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Contribution to the taxonomy and phylogeny of Phellinus sunsu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) in southern Brazil / Contribution à la taxonomie et phylogénie de Phellinus sensu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) dans le sud du Brésil / Contribuição à Taxonomia e filogenia de phellinus sensu lato (Hymenochaetaceae, Basidiomycota) na região sul do Brasil

Santana, Marisa de Campos January 2014 (has links)
Phellinus s.l. a été créé par Quélet en 1886. Il comprend actuellement 180 espèces, soit près de la moitié du nombre total d'espèces d'Hymenochaetaceae. Les caractères généralement considérés pour la definition du genre incluent des basidiomes à réaction xanthochroique positive permanente, une trame des tubes jaune à brun, un système d'hyphes dimitique pour l'essentiel avec des hyphes génératives à septa simples (i.e absence de boucles), des hyphes squelettiques brunâtres, et des éléments de type sétoïdes au niveau de l'hyménium ou plus rarement de la trame. Au niveau de leur physiologie (ou de leur biologie nutritionnelle), les Phellinus s.l. sont lignivores, possédant un système enzymatique capable de dégrader préférentiellement la lignine, et également partiellement la cellulose et l'hémicellulose, des composés de la paroi cellulaire du bois, produisant à terme une pourriture blanche. Ils se développent tant sur bois vivant (et sont des parasites parfois économiquement importants) ou sur bois mort. Les Phellinus sont généralement les champignons lignivores les plus divers et les mieux représentés dans les forêts tropicales. Ils participent ainsi activement au maintien des écosystèmes forestiers. Des études récentes, de morphologie fine et le développement d'approches complémentaires, nonmorphologiques, de type biochimique d'abord, génomique ensuite, ont toutefois démontré que la conception généralement admise par la majorité des auteurs modernes (Larsen and Cobb-Poulle 1990, Ryvarden, 1991; Fischer, 1996; Góes-Neto et al, 2001) est largement hétérogène et polyphylétique. En conséquence, de nombreux groupes morphologiques plus cohérents et monophylétiques ont émergés (ou ré-émergés) et ont été reconnus comme des genres satellites indépendants plus ou moins larges selon les cas. Certains de ces genres avaient été reconnus par des auteurs anciens, et ont pu être exhumés de la litérature; pour d'autre groupes des genres ont dus être crées. Citons par ex. les Fomitiporia, Fomitiporella, Fulvifomes, Fuscoporia, Porodaedalea, …. Afin d'élargir les connaissances de ces champignons dans la Région Sud du Brésil, une étude taxonomique a été réalisée à partir de révisions d'herbier et de l'analyse des spécimens collectés en 2010, 2011 et 2013, dans les trois États du sud du Brésil. Les données de la littérature ont également été rassemblées avec l'objectif de fournir un cadre des connaissances actuelles du groupe dans la région étudiée. Plus de 600 spécimens d'Hymenochaetaceae poroïdes ont été analysés. Quarantequatre espèces, distribuées dans neuf genres, ont été identifiées. De ces espèces et d'espèces mentionnées dans la littérature, 26 sont connus pour Paraná, 25 pour Santa Catarina et 35 pour Rio Grande do Sul. Six espèces sont décrites comme nouvelle pour la science. Neuf espèces sont cités pour la première fois au Paraná, 10 pour Santa Catarina, 16 pour Rio Grande do Sul, 14 pour la Région Sud du Brésil, neuf sont mentionnés pour la première fois au Brésil et une pour l’Amérique du Sud. En plus, deux nouvelles combinaisons sont proposées. / Phellinus s.l. foi criado por Quélet em 1886 e compreende atualmente 180 espécies, quase a metade do número total das espécies de Hymenochaetaceae. As características consideradas para definir o gênero incluem basidiomas com reação xantocroica positiva e permanente, superfície dos poros amarela a marrom, sistema hifal dimítico essencialmente com hifas generativas com septo simples (ou seja, sem fíbulas), hifas esqueletais castanhas e elementos do tipo setoides, no himênio ou, raramente, na trama. Em sua fisiologia (ou biologia nutricional), as espécies de Phellinus s.l. são lignocelulolíticas ou xilófilas, possuem um sistema enzimático capaz de degradar a lignina da madeira, causando podridão branca. Desenvolvem-se tanto na madeira viva (e, às vezes, são