Au cours des prochaines décennies, les besoins en bois vont entraîner une pression considérable sur la production forestière. Pour le Douglas (Pseudotsuga menziesii), deuxième essence utilisée pour le reboisement des forêts françaises, le développement et la diffusion de variétés améliorées par sélection classique est lente. Chez les conifères l’embryogenèse somatique, méthode de multiplication végétative la plus performante, a été développée avec succès. Cependant elle n’est obtenue à ce jour qu’à partir de matériel juvénile (graines) malgré les nombreux travaux engagés. Les objectifs de ce travail de thèse ont été de 1) caractériser à différentes échelles l’aptitude à l’embryogenèse somatique en comparant des masses embryogènes (ME) et des cals non-embryogènes (NE) isogéniques, 2) caractériser les marqueurs responsables de la variation du potentiel embryogène en comparant aux niveaux cellulaire et moléculaire, les ME primaires à des ME secondaires et tertiaires obtenues lors de la ré initiation de l’embryogenèse somatique à partir d’ES cotylédonaires. 1) Pour le premier objectif, nous avons rapproché des données de protéomique et de transcriptomique, que nous avons complétées par des observations biologiques (potentiel embryogène), histologiques, et biochimiques (teneur en eau, glucides, régulateurs de croissance). Nous avons observé chez les ME une surexpression des marqueurs impliqués dans la différenciation (hormones, facteurs de transcription) et la division cellulaire (évènements de mitose, teneur en glucides, information génétique). Nous avons retrouvé certains facteurs de transcription marqueurs de l’embryogenèse somatique : WOX, LEC1, SERK1, BBM. En comparaison, les NE sont caractérisés par la réponse aux stimuli (ABA, phénols, protection contre les ROS), mais aussi par le stockage de réserves carbonées (amidon). 2) Le potentiel embryogène des ME secondaires et tertiaires augmente significativement. Au niveau cellulaire, cela se traduit par une amélioration de la structuration des ES (diminution de centres polyembryogènes au profit d’ES isolés). Le rapprochement des données de protéomique et de transcriptomique ont mis en évidence que lors de cette reprogrammation cellulaire il y a surexpression du métabolisme des protéines, oxydatif, et hormonal. La présence de facteurs de transcription associés à la maturation de l’ES (WRKY, NAC, ARF, ERF et MYB) surexprimés précocement pourrait aussi être une caractéristique ciblant un plus fort potentiel embryogène chez le Douglas. Nos résultats contribuent à une meilleure compréhension de l’aptitude à l’embryogenèse somatique du Douglas. Ils pourraient permettre in fine d’initier l’embryogenèse somatique à partir de matériel âgé. / Résumé anglais non communiqué

Toxoplasma gondii est un parasite protozoaire intracellulaire obligatoire, responsable d'une infection cosmopolite très répandue, la toxoplasmose. Les différents schémas de traitement de la toxoplasmose reposent sur l'association de la pyriméthamine et d'un sulfamide qui agissent en synergie pour bloquer la voie de synthèse des folates. Cependant des échecs thérapeutiques ont été rapportés dans la littérature, et trois souches naturellement résistantes à la sulfadiazine, TgA 103001 (Type I), TgH 32006 (Type II) et TgH 32045 (Type II variant), ont été décrites. Notre travail a porté sur l'étude des mécanismes de résistance à la sulfadiazine chez T. gondii. Nous nous sommes intéressés dans un premier temps à l'implication des gènes cibles, dhps et dhfr, ainsi que les ABC transporteurs TgABC.B1, TgABC.B2, TgABC.C1 et TgABC.C2 dans la résistance à la sulfadiazine chez T. gondii. Cependant aucun polymorphisme ni surexpression de ces gènes n'a pu être relié aux mécanismes de résistance. Nous avons ensuite comparé les protéomes des souches naturellement résistantes aux protéomes des souches sensibles RH (Type I) et ME-49 (Type II) par DIGE. Parmi les 31 protéines différentiellement exprimées entre souches sensibles et résistantes, quatre protéines, ROP2, MIC2, ENO2 et IMC1, nous ont semblé intéressantes. Afin de s'affranchir des variations liées aux différences de fond génétique des souches, les souches sensibles RH et ME-49 ont été rendues résistantes in vitro à la sulfadiazine par pression médicamenteuse croissante, résistance validée in vitro grâce à la mise au point d'un nouveau test