Le metabarcoding, un domaine alliant les technologies de séquençage à haut débit et l’identification d’organismes biologiques via l’ADN, a permis d’ouvrir les portes à un grand nombre de nouveaux projets scientifiques. Il existe une multitude de programmes capables d’effectuer les analyses, mais ces programmes ne sont souvent pas adaptés pour des projets particuliers comme la détection de pathogènes. ADAPTI a été développé afin de répondre à ce manque. ADAPTI est une méthodologie complète d’analyse adaptée pour la détection de pathogènes, mais capable de s’adapter à différents contextes de recherche grâce à son développement flexible et extensible. Toute la méthodologie a été mise à l’épreuve afin d’évaluer sa capacité, tant au niveau de l’efficacité en temps, mémoire vive et en espace disque, qu’au niveau de la validité et l’exactitude des résultats. Il a été démontré qu’ADAPTI est non seulement capable de fournir des résultats sur des jeux de données de grande taille, mais il le fait avec une grande sensibilité tout en conservant une efficacité multifilaire acceptable. ADAPTI a ensuite été comparé à des programmes open source en utilisant un jeu de données standardisé et il a été déterminé qu’il permet d’effectuer de meilleures analyses que les autres programmes testés. Il a été déterminé que la haute sensibilité fait la force d’ADAPTI, mais aussi l’une de ses faiblesses en permettant une plus grande quantité de séquences « bruits », lesquelles nécessitent des traitements supplémentaires. Certains programmes composant la suite d’ADAPTI nécessitent de l’optimisation au niveau de l’utilisation de la mémoire vive, ce qui est souvent un enjeu en bio-informatique. Il sera aussi nécessaire d’implémenter des capacités de calcul parallèle massif, car l’évolution rapide des technologies de séquençage rendra ADAPTI inefficace dans sa forme actuelle d’ici quelques années. Somme toute, ADAPTI est une méthodologie fonctionnelle capable de répondre à la demande en pathologie.

Le genre Eupelmus Dalman (Chalcidoidea: Eupelmidae: Eupelminae) comprend des ecto-parasitoïdes s'attaquant essentiellement aux stades larvaires et nymphaux de divers insectes holométaboles. Jusqu'à présent, la systématique du genre Eupelmus restait mal résolue compte tenu des données limitées et restreintes à la morphologie et de l'absence de révisions taxonomiques récentes, fiables et globales. Dans ce contexte, de nombreuses questions se posent concernant (i) la pertinence de la classification infra-générique actuelle du genre Eupelmus; (ii) la validité du statut taxonomique des certaines espèces décrites; (iii) la fiabilité des informations écologiques telles que la gamme d'hôtes et la distribution géographique et, donc, (iv) la compréhension des processus de spécialisation écologique et du rôle potentiel de certaines espèces d'Eupelmus comme auxiliaires de lutte biologique. Ce travail de thèse a donc eu pour objectif d'aborder l'ensemble de ces questions en utilisant, à des fins de phylogénie et de taxonomie, une approche intégrative combinant des données moléculaires (ADN mitochondrial et nucléaire) et morphologiques.Les résultats obtenus concernant les relations phylogénétiques infra-générique montrent que la structuration supposée du genre Eupelmus en trois sous-genres (Eupelmus, Episolindelia et Macroneura), ne peut pas être retenue et que ce genre se structurerait plutôt, à l'échelle géographique retenue, en une douzaine de groupes d'espèces. De plus, l'étude de la taxonomie de deux complexes (ensemble d'espèces morphologiquement proches), les complexes “urozonus” et “vesicularis”, met globalement en évidence une diversité insoupçonnée dans la zone Euro-méditerranéenne et plus d'une dizaine d'espèces ont été découvertes et décrites comme de nouvelles espèces à l'occasion de ces travaux. D'une façon générale, les caractères morphologiques, les marqueurs nucléaires et les marqueurs mitochondriaux se sont révélés relativement concordants sauf au sein du complexe vesicularis qui présente une divergence plus marquée au niveau d'ADN mitochondrial.Dans le cadre particulier du groupe urozonus, ce travail de thèse nous a également permis d'étudier l'évolution de la spécificité d'hôtes en lien avec une phylogénie moléculaire multi-locus relativement bien résolue et une estimation de la longueur d'ovipositeur, un caractère morphologique susceptible d'expliquer l'accès aux hôtes. D'une façon générale, les analyses comparatives révèlent que la spécificité d'hôtes n'est pas contrainte par la phylogénie. Nous observons ainsi des spectres d'hôtes très contrastés entre des espèces phylogénétiquement très proches. De même, la longueur