parasitas de grande importância econômica) ou madeira morta, participando assim ativamente na manutenção dos ecossistemas florestais. Estas espécies são geralmente os fungos xilófilos mais diversos e com maior representatividade nas florestas tropicais. Estudos recentes, enfatizando a morfologia do grupo e o desenvolvimento de abordagens complementares, não morfológicas, bioquímicas e genéticas, têm mostrado que este gênero é amplamente heterogêneo e polifilético (Larsen and Cobb-Poulle 1990; Ryvarden, 1991; Fischer, 1996; Góes-Neto et al., 2001). Em consequência, muitos grupos morfológicos mais coerentes e monofiléticos emergiram (ou reemergiram), e foram reconhecidos como gêneros satélites independentes. Alguns destes gêneros tinham sido reconhecidos por autores anteriores e foram exumados da literatura para que outros gêneros fossem devidamente criados, como, por exemplo, os gêneros Fomitiporia, Fulvifomes, Fuscoporia, Fomitiporia, Porodaedalea, … Com objetivo de ampliar o conhecimento sobre esses organismos na Região Sul do Brazil, um estudo taxonômico foi conduzido a partir de revisões de alguns herbários e análises de espécimes coletados entre os anos de 2010 e 2013, nos três Estados da Região Sul do Brazil. Dados da literatura também foram compilados com o objetivo de fornecer um quadro do conhecimento atual sobre o grupo estudado. Foram examinadas mais de 600 coletas de Hymenochaetaceae poroides, onde foram reconhecidas 44 espécies, pertencentes a nove gêneros. Dessas espécies e das espécies citadas na literatura, 26 são conhecidas para o estado do Paraná, 25 para Santa Catarina e 35 para o Rio Grande do Sul. Seis espécies são propostas como novas para ciência. Nove espécies são citadas pela primeira vez para o Paraná, dez para Santa Catarina, 16 para o Rio Grande do Sul, 14 para a Região Sul do Brasil, nove são citadas pela primeira vez para o Brasil e uma para a América do Sul. Além disso, são propostas duas novas combinações.
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Taxonomie integrative des Culicoides (Diptera Ceratopogonidae) de la région Champagne-Ardenne / Integrative taxonomy of Culicoides (Diptera Ceratopogonidae) in the Champagne-Ardenne region.

Ziani-Hadjhenni, Leila 09 December 2014 (has links)
Plusieurs systématiques se côtoient aujourd'hui : la systématique typologique, d'inspiration linnéenne, qui repose sur l'examen morphologique de types porte-nom. Depuis plusieurs années, une systématique phylogénétique conduit également à la création de taxons nouveaux, de niveau spécifique, infra-spécifique et supra-spécifique. Dans ce travail, nous avons cherché une approche globale, qualifiée de taxonomie intégrative couplant les approches morphologiques traditionnelles, la systématique moléculaire et la geomorphométrie alaire, dans le but d'éclairer la notion d'espèce chez les Culicoides avec ses corollaires épidémiologiques, étant donnée l'importance de ces insectes dans des maladies majeures d'intérêt vétérinaire telles que la fièvre catarrhale ovine (FCO) et la maladie causée par le virus de Schmallenberg (SBV). Cette approche nous a permis de mettre en lumière la complexité systématique des espèces affines (C.clastrieri/C.festivipennis, les groupes Obsoletus, Pulicaris et Vexans). De plus, nous nous sommes intéressés aux préférences trophiques des Culicoides de la région Champagne-Ardenne. / Several systematic coexist today: typological systematic of Linnaean spirit, based on morphological examination of type specimens. For several years, a phylogenetic systematics also led to the creation of new taxa, at specific, sub-specific and supra-specific level.In this study, we have sought a comprehensive approach i.e. an integrative taxonomy that coupling traditional morphological approaches, molecular systematic and wing geometry morphometric in order to clarify the concept of species in the Culicoides with epidemiological corollaries, given the importance of these insects in major diseases of veterinary interest such as bluetongue (BT) and the disease caused by the Schmallenberg virus (SBV). This approach allowed us to highlight the systematic complexity of related species (C.clastrieri / C.festivipennis, the Obsoletus, Pulicaris and Vexans groups). In addition, we investigated the host preference of Culicoides of the Champagne-Ardenne region.
