La lutte microbiologique connaît un regain d'intérêt suite aux problématiques soulevée spar les pesticides chimiques en agriculture. L'objectif de ces travaux de thèse est d'étudier le potentiel d'une ressource virale alternative, les Densovirus pathogènes de Lépidoptères,appartenant à la sous famille des Densovirinae, strictement inféodée aux Arthropodes. Nos travaux ont été axés sur trois points (i) décrire le spectre d'hôtes de deux Densovirus candidats et identifier des déterminants de spécificité pour comprendre l'évolution du spectre d'hôtes ; (ii) caractériser des mécanismes de transmission horizontale pour analyser la dynamique de l'infection et (iii) valider des outils de détection des Densovirinae afin d'étudier la diversité génétique virale dans la nature. Le premier axe nous a permis d'identifier (i) un Densovirus candidat qui ne semble être virulent que pour des Lépidoptères ravageurs de culture, et (ii) des déterminants de spécificité à la surface de la capside impliqués le franchissement de la barrière intestinale. Concernant la transmission, nos résultats montrent qu'un Densovirus se propage rapidement dans une population hôte en induisant un comportement cannibale probablement développé par les individus non infectés. Nous avons également caractérisé deux mécanismes de transmission horizontale,par morsures et par un vecteur endoparasitoïde. Enfin, pour étudier la prévalence virale,nous avons mis au point un protocole basé sur le principe d'une PCR nichée que nous avons testé sur des insectes collectés dans la nature. Ceci nous a permis de dresser un inventaire de la diversité d'insectes, sans toutefois révéler à ce jour la présence de Densovirinae. Ces résultats constituent les premières connaissances pour l'élaboration d'un modèle épidémiologique qui nous permettra d'évaluer l'impact sur l'environnement d'utiliser un Densovirus en tant qu'agent de lutte microbiologique. / Microbial control has a renewed interest due to issues raised by chemical pesticides inagriculture. The aim of this work is to propose a new viral resource, Densoviruses pathogenicfor Lepidoptera belonging to Densovirinae sub‐family restricted to arthropods. We focus onthree axes, (i) we described the host range of two Densovirus candidates, and identified hostspecificity determinants to understand host range evolution; (ii) we characterized themechanisms driving the horizontal transmission of Densovirus to model the dynamic of theinfection; and (iii) we validated tools to detect Densovirinae to study the viral geneticdiversity in natura. The first point lead us to identify (i) a Densovirus potentially pathogeniconly for lepidopteran pests, and (ii) few determinants of specificity localized at the surface ofthe capsid that are essential for the midgut recognition, although this barrier of specificity isnot the only one. Concerning horizontal transmission, our results show that a Densovirus canspread rapidly within a host population, inducing a cannibalistic behavior probablydeveloped by non infected individuals. We also characterize two mechanisms involved intransmission, by biting and by an endoparasitoïd vector. To study the densoviral prevalence,we develop a nested PCR and test it on insect sampling. This allowed us to describe theinsect diversity. No Densovirinae have been detected so far. These results are the first steptoward building an epidemiology model that may allow to evaluate the impact of using aDensovirus as a biological control tool.

Le système d'incompatibilité végétative a été décrit chez tous des champignons (Eumycètes) comme intervenant dans la limitation des fusions somatiques entre conspécifiques. Chez les champignons la fusion somatique est uniquement possible entre individus de même GCV (Groupe de Compatibilité Végétative). Comme tous les systèmes de reconnaissance du soi, le fonctionnement du système d'incompatibilité végétative des champignons est basé sur une grande diversité allélique. Cette thèse propose d'étudier la relation qui semble exister entre cette diversité des gènes impliqués dans l’incompatibilité végétative des champignons et la pression parasitaire exercée par des éléments cytoplasmiques délétères (ou DCE) transmis lors des fusions somatiques. Trois problématiques ont été abordées, avec trois approches différentes : (1) une approche conceptuelle générale portant sur l’évolution des systèmes de reconnaissance du soi, (2) une approche de modélisation sur le maintien de la diversité en GCV de la population de champignon par un DCE et (3) une approche expérimentale, pour étudier d’une part la perméabilité de la barrière d‘incompatibilité végétative et d’autre part l’interaction C. parasitica/CHV et les liens existant entre transmission et virulence du CHV. Ces études ont permis de montrer l'importance de la perméabilité de la barrière d'incompatibilité végétative à la fois au niveau du maintien de la diversité génétique de la population d'hôte et au niveau de la prévalence des DCE. Il semblerait donc que les DCE évoluent vers des niveaux de virulence faible du fait de la limitation de leur transmission par le système d'incompatibilité végétative de leur hôte. Nos résultats expérimentaux suggèrent que lorsque la diversité en GCV de la population d'hôte est faible, la virulence des DCE pourrait évoluer suivant le modèle du trade-off impliquant une évolution vers un niveau de virulence intermédiaire optimal. Ces travaux permettent donc de mieux comprendre les mécanismes agissant sur l'écologie et l'évolution des interactions champignon/DCE qui, au vu de cette étude, apparaissent comme de bon modèles pour l’étude des systèmes hôtes/parasites. / Vegetative incompatibility systems have been described in Fungi as controlling somatic fusion between conspecifics. For fungi, only fungi of the same vc type can fuse together. As other self recognition systems, this system involved high allelic diversity at specific genes. The issue of this work is to study the cause and effect relationship between the evolution of vegetative incompatibility systems and the selective pressure drove by cytoplasmic deleterious elements, transmitted during somatic fusion. Three problematics with three different approach were done : (1) a conceptual general framework on the evolution of self recognition systems (2) a theoretical work on the maintenance of vc type diversity by DCE and (3) an experimental work on the study of relationship between transmission and virulence in the C. parasitica/CHV host-parasite system. Ours results showed the key role of the permeability of the vegetative incompatibility barrier both for vc type diversity maintenance and on DCE prevalence. DCE would evolve toward avirulence in response to the transmission limitation by host incompatibility systems. Experimental work suggested a positive link between virulence and transmission in some population of CHV when host present a low vc type diversity, which could allow the evolution of the DCE toward an intermediate optimal virulence. This study would shed some light on mechanisms acting on the ecology and the evolution of fungi/DCE interaction which, according to our results, would be good study models for works on host-parasite systems.