d'ovipositeur, qui semble un caractère très labile à cette échelle, ne semble pas déterminer le spectre d'hôtes. L'ensemble des résultats obtenus ont finalement été utilisées de façon à mieux comprendre le rôle potentiel de certaines espèces d'Eupelmus sur des insectes ravageurs, la mouche de l'olive Bactrocera oleae et le cynips du châtaignier Dryocosmus kuriphilus. / The genus Eupelmus Dalman (Chalcidoidea: Eupelmidae: Eupelminae) includes ecto-parasitoids attacking mostly nymphal and larval stages of various holometabolous insects. So far, the systematics of the Eupelmus genus remained poorly resolved due to limited data restricted to morphological information and the absence of recent, reliable and comprehensive taxonomic revisions. In this context, many questions arise concerning (i) the relevance of the current sub-generic classification of the Eupelmus genus; (ii) the availability of the taxonomic status of some species described; (iii) the reliability of ecologic information such as the host range and the geographical distribution; and therefore, (iv) the understanding of the ecological specialization's processes and the potential role of certain species of Eupelmus as auxiliaries of biological control. This thesis work has therefore aimed to address all of these questions by using, for the purposes of phylogeny and taxonomy, an integrative approach combining molecular (nuclear and mitochondrial DNA) and morphological data.The results obtained concerning the sub-generic phylogenetic relationships show that the supposed structuration of Eupelmus genus into three subgenera (Eupelmus, Episolindelia and Macroneura), can not be retained and that this genus would be rather structured, at the retained geographical scale, in a dozen of species groups. In addition, the study of taxonomy of two complexes (sets of morphologically similar species), the complex “urozonus” and “vesicularis”, overall highlights unsuspected diversity in the Euro-Mediterranean area and more than ten species have been discovered and described as new species on the occasion of this work. Generally, the morphological characteristics, nuclear markers and mitochondrial markers have been relatively consistent except within the vesicularis complex which exhibits more marked divergence in the mitochondrial DNA.In the particular case of the urozonus species group, this thesis work has also allowed us to study the evolution of the host specificity in relation to a relatively well-resolved multi-locus molecular phylogeny and an estimate of the length of ovipositor, a morphological character that could explain the ability to parasitize protected hosts. In general, the comparative analyses show that the host specificity is not constrained by the phylogeny. We indeed observe highly contrasted hosts ranges between closely phylogenetically related species. Similarly, the length of ovipositor, which seems a very labile character at this scale, does not seem to determine the host range. All the results obtained have finally been used to better understand the potential role of some Eupelmus species on two insect pests, the fruit olive fly Bactrocera oleae and the chestnut gall wasp Dryocosmus kuriphilus.

Durch die parallele Programmierung wird ermöglicht, dass Programme nebenläufig auf mehreren CPU-Kernen oder CPUs ausgeführt werden können. Um das parallele Programmieren zu erleichtern, wurden diverse Sprachen (z.B. Erlang) und Bibliotheken (z.B. OpenMP) aufbauend auf parallele Programmiermodelle (z.B. Parallel Random Access Machine) entwickelt. Möchte z.B. ein Softwarearchitekt sich in einem Projekt für ein Programmiermodell entscheiden, muss er dabei auf mehrere wichtige Kriterien (z.B. Abhängigkeiten zur Hardware) achten. erleichternd für diese Suche sind Übersichten, die die Programmiermodelle in diesen Kriterien unterscheiden und ordnen. Werden existierenden Übersichten jedoch betrachtet, finden sich Unterschiede in der Klassifizierung, den verwendeten Begriffen und den aufgeführten Programmiermodellen. Diese Arbeit begleicht dieses Defizit, indem zuerst durch ein Systematic Literature Review die existierenden Taxonomien gesammelt und analysiert werden. Darauf aufbauend wird eine einheitliche Taxonomie erstellt. Mit dieser Taxonomie kann eine Übersicht über die parallelen Programmiermodelle erstellt werden. Diese Übersicht wird zusätzlich durch Informationen zu den jeweiligen Abhängigkeiten der Programmiermodelle zu der Hardware-Architektur erweitert werden. Der Softwarearchitekt (oder Projektleiter, Softwareentwickler,...) kann damit eine informierte Entscheidung treffen und ist nicht gezwungen alle Programmiermodelle einzeln zu analysieren.

