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Mapeamento de QTL nos cromossomos 9, 10, 12, 14, 15, 16, 17 e 18 da galinha doméstica (Gallus gallus) que influenciam características de desempenho / Mapping QTL affecting growth traits in chicken chromosomes 9, 10, 12, 14, 15, 16, 17 and 18

Campos, Raquel de Lello Rocha 30 August 2007 (has links)
Uma população F2 foi desenvolvida através do cruzamento entre uma linhagem de frangos de corte (TT) e uma de postura (CC). Sete machos TT foram acasalados com sete fêmeas CC para produzir uma população F1 TC. Cada macho F1 foi acasalado com três fêmeas F1 não-aparentadas para produzir aproximadamente 100 descendentes por família de irmãos completos. Neste estudo foram utilizadas as 5 famílias que apresentaram maior número de marcadores informativos nos cromossomos 1 a 5, em estudos realizados anteriormente nesta população. Foram coletados dados fenotípicos de peso ao nascer (PN), peso aos 35 (PV35) e 41 (PV41) dias de idade, ganho de peso (GP35-41), consumo de ração (CR35-41) e eficiência alimentar (EF35-41) dos 35 aos 41 dias de idade. Os indivíduos parentais e F1 foram genotipados com 35 marcadores microssatélites posicionados nos cromossomos 9, 10, 12, 14, 15, 16, 17 e 18. Os marcadores informativos (22) foram genotipados nos indivíduos F2 das famílias escolhidas. O cromossomo 16 não foi mapeado, pois o único marcador disponível não foi informativo. No cromossomo 17 apenas um marcador foi informativo, logo foi utilizada uma análise de marca simples para associação do marcador com as características selecionadas. O mapa de ligação de cada cromossomo foi construído e comparado ao mapa consenso. Os mapas de ligação apresentaram o mesmo ordenamento dos marcadores em relação aos mapas consenso, no entanto foram encontradas pequenas discrepâncias nas distâncias entre os marcadores A análise empregada no estudo de mapeamento de QTL por intervalo utilizou o método de regressão linear e estimação de quadrados-mínimos, utilizando o programa QTL Express, na opção análise de F2. No cromossomo 17, duas características foram associadas ao genótipo do marcador: GP35-41 (P<0,05) e EF35- 41 (P<0,01). Foram encontrados 4 QTL sugestivos no cromossomo 10: para PV35, PV41, GP35-41 e EF35-41. Houve interação do QTL com família para EF35-41. Os QTLs para PV35, PV41 e GP35-41 apresentaram efeito aditivo, apenas EF35-41 apresentou efeito de dominância. / An F2 chicken population was developed by crossing broiler line (TT) with a layer line (CC). Seven males TT were mated with seven females CC to generate an F1 population. Each male F1 was then mated with three unrelated females F1 generating approximately 100 individual per family of dam. On the present study 5 families were used, which showed the greatest number of informative markers in previews studies of chromosomes 1 to 5 of the resource population. Phenotypic dada were collected for body weight at 1 (BW1), 35 (BW35) and 41 (BW41) days of age, weight gain (WG35- 41), feed intake (FI35-41) and feed efficiency (FE35-41) from 35 to 41 days of age. The parental and F1 individuals were genotyped for 35 microsatellite markers distributed on chromosomes 9, 10, 12, 14, 15, 16, 17 and 18. The informative markers were genotyped on the F2 from the selected families. Chromosome 16 was excluded, because the only available marker was not informative. On chromosome 17 only one marker was informative, therefore a single marker analysis was used to associate the marker with the selected characteristics. The linkage map of each chromosome was constructed and compared to the consensus map. The linkage maps showed the same marker ordering compared to the consensus map, however small discrepancy between markers distances were presented. Interval mapping using regression methods was applied to a line-cross and least square analysis, using the QTL Express program, on the F2 analyses option. On chromosome 17, two characteristics were associated to the marker genotype: WG35-41 (P<0.05) and FE35-41 (P<0.01). Suggestive QTLs were detected for BW35, BW41, WG35-41 and FE35-41 on chromosome 10. A QTL x family interaction effect was statistically significant for FE35-41. QTLs for BW35, BW41 and WG35-41 showed addictive effects, only FE35-41 showed dominance effect.
