The modern taxonomic revision of cyanobacteria is a work in progress, with both theoretical and practical challenges to be addressed. This thesis investigated selected terrestrial cyanobacterial taxa using a polyphasic approach, based on molecular phylogenetic analysis and accompanied by phenotypic characterization and nomenclatural treatment. Diverse methodological approaches were used including optical and transmission electron microscopy, molecular analysis (DNA sequencing) of cyanobacterial strains, single cells and filaments, and phylogenetic analysis of multiple genomic loci. This study provided systematic revisions of individual cyanobacterial genera and the entire phylum, and suggestions for future study projects.

This thesis is focused on the biosystematic study of the Central-European endemic Spergularia echinosperma. With the combined use of morphometric analyses, genome size measurements and molecular tools, the taxonomic issues associated with this species have been clarified. The existence of S. kurkae, a stable allotetraploid hybrid between diploid S. echinosperma and tetraploid S. rubra, has been proven. Based on several lines of evidence, including distinct morphological separation and frequent occurrence in the absence of the parental species, treating S. kurkae as a separate species is proposed. In addition, two infraspecific taxa within S. echinospermaS. echinosperma subsp. echinosperma and S. echinosperma subsp. albensisdiffering in distributions and ecology have been described. A complete revision of the localities of S. echinosperma, S. kurkae and S. rubra in the Czech Republic is also presented. Furthermore, the development of 16 polymorphic microsatellite loci for S. echinosperma is reported.

L'algue brune Lobophora représente une composante benthique importante au sein des récifs coralliens tropicaux, et a à attirer dès le début des années 80 l'attention des écologistes marins en proliférant de façon remarquable au détriment des coraux. Les écologistes marins ne s’accordent toujours pas pour conclure si le changement de communauté au profit des macroalgues représente une conséquence ou une cause de la dégradation des coraux. Alors que Lobophora a fait l'objet d'observations contradictoires en termes de susceptibilité à l’herbivorie et des effets sur les coraux, les preuves suggèrent que sa prolifération dans les récifs coralliens est opportuniste et symptomatique de la dégradation des récifs. Taxonomiquement, Lobophora ne représentait que 11 espèces décrites au début de cette étude, et pratiquement toutes les espèces de Lobophora rapportées dans le monde avaient été assignées à L. variegata, décrite dans les Caraïbes. Cette étude vise à apporter un nouvel éclairage taxonomique et écologique sur ce taxon algal sujet de controverses écologiques. En utilisant une approche taxonomique basée sur l'ADN nous avons réévalué la diversité des espèces de ce genre en Nouvelle-Calédonie et au niveau mondial. Les résultats dévoilent une remarquable diversité, multipliant par 10 le nombre d’espèces jusque là reconnues. Nous avons testé si les différentes espèces de Lobophora étaient chimiquement différentes et si elles variaient (1) en toxicité envers différents coraux, et (2) en susceptibilité aux herbivores. Nous avons montré que le genre Lobophora était intrinsèquement capable de blanchir certains coraux, et nous avons isolé trois nouveaux alcools polyinsaturés C21 nommés lobophorenols A-C avec des propriétés de blanchissement. Néanmoins, les observations in situ en Nouvelle-Calédonie indiquent que, bien qu’elles soient potentiellement armées au plan chimique, les espèces de Lobophora n’induisent pas ou rarement le blanchissement de leurs hôtes coralliens, soulevant ainsi la question de l'emplacement de ces composants bioactifs dans l’algue et des facteurs environnementaux permettant leur libération supposée. Nous avons également montré que les herbivores consomment indistinctement les espèces de Lobophora. D’après ces résultats nous pouvons conclure que : (1) au sein de récifs en bonne santé, les coraux et les Lobophora maintiennent un statu quo résultant probablement d’une médiation chimique ; (2) la défense chimique ne dissuade apparemment pas le broutage des Lobophora par les principaux herbivores ; (3) il est probable que Lobophora échappe au broutage en se développant par exemple entre les branches des coraux. Le genre Lobophora représente un excellent modèle pour étudier le rôle de la spéciation écologique des algues au sein des récifs coralliens. Aussi, les études futures devront étudier le rôle des métabolites secondaires des Lobophora et enquêter sur les facteurs écologiques responsables de la diversification impressionnante de cette algue. / The brown alga Lobophora represents a notable benthic component in tropical coral reefs, and began drawing the attention of marine ecologists by achieving impressive blooms