Mit 15.515 beschriebenen Arten sind die Zünslerfalter (Pyraloidea) eine der artenreichsten Gruppen der Lepidoptera. Die Monophylie der Gruppe wurde durch das Vorhandensein eines gepaarten Tympanalorgans in den ersten zwei abdominalen Segmenten begründet und durch molekulargenetische Analysen bestätigt. Pyraloidea sind unterteilt in Pyralidae (5.408 Arten in fünf Unterfamilien) und Crambidae (10.107 Arten in 14 Unterfamilien). Die hier vorgelegte Arbeit liefert neue Kenntnisse über die Phylogenie und Evolution morphologischer und ökologischer Merkmale der Crambinae und Scopariinae sowie zur larvalen Morphologie und Ernährungsweise, Phylogenie und Taxonomie der Heliothelinae. In stammesverwandtschaftlichen Untersuchungen der vergangenen Jahre stellte sich heraus, dass die Crambinae (2.047 Arten) und die Scopariinae (577 Arten) Schwestergruppen sind. Die Heliothelinae hingegen waren bisher nie Gegenstand phylogenetischer Untersuchungen. Morphologisch sind die Scopariinae in 24 Gattungen und die Crambinae in 176 Gattungen, verteilt auf neun Triben, klassifiziert, während die Heliothelinae zwei Triben beinhalten: Heliothelini und Hoploscopini. Unsere phylogenetischen Maximum Likelihood – und Bayes-Analysen, basierend auf einem sechs Gene umfassenden Datensatz für 110 Taxa, bestätigen die Monophylie sowohl der Crambinae als auch der Scopariinae, während die Heliothelinae nicht als Monophylum gestützt sind. Einige Gattungen der Scopariinae wurden in der Vergangenheit in zu viele Untergruppen aufgeteilt. So enthalten zum Beispiel die beiden artenreichen Gattungen Eudonia und Scoparia fünf ehemalige Gattungen, die inzwischen synonymisiert wurden. Anarpia, die als Schwester zu allen anderen Scopariinae gefunden wurde, kommt in der Mittelmeerregion vor, während alle anderen Scopariinae vorwiegend in gemäßigten Zonen und tropischen Bergwäldern verbreitet sind. Die Triben-Klassifikation der Crambinae wird im Licht unserer Ergebnisse revidiert, wobei wir zwei Triben synonymisieren, eine Tribus wieder etablieren und eine neue Tribus beschreiben. Mehrere Crambinae-Gattungen werden zum ersten Mal einer Tribus zugewiesen. In der Analyse 27 morphologischer Merkmale fanden wir neue Synapomorphien für einige Kladen. Eine der Schlüsselerkenntnisse ist, dass innerhalb der Crambinae die Entstehung nicht-klebender Eier mit einigen Modifikationen des weiblichen Oviskapts sowie mit einem Wechsel der Nahrungspflanzen hin zu Pooideae einherging. Die phylogenetische Analyse eines größeren, zehn Gene umfassenden Datensatzes mit Vertretern aller Crambidae-Unterfamilien zeigt auf, dass die Heliothelinae ein Polyphylum darstellen: Heliothelini s. str. sind Schwester zu den Scopariinae, während Hoploscopini eine völlig eigene Entwicklungslinie ist, die als eigenständige Unterfamilie angesehen werden sollte. Heliothelinae s. str. kommen in xerothermen Zonen vor, und ihre Larven fressen an Violaceae. Hoploscopinae hingegen sind in den tropischen Bergwäldern Südostasiens und Australasiens verbreitet. Feldarbeit und anschließende Laboranalysen erbringen den ersten Nachweis der Nahrungspflanzen – Farne – für die Gattung Hoploscopa und deuten auf eine große unbeschriebene Artendiversität in dieser Gattung hin. Sechsundzwanzig Hoploscopa-Arten – davon acht vom Mount Kinabalu – werden anschließend anhand morphologischer Befunde und dann Barcoding als neu beschrieben. Weitere 15 Arten werden wiederbeschrieben. Die hohe genetische Divergenz zwischen morphologisch ähnlichen Arten auf verschiedenen Inseln sowie dreißig weitere in Museumssammlungen auf ihre wissenschaftliche Beschreibung wartende Arten sind Anlass für zukünftige Untersuchungen. Die Arten der Gattung Hoploscopa erweisen sich durch ihre Diversität und ihre geographisch enge Verbreitung als eine geeignete Objekte für weitergehende phylogeographische Studien.:1. Phylogeny, tribal classification and character evolution in Crambinae and Scopariinae (Lepidoptera: Pyraloidea). 