Avec l'augmentation du volume du commerce international, on observe une augmentation dans le nombre de ravageurs exotiques forestiers (insectes et champignons) qui sont introduits en Amérique du Nord. Lorsque ces ravageurs s'établissent, il est généralement difficile de les éradiquer. Pour cette raison, la détection hâtive de ces nouveaux ravageurs est une priorité. Nous utilisons des techniques de séquençages à haut débit pour traiter et cribler simultanément un grand nombre d'échantillons. Ces méthodes permettent de sauver à la fois temps et argent en plus d'être efficaces pour traiter un grand nombre d'échantillons. Ces méthodes de détection ont été appliquées aux ravageurs forestiers émergents récoltés dans des pièges à insectes Lindgren et des pièges à spores fongiques aériennes. Un piège et un protocole unique développé pour l'identification simultanée des champignons pathogènes et des insectes ravageurs contenus dans le liquide de préservation des pièges à insectes. Nous avons établi la preuve de concept que les cellules d'insectes contenues dans le liquide de conservation des pièges peuvent être utilisées pour leur identification. Des ravageurs forestiers précédemment rapportés et d'autres potentiellement nouvellement introduits en Amérique du Nord ont été criblés puis détectés à l'aide de la technologie de séquençage Illumina utilisée avec des amorces spécifiques à la région de l'ITS fongique et à celle du gène COI des insectes. Des amplicons de centaines d'échantillons collectés en Colombie-Britannique, en Ontario, au Québec et au Nouveau-Brunswick ont été séquencés. La présence de spores du champignon *Heterobasidion occidentale* à Sault Ste-Marie (ON) et celle du scolyte *Anysandrus maiche* à Hamilton (ON) ont toutes deux étés détectées en 2019 / With the growing volume of international trade, we observe an increase in the number and diversity of exotic pests introduced in North America. When these pests become established, it is generally difficult to eradicate them. For this reason, the early detection of newly introduced pests is a priority. To do so, high-throughput sequencing techniques were developed to simultaneously process and screen a large number of samples. These methods are cost- and time saving while very effective for large numbers of samples. We applied these methods to the detection of emerging pests collected in Lindgren insect traps and aerial spore traps. We use a single trap and designed a unique protocol for the simultaneous identification of pathogenic fungi and invasive insects from insect trap preservative fluids. We tested the proof of concept that insect cells present in preservative liquids from insect traps can be used to identify insects and phytopathogenic fungi. We screened and detected numerous native and potentially introduced pests in North America using Illumina sequencing technology combined with specific primers for the fungal ITS region and the COI gene of insects. Hundreds of amplicons collected in British Columbia, Ontario, Quebec, and New Brunswick were sequenced. We detected the presence of the fungus *Heterobasidion occidentale* spores in Sault.Ste. Marie (ON) and the presence of the bark beetle *Anysandrus maiche* Stark in Hamilton (ON) 2019 sampling.

L’étude des champignons endophytes, ainsi que celle des autres composants du microbiote des plantes, a fortement bénéficié du développement des techniques de séquençage à haut débit à la fin des années 2000. Ces progrès technologiques ont notamment permis la popularisation du métabarcoding, une approche servant à identifier les composants de la biodiversité et d’étudier leur distribution au sein d’échantillons environnementaux grâce à leur contenu en ADN. L’abondance des données produites, ainsi que la standardisation de la préparation des échantillons permises par ces techniques de séquençage ont modifié en profondeur la perception de l’ampleur de la diversité fongique. Cependant, les préceptes de l’endophytologie fongique restent majoritairement dictés par les études basées sur les mises en culture bien qu’elles ne parviennent, comme l’ont démontré les études moléculaires, qu’à récolter une partie de la diversité fongique. Les techniques de séquençage à haut débit ne sont pas sans biais elles aussi puisqu’elles tendent à majorer les estimations de la biodiversité même avec les analyses les plus poussées. Les objectifs principaux de cette thèse étaient tout d’abord de développer une approche analytique rigoureuse afin d’estimer de façon conservatrice la biodiversité associée aux données issues du pyroséquençage 454; puis, de développer une meilleure compréhension de la structure de l’endomycobiote des arbres en milieu forestier tout en remettant en question les conclusions des études basées sur les mises en culture. La surestimation de la biodiversité est essentiellement liée à la conservation de