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Extração de informação e documentação de laudos médicos. / Information extraction and medical reports documentation.

Bacic, Alice Shimada 09 May 2007 (has links)
Os sistemas de informação hospitalares geram diariamente uma quantidade significativa de dados em formato de texto livre, principalmente através de laudos médicos. Os laudos geralmente são recuperados do sistema através de informações associadas, como identificação do paciente, por datas ou profissional responsável. A recuperação da informação a partir do conteúdo descritivo é uma tarefa não trivial, pois os sistemas hospitalares em geral não são capazes de verificar o conteúdo de um texto livre em uma busca. Não havendo uma estrutura básica de organização, categorização ou indexação do texto livre armazenado nas bases hospitalares, uma grande quantidade de informação deixa de estar disponível para profissionais que necessitam delas, pois não sabem como recuperá-las. A capacidade de recuperação do conhecimento armazenado nestas bases de dados seria de grande valia para pesquisadores, estudantes ou mesmo para o estudo de casos clínicos. Segundo o contexto descrito, este trabalho propõe a criação de uma ferramenta de documentação automática que tem por objetivo gerar uma formatação associada ao texto livre de laudos em radiologia através da adição de informações obtidas a partir de sistemas de terminologias médicos padronizados. Com este procedimento, pretende-se facilitar a pesquisa pelo conhecimento armazenado em uma base de dados médicos através da informação adicional gerada. Para tanto o trabalho envolve pesquisas nas áreas de Ontologias e Extração deInformação, uma subárea do Processamento de linguagem Natural. As ontologias são importantes neste trabalho por tratarem o problema da padronização das terminologias usadas na escrita dos laudos, bem como para fornecer a organização e formatação necessária para que os laudos passem a ser partes de uma base de conhecimento. ) A Extração de Informação fornece os algoritmos e técnicas necessárias para que os laudos sejam documentados de forma automática, minimizando a necessidade de intervenção humana, normalmente muito custosa em termos de trabalho manual e tempo. Como resultado final obteve-se um conjunto de metodologias e ferramentas capazes de receber um laudo em texto livre e gerar um documento XML rotulado com códigos de conceitos definidos em um sistema de terminologias médico, como o UMLS ou o Radlex. Em todas as fases de processamento, até a obtenção do arquivo XML de saída, obteve-se valores de precisão superiores a 70%, um resultado bastante satisfatório se considerado que os algoritmos de PLN utilizados são todos baseados em regras. Em adição às ferramentas de PLN desenvolvidas, cita-se como resultados, os trabalhos desenvolvidos para avaliação de ontologias médicas segundo uma área médica prédefinido, a organização das ontologias em um formato útil para a utilização por algoritmos de PLN, a criação de um Corpus de laudos de Raio-X de Tórax em português para treinamento e testes de aplicações de PLN e um modelo de informação para documentação dos laudos. / Hospital Information Systems generate each day a significant amount of data in free text format, mainly as medical reports. Normally the reports are recovered from the system through associated information like patient identification, dates or responsible identification, for example. To recover a report by its content is not a trivial task since hospital systems are not capable of searching the free text content. Without a basic organizational structure, some categorization and indexing the free text stored on the hospital database is not accessible, since it cannot be recovered in the right context when it is needed. The ability of recovering the knowledge stored on these databases would be valuable for researchers, students or for the study of clinical cases. According to the described context, this work considers the creation of a tool for automatic documentation of medical reports written in free text. The main objective is to format radiological reports to achieve a more efficient way of recovering the knowledge stored in medical report\'s databases. To achieve this goal, information from medical terminology systems is added to the original report automatically. Such task requires some research in the field of Ontologies and Information Extraction, a sub field of Natural Language Processing. Ontologies are important in this work because they provide the standardization needed for the terminologies used in the written reports. It is important too forsupplying the organization necessary to format the reports in an adequate way to be stored on the knowledge base. Information Extraction supplies the algorithms and the necessary techniques to register in an automatic way the radiological reports, minimizing the human intervention, normally with a high cost in terms of handwork and time. ) The final result achieved was a set of methodologies and tools used to process a free text report, generating a XML document tagged with codes extracted from a medical terminology system. Considering all process steps, it was achieved a precision of at least 70%, in each step, a good score, if we consider that all the algorithms are rule based. In addiction to the NLP tools results, there are results concerning to medical ontologies evaluation for a pre-defined medical area, the organization need to make the ontologies usable by the NLP tools, the creation of a x-ray Corpus of reports in Portuguese and an information model used to document the reports. The Corpus could be used on the evaluation and test of NLP tools.
