Orientador : Beatriz Mascia Daltrini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-03T14:47:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Engelbrecht_AngeladeMendonca_D.pdf: 824030 bytes, checksum: 75f82c4f43071fe095f9ae8d933e06f8 (MD5) Previous issue date: 2003 / Doutorado

This works presents a new model to the multiple protein alignment problem using genetic algorithm based on abstract data types - GAADT. This model uses a structure called chromosome, which is a set of gene that in turn is composed of basic units called bases. Each chromosome is a possible alignment of the input sequences and the chromosome fitness is calculated according with the bases order in alignment. This model is different from other paradigms of multiple alignment by aligning the input sequences as a whole instead of a progressive pairwise alignment approach. Some characteristics of this model concern to the data structure, well-defined genetic operations and the convergence to a solution close to that found in other tools. The validation was performed comparing reference alignments of protein families subset with the results of the model. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / Este trabalho apresenta um novo modelo capaz de realizar o alinhamento múltiplo de proteínas utilizando algoritmo genético baseado em tipos abstratos de dados, denominado GAADT, no qual o cromossomo se dispõe em genes que por sua vez é composto de unidades elementares denominadas bases. Cada cromossomo representa um possível alinhamento entre as seqüências de proteínas e a adaptação do cromossomo é calculada conforme as bases se dispõem no alinhamento. O modelo se difere de outros métodos de alinhamento múltiplo por alinhar as seqüências como um todo, avaliando as colunas (genes) que compõem o alinhamento (cromossomo), ao invés de alinhar seqüências duas a duas progressivamente ou hierarquicamente. As potenciais características do modelo dizem respeito a estrutura de dados organizada, operações genéticas bem definidas sobre os tipos modelados e a convergência para uma solução próxima às encontradas por outras ferramentas, apesar desse algoritmo usar uma quantidade menor de conhecimento frente aos algoritmos existentes. A justificativa de que o modelo é válido foi realizada analisando sua performance com alinhamentos referência, utilizando como estudo de caso um subgrupo de famílias de proteínas.

Orientador: Manuel de Jesus Mendes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-18T21:31:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RestovicValderrama_MariaInes_M.pdf: 1435363 bytes, checksum: 073357e2857410d0a58e683b2837ca3e (MD5) Previous issue date: 1992 / Resumo: Neste trabalho apresenta-se uma ferramenta chamada Compilador ASN.1, cujo objetivo é fornecer uma representação concreta para a sintaxe abstrata ASN.1, de forma que, as especificações das PDU's dos protocolos de aplicação, geralmente escritas em ASN.1, possam ser utilizadas computacionalmente. Uma das funções prioritárias da camada de apresentação de um protocolo de comunicação é produzir uma codificação dos valores destas PDU's, baseando-se nas regras definidas pela norma BER. Assim, o compilador deve fornecer numa segunda tarefa, as rotinas de codificação e decodificação específicas para cada PDU compilada, utilizando um conjunto de funções que se encontram em duas bibliotecas auxiliares que realizam estas conversões / Abstract: This work presents a tool called "Compilador ASN.1", which main objective is to provide a concrete representation for the abstract syntax ASN.1, in order to translate the application protocol PDU's specification, written in ASN.1, to the C language. One of the main functions of the presentation layer is produce an encode-decode for the PDU's data values, based on the BER norm. Therefore, a second compiler task is to provide the specific encode-decode routines for each compiled PDU, using a function set available in two complementary libraries that carry out these conversions / Mestrado / Automação / Mestre em Engenharia Elétrica

Diversos sistemas computacionais transmitem informação em fluxos contínuos de dados estruturados e, por vezes, hierarquizados. Este modelo de transmissão de dados tem como uma de suas características a grande densidade de informação, o que exige de um receptor o tratamento imediato das unidades extraídas deste canal de comunicação. Muitas vezes o volume de transmissão não permite, também, que a informação recebida seja armazenada permanentemente no receptor, o que torna a análise do conteúdo desses fluxos de dados um desafio. Este trabalho apresenta uma arquitetura para a análise de fluxo de dados estruturados aplicado à hierarquia lógica definida pelo Sistema Brasileiro de TV Digital para a transmissão de programas de televisão, validada por meio de uma implementação de referência completamente funcional. / Various computing systems transfer data in structured data streams which also happen to be, sometimes, hierarchically organized. Such data stream model is characterized by the dense amount of information transmitted, which requires the receiver to immediately manipulate the elements extracted from that communication channel. The high rate in which data flows also makes it hard, if not impossible, for the receiver to store the desired information in its memory, which makes data flow analysis especially challenging. This work presents a novel structured data flow analysis architecture applied to the logical hierarchy defined by the Brazilian Digital TV System for the transmission of television programs, validated by means of a fully functional reference implementation.