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Étude écologique et biochimique de Himatanthus tarapotensis (Apocynaceae) : patrons de production et rôle dans l’interaction plante – insecte de la pluméricine, en milieu naturel amazonien / Ecological and biochemical study of Himatanthus tarapotensis (Apocynaceae) : production patterns and role of plumericin in plant –insect interaction, at the Amazon

Amasifuen Guerra, Carlos Alberto 14 October 2016 (has links)
Himatanthus tarapotensis (Apocynaceae) connu au Pérou comme "bellaco caspi", est un arbre répandu dans plusieurs types d’habitat de l’Amazonie péruvienne où il est très utilisé en médicine traditionnelle pour le traitement de certaines maladies. Les propriétés médicinales des espèces de Himatanthus sont liées notamment à la présence du terpène bioactif pluméricine. Le potentiel pharmacologique de la pluméricine et le succès reproductif de H. tarapotensis ont mené à la réalisation de cette étude afin d’explorer les patrons de production de ce composé le long des variations des gradients environnementaux déterminés par les différents types d’habitat où la plante pousse naturellement. Cependant, il existe une confusion autour de la délimitation des espèces du genre Himatanthus qui pousseraient au Pérou et les noms scientifiques qui doivent être utilisés. En conséquent une partie de cette étude a consisté en l’évaluation taxonomique du genre Himatanthus. Dans la première partie de la thèse est présentée une révision synoptique des espèces de Himatanthus de l'Amazonie péruvienne, avec la finalité d'introduire une stabilité taxonomique de ces espèces au Pérou. Trois espèces de Himatanthus se trouvent au Pérou : H. tarapotensis, H. phagedaenicus et H. revolutus, distinguées entre eux notamment par des traits reproductifs. Dans la seconde partie, les feuilles d’individus juvéniles de H. tarapotensis qui se développent sur deux types d’habitat ont été prélevées pour évaluer la production de pluméricine en fonction des facteurs environnementaux : type de sol, période de précipitations, et pression des insectes en tenant compte de la croissance de la plante. La production de pluméricine chez H. tarapotensis ne montre pas différences significatives en fonction des types de sol. Mais, il a été observé une variation temporelle de la concentration du composé corrélée positivement avec la pression des insectes, notamment avec la larve herbivore Isognathus leachii (Lepidoptera : Sphingidae) et négativement avec la croissance. En même temps, ces deux facteurs ont été corrélés avec la précipitation, ce qui suggère que l’intensité de pluie influencerait la production de pluméricine de manière indirecte. Le composé bioactif pluméricine pourrait avoir un patron de production déterminé par son rôle médiateur des interactions de H. tarapotensis avec son environnement. / Himatanthus tarapotensis (Apocynaceae) known in Peru as "bellaco caspi", is a common tree from several habitats in the Peruvian Amazon, where is widely used in traditional medicine for the treatment of various diseases. Medicinal properties from species of Himatanthus have been mainly related to the presence of a bioactive terpene plumericin. The pharmacological potential of plumericin and reproductive success of H. tarapotensis gave rise to the present study to explore the production patterns of this compound in function of environmental gradients determined by the different habitat types where this species grows in nature. However, the delimitation of Himatanthus species has long been problematic, and much confusion remains as to which names should be used and which species delimitations should be adopted. Consequently, a part of this study was dedicated to a taxonomic revision of Himatanthus species occurring in Peru. Therefore, in chapter 1 is presented a synoptic revision of Himatanthus species from the Peruvian Amazon, with the aim of introducing taxonomic stability of those species