séquences erronées qui participent à la formation du nombre important de singletons et doubletons généralement observés avec les techniques de séquençage à haut débit. Trois sources d’erreurs prédominent: la formation de chimères, la substitution de nucléotides lors de l’amplification et les erreurs de séquençage. Nous avons posé l’hypothèse que la sélection d’un sous fragment du code-barres moléculaire fongique, basée sur des propriétés particulières, pourrait si ce n’est identifier formellement ces séquences comme erronées, du moins limiter leur effet sur l’estimation de la biodiversité. Le fragment que nous avons considéré se compose du résidu de la petite sous-unité ribosomique (pSSU) situé à la suite de l’amorce ITS1F, et de l’espaceur transcrit interne 1 (ITS1). Nous avons montré qu’utiliser ce fragment pour analyser les données permet d’améliorer la sensibilité de la détection des chimères. La substitution de nucléotides ainsi que les erreurs de séquençage sont des phénomènes rares, et les séquences erronées sont donc faiblement représentées et relativement similaires à des séquences réelles et abondantes. Nous avons donc posé l’hypothèse qu’inclure le pSSU, dont la variabilité est plus faible que celle de l’ITS1, puisse étouffer l’impact de ces erreurs. Les séquences potentiellement erronées ont été regroupées avec les séquences réelles et abondantes dont elles déviaient, permettant ainsi de réduire la formation des singletons et des doubletons. Suite à cela, nous avons donc développé une méthode afin d’extraire directement le fragment pSSU-ITS1 des amplicons du code-barres fongique. À partir de l’endomycobiote d’un unique sapin baumier que nous avons analysé afin d’évaluer notre traitement de données dans notre premier chapitre, nous avons observé qu’utiliser le fragment pSSU-ITS1 en lieu et place de seulement l’ITS1 n’affecte pas les conclusions sur la structure de la communauté des champignons endophytes. Bien qu’il faille le considérer dans le cadre d’un échantillonnage limité, nous avons évalué, semble-t-il pour la première fois, l’ampleur de la diversité des champignons endophytes recueillis dans un arbre à un moment donné et extrapolé cette richesse à 2 536 ± 73 mOTUs. Nous avons confirmé dans notre second chapitre que les champignons endophytes présentent une certaine spécificité de tissu puisque l’endomycobiote des branches de sapins baumiers se divise selon le type de tissu considéré plutôt que de former une entité ubiquitaire uniformément répartie dans l’ensemble des branches. Enfin, dans notre dernier chapitre, nous avons montré que les mécanismes impliqués dans la colonisation de la plante hôte par les champignons endophytes se révèlent d’une complexité et d’une dynamique plus importantes que le processus d’accumulation passive suggéré par les études basées sur les mises en culture: les quatre dernières cohortes d’aiguilles de sapins baumiers que nous avons étudiées présentaient une diversité relativement conservée, mais des communautés différentes. / As for the studies of other members of the plant microbiota, fungal endophytology has vastly benefited from the development of High Throughput Sequencing techniques in the late 2000s. This technological progress has notably allowed for the popularization of metabarcoding, i.e. a DNA-based approach to identify biodiversity components from environmental samples and study the community composition and distribution. The massive production of data, and the standardization in the sample preparations associated with such methods, have deeply modified the perception of the extent of the fungal biodiversity. Yet fungal endophytology precepts remain largely inherited from culture-dependent methods which have been shown to yield a more fractioned portion of the biodiversity than the molecular-based approach, as many fungi are not amenable to standard culturing. HTS techniques are not without drawbacks either as they tend to inflate the biodiversity estimates even with state of the art analysis. The main goals of this thesis were first to develop a more rigorous approach to analyse data obtained from 454 pyrosequencing, one of the original HTS techniques, in order to estimate conservatively the biodiversity; and then to develop a better understanding of the structure of forest trees endomycobiota and challenge earlier conclusions based on culture-dependent methods. Inflation of the biodiversity is mostly due to remaining undetected erroneous sequences partially forming the large number of singletons and doubletons generally observed with HTS based studies. Three sources of error are significant: PCR chimeras, PCR single base substitutions, and sequencing error. Here we hypothesized that the selection of a sub-region of the fungal barcode displaying particular characteristics might, if not formally assess erroneous sequences as such, at least limit