at the expense of corals since the early 80s. Marine ecologists are still debating whether or not macroalgal dominance represents a consequence or cause of coral degradation. While Lobophora has been the object of contradictory observations in terms of susceptibility to herbivory and effects on corals, evidence tends to suggest that episodes of reef take-over are opportunistic and symptomatic of reef degradation. From a taxonomic point of view, only 11 species of Lobophora were recognized at the beginning of this study, and virtually all species of Lobophora reported around the world had been assigned to L. variegata, originally described from the Caribbean. This study intends to shed new taxonomical and ecological insights on this algal taxon. Using a DNA-based taxonomical approach we reassessed the species diversity of this genus at a local scale in New Caledonia and subsequently on a global level. Results disclosed a remarkable global diversity, increasing our taxonomic knowledge of this genus by no less than 10 folds. From an ecological perspective, we tested if different species of Lobophora were differentially (1) capable of chemically damaging scleractinian corals, and (2) susceptible to herbivory. We showed that the genus Lobophora was inherently capable of bleaching certain coral species, and we isolated three new C21 polyunsaturated alcohols named lobophorenols A-C with bleaching properties. Nevertheless, in situ observations in New Caledonia indicated that although potentially chemically armed, Lobophora species did not or rarely bleached their coral hosts, thereby raising the issue of the location of these bioactive components and the environmental factors enabling their putative release by the alga. We also showed that herbivores indiscriminately consumed Lobophora species. From the results of allelopathic bioassays and grazing experiments we conclude that: (1) corals and Lobophora maintain a chemical-mediated status quo on healthy reefs; (2) chemical defense apparently does not deter grazing of Lobophora by prominent herbivores; (3) it is more likely that Lobophora avoids being grazed by escape strategies such as growing under the coral canopy. The genus Lobophora represents an excellent model to study the role of ecological speciation in macroalgae within coral reefs. Therefore, future studies should be targeted at investigating the role of Lobophora secondary metabolites and exploring the ecological factors responsible for the impressive diversification of this alga.

Les diatomées sont des microalgues ubiquistes d'une diversité exceptionnelle. Cela en fait de bons indicateurs de la qualité des écosystèmes aquatiques et sont utilisées depuis plus de 50 ans. Depuis l'année 2000, la Directive Cadre Européenne sur l'Eau impose leur utilisation pour évaluer la qualité écologique des cours d'eau. Un cadre typologique doit être utilisé afin de comparer des rivières comparables entre elles, c'est-à-dire des rivières de mêmes régions bioclimatiques, coulant sur les mêmes substrats géologiques et à des altitudes comparables. Différentes classifications écorégionales ont été définies sur la base de ces paramètres. Nous avons montré qu'à une échelle couvrant 4 pays (Espagne, France, Italie, Suisse) et à une régionale (Nord-est de la France), les écorégions et la géologie sont déterminantes pour expliquer les communautés. Les paramètres caractérisant la pollution sont moins importants. Contrairement à certains auteurs, nous n'avons pas observé d'homogénéisation des communautés lorsque le niveau de pollution augmente. D'autre part nous n'avons pas observé de communautés restreintes géographiquement : cela permettrait de rassembler des écorégions distinctes géographiquement mais présentant les mêmes caractéristiques physiques. Les diatomées présentent une diversité spécifique très importante qui peut être un frein à leur utilisation en routine. Nous avons montré qu'en augmentant la précision de détermination (de la subdivision à l'espèce), les performances d'évaluation de la pollution augmentait mais beaucoup moins que le nombre de taxons. Les performances d'évaluation entre le genre et l'espèce sont d'ailleurs proches, alors qu'il y a dix fois plus d'espèce que de genres. Nous avons montré aussi que des métriques simplificatrices (formes de vie, guildes écologiques) permettaient d'évaluer aussi bien le niveau en nutriment que des indices diatomiques basés sur les espèces. Ces métriques apportent des informations supplémentaires en termes de structure de biofilm qui ne sont accessible aux données en espèce. Enfin, la pollution des rivières par les micropolluants devient une préoccupation sociétale croissante. Nous avons émis l'hypothèse que les diatomées pouvaient être de bons candidats pour évaluer la pression en herbicides. Quatre expérimentations de 2 mois ont été réalisées en mésocosmes lotiques. Nous avons montré que les diatomées