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Mapeamento de QTL nos cromossomos 9, 10, 12, 14, 15, 16, 17 e 18 da galinha doméstica (Gallus gallus) que influenciam características de desempenho / Mapping QTL affecting growth traits in chicken chromosomes 9, 10, 12, 14, 15, 16, 17 and 18

Raquel de Lello Rocha Campos 30 August 2007 (has links)
Uma população F2 foi desenvolvida através do cruzamento entre uma linhagem de frangos de corte (TT) e uma de postura (CC). Sete machos TT foram acasalados com sete fêmeas CC para produzir uma população F1 TC. Cada macho F1 foi acasalado com três fêmeas F1 não-aparentadas para produzir aproximadamente 100 descendentes por família de irmãos completos. Neste estudo foram utilizadas as 5 famílias que apresentaram maior número de marcadores informativos nos cromossomos 1 a 5, em estudos realizados anteriormente nesta população. Foram coletados dados fenotípicos de peso ao nascer (PN), peso aos 35 (PV35) e 41 (PV41) dias de idade, ganho de peso (GP35-41), consumo de ração (CR35-41) e eficiência alimentar (EF35-41) dos 35 aos 41 dias de idade. Os indivíduos parentais e F1 foram genotipados com 35 marcadores microssatélites posicionados nos cromossomos 9, 10, 12, 14, 15, 16, 17 e 18. Os marcadores informativos (22) foram genotipados nos indivíduos F2 das famílias escolhidas. O cromossomo 16 não foi mapeado, pois o único marcador disponível não foi informativo. No cromossomo 17 apenas um marcador foi informativo, logo foi utilizada uma análise de marca simples para associação do marcador com as características selecionadas. O mapa de ligação de cada cromossomo foi construído e comparado ao mapa consenso. Os mapas de ligação apresentaram o mesmo ordenamento dos marcadores em relação aos mapas consenso, no entanto foram encontradas pequenas discrepâncias nas distâncias entre os marcadores A análise empregada no estudo de mapeamento de QTL por intervalo utilizou o método de regressão linear e estimação de quadrados-mínimos, utilizando o programa QTL Express, na opção análise de F2. No cromossomo 17, duas características foram associadas ao genótipo do marcador: GP35-41 (P<0,05) e EF35- 41 (P<0,01). Foram encontrados 4 QTL sugestivos no cromossomo 10: para PV35, PV41, GP35-41 e EF35-41. Houve interação do QTL com família para EF35-41. Os QTLs para PV35, PV41 e GP35-41 apresentaram efeito aditivo, apenas EF35-41 apresentou efeito de dominância. / An F2 chicken population was developed by crossing broiler line (TT) with a layer line (CC). Seven males TT were mated with seven females CC to generate an F1 population. Each male F1 was then mated with three unrelated females F1 generating approximately 100 individual per family of dam. On the present study 5 families were used, which showed the greatest number of informative markers in previews studies of chromosomes 1 to 5 of the resource population. Phenotypic dada were collected for body weight at 1 (BW1), 35 (BW35) and 41 (BW41) days of age, weight gain (WG35- 41), feed intake (FI35-41) and feed efficiency (FE35-41) from 35 to 41 days of age. The parental and F1 individuals were genotyped for 35 microsatellite markers distributed on chromosomes 9, 10, 12, 14, 15, 16, 17 and 18. The informative markers were genotyped on the F2 from the selected families. Chromosome 16 was excluded, because the only available marker was not informative. On chromosome 17 only one marker was informative, therefore a single marker analysis was used to associate the marker with the selected characteristics. The linkage map of each chromosome was constructed and compared to the consensus map. The linkage maps showed the same marker ordering compared to the consensus map, however small discrepancy between markers distances were presented. Interval mapping using regression methods was applied to a line-cross and least square analysis, using the QTL Express program, on the F2 analyses option. On chromosome 17, two characteristics were associated to the marker genotype: WG35-41 (P<0.05) and FE35-41 (P<0.01). Suggestive QTLs were detected for BW35, BW41, WG35-41 and FE35-41 on chromosome 10. A QTL x family interaction effect was statistically significant for FE35-41. QTLs for BW35, BW41 and WG35-41 showed addictive effects, only FE35-41 showed dominance effect.