17 2. Refining the phylogeny of Crambidae with complete sampling of subfamilies (Lepidoptera, Pyraloidea). 39 3. Discovery of another fern-feeding group of moths: the larvae of Hoploscopini (Insecta: Lepidoptera: Pyraloidea) from Borneo. 59 4. Twenty-six new species of Hoploscopa (Lepidoptera, Crambidae) from SouthEast Asia revealed by morphology and DNA barcoding. 69 5. Conclusion and outlook 167 Appendix A. Phylogeny, tribal classification and character evolution in Crambinae and Scopariinae (Lepidoptera: Pyraloidea). 175 Appendix B. Refining the phylogeny of Crambidae with complete sampling of subfamilies (Lepidoptera, Pyraloidea). 229 Appendix C. Twenty-six new species of Hoploscopa (Lepidoptera, Crambidae) from South-East Asian revealed by morphology and DNA barcoding. 239 / Pyraloidea is one of the largest superfamilies of Lepidoptera comprising 15 955 described species. The monophyly of the group was suggested by the presence of a tympanal organ in the first abdominal segment; it has been confirmed later by molecular data. This group is divided into Pyralidae (5750 species in 5 subfamilies) and Crambidae (10 205 species in 14 subfamilies). The work presented here provides new insights on the phylogeny and evolution of morphological and ecological characters of the Crambinae and Scopariinae, as well as the first phylogenetic placement, host plant record, and taxonomic work on the Heliothelinae. Crambinae (2,047 species) and Scopariinae (577 species) were previously recovered as sister groups in a molecular phylogenetic analysis of three and two species respectively, while Heliothelinae (50 species) have never been investigated in a phylogenetic framework. The morphology-based classification divided Scopariinae into 24 genera and Crambinae into 9 tribes and 176 genera, while Heliothelinae comprised the two tribes Heliothelini and Hoploscopini. Analyses of a six-gene dataset including 110 taxa with Maximum Likelihood and Bayesian Inference confirm the monophyly of Crambinae as well as Scopariinae, while no support was found for the position of Heliothelinae. Phylogenetic results demonstrate that Scopariinae were oversplit at the generic level by traditional classification, with five genera found nested within, and consequently synonymized with the two species-rich genera Eudonia and Scoparia. Anarpia, recovered as the basal-most lineage of Scopariinae, occurs in the Mediterranean region, in contrast to the remaining Scopariinae found in temperate regions and wet tropical montane forests. In Crambinae, our revision of the tribal classification leads to two synonymizations, one reinstatement as well as the description of a new tribe. Furthermore, several genera are confidently assigned to a tribe for the first time and two are synonymized with Microcrambus. Ancestral character reconstructions for 27 morphological characters provide new apomorphies for several clades and reveal several modifications of the female oviscapt associated with the behavior of laying adhesive or non-adhesive eggs, the latter being associated with the use of Pooidae as host plants. Inclusion of a greater number of taxa and genes comprising all subfamilies of Crambidae supports the polyphyly of Heliothelinae. Heliothelinae s. str. are sister to Scopariinae, while Hoploscopinae are sister to (Heliothelinae+Scopariinae)+Crambinae. Heliothelinae s. str. occur in xerothermic habitats and larvae of Heliothela wulfeniana are recorded as miners in Violaceae. In contrast, Hoploscopinae occur in montane rainforests of the Oriental and Austral-Asian regions. Field observations on Mount Kinabalu and subsequent studies of the material collected provided the first host