de chimiosensibilité. Nous avons ensuite, par 2-DE, comparé les protéomes des souches de type II sensible (ME-49), et résistantes (ME-49-RSDZ et TgH 32006) sans identifier le ou les candidat(s) impliqué(s) dans la résistance médicamenteuse. Cependant, l'analyse des souches ME-49 sensible et ME-49-RSDZ résistante, par microarrays, nous a permis d'identifier une cible appartenant à la voie de synthèse des folates : la folylpolyglutamate synthase. / Toxoplasma gondii is an obligate intracellular protozoan parasite responsible of a widespread infection, toxoplasmosis. Treatment options for toxoplasmosis are generally limited to combinations of sulfonamide and pyrimethamine which have a synergistic action on T. gondii folate synthesis by inhibiting two major enzymes: dihydropteroate synthase (DHPS) and dihydrofolate reductase (DHFR). However treatment failures have been reported, and three naturally sulfadiazine resistant strains, TgA 103001 (Type I), TgH 32006 (Type II) and TgH 32045 (Type II variant), have been described. In this work, we studied resistance mechanisms to sulfadiazine on T. gondii. We are interested, in a first time, on the involvement of target genes, dhps and dhfr, and ABC transporters, TgABC.B1, TgABC.B2, TgABC.C1 and TgABC.C2, in the sulfadiazine resistance on T. gondii. However, neither polymorphisms nor overexpression of these genes has been linked to resistance mechanisms. Then, we compared proteomes of naturally resistant strains to sensitive strains RH (Type I) and ME-49 (Type II) by DIGE. Among the 31 proteins differentially expressed between sensitive and resistant strains, four proteins, ROP2, MIC2, ENO2 and IMC1, seemed to be interesting. In order to avoid variations due to differences from genetic background, sensitive strains RH and ME-49 have been made resistant in vitro by gradual increase in sulfadiazine concentration. This resistance was checked in vitro by the development of a new chemosensitivity assay. We compared then, by 2-DE, proteomes of the type II strains, sensitive (ME-49) and resistant (ME-49-RSDZ and TgH 32006), without identifying candidates implicated in sulfadiazine resistance mechanisms. However, analysis of the sensitive strain ME-49 and the resistant strain ME-49-RSDZ, by microarrays, allowed us to identify a candidate belonging to folate synthesis pathways: folylpolyglutamate synthase.

Les médicaments sont fréquement retrouvés dans les effluents de STEP relargués dans l’environnement aquatique. Dans le but de prévenir et de mieux comprendre les impacts des médicaments sur les écosystèmes aquatiques, il semble pertinent d’évaluer les perturbations comportementales, physiologiques et transcriptomiques des psychotropes sur les organismes aquatiques. Dans ce contexte, l’objectif de cette étude a été d’évaluer les perturbations induites par 4 psychotropes (oxazépam, carbamazépine, cyamémazine et sertraline) chez deux organismes, Radix balthica et Schmidtea polychroa. Pour ce faire, des embryons de Radix au stade trochophore et des planaires adultes ont été exposés à chaque psychotrope (du μg/L jusqu’à 100 μg/L). Il en ressort que les psychotropes allongent la durée du développement embryonnaire du Radix et perturbent le déplacement, la reproduction et la digestion, mais pas la régénération de la planaire. D’un point de vue transcriptomique, nous avons réalisé le séquençage du transcriptome en conditions différentielles chez le Radix. Ainsi, nous avons obtenu d’une part les séquences du transcriptome et d’autre part, après analyse en différentiel, 144 contigs différentiellement exprimés par l’oxazépam parmi lesquels 94 ont été vérifiés en RT-qPCR chez des Radix exposés à chaque psychotrope. Il ressort de cette analyse que les psychotropes impactent principalement la voie de signalisation Notch, mais aussi les voies de biosynthèse des polyamines et des catécholamines. Les psychotropes modulent aussi l’expression de gènes codant des protéines de la Matrice Extra Cellulaire (MEC), comme la Matriline ou encore la Dentine sialophosphoprotéine. Chez la planaire, nous avons analysé l’expression de 87 gènes impliqués dans différentes fonctions. Il ressort de cette étude que les 4 psychotropes modulent l’expression de nombreux gènes impliqués dans la mobilité ciliaire et musculaire et dans les systèmes nerveux, reproducteur, excréteur et digestif. / Pharmaceuticals