Diversos sistemas computacionais transmitem informação em fluxos contínuos de dados estruturados e, por vezes, hierarquizados. Este modelo de transmissão de dados tem como uma de suas características a grande densidade de informação, o que exige de um receptor o tratamento imediato das unidades extraídas deste canal de comunicação. Muitas vezes o volume de transmissão não permite, também, que a informação recebida seja armazenada permanentemente no receptor, o que torna a análise do conteúdo desses fluxos de dados um desafio. Este trabalho apresenta uma arquitetura para a análise de fluxo de dados estruturados aplicado à hierarquia lógica definida pelo Sistema Brasileiro de TV Digital para a transmissão de programas de televisão, validada por meio de uma implementação de referência completamente funcional. / Various computing systems transfer data in structured data streams which also happen to be, sometimes, hierarchically organized. Such data stream model is characterized by the dense amount of information transmitted, which requires the receiver to immediately manipulate the elements extracted from that communication channel. The high rate in which data flows also makes it hard, if not impossible, for the receiver to store the desired information in its memory, which makes data flow analysis especially challenging. This work presents a novel structured data flow analysis architecture applied to the logical hierarchy defined by the Brazilian Digital TV System for the transmission of television programs, validated by means of a fully functional reference implementation.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:06:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6327.pdf: 10668384 bytes, checksum: 806ac414d43596c366d93b4bfc0febe0 (MD5) Previous issue date: 2014-10-09 / Universidade Federal de Minas Gerais / A data warehouse is a solution for organizing and storing multidimensional data related to decision-making processes in companies, generating a historical, highly voluminous, subject-oriented and nonvolatile database. A geographic data warehouse (GDW) additio¬nally to the conventional data storage (i.e. numeric and alphanumeric data), stores spatial data as attributes in dimension tables or as measures in fact tables, storing data represented by geometries. Points, lines and polygons are examples of spatial data types. While spatial data currently stored in GDWs are crisp, i.e., they have exact location in the space, strict interiors and well-defined boundaries, geographic applications have required the storage of vague spatial data, which have inaccurate location, inexact interiors or uncertain bounda¬ries. This Master s research aims at incorporating vague spatial data to GDWs. More speci¬fically, we propose and implement a new abstract data type (ADT) called VagueGeometry to represent vague spatial data in the Spatial Database Management System (SDBMS) Post- greSQL/PostGIS. The proposal of the ADT VagueGeometry encompasses the issue of phy¬sical storage for vague spatial data, which are complex and can have several disjoint parts. It also focuses on definitions of operations to handle vague spatial objects, such as vague topological predicates and its operators. Experimental evaluations were conducted in order to assess the performance of the ADT VagueGeometry in comparison to available solutions, such as implementation of vague topological predicates utilizing existing operations of the PostGIS. The proposed ADT VagueGeometry shown reductions in query processing with vague topological predicates from 81.63% to 90.34% in spatial databases and reductions from 92.46% a 95.20% in GDW environments. This Master s project, therefore, advances in the state of art in GDWs to study this gap in the literature. Additionally, fuzzy models to represent vague spatial data was also studied, and as a result, a preliminary proposal of a ADT, called as FuzzyGeometry, was also developed. / Um data warehouse é uma solução para a organização e o armazenamento de dados mul-tidimensionais relacionados a tomada de decisão estratégica em empresas, constituindo um banco de dados histórico, volumoso, orientado ao assunto e não volátil. Um data warehouse geográfico (DWG) adicionalmente ao armazenamento de dados convencionais (tais como dados numéricos e alfanuméricos), armazena dados espaciais como atributos em tabelas de dimensão ou como medidas em tabelas de fatos, ou seja, armazena dados representados por meio de geometrias. Pontos, linhas e polígonos são exemplos de dados espaciais armazena¬dos. Enquanto estes dados armazenados atualmente em DWGs sao crisp, ou seja, possuem localização, interiores e fronteiras bem definidas, aplicações geográficas tem demandado o armazenamento de dados espaciais vagos, os quais possuem localização, interiores ou fronteiras incertas. Esta pesquisa de mestrado visa incorporar dados espaciais vagos em DWGs. Mais especificamente, foi proposto e implementado um novo tipo abstrato de dados (TAD), denominado VagueGeometry, para representar dados espaciais vagos no Sistema Gerenciador de Banco de Dados (SGBD) PostgreSQL com a extensão espacial PostGIS. A proposta do TAD VagueGeometry engloba a proposta de uma forma de armazenamento interna para os dados espaciais vagos, os quais são complexos e podem possuir diversas partes disjuntas. Isso também inclui a definição de operações para manipular objetos espa¬ciais vagos, tais como os relacionamentos topológicos vagos e seus operadores. Avaliações experimentais foram conduzidas para medir o desempenho do TAD VagueGeometry frente a soluções existentes, tal como a implementação de predicados topológicos vagos reuti¬lizando operações existentes do PostGIS. A proposta do TAD VagueGeometry apresentou reduções no tempo de processamento de predicados topológicos vagos de 81,63% a 90,34% em bancos de dados espaciais e reduções de 92,46% a 95,20% em ambientes de DWG. Este trabalho, portanto, avança no estado da arte em DWGs de forma a preencher essa lacuna existente na literatura. Adicionalmente, modelos fuzzy para representação dos dados espa¬ciais vagos também foram estudados e uma proposta preliminar de um TAD, denominado FuzzyGeometry, também foi desenvolvida.