plant record for Hoploscopa and highlighted a high proportion of undescribed species in this genus. Following an iterative approach combining morphology and DNA barcoding from museum specimens, twenty-six new species of Hoploscopa – among which eight from Mount Kinabalu – are described here, and re-descriptions are provided for the 15 hitherto described species. Genetic diversity among different islands highlighted by the species delimitation analysis and the estimated thirty further undescribed species from museum collections make Hoploscopa an example of the largely unexplored pyraloid fauna in the tropics. The confined distribution and the high species diversity in Hoploscopa makes it an ideal model-group for phylogeographical investigations.:1. Phylogeny, tribal classification and character evolution in Crambinae and Scopariinae (Lepidoptera: Pyraloidea). 17 2. Refining the phylogeny of Crambidae with complete sampling of subfamilies (Lepidoptera, Pyraloidea). 39 3. Discovery of another fern-feeding group of moths: the larvae of Hoploscopini (Insecta: Lepidoptera: Pyraloidea) from Borneo. 59 4. Twenty-six new species of Hoploscopa (Lepidoptera, Crambidae) from SouthEast Asia revealed by morphology and DNA barcoding. 69 5. Conclusion and outlook 167 Appendix A. Phylogeny, tribal classification and character evolution in Crambinae and Scopariinae (Lepidoptera: Pyraloidea). 175 Appendix B. Refining the phylogeny of Crambidae with complete sampling of subfamilies (Lepidoptera, Pyraloidea). 229 Appendix C. Twenty-six new species of Hoploscopa (Lepidoptera, Crambidae) from South-East Asian revealed by morphology and DNA barcoding. 239

A l'âge de la 6° extinction, il y a un besoin urgent pour les acteurs de la conservation et pour les biologistes de terrain de pouvoir s'appuyer sur une taxonomie qui soit opérationnelle, à la fois dans les méthodes (expertise taxonomique) et dans les concepts (listes de références). Dans ce travail, je teste l'hypothèse selon laquelle le contexte d'insularité continentale produit par la structure des aquifères, quelqu'en soit l'échelle, favoriserait l'émergence d'unités évolutives distinctes. Cette hypothèse est testée en étudiant deux modèles, les bivalves à l'échelle de la France métropolitaine et les gastéropodes stygobies à l'échelle des systèmes karstiques du nord-montpelliérain. Pour cela, une approche de taxonomie opérationnelle est développée pour les deux modèles, dans l'optique de permettre leur prise en compte effective dans les mesures de conservation. Pour ces deux groupes à la taxonomie instable, des approches morphométriques, génétiques et biogéographiques sont développées, dans un cadre de taxonomie intégrative. Les données génétiques inédites permettent de clarifier la taxonomie et apportent un nouveau regard sur les unités de gestion existantes. Les résultats pour les naïades indiquent que la diversité est surévaluée et que les barrières géographiques jouent un faible rôle dans la distribution des taxons, laquelle semble essentiellement liée aux variables environnementales. Pour les gastéropodes stygobies au contraire, la diversité est largement sousestimée et les unités évolutives sont liées aux unités hydrogéologiques. Les variables environnementales ne semblent pas influencer la répartition des taxons. Ces résultats contrastés montrent que la diversité se structure différemment selon le groupe taxonomique et l'échelle géographique considérés, et posent la question de l'impact qu'auraient pu avoir les activités humaines sur la distribution des naïades. Les politiques de conservations doivent donc intégrer ces approches de taxonomie intégrative pour (i) définir correctement les unités biologiques qui doivent bénéficier d'efforts de conservation et (ii) mettre en place ces mesures à une échelle géographique adaptée.