their impact on the estimation of the diversity. We thus considered a fragment composed of the partial ribosomal small sub-unit immediately following the ITS1F primer in addition of the ITS1 sub-locus (pSSU-ITS1). We showed that basing the analysis on the pSSU-ITS1 fragment enhances the sensitivity of chimera detection. As PCR single base substitutions and sequencing errors remain rare events, spurious sequences are rare too and somewhat similar to true abundant sequences. We hypothesized that the presence of the pSSU, whose variability is lower than that of the ITS1 sub-locus, might buffer these errors. Putative rare spurious sequences were grouped with the true abundant sequences they deviated from, thus reducing the proportion of singletons and doubletons. We then developed an approach to readily extract this pSSU-ITS1 fragment from fungal ITS amplicons. We observed from the endomycobiota of a single balsam fir that we produced to test our data treatment in the first chapter that considering the pSSU-ITS1 fragment did not alter the conclusions on the structure of the fungal endophytic community from ITS1 analysis. While it has to be considered with appropriate reservations due to the limited sampling, we also estimated, for the first time to the best of our knowledge, the extent of the fungal endophyte biodiversity harboured by a single tree at a precise time with an extrapolation of 2 536 ± 73 mOTUs. In the second chapter on the endomycobiota present in the different tissue types of balsam fir branches, we confirm that some tissue specificity is exhibited by fungal endophytes as our results suggest that the aerial endomycobiota of balsam fir trees might be fractioned in distinct communities depending on the tissue types. Finally, in the third chapter, we reveal that the mechanisms of colonization of the host plant by fungal endophytes might be more complex and dynamic that the suggested passive accumulation hinted by culture-dependent methods. The last four cohorts of needles from balsam fir sampled displayed relatively similar diversities, but harboured distinct communities.

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This thesis would not be made possible without the generous support of IATA. / Les taxonomies sont une représentation essentielle des connaissances, jouant un rôle central dans de nombreuses applications riches en connaissances. Malgré cela, leur construction est laborieuse que ce soit manuellement ou automatiquement, et l'évaluation quantitative de taxonomies est un sujet négligé. Lorsque les chercheurs se concentrent sur la construction d'une taxonomie à partir de grands corpus non structurés, l'évaluation est faite souvent manuellement, ce qui implique des biais et se traduit souvent par une reproductibilité limitée. Les entreprises qui souhaitent améliorer leur taxonomie manquent souvent d'étalon ou de référence, une sorte de taxonomie bien optimisée pouvant service de référence. Par conséquent, des connaissances et des efforts spécialisés sont nécessaires pour évaluer une taxonomie. Dans ce travail, nous soutenons que l'évaluation d'une taxonomie effectuée automatiquement et de manière reproductible est aussi importante que la génération automatique de telles taxonomies. Nous proposons deux nouvelles méthodes d'évaluation qui produisent des scores moins biaisés: un modèle de classification de la taxonomie extraite d'un corpus étiqueté, et un modèle de langue non supervisé qui sert de source de connaissances pour évaluer les relations hyperonymiques. Nous constatons que nos substituts d'évaluation corrèlent avec les jugements humains et que les modèles de langue pourraient imiter les experts humains dans les tâches riches en connaissances. / Taxonomies are an essential knowledge representation and play an important role in classification and numerous knowledge-rich applications, yet quantitative taxonomy evaluation remains to be overlooked and left much to be desired. While studies focus on automatic taxonomy construction (ATC) for extracting meaningful structures and semantics from large corpora, their evaluation is usually manual and subject to bias and low reproducibility. Companies wishing to improve their domain-focused taxonomies also suffer from lacking ground-truths. In fact, manual taxonomy evaluation requires substantial labour and expert knowledge. As a result, we argue in this thesis that automatic taxonomy evaluation (ATE) is just as important as taxonomy construction. We propose two novel taxonomy evaluation methods for automatic taxonomy scoring, leveraging supervised classification for labelled corpora and unsupervised language modelling as a knowledge source for unlabelled data. We show that our evaluation proxies can exert similar effects and correlate well with human judgments and that language models can imitate human experts on knowledge-rich tasks.