are often found in WWTP effluents realesed in surface water. In order to prevent and to understand the pharmaceuticals impact on aquatic ecosystems, it seems relevant to evaluate behavioural, physiological and transcriptomic disturbances of psychotropics on freshwater organisms. The aim of this study was thus to analyse disturbances of 4 psychotropics (oxazepam, carbamazepine, cyamemazine and sertraline) on 2 freshwater organisms, Radix balthica and Schmidtea polychroa. In our experiments, both Radix embryos at the trochophore stage and mature planarian were exposed to each psychotropic (from 1 to 100 μg/L). This psychotropic exposure results in an increase of the duration of Radix embryonic development and a disturbance of the mobility, the reproduction and the digestion but not the regeneration of planarian. Regarding the transcriptomic impact, we performed RNA sequencing in differential conditions of Radix embryos exposed or not to oxazepam. On one hand, this analysis allowed us to obtain the transcriptome sequences and, on the other hand, 144 contigs differentially expressed among which 94 genes were verified by RT-qPCR. The results showed that psychotropics impact mainly the Notch signalling pathways, but also the biosynthetic pathways of polyamines and catecholamines. Psychotropics also disturb the gene expression encoding some Extra Cellular Matrix (ECM) protein such as Matrilin and Dentin sialophosphoprotein. Regarding the molecular study of the psychotropics impact on planarian, we analysed the expression of 87 genes involved in different functions. The results showed that the 4 psychotropics modulate expression of genes involved in ciliary and muscular motility and in the nervous, reproductive and excretory systems. Genes from the digestive system are also impacted by the psychotropics. All the observed impacts on the 2 organisms suggest a possible disturbance on the population fitness and therefore on the freshwater ecosystems.

Le Syndrome de Taybi-Linder (TALS) est une maladie génétique rare affectant le développement embryonnaire, caractérisée par un nanisme microcéphalique sévère et un décès précoce des patients. Le gène muté dans ce syndrome est RNU4ATAC, qui encode un petit ARN nucléaire (snRNA) non-codant : U4atac. Ce snRNA est l’une des briques composant le spliceosome mineur, une machinerie nucléaire dédiée à l’épissage des introns U12, un groupe d’introns peu étudié car présent dans ~1 % des gènes seulement. Dans le TALS, ces introns sont fréquemment retenus dans les transcrits matures, l’épissage correct des introns U12 semble donc capital pour le développement embryonnaire. L’étude du profil transcriptomique des patients TALS permet ainsi d’établir les conséquences moléculaires d’un dysfonctionnement du spliceosome mineur, nous permettant d’en apprendre davantage sur les mécanismes d’épissage des introns U12 en condition physiologique ou pathologique, et sur le rôle de l’épissage mineur dans le développement embryonnaire. Cette thèse présente la première analyse approfondie du transcriptome de cellules provenant de patients TALS. Pour mener cette analyse, nous avons développé un pipeline bioinformatique qui, à partir de données RNA-seq de seconde génération, utilise différentes méthodes dédiées à l’étude différentielle de l’expression des gènes ou de la qualité d’épissage entre patients et contrôles. L’épissage étant particulièrement complexe à analyser à partir de reads courts, deux approches complémentaires ont été utilisées : l’une classique, basée sur l’alignement des reads, et l’autre plus originale, basée sur l’assemblage des reads et permettant de détecter plus d’événements d’épissage non-annotés (KisSplice). Une des conséquences attendue d’un dysfonctionnement du spliceosome mineur est une rétention massive des introns U12 dans les ARN matures. Cependant, la détection et la quantification de rétentions d’intron chez les mammifères constituent encore aujourd’hui un challenge bioinformatique. Nous avons donc utilisé une méthode récente dédiée à l’analyse des rétentions d’introns pour caractériser le plus précisément possible le profil transcriptomique des patients TALS. J’ai ainsi participé au développement de KisSplice et de notre outil d’analyse statistique des différentielles d’épissage, kissDE, et mis en évidence certaines caractéristiques de