vivant entourées de matrices polysaccharidiques épaisses étaient plus résistantes aux pesticides dissous. Au contraire les diatomées présentant une surface cellulaire de contact importante avec l'eau étaient défavorisées. Ce type de métrique pourrait être utilisé in situ à plus large échelle. Nous concluons sur l'intérêt d'intégrer ces métriques à la bioindication par les diatomées. Mais également nous soulignons l'importance de croiser la phylogénie et l'écologie pour mieux comprendre quelles pressions environnementales ont forcées les diatomées à s'adapter. Si ces pressions peuvent être reliées à des pressions anthropiques, la bioindication par les diatomées en sera améliorée. / Diatoms are ubiquitous microalgae of an extreme diversity. This made them good indicators of aquatic ecosystems quality and they are used since 50 years for this purpose. Since year 2000, the European Water Framework Directive requires their use to assess the ecological quality of watercourses. A typological framework has to be used in order to compare comparable rivers between each other, that is, rivers of the same bioclimatic regions, flowing on the same geological substrate at similar altitudes. Various ecoregional classifications were defined on the basis of these parameters. We showed at a scale covering 4 countries (Spain, France, Italy and Switzerland) and at a regional scale (north-east France) that ecoregions and geology are determinant to explain communities. Parameters characterizing pollution were less important. Unlike some authors, we did not observe any homogenization of the communities when pollution level was increasing. Moreover, we did not observe geographically restricted communities: this would enable to aggregate ecoregions geographically distinct but presenting the same physical characteristics. Diatoms display a very important specific diversity which can be a problem for their routine use. We showed that when increasing determination precision (from sub-division to species), pollution assessment performances were increasing but much less than the number of taxa. Assessment performances between genus and species are similar anyway, whereas there are ten time more species than genera. We also showed that using simplifying metrics (life-forms, ecological guilds) enable assessing nutrient level as well as diatom indices based on species. These metrics bring additional information about biofilms structure that is not available with species data. At last, micropollutants pollution in rivers is of increasing concern to citizens. We hypothesized that diatoms could be good candidates to assess herbicide pressure. Four experiments lasting 2 months were conducted in lotic mesocosms. We showed that diatoms surrounded by thick exopolysaccharid matrices were more resistant to dissolved pesticides. On the over hand, diatoms presenting an important cell surface contact with water were disadvantaged. This kind of metric could be used in situ at a larger scale. We conclude on the interest to integrate such metrics to diatom bioassessment. But we also strength the importance to cross phylogeny and ecology to better understand which environmental pressure forced diatoms adapt. If these pressures can be related to anthropogenic pressures, diatom bioassessment will be improved.

Les effets des activités humaines sur la qualité et le fonctionnement des sols ont été évalués. En complément de biotests effectués au laboratoire, la composition et les changements de structure des communautés d'arthropodes en sols urbains ont été analysés, afin de comprendre l'influence de la contamination métallique sur les organismes du sol. Par ailleurs, une comparaison entre les sols urbains, agricoles, industriels et forestiers a été réalisée, à travers l'analyse de la composition en espèces et des traits fonctionnels des collemboles. Les analyses de la communauté d'organismes du sol a été réalisée deux fois par an pour évaluer le rôle de la saisonnalité. Les différentes activités anthropiques, qui provoquent des changements au niveau de la couverture végétale, de la quantité de matière organique et de l'accumulation d'éléments et de composés dangereux, altèrent principalement les sols agricoles et urbains. En environnement urbain, les abondances d'organismes du sol ont été fortement réduites pour les niveaux élevés de contamination métallique, tandis que la teneur en matière organique et les conditions climatiques ont joué le rôle principal pour les niveaux de contamination faible et intermédiaire. La communauté des collemboles a montré une forte réduction de la diversité en espèces dans les sols agricoles. La distribution des traits fonctionnels des Collemboles a été principalement influencée par la présence et le type de litière et les apports de contaminants. En particulier, le milieu agricole a favorisé les organismes adaptés à la vie en surface, alors que les sols forestiers