Zugl.: Jena, Univ., Diss., 2008

Techn. University, Diss., 2002--Berlin.

Techn. University, Diss., 2004--Berlin.

Techn. University, Diss., 2004--Berlin.

Techn. University, Diss., 2005--Darmstadt.

Univ., Diss., 2005--Frankfurt (Main)

There was an increase in a number of applications for a master degree program with the growth in time. It takes huge time to process all the application documents of each and every applicant manually and requires a high volume of the workforce. This can be reduced if automation is used for this process. In any case, before that, an analysis of the complete strides required in preparing was precisely the automation must be utilized to diminish the time and workforces must be finished. The application process for the applicant is actually participating in several steps. First, the applicant sends the complete scanned documents to the uni-assist; from there the applications are received by the student assistant team at the particular university to which the applicant had applied, and then they are sent to the individual departments. At the individual sections, the individual applications will be handled by leading an intensive study to know whether the applicant by their past capabilities scopes to satisfy the prerequisites of further study system to which they have applied. What's more, by considering the required points of interest of the applicant without investigating every single report, and to pack the information and diminish the preparing time for the specific division, by this postulation extend a solitary web apparatus is being produced that can procedure the application which is much dependable in the basic leadership procedure of application.

Zugl.: Dresden, Techn. Univ., Diss., 2009

Land use transition in dryland ecosystems is one of the major driving forces to landscape change that directly impacts the welfare of humans. In this study, the support vector machine (SVM) classification algorithm and cross tabulation matrix analysis are used to identify systematic and random processes of change. The magnitude and prevailing signals of land use transitions are assessed taking into account net change and swap change. Moreover, spatiotemporal patterns and the relationship of precipitation and the Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) are explored to evaluate landscape degradation. The assessment showed that 44% of net change and about 54% of total change occurred during the study period, with the latter being due to swap change. The conversion of over 39% of woodland to cropland accounts for the existence of the highest loss of valuable ecosystem of the region. The spatial relationship of NDVI and precipitation also showed R2 of below 0.5 over 55% of the landscape with no significant changes in the precipitation trend, thus representing an indicative symptom of land degradation. This in-depth analysis of random and systematic landscape change is crucial for designing policy intervention to halt woodland degradation in this fragile environment.