l’épissage mineur, que ce soit en condition physiologique ou pathologique / The Taybi-Linder Syndrome (TALS) is a rare genetic disorder of the embryonic development leading to a severe microcephaly, a primordial dwarfism and an early/unexpected death. The mutated gene in this syndrome is RNU4ATAC, which encode a non-coding small nuclear RNA (snRNA) named U4atac, involved in the minor spliceosome. This nuclear machinery is dedicated to the splicing of a small number of particular introns : the U12 introns. Because only about 1 % of the Human’s genes display at least one U12 intron, they have not been extensively study and little is known about their function. In TALS patients’ cells, most of the U12 introns are retained in mature transcripts ; hence, splicing of U12 introns seems important for the embryonic development. Studying TALS patients’ cells transcriptomes both in physiological and pathological conditions should enable us to precisely identify most of the molecular consequences of a minor splicing defect and could shed light on the mechanism linking minor splicing and embryonic development. This thesis is the first work to conduct an in depth analysis of TALS patients’ cells transcriptomes. In order to do a precise analysis, we developed a bioinformatic pipeline that uses multiple methods to detect differentially expressed or spliced genes between patients and controls and from second generation RNA-seq data. Splicing analysis is a very complex task complete with short reads ; hence, we used two complementary approaches. The first one is based on reads alignement to a reference genome, method conventionnally used to work on splicing, and the second one is based on reads assembly (KisSplice), a original method enabling to find more non-annotated splicing events. One of the expected consequences of a minor splicing malfunction is a global U12 introns retention in mature transcripts. However, intron retention detection and quantification in mammals is particulary difficult task in mammals, thus we used a new method dedicated to intron retentions analysis to study the transcriptomic profile of TALS patients. During my thesis, I was one of the developer of KisSplice and kissDE, our differential splicing analysis tool, and I identified important charcteristics of minor splicing either in physiological or pathological conditions

La résistance aux insecticides chez les moustiques pose des problèmes de santé publique car ils sont vecteurs de nombreuses maladies. Une alternative aux insecticides chimiques est l'utilisation du bactério-insecticide Bacillus thuringiensis subsp israelensis (Bti) qui a l'avantage de produire un mélange de six toxines spécifiques des Diptères. Cependant le Bti commercial peut proliférer et s'accumuler, entrainant une forte toxicité dans les litières végétales de certains gîtes à moustiques. Afin d'étudier l'évolution de la résistance au Bti chez les moustiques, j'ai sélectionné en laboratoire une souche d'Aedes aegypti avec des litières végétales contenant des toxines de Bti. Une résistance multigénique aux toxines Cry du Bti est apparue en seulement quelques générations chez la souche sélectionnée. Plusieurs approches ont été utilisées pour rechercher les bases génétiques de la résistance au Bti chez la souche d'Ae. aegypti résistante. Deux "scans génomiques" ont permis de déterminer plusieurs régions du génome présentant des signatures de sélection. Ensuite, les niveaux de transcription de plus de 6000 gènes ont été étudiés par séquençage haut débit. La combinaison de ces résultats avec une approche "gènes candidats" a permis d'obtenir une liste de gènes potentiellement liés à la résistance au Bti. Parmi les gènes identifiés, un gène codant pour une cadhérine présente des signatures de sélection chez la souche résistante et semble donc impliqué dans la résistance au Bti. De plus, une étude de génomique des populations de l'espèce de terrain Aedes rusticus traitée depuis 20 ans au Bti a mis en évidence des signatures de sélection liées au traitement et des flux de gènes importants chez cette espèce dans la région Rhône-Alpes. La caractérisation de facteurs génétiques liés à la résistance et de facteurs biologiques liés aux espèces traitées peut aider à la mise en place de stratégies de gestion limitant l'évolution de la résistance au Bti dans ces populations.