ont favorisé les organismes présentant des caractéristiques euedaphiques. Les sols industriels et urbains ont montré la présence d'organismes avec des caractéristiques à la fois épiedaphiques et euedaphiques / The effects of human-mediated activities on soil quality and functioning have been assessed. Composition and changes in arthropod community structure and laboratory bioassays were performed on urban soils in order to understand the roles of metal contamination on soil organism activities and distribution. Then, comparison of urban, agricultural, industrial and forest soils were performed, monitoring Collembola species and functional traits composition, in order to assess if the impact of urban environment is greater than other kinds of anthropization. Soil organism community was analysed twice a years for evaluating the role of seasonality on anthropic impacted soils. The different kinds of anthropization firstly affected the abiotic properties of the sites. Agricultural and urban soils were the most impacted soils by human activities, which cause changes in vegetation cover, organic matter amounts and accumulation of hazardous elements and compounds. Soils organisms responded to soil abiotic modifications. In particular, in urban environment soil organisms were strongly reduced at high level of metal contamination, whereas organic matter content and climatic conditions played the main role at low-intermediate soil contamination. Collembola community showed a strong reduction in species richness in agricultural soils, with a consequent domination of few tolerant species. Collembola functional trait distribution was mainly affected by the presence and the type of litter and inputs of contaminants. In particular, agricultural environment favoured organisms with traits adapted to soil life surface, whereas forest soils favoured organisms with euedaphic characteristics. Industrial and urban soils showed organisms with both epiedaphic and euedaphic characteristics

The genus Stigeoclonium is taxonomically very problematic. The relationships between species of this genus are very little known. There are only a few studies that deal with only morphological revision of the genus Stigeoclonium. Hovewer, up to now no phylogenetic analysis of this genus exists. This study summarizes the knowledge about the genus Stigeoclonim in the Czech Republic and shows the first phylogenetic analysis of this genus.

This study was aimed at discovering the taxonomical identity of freshwater populations of a prevailably marine green-algal genus Ulva in the Czech Republic. Furtherly, collected samples were compared to available relevant material from European herbaria. The identity of collected specimens was successfully resolved by a combined methodology that involved classical and modern molecular techniques, and discussed in the framework of distribution and ecology of close European taxa.

Les termites représentent une part importante de la macrofaune du sol en zone tropicale. Ils peuvent jouer un rôle structurant dans les écosystèmes et servir d'indicateurs de leur santé écologique. Le miombo (forêt claire) se caractérise par la présence de grands dômes de Macrotermitinae. S'il est bien connu que ces structures abritent une flore particulière, on sait en revanche très peu de chose sur leur importance pour la biodiversité des arthropodes du sol. L’objectif principal de cette étude était d'analyser, dans un miombo du sud-ouest du Burundi, le rôle structurant éventuel des grandes termitières sur le sol et sa faune. Nous avons étudié la composition et la distribution de l'ensemble de la communauté de termites elle-même. Nous avons aussi cherché à savoir si les hautes termitières influençaient la diversité d'un autre groupe important d'arthropodes du sol, les araignées. Nous avons également caractérisé les modifications apportées par les hautes termitières aux propriétés physico-chimiques du sol. Enfin, nous avons cherché à déterminer quels facteurs, notamment édaphiques, influençaient la présence d'un termite humivore constructeur de petits nids épigés, Cubitermes pallidiceps. Vingt-cinq espèces de termites, dont 13 Apicotermitinae sans soldats, ont ainsi été recensées dans notre zone d’étude, et presque toutes se rencontrent dans les grandes termitières. Ces dernières sont érigées par Pseudacanthotermes et Odontotermes à partir de particules fines du sol, notamment du limon et de l’argile, indépendamment du pH local. Le nid érigé semble garder un taux de matière organique constant aussi longtemps qu’il est en vie. Grâce à cette teneur particulière en argile et en matière organique, les grandes termitières semblent attirer les Termitinae et Cubitermitinae. C. pallidiceps fréquente effectivement les zones du miombo où le sol est riche en argile et elle évite les sommets où le sol est généralement caillouteux et lessivé et donc pauvre en particules fines. Bien