in Peru. Three species of Himatanthus are present in Peru: H. tarapotensis, H. phagedaenicus and H. revolutus, distinguished among themselves mainly by reproductive traits. In chapter 2, leaves collected from juvenile individuals of H. tarapotensis growing on two Amazonian habitats were used to evaluate the plumericin production in relation to environmental factors: soil type, period of precipitation, and insects pressure, keeping in mind their relation with the growth patterns of the plant. Plumericin production in H. tarapotensis was not affected by differences in soil types. However, it was observed a temporal variation in the concentration of this compound correlated positively to the insects pressure, mainly with the herbivorous larva of Isognathus leachii (Lepidoptera: Sphingidae) and negatively to the growth pattern of the plant. These two factors were correlated to the rainfall, thus suggesting that precipitation would be affecting indirectly on plumericin production. The bioactive compound plumericin would have a production pattern determined by its mediator role in interactions phenomena of H. tarapotensis and its environment.
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Caractérisation multitechniques des astéroïdes binaires / Multitechnique Characterization of Binary Asteroids

Pajuelo, Myriam 26 September 2017 (has links)
Les astéroïdes binaires représentent un laboratoire naturel pour recueillir des informations cruciales sur les petits corps du Système Solaire, fournissant un aperçu des mécanismes de formation et d’évolution de ces objets. Leur caractérisation physique nous aide à comprendre les processus qui ont pris part à la formation et l’évolution des planétésimaux dans le Système Solaire. Les caractéristiques qui sont évaluées dans ce travail sont : la masse, la taille, la forme, la rotation, la densité, la composition et la taxonomie. L’une des plus importantes caractéristiques que l’on puisse obtenir avec les objets binaires -si le système peut être angulairement résolu- est leur masse grâce à l’interaction gravitationnelle mutuelle. Avec la masse et la taille du corps, nous pouvons déterminer sa densité, qui peut nous donner un aperçu de sa structure interne.A cet effet, l’exploration de données a été faite à partir d’images à haute résolution angulaire du télescope spatial Hubble et les télescopes au sol avec optique adaptative (VLT/NACO, VLT/SPHERE, Gemini/NIRI, Keck/NIRC2) dans le visible et proche infrarouge. Ayant réduit les images et mesuré les positions des satellites à de nombreuses époques, l’algorithme génétique Genoid est utilisé pour déterminer l’orbite de compagnons et la masse du corps central. Ceci est utile pour améliorer les éphémérides des satellites des binaires, qui à leur tour seront utiles pour prédire des occultations stellaires pour les futures campagnes d’occultation ; la technique d’occultation étant la plus fructueuse pour l’observation des objets de faible diamètre du Système Solaire. En ce qui concerne la taille et la détermination de la forme, l’algorithme KOALA d’inversion multidonnées est utilisé. En ce qui concerne la photométrie, courbes de lumière et couleurs SDSS ont été obtenues depuis le télescope de 1m au Pic du Midi et de 1.20 m de l’observatoire de Haute Provence dans le but de déterminer et affiner leurs propriétés. J’ai également acquis à distance des spectres d’astéroïdes binaires en utilisant le spectrographe Spex sur le télescope IRTF de 3m au Mauna Kea (Hawaii), afin de déterminer leur classe taxonomique pour la première fois. De plus, j’ai fait le modélisation de spectres de binaires sans taxonomie dans la base de données du SMASS collaboration. Ce plus grand échantillon, que j’ai comparé avec la population du NEAs et de Mars Crossers, en trouvant une prédominance dans le taxonomie Q/S. Cela est consistant avec la formation de binaires petits par effet YORP et perturbation rotationnelle. Finalement, j’ai développé