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Optimization of force fields for molecular dynamicsDi Pierro, Michele 09 February 2015 (has links)
A technology for optimization of potential parameters from condensed phase simulations (POP) is discussed and illustrated. It is based on direct calculations of the derivatives of macroscopic observables with respect to the potential parameters. The derivatives are used in a local minimization scheme, comparing simulated and experimental data. In particular, we show that the Newton Trust-Region protocol allows for accurate and robust optimization. POP is illustrated for a toy problem of alanine dipeptide and is applied to folding of the peptide WAAAH. The helix fraction is highly sensitive to the potential parameters while the slope of the melting curve is not. The sensitivity variations make it difficult to satisfy both observations simultaneously. We conjecture that there is no set of parameters that reproduces experimental melting curves of short peptides that are modeled with the usual functional form of a force field. We then apply the newly developed technology to study the liquid mixture of tert-butanol and water. We are able to obtain, after 4 iterations, the correct phase behavior and accurately predict the value of the Kirkwood Buff (KB) integrals. We further illustrate that a potential that is determined solely by KB information, or the pair correlation function, is not necessarily unique. / text
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Solubilité d'un principe actif hydrophobe modèle dans un système de solvant binaire d'intérêt pour la lyophilisation industrielle / Solubility of a hydrophobic model drug in a binary solvent system of interest for industrial freeze-dryingAman-Pommier, Fabrice 26 October 2017 (has links)
L'objectif de ce travail est l'étude de la solubilité d'un principe actif hydrophobe modèle, le diazépam, dans un solvant binaire d'intérêt pour la lyophilisation industrielle, le mélange eau + tert-butanol. Un modèle décrivant la dépendance du volume d'excès du solvant vis-à-vis de sa composition et de sa température a été validé à partir de données mesurées au cours de ce travail et de données de la littérature. Les variations de diverses propriétés partielles d'excès issues de ce modèle en fonction de la composition du solvant et de sa température ont été interprétées en termes d'interactions moléculaires et d'arrangements structuraux. Ensuite, la solubilité du diazépam dans le solvant a été mesurée en fonction de sa composition et de sa température. La masse volumique des phases liquides saturées ainsi que les propriétés thermophysiques des cristaux de principe actif originels et des phases solides en excès issues des équilibres solide-liquide ont été déterminées. Les propriétés thermodynamiques caractéristiques du processus de dissolution du diazépam en condition d'équilibre ont été obtenues à partir de la dépendance de sa solubilité vis-à-vis de la température. À partir de ces données, les propriétés thermodynamiques d'excès du diazépam dans les différents mélanges saturés ont été calculées et les forces responsables de la variation de la solubilité du principe actif avec la composition du solvant ont été identifiées. Enfin, la capacité de deux modèles d'enthalpie libre d'excès, le modèle de Scatchard-Hildebrand combiné ou non au modèle de Flory-Huggins, à corréler les données expérimentales de solubilité a été évaluée et comparée / The aim of this work is to investigate the solubility behavior of a hydrophobic model drug, diazepam, in a binary solvent of industrial interest for freeze-drying, the water + tert-butyl alcohol mixture. Firstly, a model describing the dependence of the excess volume of the solvent on both composition and temperature was validated from experimental data obtained during this work and literature data. This model was used to derive expressions for excess partial thermodynamic quantities and their variations with respect to composition and temperature were discussed in terms of molecular interactions and structural arrangements in solution. Secondly, the solubility of diazepam in neat solvents and different binary solvent mixtures was determined. The density of drug-saturated mixtures was also determined as well as the thermophysical properties of original diazepam crystals and excess solid phases from solid-liquid equilibria. The thermodynamic properties relative to the dissolution process of the drug under saturation condition were obtained from solubility temperature dependence using van’t Hoff plots. From these, the excess partial thermodynamic properties of diazepam in saturated mixtures were computed and the forces driving the drug solubility variation with respect to the solvent composition were identified. Finally, two excess Gibbs energy models, the Scatchard-Hildebrand and combined Scatchard-Hildebrand/Flory-Huggins models were tested to represent the solubility data. Their capabilities in correlating the dependence of the drug solubility on both the solvent composition and temperature were evaluated and compared
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