Eucalyptus species account for almost 80% of the forests planted in Brazil, which makes silviculture an activity of great importance in the national and international scenario. Despite its adaptability, Eucalyptus is subject to damages caused by climate change, especially the water deficit. Most plants have survival strategies in water deficit situations. Association with mycorrhizal fungi (FM) is one of them, since they increase water and nutrients uptake by the roots. Thus, the main objective of this study was to evaluate the colonization of mycorrhizal fungi in six Eucalyptus species with different levels of drought tolerance: E. brassiana, E. camaldulensis, E. citriodora, E. cloeziana, E. grandis and E. urophylla. Two trials were carried out, one in the field and another in a greenhouse. In the greenhouse, the substrate of the pots were submitted to different levels of water retention, 50, 75 and 100% of the field capacity, for three months. In the field, soil and roots were sampled at two different periods: after the dry period and after the rainy season. The soil samples and fine roots collected from the two experiments were submitted to microbiological and molecular analyses. AMF root colonization was evaluated. The ITS genes were analyzed by quantitative PCR (qPCR) and the fungal community structure by restriction fragment polymorphism (T-RFLP). Among the eucalypt species studied, E. urophylla presented higher colonization in both trials. Soil microbial activity was strongly affected by soil moisture. The fungal community structure did not differ clearly among the treatments. Age of plants and soil moisture seemed to affect the plant species more than levels of water stress tolerance. / As espécies de eucalipto respondem por quase 80% das florestas plantadas no Brasil, o que faz da silvicultura uma atividade de grande importância no cenário nacional e internacional. Apesar de sua adaptabilidade, o eucalipto está sujeito a danos que as alterações climáticas podem causar, especialmente o déficit hídrico. A maioria das plantas possui estratégias de sobrevivência em situações de déficit hídrico. A associação com fungos micorrízicos arbusculares (FMA) é uma delas, pois aumenta a absorção de água e nutrientes pelas raízes. Assim, o objetivo principal deste trabalho foi avaliar a colonização de fungos micorrízicos em seis espécies de Eucalyptus com diferentes níveis de tolerância à seca: E. brassiana, E. camaldulensis, E. citriodora, E. cloeziana, E. grandis e E. urophylla. Dois ensaios foram realizados: um no campo e outro em casa de vegetação. Em casa de vegetação, os vasos foram submetidos a diferentes níveis de água: 50, 75 e 100% da capacidade de campo, por três meses. No campo, as amostras foram coletadas em dois períodos diferentes: após o período seco e após a estação chuvosa. As amostras de solo e raízes finas coletadas nos dois experimentos foram submetidas à análise microbiológica e molecular. A colonização da raiz por FMA foi avaliada. Os genes ITS foram analisados por PCR quantitativo (qPCR) e a estrutura da comunidade fúngica por polimorfismo de fragmentos de restrição (T-RFLP). Dentre as espécies estudadas, E. urophylla apresentou maior colonização em ambos os ensaios. A atividade microbiana do solo foi fortemente afetada pela umidade do solo. A estrutura da comunidade fúngica não se diferenciou claramente entre os tratamentos. A idade das plantas e a umidade do solo parecem ter maior efeito no desempenho das espécies de eucalipto do que seu nível de tolerância ao estresse hídrico.