une classification taxonomique générale, basée sur la photométrie large bande dans l’infrarouge, et je l’ai appliquée aux données de 30,000 astéroïdes provenant du survey VHS conduit par le télescope VISTA de l’ESO. / Binary asteroids represent a natural laboratory to gather crucial information on small bodiesof the Solar System, providing an overview of the formation and evolution mechanisms of these objects. Their physical characterization can constrain the processes that took part in the formation and evolution of planetessimals in the Solar System. The characteristics assessed in this work are: mass, size, shape, spin, density, surface composition, and taxonomy.One of the most important characteristics that can be obtained of binaries -if the system can be resolved- is their mass through their mutual gravitational interaction. From the mass and the size of the asteroid we determine its density, which provides insight on its internal structure.For this purpose, data mining has been done for high-angular resolution images from HST and ground-based telescopes equipped with adaptive optics (VLT/NACO, VLT/SPHERE, Gemini/NIRI, Keck/NIRC2) in the visible and near infrared. Having reduced the images and determined the satellite positions for over many epochs, the genetic algorithm Genoid algorithm is used to determine the orbit of the companion, and mass of the primary. This improves the ephemerides of binary companions, which in turn allows to stellar occultations by asteroids for future occultation campaigns.The occultation technique is the most fruitfulfor observing small diameter Solar System objects. As for the size and shape determination, KOALA multidata inversion algorithm is used.Concerning photometry, light curves and SDSS colors have been obtained for binary asteroids from T1M at Pic du Midi & 1.20m telescope at Haute Provence Observatory, aiming at determining and refining their properties. I remotely acquired spectra of binary asteroids using Spex/IRTF system based on 3m at Mauna Kea (Hawaii), to determine their taxonomic class for the first time. Additionally, I collected spectra of small binaries from the SMASS collaborationdatabase, modelled it, and found their taxonomy. I compare the now larger sample of classified binaries to the population of NEAs and Mars Crossers, and found a predominance of Q/S types. This is in agreement with a formation by YORP spin-up and rotational disruption.Finally, I developed a taxonomic classification for asteroids in general, based on infrared large band photometry, and applied it to 30,000 asteroids from VHS survey at the ESO’s telescope VISTA.
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Sledování vlivu použití autochtonní kvasinky při výrobě vína v podmínkách vinařství / Monitoring of the influence of using indigenous yeasts for wine production in the conditions of winery

Beníčková, Romana January 2014 (has links)
This thesis deals with identification of yeasts by applying the RFLP-PCR method. Objective of the thesis was to identify the yeasts present in wine from Grüner Veltliner during fermentation. Identification was made by amplification of 5,8S-ITS sequences of DNA by the polymerase chain reaction with primers ITS1 and ITS4. Amplified DNA was submitted to the restriction analysis by restriction endonuclease HaeIII, HinfI and HhaI. By restriction analysis with a specific enzyme, the amplified DNA is chopped into the specific fragments which are characteristic for given kind of yeasts. In the analysed wine, the dominance of autochthonal yeast Saccharomyces cerevisiae was confirmed throughout fermentation. The other identified yeasts in the wine were of kind Pichia. The second part of the thesis was to expand the database by characterization of 28 type-yeasts, using RFLP-PCR analysis. To compare the genetic similarity, program BioNumerics was used, which processed the results of UPGMA cluster analysis using Jaccard´s coefficients.