que les grandes termitières paraissent jouer un rôle important pour la diversité de la communauté de termites, ces structures semblent peu influencer la distribution des araignées. Toutefois les grandes termitières abriteraient des ressources alimentaires dont certaines espèces particulières auraient besoin.Les résultats de cette étude, une première sur la taxonomie et l’écologie des termites dans un miombo du Burundi, constituent une contribution importante dans l’enrichissement de la base de données sur les termites de l’écosystème miombo très mal connus comme dans beaucoup d’écosystèmes d’Afrique. Nos résultats pourront aussi servir de guide à l’autorité locale dans la planification de la conservation de la biodiversité dans cette région où un manque criant des données de base sur la plupart des taxons d'invertébrés reste un défi sérieux. / Termites are an important component of soil macrofauna in the tropics. They can play a structural role in ecosystems and serve as indicators of ecological health. In eastern and southern Africa, the miombo ecosystem (woodland) is characterized by the presence of large domes of fungus-growing termites (Macrotermitinae). While it is well known that these high mounds harbor a particular flora, we know very little about their importance for the biodiversity of soil arthropods.The main goal of this study was to analyse, in a miombo woodland of southwestern Burundi, the possible structuring role of large termitaria on the soil and its fauna. First, we studied the composition and distribution of the entire community of termites itself, largely unknown in the miombo as in many African ecosystems. We also investigated whether the high mounds influenced the diversity of another important group of soil arthropods, spiders. We also characterized variations in the physico-chemical properties of the soil between the high termitaria and the surrounding matrix. Finally, we tried to determine what factors, including edaphic ones, influenced the occurrence of a species of soil-feeding termite which builds small epigeous domes, Cubitermes pallidiceps.Twenty-five species, including 13 Apicotermitinae without soldiers, have been identified in our study area, and nearly all of them were present in the large mounds. These mounds are constructed by Pseudacanthotermes spiniger and Odontotermes sp. which utilize fine particles of soil, particularly silt and clay, independently of the local pH. The erected nest seems to retain a constant proportion of organic matter as long as it is alive. Due to this particular content of clay and organic matter, large termite mounds seem to be more attractive to Termitinae and Cubitermitinae. Cubitermes pallidiceps (Cubitermitinae) is effectively observed in areas of miombo where the soil is rich in clay; it avoids the peaks where the soil is stony and generally leached and therefore poor in fine particles. Even though large termite mounds appear to play an important role in the diversity of the termite community, these structures appear to have little influence on the distribution of spiders but they may harbor food resources needed by specialist species.The results of this study, the first one on the taxonomy and ecology of termites in a miombo of Burundi, is an important contribution improving of the database of termites of the miombo ecosystem in general. They can also serve as a guide to the local authorities in planning for biodiversity conservation in this region where a lack of data on most invertebrate taxa remains a serious challenge. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

The principal goal of my study was to find if ecologically and chemically different populations of lichens in the Physconia muscigena (Ach.) Poelt group belong to several species or a single one. This study focused on the molecular and chemical investigations of mostly European and Canadian populations. I use sequence data from three genes (ITS rDNA, mtSSU rDNA and TEF1) for the reconstruction of phylogenetic trees. I investigate phylogenetic relationships among the closely related species P. muscigena, P. bayeri, P. rossica, and P. isidiomuscigena. Also, I wanted to detect any possible geographical or ecological trends among chemotypes and haplotypes. As an additional goal I checked the recent localities of P. muscigena in the Czech Republic for valorising its conservation status. Results show that: (1) sequenced data of ITS rDNA and TEF1 show high intraspecific variability in P. muscigena samples. This genetic variability does not correlate neither with geographical distribution nor thallus chemistry; (2) P. bayeri is synonymous with P. muscigena; (3) some samples P. muscigena contain new undetermined secondary metabolite, (4) Physconia muscigena has only three recent localities in Czech Republic. Key words: Physconia muscigena, Physconia bayeri, infraspecific variability, taxonomy, TEF1, ITS...