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Complicações pós-operatórias em cirurgia torácica relacionadas aos índices e testes preditores de risco cirúrgico pré-operatórios /

Ambrozin, Alexandre Ricardo Pepe. January 2009 (has links)
Resumo: Algumas variáveis propostas para predizer o risco de complicação pósoperatória (CPO) são a altura no teste da escada (TE) e a distância do teste de caminhada de seis minutos (TC6) e acreditamos que o tempo no teste da escada (tTE) também pode ser utilizado para este fim. Além disso, são utilizados a prova de função pulmonar e os índices pré-operatórios. Objetivo: Determinar se os índices de Torrington e Henderson, American Society of Anesthesiologists, Goldman, Detsky e Charlson, a variável VEF1 da espirometria e as variáveis obtidas nos testes de esforço (TC6 e TE) podem ser preditivos das complicações pós-toracotomia e qual deles seria o melhor preditor dessas complicações. Método: Foram avaliados pacientes com indicação de toracotomia para ressecção pulmonar ou não, maiores de 18 anos. As comorbidades foram obtidas e traçados os índices de Comorbidade de Charlson, de risco de Torrington e Henderson, de Goldman, de Detsky e o ASA. A espirometria foi realizada de acordo com a ATS, em espirômetro Medgraphics Pulmonary Function System 1070. O TC6 foi realizado segundo os critérios da ATS e a distância prevista calculada. O TE foi realizado numa escada à sombra, composta por seis lances, num total de 12,16m de altura. O tTE em segundos percorrido na subida da altura total foi obtido e a partir deste a Potência (P) foi calculada utilizando a fórmula clássica. Também foi estimado o VO2 a partir do tTE (VO2 t) e da P (VO2 P). No intra-operatório foram registradas as complicações e o tempo cirúrgico. E no pós-operatório foram registradas as CPOs. Para análise estatística os pacientes foram divididos em grupos sem e com CPO. Foi aplicado o teste de acurácia para obtenção dos valores preditivos para o TC6 e para o tTE, a curva ROC e dessa o ponto de corte. As variáveis foram testadas para uma possível associação com as CPO pelo teste t de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Some varieties purposed to predict the postoperative complication (POC) risk are the height in the stair-climbing test (SCT) and the distance in the six minute walk test (6MWT), we also believe that the time on the stair-climbing test can also be used for this purpose. Besides, the pulmonary function test and the preoperative index are also used. Objectives: We aim to determine if the Charlson, Torrington and Henderson, Goldman, Detsky and American Society of Anesthesiologists indexes, the variable FEV1 obtained on the Spirometry and on the Cardiopulmonary Exercise Testing (6MWT, SCT) can be predictive of the complication after thoracic surgery and which one of them would be the best. Method: Patients with indication to thoracic surgery, for resection or not, and older than 18 years old were evaluated. The comorbidities were obtained and the Comorbidity Charlson, Torrington and Henderson risk, Goldman, the Detsky and ASA indexes were calculated. The spirometry was performed according to ATS in Medgraphics Pulmonary Function System 1070. The 6MWT was performed according to the ATS criteria and the predicted distance was calculated. The SCT was performed indoor, on six flights of stairs, which results as a 12,16m climb. The time on the SCT was obtained after finished the stair height total in seconds and the Power (P) was calculated using the class formula. The maximum oxygen uptake (VO2) was estimated from the time of SCT (VO2 t) and the P (VO2 P). In the intraoperative was registered the complication and the surgery time. And in the postoperative was registered the POC. In the statistics analysis, the patients were divided in groups with and without POC. It was applied the accuracy test for the distance 6MWT and for the time in the SCT. We have found the cutoff from the ROC curve. The correlation between the variables and POC were tested using the t test for independent population ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Daniele Cristina Cataneo / Coorientador: Antônio José Maria Cataneo / Banca: Roberto Saab Junior / Banca: Paulo Monoel Pego Fernandes / Banca: Irma de Godoy / Banca: Lidia Raquel de Carvalho / Doutor