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Ultrastruktura eustigmatofytních řas / Ultrastructure of eustigmatophycean algae

Fišerová, Melánie January 2012 (has links)
In 1971, the algal class Eustigmatophyceae, Stramenopiles, was detached by Hibberd and Leedale from the class Xanthophyceae, Stramenopiles, on the basis of prominent ultrastructural differences in vegetative cells and more importantly in zoospores, such as the presence of big extraplastidial stigma. The class was divided into four families, six genera and twelve species. It seems so far, that there is a deep dichotomy within the class. Eliáš et al. (unpublished) recom- mend to establish two orders based on molecular sequencing of 18S rDNA and rbcL: Eustigmatales (sen- su Eustigmatophyceae described by Hibberd) and Goniochloridales (order containing Goniochloris, Pseu- dostaurastrum and undescribed relatives). The order Eustigmatales is divided into three separate lineages, most likely families: Eustigmataceae (A1), Monodopsidaceae (A2) and a new family Pseudellipsoidiona- ceae (A3). In this study the ultrastructure of 10 eustigmatophycean strains from three separate lineages was investigated. The typical characteristics of this class as chloroplast without a girdle lamella, a reddish glo- bule and lamellate vesicles were found in all strains studied. The appearance of the lamellate vesicles was found to change during the life cycle. My research indicates that other characteristics, formerly...
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Ekologie a taxonomie limno-terestrických rozsivek z Východní Antarktidy. / Ecology and Taxonomy of limno-terrestrial diatoms from East Antarctica.

Bishop, Jordan January 2020 (has links)
Diatoms are single-celled photosynthetic eukaryotes that substantially contribute to global primary productivity. They are also among the most diverse groups of organisms in Antarctica. Biogeographically, Antarctica is divided into three distinct regions including the Sub-Antarctic, Maritime Antarctic, and Continental Antarctic. Recent taxonomic revisions of diatoms within the Sub-Antarctic and Maritime Antarctic Regions have uncovered a number of endemic taxa initially misidentified as cosmopolitan due to species "force-fitting". Within Continental Antarctica, this taxonomic uncertainty has led to confusion about the environmental drivers of limno-terrestrial diatom communities, although this knowledge is important given the use of diatoms as regional bioindicators for environmental change. The purpose of this dissertation is to reevaluate the diatom flora of Continental Antarctica and determine variables that structure their communities within two historically and biologically important localities within East Antarctica; the Vestfold Hills and Windmill Islands. The erection of the genus Sabbea was performed to accommodate a long-misidentified species, Sabbea adminensis, that occurs within the Vestfold Hills and McMurdo Sound Region where it had been the source of taxonomic confusion since the...
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Formal assessment practices of Computer Application technology teachers

Brits, Magdalena P January 2013 (has links)
The research is based on fieldwork in the Johannesburg East District where fifteen teachers from different schools participated. The teachers were from a variety of backgrounds in teaching the subject. Each of the teachers voluntarily completed an open-ended questionnaire that was based on their own interpretation of the setting of formal assessment tests or examinations. Document analysis was performed on the preliminary theory examinations that were set by the teachers using an adapted form of Krathwohl‟s two-dimensional taxonomy which was made specific for CAT. The teachers were requested to supply an example of a taxonomy which they themselves had used when analyzing the preliminary theory examination according to cognitive levels. The research findings were derived from the responses to the questionnaires that indicated the teachers‟ opinions about the setting of formal assessments as well as from formal test papers the teachers provided. The vast majority of the participant teachers used examinations set by others, either those purchased from publishers or publically accessible past papers downloaded from the internet with minimal change. It appears that the teachers did not use any taxonomy of cognitive levels even when they designed their own question papers. The cognitive level addressed was primarily memorisation and recall. The teachers were more concerned about the format and style of their examination papers than the cognitive levels the papers addressed. Additionally the overwhelming majority did not believe that training in assessment design would be of value to them (as experienced teachers), although some suggested that such training may be useful for beginning teachers. This suggests that further research on the teachers‟ experiences in using taxonomies when setting formal assessments, as well as potential in-service training interventions that address their knowledge of cognitive levels and appropriate assessments is needed. / Dissertation (MEd)--University of Pretoria, 2013. / gm2014 / Science, Mathematics and Technology Education / unrestricted