Des études antérieures sur des évènements tels le « World Trade Center », des accidents automobiles ou bien des désastres naturels, ont reconnu le lien entre l'expérience d'évènement potentiellement traumatique (EPT) et le développement et maintien des symptômes du Trouble d'Anxiété Généralisée (TAG). Peu d'études ont tenté de mieux définir et discriminer ce lien en utilisant une taxonomie des EPT et la présence ou l'absence du TAG (inquiétudes, symptômes somatiques) ainsi que les vulnérabilités cognitives associées au TAG (intolérance à l'incertitude, évitement cognitif et attitude négative face aux problèmes). Cette étude a utilisé une taxonomie basée sur trois critères: EPT de type interpersonnel, EPT de type accident et EPT de type catastrophe naturelle pour déterminer la nature du lien entre différents types d'EPT et le TAG, postulant l'existence de liens significatifs entre eux. Un échantillon de 419 participants a été recruté parmi une population adulte dans trois établissements scolaires. Les participants ont répondu à des questionnaires. Des analyses de variance (ANOVA) ainsi que des tests de khi carré, ont été faits pour apporter des réponses aux questions de recherche de la thèse. Les résultats confirment une relation significative entre une taxonomie des traumatismes, les manifestations du TAG et les vulnérabilités cognitives. L'exposition à un cumul d'accidents est impliquée dans l'étiologie du TAG. Les résultats suggèrent que l'exposition à la violence interpersonnelle induit davantage de symptômes somatiques et que ce type d'exposition favorise la tendance à s'inquiéter exagérément. La violence psychologique, par un effet de cumul, augmente également la tendance à s'inquiéter. L'intolérance à l'incertitude a des liens avec l'exposition à des traumatismes interpersonnels et des liens avec l'effet cumulatif d'accidents. L'attitude négative face aux problèmes est en lien avec les traumatismes de violence physique ou sexuelle. L'évitement cognitif est en lien avec les traumatismes interpersonnels, avec la sous-catégorie de violence sexuelle et avec les catastrophes. Il semble que la violence sexuelle ait un grand impact sur les vulnérabilités cognitives dans le TAG et sur la tendance à s'inquiéter.

Recent genomic data indicate that RNA polymerase II (Pol II) function extends beyond conventional transcription of primarily protein-coding genes. Among the five snRNAs required for pre-mRNA splicing, only the U6 snRNA is synthesized by RNA polymerase III (Pol III). Here we address the question of how Pol II coordinates the expression of spliceosome components, including U6. We used chromatin immunoprecipitation (ChIP) and high-resolution mapping by PCR to localize both Pol II and Pol III to snRNA gene regions. We report the surprising finding that Pol II is highly concentrated ∼300 bp upstream of all five active human U6 genes in vivo. The U6 snRNA, an essential component of the spliceosome, is synthesized by Pol III, whereas all other spliceosomal snRNAs are Pol II transcripts. Accordingly, U6 transcripts were terminated in a Pol III-specific manner, and Pol III localized to the transcribed gene regions. However, synthesis of both U6 and U2 snRNAs was α-amanitin-sensitive, indicating a requirement for Pol II activity in the expression of both snRNAs. Moreover, both Pol II and histone tail acetylation marks were lost from U6 promoters upon α-amanitin treatment. The results indicate that Pol II is concentrated at specific genomic regions from which it can regulate Pol III activity by a general mechanism. Consequently, Pol II coordinates expression of all RNA and protein components of the spliceosome.

Des études morphologiques, phylogénétiques et des analyses phytochimiques ont été menées sur neuf espèces de lichens fruticuleux du genre Stereocaulon à partir d'échantillons provenant de zones tropicales (Indonésie, Île de la Réunion) et de zones tempérées (France, Italie). Les divers résultats et la comparaison des observations ont permis de préciser certains éléments pour la classification et la diagnose très délicate de ces lichens et de sélectionner deux espèces pour une analyse plus approfondie de leurs métabolites secondaires. L'étude phytochimique a été conduite sur S. halei et S. montagneanum, qui ont été récolté dans l'île de Sumatra. Parmi la quinzaine de métabolites isolés, certains sont communs à ces deux espèces et correspondent à un depside abondant, l'atranorine et des dérivés mono-aromatiques associés. Des depsidones différencient les deux espèces comme l'acide lobarique et des dérivés dans S. halei, l'acide lobariolcarboxylique étant isolé pour la première fois et caractérisé sous forme de conformères. Dans S. montagneanum, ce sont l'acide stictique et des dérivés qui ont été identifiés. Ces profils métaboliques différents rejoignent les résultats de l'étude phylogénétique qui distingue respectivement S. halei et S. montagneanum dans les sous-genres Aciculisporae et Holostelidium. Malgré des activités inégales, aucun des 6 composés obtenus en quantité suffisante pour des test à visée photoprotective ne montre de résultat remarquable. Certains composés de type mycrosporine ont été caractérisés dans diverses parties du pseudopodétion et pourraient aussi présenter un intérêt pour la compréhension des répartitions métaboliques au sein des lichens tripartites.