Les Collodaires (Radiolaires) sont des eucaryotes unicellulaires (protistes) marins appartenant au super-groupe des Rhizaria. Tandis que certains sont caractérisés par un mode de vie colonial, d’autres sont observés sous la forme de larges organismes solitaires. Les Collodaires sont des protistes hétérotrophes, prédateurs de plancton, mais également hôtes systématiques de micro-algues photosynthétiques intracellulaires. Les récentes analyses de leur diversité moléculaire dans l’environnement ont démontré leur importante contribution aux communautés planctoniques ainsi que leur distribution globale dans l’océan mondial. Cependant, nos connaissances sur leur diversité, biogéographie et écologie restent paradoxalement parcellaires. La première partie de cette thèse a été dédiée à des études morphologiques détaillées (en microscopie électronique et optique) et combinées à une phylogénie moléculaire élaborée en séquençant les sous-unités 18S et 28S de l’ADN ribosomal pour 75 spécimens, coloniaux ou solitaires. Ce travail a abouti à la réévaluation de la classification des Collodaires et à l’élaboration d’une base de référence morpho-moléculaire robuste. Par la suite, ce cadre de référence morpho-moléculaire a permis d’explorer la biodiversité des Collodaires grâce à une approche de metabarcoding appliquée à une série d’échantillons collectés dans l’océan mondial pendant l’Expédition Tara Océans. La distribution cosmopolite à la surface des océans des différents taxons qui composent les Collodaires, a révélé une diversité plus importante dans les vastes régions océaniques intertropicales et oligotrophiques. Les Collosphaeridae ont été principalement observés en pleine mer alors que les Sphaerozoidae formaient la famille dominante dans les régions côtières, où la biodiversité des Collodaires était plus faible. Les Collophidiidae, formellement décrits au cours de thèse, ont rarement été rencontrés dans les zones photiques, quelque que soit la latitude, suggérant ainsi qu’ils occupent une niche écologique particulière. Enfin, j’ai également employé la technologie d’imagerie in situ Underwater Vision Profiler (UVP5) afin d’explorer de façon quantitative les abondances et biomasses des Collodaires et des Rhizaria, à travers l’océan mondial. Cette approche a révélé que les Rhizaria forment un composant majeur du méso- et macro-plancton, et représentent jusqu’à 4,5% de la biomasse globale des 200 premiers mètres de l’océan mondial. Plus particulièrement dans les 100 premiers mètres, les Collodaires constituent le groupe le plus important des Rhizaria et leur distribution suggère que la photosymbiose pourrait influencer leur succès dans les régions oligotrophiques où ils sont particulièrement abondants. Au-delà d’améliorer notre compréhension de la diversité, la biogéographie et l’écologie des Collodaires dans l’océan mondial, ce travail de thèse souligne la pertinence de combiner et d’utiliser des approches alternatives d’échantillonnage et d’analyses tel que le séquençage haut-débit et l’imagerie in situ dans l’étude des protistes marins dans leur environnement. / Collodaria (Radiolaria) are unicellular marine eukaryotes (protists) belonging to the super-group Rhizaria. Collodarian species contribute to planktonic communities as large solitary cells or can form large gelatinous colonies. They are heterotrophic organisms feeding on other plankton, which also systematically harbour intracellular symbiotic microalgae. Recent environmental molecular diversity surveys demonstrated their important contribution to planktonic communities and their worldwide occurrence in the global ocean. However, knowledge on their diversity, biogeography and ecology is paradoxically very poor. In the first part of this thesis I performed detailed morphological analyses (electron and optical microscopy) combined with a molecular phylogeny based on the 18S and 28S rRNA genes, sequencing for a total of 75 distinct colonial and solitary specimens. Ultimately, this work led to the revision of the Collodaria classification and to the construction of a robust morpho-molecular reference database. Then, this morpho-molecular framework allowed the exploration of Collodaria biodiversity through a metabarcoding approach across samples collected in the global ocean during the Tara Ocean expedition. The cosmopolitan distribution of the different collodarian taxa in the surface oceans revealed a higher biodiversity in the vast oligotrophic inter-tropical open oceans. Collosphaeridae were predominantly found in the open oceans while the Sphaerozoidae were the dominant family in the less diverse coastal regions. The newly defined Collophidiidae were rarely encountered in the photic zones at all latitudes, suggesting that they inhabit a different ecological niche. Finally, I also used the in situ imaging system Underwater Vision Profiler (UVP5) to quantitatively explore the abundances and biomasses of collodarian and rhizarian in the global ocean. This approach revealed that the Rhizaria were a major component of the meso- and macro-plankton, constituting up to 4.5% of the global carbon standing stock in the upper 200 m of the world oceans. More specifically, Collodaria were the most important rhizarian groups in the first 100 m of the oceans, and their distribution suggested that photosymbiosis might be an important factor explaining their success in oligotrophic regions where they are particularly abundant. Besides the improvement of our knowledge on the diversity, biogeography and ecology of Collodaria in the global ocean, this thesis highlights the relevance to combine and/or use alternative sampling and analytical procedures such as high-throughput sequencing and in situ imaging technologies to study marine protists in their environment.