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Élaboration d'une méthodologie d'analyses bio-informatiques pour des données de séquençage Illumina dans un contexte de metabarcoding

Gagné, Patrick 02 February 2024 (has links)
Le metabarcoding, un domaine alliant les technologies de séquençage à haut débit et l’identification d’organismes biologiques via l’ADN, a permis d’ouvrir les portes à un grand nombre de nouveaux projets scientifiques. Il existe une multitude de programmes capables d’effectuer les analyses, mais ces programmes ne sont souvent pas adaptés pour des projets particuliers comme la détection de pathogènes. ADAPTI a été développé afin de répondre à ce manque. ADAPTI est une méthodologie complète d’analyse adaptée pour la détection de pathogènes, mais capable de s’adapter à différents contextes de recherche grâce à son développement flexible et extensible. Toute la méthodologie a été mise à l’épreuve afin d’évaluer sa capacité, tant au niveau de l’efficacité en temps, mémoire vive et en espace disque, qu’au niveau de la validité et l’exactitude des résultats. Il a été démontré qu’ADAPTI est non seulement capable de fournir des résultats sur des jeux de données de grande taille, mais il le fait avec une grande sensibilité tout en conservant une efficacité multifilaire acceptable. ADAPTI a ensuite été comparé à des programmes open source en utilisant un jeu de données standardisé et il a été déterminé qu’il permet d’effectuer de meilleures analyses que les autres programmes testés. Il a été déterminé que la haute sensibilité fait la force d’ADAPTI, mais aussi l’une de ses faiblesses en permettant une plus grande quantité de séquences « bruits », lesquelles nécessitent des traitements supplémentaires. Certains programmes composant la suite d’ADAPTI nécessitent de l’optimisation au niveau de l’utilisation de la mémoire vive, ce qui est souvent un enjeu en bio-informatique. Il sera aussi nécessaire d’implémenter des capacités de calcul parallèle massif, car l’évolution rapide des technologies de séquençage rendra ADAPTI inefficace dans sa forme actuelle d’ici quelques années. Somme toute, ADAPTI est une méthodologie fonctionnelle capable de répondre à la demande en pathologie.
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Apports de la biologie moléculaire à la systématique, biogéographie et écologie des espèces euroméditerranéennes du genre Eupelmus : implications pour leur utilisation en lutte biologique / Contributions of molecular biology to systematics, biogeography and ecology of the Euro-Mediterranean species of the genus Eupelmus : implications for their use in biological control

Al khatib, Fadel 20 November 2015 (has links)
Le genre Eupelmus Dalman (Chalcidoidea: Eupelmidae: Eupelminae) comprend des ecto-parasitoïdes s'attaquant essentiellement aux stades larvaires et nymphaux de divers insectes holométaboles. Jusqu'à présent, la systématique du genre Eupelmus restait mal résolue compte tenu des données limitées et restreintes à la morphologie et de l'absence de révisions taxonomiques récentes, fiables et globales. Dans ce contexte, de nombreuses questions se posent concernant (i) la pertinence de la classification infra-générique actuelle du genre Eupelmus; (ii) la validité du statut taxonomique des certaines espèces décrites; (iii) la fiabilité des informations écologiques telles que la gamme d'hôtes et la distribution géographique et, donc, (iv) la compréhension des processus de spécialisation écologique et du rôle potentiel de certaines espèces d'Eupelmus comme auxiliaires de lutte biologique. Ce travail de thèse a donc eu pour objectif d'aborder l'ensemble de ces questions en utilisant, à des fins de phylogénie et de taxonomie, une approche intégrative combinant des données moléculaires (ADN mitochondrial et nucléaire) et morphologiques.Les résultats obtenus concernant les relations phylogénétiques infra-générique montrent que la structuration supposée du genre Eupelmus en trois