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Mapeamento de locos de características quantitativas (QTLs) associados a desempenho nos cromossomos 19, 23, 24, 26, 27 e 28 de Gallus gallus / Mapping QTLs on chicken chromosome 19, 23, 24, 26, 27 and 28 affecting performance traits

Ambo, Marcel 29 August 2007 (has links)
A partir de uma linha macho de corte e outra de postura, foi desenvolvida uma população experimental F2 com objetivo de mapear locos de características quantitativas (QTLs) para características de interesse comercial. Foi gerado um total de 2.063 animais F2 em 17 incubações que foram criados como frangos de corte até a 6&#170; semana de idade, quando foram avaliadas seis características de desempenho. As famílias utilizadas para o estudo, foram as que obtiveram maior número de marcadores microssatélites informativos em trabalhos anteriores envolvendo os cromossomos 1 a 5 com a mesma população. Vinte marcadores dos cromossomos 19, 23, 24, 26, 27 e 28 foram testados nos indivíduos parentais e F1 das famílias escolhidas para checar se eram ou não informativos. Após a genotipagem das 5 famílias escolhidas, foram construídos os mapas de ligação e realizada a análise de mapeamento de QTL por intervalo para cada cromossomo utilizando o método de regressão e o modelo genético F2. Dois modelos foram testados: um incluindo apenas o efeito aditivo do QTL e outro modelo que incluiu também o efeito de dominância. Caso fosse identificado QTL com nível de significância no mínimo sugestivo no genoma, os modelos foram confrontados para confirmar o efeito de dominância do QTL. Foram conduzidas também análises complementares com o intuito de detectar interação do QTL x sexo e QTL x família. Foram estimados a porcentagem da variância fenotípica e o intervalo de confiança para cada QTL. No cromossomo 26 foi mapeado QTL significativo a 5% no cromossomo para ganho de peso dos 35 aos 41 dias, e no cromossomo 27 foi identificado, para a característica peso vivo aos 35 dias um QTL sugestivo no genoma. Os QTL localizados nos cromossomo 26 e 27 foram localizados a 0.0 e 103.0 cM e explicaram 1,95 e 2,03% da variação fenotípica, respectivamente. / With the objective of mapping quantitative trait loci (QTLs) for economically valuable characteristics, an F2 chicken population was developed by crossing a broiler sire line and a layer dam line. A total of 2.063 F2 chickens from 17 incubations were reared as broilers and slaughtered at 6 week of age, when six performance traits were measured. Five families were chosen for this study based on previous work to determine the most informative families. Twenty markers from chromosomes 19, 23, 24, 26, 27 and 28 were tested in the parental and F1 chickens from the chosen families to select the informative markers. After genotyping parental, F1 and F2 chickens, the linkage maps were constructed and QTL Interval mapping analysis was conducted for each chromosome using regression methods and the F2 genetic model. Two different models were tested: one including only the additive effect of the QTL and another model that also included the dominance effect. If at least a genome-wide suggestive QTL was detected, they were compared through standard F tests to confirm the dominance effect of the QTL. Complementary analyses were conducted to investigate the existence of QTL x sex and QTL x family interactions. The percentage of the phenotypic variance explained by the QTL and the confidence intervals were estimated for each QTL. A 5% chromosome-wide significant QTL for weight gain from 35 to 41 d was mapped to chromosome 26 and a QTL that exceeded the genome-wide suggestive threshold for body weight at 35 d was mapped to chromosome 27. This QTL positioned at 103 cM explained 2.03% of the phenotypic variance of the trait and presented a confidence interval from 0 to 111 cM.