Au cours de ce travail de thèse, nous nous sommes intéressés aux études taxonomiques des deux souches TN17 et Fr10 qui sont deux nouvelles espèces du genre Streptomyces dont nous avons proposé les nomenclatures suivantes : Streptomyces lilaceus sp. TN17 et Streptomyces microflavus sp. Fr10. A partir de la souche Streptomyces lilaceus sp. TN17, trois molécules on été purifiées et identifiées par le biais de plusieurs techniques spectroscopiques, il s’agit d’un dérivé de DKP (L-Leu, L-Arg), un dérivé de phtalate le di-(2-éthylhexyl) phtalate et un tértrapeptide cyclique : le 1 - [2 -(cyclopentanecarbonyl-3-phenylpropionyl] – pyrrolidine-2-carboxylique (1-carbamoyl-propyl)-amide. Ces trois molécules présentent des activités antibactériennes et antifongiques. Suite au criblage des souches de bactéries lactiques productrices de bactériocines de la collection de notre laboratoire et leurs caractérisations, nous avons identifié une nouvelle souche de Lactobacillus nommée Lactobacillus plantarum sp.TN635 qui produit une bactériocine « BacTN635 » de 3,8 KDa. Cette dernière a été purifiée à homogénéité, elle possède un spectre d’action très large contre les bactéries à Gram+, à Gram- et contre les champignons filamenteux et unicellulaires. BacTN635 a un effet bactéricide contre Listeria ivanovii BUG 496 et fongistatique contre Candida tropicalis R2 CIP203. / In This Thesis, we are interested in taxonomic studies of two strains TN17 and Fr10 which are two new species of the genus Streptomyces, and we have proposed the following names: Streptomyces lilaceus sp. TN17 and Streptomyces microflavus sp. Fr10. From Streptomyces lilaceus strain sp. TN17, three molecules have been purified and identified by means of several spectroscopic techniques, it is a derivative of DKP (L-Leu, Larg), a derivative of phthalate di-(2-ethylhexyl) phthalate and cyclic peptide 1 - [2 - (cyclopentanecarbonyl-3-phenylpropionyl] - pyrrolidine-2-carboxylic acid (1-carbamoylpropyl)- amide. All three molecules exhibit antibacterial and antifungal activities. A novel strain of lactic acid bacteria was isolated and characterized from a collection of our laboratory. It’s identified as a new strain of Lactobacillus, named Lactobacillus plantarum sp.TN635 producing a new bacteriocin "BacTN635" of 3.8 kDa, purified to homogeneity and spectrum with a very broad action against Gram + and Gram-, filamentous and unicellular fungi. BacTN635 has a bactericidal effect against Listeria ivanovii BUG 496 and fungistatic against Candida tropicalis R2 CIP203.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

The study (MS, diploma thesis) is based on more than 1200 belemnite rostra set from the Lower Cretaceous sediments of locality Štramberk (N Moravia). Investigated rostra come from the collection of Dr. V. Houša, who collected them during the seventies to eighties of the last century, during intensive excavation of the Lower Cretaceous tectonic block named Š-12 "pocket". Belemnite rostra were determined at species and generic levels including 7 species and 18 genera. The majority of belemnite assemblage comes from the Lower Valanginian strata, however, also the Tithonian, Berriasian and Hauterivian taxa are present, what clearly documents the redeposition. The presence of mesohibilitids, known from the Barremian and younger deposits, still remains enigmatic. For better understanding of the redeposition proces, the alveolar infill formed by several generations of sediments, are investigated. Study of these sediments outlines the sedimentary development of the Baška elevation inside the Outer Carpathian system. Preliminary stable isotope data δ18 O and δ13 C received from belemnite rostra show different belemnite life-style during the ontogeny - i.e. juvenile bottom life style and adults inhabiting shallow/warmer waters. Negative values of δ18 O should be correlated with the "Valanginian extinction...