sous-genres (Eupelmus, Episolindelia et Macroneura), ne peut pas être retenue et que ce genre se structurerait plutôt, à l'échelle géographique retenue, en une douzaine de groupes d'espèces. De plus, l'étude de la taxonomie de deux complexes (ensemble d'espèces morphologiquement proches), les complexes “urozonus” et “vesicularis”, met globalement en évidence une diversité insoupçonnée dans la zone Euro-méditerranéenne et plus d'une dizaine d'espèces ont été découvertes et décrites comme de nouvelles espèces à l'occasion de ces travaux. D'une façon générale, les caractères morphologiques, les marqueurs nucléaires et les marqueurs mitochondriaux se sont révélés relativement concordants sauf au sein du complexe vesicularis qui présente une divergence plus marquée au niveau d'ADN mitochondrial.Dans le cadre particulier du groupe urozonus, ce travail de thèse nous a également permis d'étudier l'évolution de la spécificité d'hôtes en lien avec une phylogénie moléculaire multi-locus relativement bien résolue et une estimation de la longueur d'ovipositeur, un caractère morphologique susceptible d'expliquer l'accès aux hôtes. D'une façon générale, les analyses comparatives révèlent que la spécificité d'hôtes n'est pas contrainte par la phylogénie. Nous observons ainsi des spectres d'hôtes très contrastés entre des espèces phylogénétiquement très proches. De même, la longueur d'ovipositeur, qui semble un caractère très labile à cette échelle, ne semble pas déterminer le spectre d'hôtes. L'ensemble des résultats obtenus ont finalement été utilisées de façon à mieux comprendre le rôle potentiel de certaines espèces d'Eupelmus sur des insectes ravageurs, la mouche de l'olive Bactrocera oleae et le cynips du châtaignier Dryocosmus kuriphilus. / The genus Eupelmus Dalman (Chalcidoidea: Eupelmidae: Eupelminae) includes ecto-parasitoids attacking mostly nymphal and larval stages of various holometabolous insects. So far, the systematics of the Eupelmus genus remained poorly resolved due to limited data restricted to morphological information and the absence of recent, reliable and comprehensive taxonomic revisions. In this context, many questions arise concerning (i) the relevance of the current sub-generic classification of the Eupelmus genus; (ii) the availability of the taxonomic status of some species described; (iii) the reliability of ecologic information such as the host range and the geographical distribution; and therefore, (iv) the understanding of the ecological specialization's processes and the potential role of certain species of Eupelmus as auxiliaries of biological control. This thesis work has therefore aimed to address all of these questions by using, for the purposes of phylogeny and taxonomy, an integrative approach combining molecular (nuclear and mitochondrial DNA) and morphological data.The results obtained concerning the sub-generic phylogenetic relationships show that the supposed structuration of Eupelmus genus into three subgenera (Eupelmus, Episolindelia and Macroneura), can not be retained and that this genus would be rather structured, at the retained geographical scale, in a dozen of species groups. In addition, the study of taxonomy of two complexes (sets of morphologically similar species), the complex “urozonus” and “vesicularis”, overall highlights unsuspected diversity in the Euro-Mediterranean area and more than ten species have been discovered and described as new species on the occasion of this work. Generally, the morphological characteristics, nuclear markers and mitochondrial markers have been relatively consistent except within the vesicularis complex which exhibits more marked divergence in the mitochondrial DNA.In the particular case of the urozonus species group, this thesis work has also allowed us to study the evolution of the host specificity in relation to a relatively well-resolved multi-locus molecular phylogeny and an estimate of the length of ovipositor, a morphological character that could explain the ability to parasitize protected hosts. In general, the comparative analyses show that the host specificity is not constrained by the phylogeny. We indeed observe highly contrasted hosts ranges between closely phylogenetically related species. Similarly, the length of ovipositor, which seems a very labile character at this scale, does not seem to determine the host range. All the results obtained have finally been used to better understand the potential role of some Eupelmus species on two insect pests, the fruit olive fly Bactrocera oleae and the chestnut gall wasp Dryocosmus kuriphilus.

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