Le champignon filamenteux, Podospora anserina, possède deux types sexuels, mat+ et mat-, caractérisés chacun par une séquence spécifique. La séquence mat+ contient un seul gène FPR1; la séquence mat- contient trois gènes : FMR1, SMR1 et SMR2. La fonction moléculaire de SMR1 est inconnue, les autres gènes codent des facteurs de transcription qui contrôlent la fécondation (reconnaissance intercellulaire), et le passage d'un syncytium à un hyphe spécialisé binucléé contenant un noyau mat+ et un noyau mat- (reconnaissance internucléaire). Il n'y a pas eu d'analyse exhaustive des gènes impliqués dans la reconnaissance intercellulaire et le mécanisme de la reconnaissance internucléaire est encore inconnu. Afin de déterminer les cibles de FPR1 et FMR1, et les différents mécanismes impliqués, nous avons utilisé une approche microarray. Le profil transcriptomique des souches mat+ et mat- compétentes pour la fécondation a permis d'identifier 157 gènes cibles, et l'analyse transcriptomique des souches mutantes fpr1- et fmr1- a révélé que ces cibles peuvent être soit réprimées, soit activées par FMR1 ou FPR1, ou être sous le contrôle de ces deux facteurs. Ces expériences ont aussi détecté l'existence de 10 gènes activés ou réprimés au même niveau dans mat+ et mat-. La délétion de 32 gènes choisis parmi ces 167 gènes cibles n'a permis de mettre en évidence que deux gènes impliqués dans la fécondation. Les comparaisons des gènes cibles des facteurs de transcription MAT de Gibberella moniliformis et Sordaria macrospora avec ceux de P. anserina révèlent un nombre significatif de gènes cibles communs entre ces espèces, mais ces gènes ont des profils transcriptomiques différents, soulevant la question du rôle de ces gènes cibles. La recherche des gènes cibles de FPR1, FMR1 et SMR2 impliqués dans la reconnaissance internuléaire a été effectuée en comparant le transcriptome des périthèces issus de deux croisements, l'un n'exprimant que les gènes spécifiques mat+, l'autre que les gènes spécifiques mat-. Les résultats ont été interprétés selon le modèle d'identité nucléaire et le modèle de ségrégation aléatoire. Le premier modèle a conduit à l'identification de 27 gènes cibles, tandis que 154 gènes cibles ont été identifiés en appliquant le deuxième modèle. Au total 46 souches mutantes ont été construites. Cependant aucune délétion n'a affecté le développement sexué. En parallèle de ces expériences transcriptomiques, nous avons invalidé tous les gènes à HMG-box de P. anserina. Les résultats montrent que ces derniers ont un rôle très important dans le développement sexué, particulièrement Pa_1_13940 qui code un régulateur des gènes des types sexuels, le premier identifié chez les Pezizomycotina.

La SpA est un rhumatisme inflammatoire chronique fréquent, dont la prévalence est de 0,3% en France. Les mécanismes pathologiques qui en sont à l'origine demeurent largement incertains. Néanmoins, l'héritabilité de la maladie est élevée, impliquant de multiples facteurs génétiques, dont la région du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) et plus particulièrement l'allèle HLA-B27 qui y exerce un rôle prédominant. L'objectif de ce travail était d'identifier de nouvelles cibles moléculaires, en vue d'améliorer la compréhension de la physiopathologie de la SpA, par des approches génétiques et de génomiques fonctionnelles.La première partie de mon travail a consisté en l'identification de polymorphismes du CMH associés à la SpA et distinct de HLA-B27. Les études d'association portant sur les données génétiques de 3 cohortes indépendantes nous ont permis d'identifié 5 variants associés à la SpA indépendamment du HLA-B27. Les deux polymorphismes situés à proximité des gènes MICA et MAPK14 semblent particulièrement intéressants pour leur implication potentielle dans la pathogénèse de la SpA. En marge de cette étude, nous avons entrepris de déterminer la prévalence du HLA-B27 dans une cohorte française représentative de la population générale, qui était de 6,9% chez les témoins et de 74,2% chez les sujets atteints de SpA.Les études fonctionnelles conduites sur des cellules dendritiques dérivées de monocytes (MD-DCs) ont permis d'identifier un défaut de réponse proliférative des LT CD4+ stimulés par les MD-DCs de patients atteints de SpA, ainsi qu'une signature transcriptomique de 81 gènes caractéristique des MD-DCs de ces patients. Parmi les gènes validés, la surexpression d'ADAMTS15, de F13A1 et de SELL pourrait jouer un rôle dans l'inflammation liée à la pathologie, alors que la sous-régulation de CITED2 paraitrait corrélée à une dérégulation de la voie Wnt. Enfin, nos investigations sur les MD-DCS nous ont amené à identifier une corrélation entre l'haplotype d'ERAP1 prédisposant à la SpA, et un niveau accru d'expression de ce gène ainsi que de la protéine ERAP1.

