Rhamdia that takes the present genetic data into account.
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Cromossomos B no gênero Partamona (Hymenoptera: Apidae: Meliponini) : ocorrência, transmissão e origemMachado, Diana de Paula 26 February 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Partamona (Schwarz, 1939) is a stingless bee genus which has as an interesting trait, the presence of B chromosomes in some species. These chromosomes were identified in six closely related species so far, all included in the cupira group, except P. helleri, which has an uncertain position in Partamona phylogeny, but it is possibly related to this group. We analyzed 894 colonies from 128 locations of thirteen species, using a SCAR marker specific for Partamona B chromosomes. The results enabled an increase in knowledge about species number with supernumerary chromosomes in this genus, including species from the pearsoni clade. The high number of colonies analyzed allowed to set the B chromosomes frequency on carrier species. A significant positive correlation between latitude and B chromosomes frequency was found in P. helleri, with higher frequency in north decreasing towards the
south of the species distribution. The B chromosome transmission rate was estimated for three
species that showed the highest frequencies of these chromosomes (P. helleri, P. cupira and P. rustica). The result was as expected for a regular meiotic behavior, which queens with one supernumerary chromosome have 50% chance to transfer the B chromosome to the offspring, suggesting an absence drive in these species. The Sequences obtained using SCAR primers had high quality and were different from those previously reported in another studies, showing no undefined sites, indicating greater effectiveness for sequencing using the internal primers designed in our laboratory. The comparison between obtained sequences revealed a high similarity between species, with only two haplotypes and no intraspecific differences, suggesting a single origin for Partamona B chromosomes. The sequence obtained for P. helleri was different from that obtained for the cupira clade species, suggesting that P. helleri did not transmit the B chromosomes to the other species, as previously suggested. The high frequency in some species and the presence in the pearsoni clade suggest a more complex 4 evolutionary history and an older origin than previously thought for Partamona B
chromosomes. / Partamona (Schwarz, 1939) é um gênero de abelhas sem ferrão que apresenta como interessante característica a presença de cromossomos B em algumas espécies. Até o momento, esses cromossomos haviam sido identificados em seis espécies intimamente relacionadas, todas incluídas no clado cupira, e P. helleri, de posição incerta na filogenia de Partamona, mas possivelmente relacionada a este clado. A análise de 894 colônias provenientes de 128 localidades de 13 espécies do gênero, utilizando um marcador SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) específico para os cromossomos B de
Partamona, permitiu ampliar o conhecimento do número de espécies do gênero portadoras destes cromossomos, incluindo espécies do clado pearsoni. A partir dos resultados desta análise foi possível também, definir a frequência dos cromossomos B nas espécies portadoras. Em P. helleri foi encontrada uma correlação positiva significativa entre latitude e frequência
de cromossomos B, com maior frequência no norte e diminuição em direção ao sul da distribuição da espécie. A taxa de transmissão de cromossomos B foi estimada para as três espécies em que estes cromossomos foram mais frequentes (P. helleri, P. cupira e P. rustica). O resultado foi consistente com o esperado para um comportamento meiótico regular na
transmissão dos cromossomos B da rainha para a prole, sugerindo que nessas espécies não ocorra um desvio meiótico que favoreça a transmissão. As sequências obtidas com os primers SCAR apresentaram alta qualidade e foram diferentes das sequências reportadas na literatura, não apresentando sítios indefinidos, apontando para uma maior acurácia de sequenciamento com o uso dos primers internos desenhados em nosso laboratório. A comparação entre as sequências revelou uma alta similaridade entre espécies, com apenas dois haplótipos e ausência de diferenças intraespecíficas, sugerindo uma origem única para os cromossomos B de Partamona. A sequência obtida para P. helleri foi diferente da sequência obtida para as 2 outras espécies do clado cupira, sugerindo que essa espécie não transmitiu os cromossomos B
para as outras espécies do grupo, como previamente sugerido. A alta frequência de cromossomos B em algumas espécies do gênero e a presença de cromossomos B em espécies do clado pearsoni sugere uma história evolutiva mais complexa e uma origem mais antiga do que se presumia anteriormente para os cromossomos B de Partamona.
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