(AJ) The main aim of this diploma thesis is to analyze the learning tasks related to the topic of the origin and development of the human species in textbooks and workbooks for the second grade of primary school. Textbooks and workbooks of biology and history were selected for analysis. The learning tasks were categorized into individual categories of Tollinger taxonomy and Bloom's original taxonomy. The results of this classification were used to compare older and newer editions of selected textbooks and workbooks. I also found out the difficulty of tasks in each publications. This analysis revealed that teaching tasks from lower taxonomic categories (for both taxonomies), which do not high demands of cognitive operations, are more represented. Furthermore, this work deals how extent the topic in individual publications. Further analyzes revealed that teaching tasks of the origin and development of human species are more represented in the textbooks and workbooks of history. The results of this work could help teachers to find way in the offer of available textbooks and workbooks and help select a suitable publication to teach the topic of the origin and development of the human species. Key words: analysis, biology, Bloom's taxonomy, history, human evolution, Tollinger's taxonomy, textbooks, workbook

Taxonomie - die Determination von Arten - ermöglicht ein grundlegendes Verständnis ökologischer Zusammenhänge und der Evolution. Heutzutage ist sie aufgrund innovativer Forschung, evolutiver Fragestellungen und politisch relevanter Ziele zur Erhaltung der globalen Biodiversität in viele Disziplinen eingebunden (LOHRMANN et al. 2012). „Beispiele sind die Identifikation invasiver Arten, die nachhaltige Bewirtschaftung mariner Ressourcen oder die Entwicklung neuer Medikamente. Zudem ist die Kenntnis der Arten und ihrer Interaktionen nötig, um im politischen Raum die Erreichung - oder auch Nichteinhaltung - von Biodiversitäts- und Nachhaltigkeitszielen zu dokumentieren“ (LOHRMANN et al. 2012). Daher sind aussagekräftige Monitorings und Modelle zur Entwicklung unserer Ökosysteme nur mit der nötigen Artenkenntnis und mit Hilfe taxonomischer Methoden möglich.

La phylogénie moléculaire reconstruit des relations de parenté entre unités évolutives, en se basant sur des changements structurels au niveau moléculaire (ADN, protéines). Elle constitue donc un outil précieux pour déchiffrer l'évolution spatio-temporelle de la biodiversité. Le présent travail examine l'histoire évolutive d'un groupe de criquets (Insecta: Orthoptera: Caelifera), par le biais de méthodes phylogénétiques (parcimonie, maximum de vraisemblance et bayésienne) et de datation, appliquées à l'étude de séquences d'ADN nucléaire et mitochondrial combinées. Dans un premier temps, nous étudions la sous-famille Melanoplinae (Orthoptera: Acrididae) et l'une de ses tribus, Podismini, pour éclaircir leur histoire évolutive, la resituer dans un contexte paléobiogéographique, et la mettre en relation avec la taxonomie existante. Dans un deuxième temps, les méthodes de reconstruction phylogénétiques et de datation sont appliquées à l'étude de la dynamique de l'évolution concertée au sein de l'espèce Podisma pedestris, en analysant le polymorphisme intra- et interindividuels de l'ADN ribosomal, i.e. gènes et pseudogènes d'ITS1.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Lichens of Trubínský vrch hill near Beroun (central Bohemia) and a study of Aspicilia dominiana Veronika Lenzová Abstract This diploma thesis is divided into two separate parts. The goal of the first part was to carry out a complete lichenofloristic research of Trubín hill near Beroun. There are diabasic outcrops on the south side of the hill. Due to wide spectrum of the lichen species this substrate is very interesting for the lichenologists. In total I have found 125 lichen species there. 105 lichen species grow on diabasic rocks. A considerable amount of recorded lichens is among endangered species for example Aspicilia dominiana, Caloplaca conversa, Lichinella stipatula, Phaeophyscia constipata. The second part is focused on the taxonomic study of the Aspicilia dominiana and related species. A. domininana is recently known only from a few diabasic localities in the Czech Republic. After revision of the herbarium material based on microscopic and chemical characteristics I have found out that the taxon A. dominiana is similar with the A. intermutans. Compliance of these taxa have been confirmed with the molecular data from the sequencing of the two genes nrITS and mTSS too. Therefore I propose to synonymize these two taxa. According to the phylogenetic tree the lichen A. intermutans is not closely...