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Mapeamento de locos de características quantitativas (QTLs) associados a desempenho nos cromossomos 19, 23, 24, 26, 27 e 28 de Gallus gallus / Mapping QTLs on chicken chromosome 19, 23, 24, 26, 27 and 28 affecting performance traits

Marcel Ambo 29 August 2007 (has links)
A partir de uma linha macho de corte e outra de postura, foi desenvolvida uma população experimental F2 com objetivo de mapear locos de características quantitativas (QTLs) para características de interesse comercial. Foi gerado um total de 2.063 animais F2 em 17 incubações que foram criados como frangos de corte até a 6&#170; semana de idade, quando foram avaliadas seis características de desempenho. As famílias utilizadas para o estudo, foram as que obtiveram maior número de marcadores microssatélites informativos em trabalhos anteriores envolvendo os cromossomos 1 a 5 com a mesma população. Vinte marcadores dos cromossomos 19, 23, 24, 26, 27 e 28 foram testados nos indivíduos parentais e F1 das famílias escolhidas para checar se eram ou não informativos. Após a genotipagem das 5 famílias escolhidas, foram construídos os mapas de ligação e realizada a análise de mapeamento de QTL por intervalo para cada cromossomo utilizando o método de regressão e o modelo genético F2. Dois modelos foram testados: um incluindo apenas o efeito aditivo do QTL e outro modelo que incluiu também o efeito de dominância. Caso fosse identificado QTL com nível de significância no mínimo sugestivo no genoma, os modelos foram confrontados para confirmar o efeito de dominância do QTL. Foram conduzidas também análises complementares com o intuito de detectar interação do QTL x sexo e QTL x família. Foram estimados a porcentagem da variância fenotípica e o intervalo de confiança para cada QTL. No cromossomo 26 foi mapeado QTL significativo a 5% no cromossomo para ganho de peso dos 35 aos 41 dias, e no cromossomo 27 foi identificado, para a característica peso vivo aos 35 dias um QTL sugestivo no genoma. Os QTL localizados nos cromossomo 26 e 27 foram localizados a 0.0 e 103.0 cM e explicaram 1,95 e 2,03% da variação fenotípica, respectivamente. / With the objective of mapping quantitative trait loci (QTLs) for economically valuable characteristics, an F2 chicken population was developed by crossing a broiler sire line and a layer dam line. A total of 2.063 F2 chickens from 17 incubations were reared as broilers and slaughtered at 6 week of age, when six performance traits were measured. Five families were chosen for this study based on previous work to determine the most informative families. Twenty markers from chromosomes 19, 23, 24, 26, 27 and 28 were tested in the parental and F1 chickens from the chosen families to select the informative markers. After genotyping parental, F1 and F2 chickens, the linkage maps were constructed and QTL Interval mapping analysis was conducted for each chromosome using regression methods and the F2 genetic model. Two different models were tested: one including only the additive effect of the QTL and another model that also included the dominance effect. If at least a genome-wide suggestive QTL was detected, they were compared through standard F tests to confirm the dominance effect of the QTL. Complementary analyses were conducted to investigate the existence of QTL x sex and QTL x family interactions. The percentage of the phenotypic variance explained by the QTL and the confidence intervals were estimated for each QTL. A 5% chromosome-wide significant QTL for weight gain from 35 to 41 d was mapped to chromosome 26 and a QTL that exceeded the genome-wide suggestive threshold for body weight at 35 d was mapped to chromosome 27. This QTL positioned at 103 cM explained 2.03% of the phenotypic variance of the trait and presented a confidence interval from 0 to 111 cM.

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