The genome can be considered the blueprint for an organism. Composed of DNA, it harbours all organism-specific instructions for the synthesis of all structural components and their associated functions. The role of carriers of actual molecular structure and functions was believed to be exclusively assumed by proteins encoded in particular segments of the genome, the genes. In the process of converting the information stored genes into functional proteins, RNA – a third major molecule class – was discovered early on to act a messenger by copying the genomic information and relaying it to the protein-synthesizing machinery. Furthermore, RNA molecules were identified to assist in the assembly of amino acids into native proteins. For a long time, these - rather passive - roles were thought to be the sole purpose of RNA. However, in recent years, new discoveries have led to a radical revision of this view. First, RNA molecules with catalytic functions - thought to be the exclusive domain of proteins - were discovered. Then, scientists realized that much more of the genomic sequence is transcribed into RNA molecules than there are proteins in cells begging the question what the function of all these molecules are. Furthermore, very short and altogether new types of RNA molecules seemingly playing a critical role in orchestrating cellular processes were discovered. Thus, RNA has become a central research topic in molecular biology, even to the extent that some researcher dub cells as “RNA machines”. This thesis aims to contribute towards our understanding of RNA-related phenomena by applying Bioinformatics means. First, we performed a genome-wide screen to identify sites at which the chemical composition of DNA (the genotype) critically influences phenotypic traits (the phenotype) of the model plant Arabidopsis thaliana. Whole genome hybridisation arrays were used and an informatics strategy developed, to identify polymorphic sites from hybridisation to genomic DNA. Following this approach, not only were genotype-phenotype associations discovered across the entire Arabidopsis genome, but also regions not currently known to encode proteins, thus representing candidate sites for novel RNA functional molecules. By statistically associating them with phenotypic traits, clues as to their particular functions were obtained. Furthermore, these candidate regions were subjected to a novel RNA-function classification prediction method developed as part of this thesis. While determining the chemical structure (the sequence) of candidate RNA molecules is relatively straightforward, the elucidation of its structure-function relationship is much more challenging. Towards this end, we devised and implemented a novel algorithmic approach to predict the structural and, thereby, functional class of RNA molecules. In this algorithm, the concept of treating RNA molecule structures as graphs was introduced. We demonstrate that this abstraction of the actual structure leads to meaningful results that may greatly assist in the characterization of novel RNA molecules. Furthermore, by using graph-theoretic properties as descriptors of structure, we indentified particular structural features of RNA molecules that may determine their function, thus providing new insights into the structure-function relationships of RNA. The method (termed Grapple) has been made available to the scientific community as a web-based service. RNA has taken centre stage in molecular biology research and novel discoveries can be expected to further solidify the central role of RNA in the origin and support of life on earth. As illustrated by this thesis, Bioinformatics methods will continue to play an essential role in these discoveries. / Das Genom eines Organismus enthält alle Informationen für die Synthese aller strukturellen Komponenten und deren jeweiligen Funktionen. Lange Zeit wurde angenommen, dass Proteine, die auf definierten Abschnitten auf dem Genom – den Genen – kodiert werden, die alleinigen Träger der molekularen - und vor allem katalytischen - Funktionen sind. Im Prozess der Umsetzung der genetischen Information von Genen in die Funktion von Proteinen wurden RNA Moleküle als weitere zentrale Molekülklasse identifiziert. Sie fungieren dabei als Botenmoleküle (mRNA) und unterstützen als Trägermoleküle (in Form von tRNA) die Zusammenfügung der einzelnen Aminosäurebausteine zu nativen Proteine. Diese eher passiven Funktionen wurden lange als die einzigen Funktionen von RNA Molekülen angenommen. Jedoch führten neue Entdeckungen zu einer radikalen Neubewertung der Rolle von RNA. So wurden RNA-Moleküle mit katalytischen Eigenschaften entdeckt, sogenannte Ribozyme. Weiterhin wurde festgestellt, dass über proteinkodierende Abschnitte hinaus, weit mehr genomische Sequenzbereiche abgelesen und in RNA Moleküle transkribiert werden als angenommen. Darüber hinaus wurden sehr kleine und neuartige RNA Moleküle identifiziert, die entscheidend bei der Koordinierung der Genexpression beteiligt sind. Diese Entdeckungen rückten RNA als Molekülklasse in den Mittelpunkt moderner molekularbiologischen Forschung und führten zu einer Neubewertung ihrer funktionellen Rolle. Die vorliegende Promotionsarbeit versucht mit Hilfe bioinformatorischer Methoden einen Beitrag zum Verständnis RNA-bezogener Phänomene zu leisten. Zunächst wurde eine genomweite Suche nach Abschnitten im Genom der Modellpflanze Arabidopsis thaliana vorgenommen, deren veränderte chemische Struktur (dem Genotyp) die Ausprägung ausgewählter Merkmale (dem Phänotyp) entscheidend beeinflusst. Dabei wurden sogenannte Ganz-Genom Hybridisierungschips eingesetzt und eine bioinformatische Strategie entwickelt, Veränderungen der chemischen Struktur (Polymorphismen) anhand der veränderten Bindung von genomischer DNA aus verschiedenen Arabidopsis Kultivaren an definierte Proben auf dem Chip zu detektieren. In dieser Suche wurden nicht nur systematisch Genotyp-Phänotyp Assoziationen entdeckt, sondern dabei auch Bereiche identifiziert, die bisher nicht als proteinkodierende Abschnitte annotiert sind, aber dennoch die Ausprägung eines konkreten Merkmals zu bestimmen scheinen. Diese Bereiche wurden desweiteren auf mögliche neue RNA Moleküle untersucht, die in diesen Abschnitten kodiert sein könnten. Hierbei wurde ein neuer Algorithmus eingesetzt, der ebenfalls als Teil der vorliegenden Arbeit entwickelt wurde. Während es zum Standardrepertoire der Molekularbiologen gehört, die chemische Struktur (die Sequenz) eines RNA Moleküls zu bestimmen, ist die Aufklärung sowohl der Struktur als auch der konkreten Funktion des Moleküls weitaus schwieriger. Zu diesem Zweck wurde in dieser Arbeit ein neuer algorithmischer Ansatz entwickelt, der mittels Computermethoden eine Zuordnung von RNA Molekülen zu bestimmten Funktionsklassen gestattet. Hierbei wurde das Konzept der Beschreibung von RNA-Sekundärstrukturen als Graphen genutzt. Es konnte gezeigt werden, dass diese Abstraktion von der konkreten Struktur zu nützlichen Aussagen zur Funktion führt. Des weiteren konnte demonstriert werden, dass graphen-theoretisch abgeleitete Merkmale von RNA-Molekülen einen neuen Zugang zum Verständnis der Struktur-Funktionsbeziehungen ermöglichen. Die entwickelte Methode (Grapple) wurde als web-basierte Anwendung der wissenschaftlichen Welt zur Verfügung gestellt. RNA hat sich als ein zentraler Forschungsgegenstand der Molekularbiologie etabliert und neue Entdeckungen können erwartet werden, die die zentrale Rolle von RNA bei der Entstehung und Aufrechterhaltung des Lebens auf der Erde weiter untermauern. Bioinformatische Methoden werden dabei weiterhin eine essentielle Rolle spielen.