Les moustiques sont vecteurs de nombreuses maladies humaines et animales. Leur contrôle représente donc un enjeu de santé publique au niveau mondial. Dans la plupart des pays tropicaux, le contrôle efficace des populations de moustiques dépend de l'utilisation d'insecticides chimiques ciblant les adultes ou les larves. Cependant, des phénomènes de résistance aux quatre principales classes d'insecticides chimiques couramment utilisées, menacent aujourd'hui les programmes de lutte anti-vectorielle. Dans ce contexte, il est urgent de trouver des alternatives aux insecticides conventionnellement utilisés.-moustiques. Durant cette thèse, j'ai étudié l'utilisation potentielle du néonicotinoïde imidaclopride dans le contrôle des populations de moustiques. Je me suis plus particulièrement intéressé à l'identification des mécanismes de résistance métabolique, à la mise en évidence de résistances croisées avec d'autres insecticides ainsi qu'à l'étude de l'impact des polluants environnementaux sur la tolérance à l'imidaclopride. Pour ce travail, le moustique Aedes aegypti a été utilisé comme une espèce modèle. La tolérance basale d'Ae. aegypti à l'imidaclopride a d'abord été évalué chez les larves et adultes. L'effet d'une exposition larvaire à une dose sub-létale d'imidaclopride sur une seule génération a ensuite été étudié au niveau toxicologique et moléculaire à l'aide de profils transcriptomiques. Les expositions larvaires à des doses sub-létales ont également été utilisées pour identifier les interactions potentielles entre l'imidaclopride, les insecticides chimiques et des polluants environnementaux. A long terme, la réponse adaptative du moustique Ae. aegypti à l'imidaclopride a été étudiée sur plusieurs générations en sélectionnant au laboratoire une souche sensible aux insecticides (souche Bora-Bora) avec de l'imidaclopride durant le stade larvaire pendant 14 générations. Cette sélection artificielle a permis d'obtenir la souche Imida-R. Cette souche présente une résistance accrue à l'imidaclopride chez les larves alors qu'aucune résistance significative n'a été détectée chez les adultes. Les mécanismes de résistance ont ensuite été étudiés en utilisant diverses approches, y compris l'utilisation d'inhibiteurs d'enzymes de détoxication, la mesure des activités de biotransformation et l'étude des profils transcriptomiques par puces à ADN et séquençage massif des ARNm. Plusieurs familles de protéines potentiellement impliquées dans la résistance ont été identifiées, notamment les enzymes de détoxification et les protéines cuticulaires. Parmi les gènes de détoxication, 8 cytochromes P450 et 1 glutathion S-transférase apparaissent comme des candidats pouvant jouer un rôle dans le métabolisme de l'imidaclopride. Le rôle des cytochromes P450 dans la résistance élevée de la souche Imida-R a été confirmée in vitro par des études comparatives du métabolisme de l'imidaclopride par des fractions microsomales des souches sensibles et Imida-R. Au niveau génique, la modélisation de liaison du substrat a permis de restreindre le panel des cytochromes P450 candidats. De façon concomitante, l'expression hétérologue d'un P450 a été effectuée et sa capacité à métaboliser l'imidaclopride a été confirmée. Des bioessais avec d'autres insecticides ont révélé une résistance croisée aux autres néonicotinoïdes chez la souche Imida-R au stade larvaire, ainsi qu'à un inhibiteur de croissance des insectes et dans une moindre mesure au DDT confirmant le rôle probable des enzymes de détoxication. Le relâchement de la pression de sélection sur la souche Imida-R durant quelques générations a entraîné une diminution rapide de la résistance, suggérant un coût métabolique. L'étude comparative de l'inductibilité des gènes de détoxication par l'imidaclopride dans les souches sensible et résistante a révélé une plus grande induction de ces gènes dans la souche résistante, suggérant à la fois la sélection d'une expression constitutive élevée mais également une plus grande plasticité phénotypique de ces enzymes dans la souche Imida-R. Enfin, le rôle potentiel des protéines cuticulaires dans la résistance a été étudié de manière préliminaire en exposant les larves à un inhibiteur de synthèse de la chitine, avant d'effectuer des bioessais. Dans l'ensemble, bien que ce travail de recherche nécessite d'autres expériences de validation fonctionnelle, les données obtenues fournissent une meilleure compréhension des mécanismes de résistance à l'imidaclopride chez les moustiques et permettent de discuter de son utilisation potentielle comme une alternative aux insecticides conventionnellement utilisés en lutte anti-vectorielle.