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Estudo de grandezas dosimétricas aplicadas em pacientes submetidos a exames de tórax rotina em tomografia computadorizada / Study of dosimetric quantities applied to patient undergoing routine chest examinations by computed tomography

Natália Barbosa Gonzaga 01 March 2012 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O sistema de proteção radiológica estabeleceu um padrão para proteger as pessoas contra os efeitos danosos causados pela radiação ionizante tendo por base os princípios da justificação, otimização e limitação de dose. O aumento do uso das radiações em medicina e, consequentemente, dos riscos associados, promoveu a discussão sobre a proteção de pacientes. A tomografia computadorizada (TC) é uma das técnicas em radiodiagnósticos que mais contribui com a exposição do paciente e que requer esforços de otimização. Níveis de referência em radiodiagnóstico (NRD) em termos de grandezas dosimétricas foram estabelecidas em muitos países; no Brasil, os NRD ainda estão em fase de investigação, já que a cultura de proteção de pacientes ainda não é muito forte. O objetivo deste trabalho foi estudar as grandezas dosimétricas associadas à pacientes submetidos a exames de tórax rotina por TC, que são o índice de kerma no ar ponderado (CW) e volumétrico (CVOL), o produto kerma no ar comprimento (PK,L), a dose equivalente em órgãos (HT) e a dose efetiva (E). Os programas computacionais ImPACT CT, CT Expo e ImpactDose, foram usados para cálculos das doses, relativas aos protocolos de exames de tórax rotina em 19 tomógrafos amostrados. O CT Expo foi selecionado e validado através de medidas experimentais em três tomógrafos com dosímetros termoluminescentes, câmara de ionização tipo lápis, objeto simulador antropomórfico físico e objeto simulador de tronco padrão. Os resultados experimentais e calculados indicaram diferenças de até 97% nos valores de HT e E e adequada concordância para CW, CVOL e PK,L. Os dados referentes aos 19 tomógrafos foram comparados com os NRD adotados em outros países e evidenciaram que os NRD locais para exames de tórax rotina em TC podem ser estabelecidos menores que àqueles, contribuindo para aumentar a proteção radiológica do paciente. / The radiological protection system has established a standard to protect persons against the harmful effects caused by ionizing radiation that is based on the justification, optimization and dose limitation principles. The increasing use of radiation in medicine and the related risks have stressed the discussion on patient radiation protection. The computed tomography (CT) is the diagnostic radiology technique that most contributes to patient doses and it requires optimization efforts. Diagnostic reference levels (DRL) has been established in many countries in terms of CT dosimetric quantities; in Brazil, the DRLs are still under investigation since the culture of patient protection is not very strong yet. The objective of this work was to investigate the dosimetric and protection quantities related to patients undergoing CT routine chest examinations. The ImPACT CT, CT Expo and ImpactDose softwares were used for calculations of the weight and volumetric air-kerma indexes (CW and CVOL), the air kerma length product (PK,L), organ equivalent dose (HT) and the effective dose (E) for CT routine chest protocols in 19 tomographs in Belo Horizonte city. The CT Expo was selected to be validated against experimental measurements in three hospitals with thermoluminescent dosimeters and CT pencil ionization chamber in anthropomorphic and standard CT body phantoms. Experimental and calculated results indicated differences up to 97% for HT and E and acceptable agreement for CW ,CVOL and PK,L. All data from 19 tomographs showed that local DRLs for CT routine chest examinations may be chosen smaller than DRLs adopted in other countries; this would contribute to increase the radiological protection of patients.

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