Les tumeurs gliales du cerveau et en particulier les glioblastomes sont des tumeurs de très mauvais pronostic. Les paramètres qui contrôlent des phénotypes comme l'agressivité, la migration, ou la chimio-résistance de ces tumeurs sont mal connus. Dans ce contexte tumoral, il est envisagé que les microARN (ARN non-codants d'une vingtaine de bases) soient des acteurs essentiels des phénomènes de modification phénotypique parce qu'ils sont capables d'orchestrer l'expression de nombreux gènes. Nous avons montré que les microARN sont des marqueurs tissulaires précieux pour le diagnostic permettant de différencier les deux types principaux de gliomes à partir de prélèvements tumoraux. Nous avons aussi observé que plusieurs microARN sont, en outre, sécrétés par les cellules gliales saines ou cancéreuses au sein de microvésicules appelées exosomes. Le contenu en ARN de ces exosomes a été caractérisé par analyse moléculaire transcriptomique (ARN messagers et microARN) par techniques d'hybridation sur puces à ADN Affymetrix. Les profils ARN exosomaux sains et cancéreux sont distincts, mais ils ne reflètent pas intégralement le profil ARN des cellules dont ils sont issus. Des conditions de stress hypoxique ou l'utilisation de composés pharmacologiques (GW4869 et 5-aza-2'-désoxycitidine) n'affectent pas la quantité d'exosomes produite par la lignée de glioblastome (U87) en culture. Les profils ARN sont cependant modifiés, et le contenu des exosomes produits semble donc être un mécanisme actif et régulé. Enfin, des exosomes cancéreux incubés avec des cellules saines ont très peu d'effet sur le phénotype de celles-ci. Les microARN tissulaires et exosomaux seraient donc des acteurs importants de la physiopathologie du gliome et de sa progression, dont les rôles restent encore à préciser.

La radiothérapie par microfaisceaux (MRT) synchrotron est une méthode de radiothérapie alternative pour les tumeurs cérébrales, qui présente l'avantage unique de pouvoir déposer de très hautes doses d'irradiation (plusieurs 100aines de Gy) au niveau de la masse tumorale. En effet, le fractionnement spatial des rayons X en microfaisceaux parallèles de quelques dizaines de micromètres s'est montré efficace dans le traitement des tumeurs cérébrales du rongeur tout en préservant le tissu cérébral péritumoral. Pour autant, son mode d'action sur le plan biologique n'est qu'en partie connu. Si l'effet différentiel de cette irradiation sur les vaisseaux sains et tumoraux a pu être démontré ces dernières années, il ne peut expliquer à lui seul l'efficacité de la MRT. Dans ce travail, nous avons établi une description de la réponse transcriptomique précoce des tissus sains et tumoraux (gliosarcome 9L) à la MRT et les fonctions biologiques et voies de signalisation associées. Ces résultats constituent une base de données interrogeable à partir d'hypothèses précises. Cette base a ainsi permis d'identifier des transcrits impliqués dans la réponse de la tumeur à la MRT et dont l'inhibition n'interfèrerait pas avec la réparation des tissus sains : nous avons proposé 3 cibles potentielles qui permettraient d'augmenter l'index thérapeutique de la MRT. (i) L'inhibition radio-induite d'un groupe de 13 gènes (Plk1, Cdc20, Ccnb1, Pttg1, Bub1, Dlgap5, Cenpf, Kif20a, Traf4af1, Depdc1b, Mxd3, Cenpe et Cenpf), participerait au contrôle tumoral précoce après MRT par la perturbation de la division cellulaire et pourrait être amplifié pour prolonger l'inhibition de la croissance tumorale. (ii) La mise à profit de l'activation du promoteur de Clecsf6 au sein des tumeurs irradiées permettrait la surexpression locale, via les monocytes modifiés et infiltrés, de protéine d'intérêt thérapeutique. (iii) Areg (codant pour l'Amphiréguline) est surexprimé au sein du tissu tumoral après MRT et son implication connue dans la chimio/radiorésistance nous conduit à considérer que son inhibition pourrait être une stratégie de renforcement des effets de la MRT. Par ailleurs, nous avons montré que la MRT engendrait de meilleurs résultats sur le contrôle tumoral et la survie animale qu'une irradiation synchrotron en champ plein (avec une dose équivalente à la vallée MRT). Cependant, aucune différence transcriptomique ne pouvant soutenir cet effet n'a pu être mis en évidence.