Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5207_1.pdf: 1038836 bytes, checksum: fefc6684baa0c15fe33f48b0a036c0b6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / A Yersinia pestis, bactéria Gram-negativa da família Enterobacteriaceae, é uma espécie muito homogênea quando observada pelos métodos fenotípicos: apresenta apenas um sorotipo, um fagotipo e um biotipo subdividido em três biovars ou variedades geográficas. A peste é uma doença primária dos roedores, geralmente transmitida por pulgas e que ocasionalmente pode infectar outros mamíferos, inclusive o homem, que é atingido acidentalmente ao penetrar no ecossistema da doença. Ela ainda persiste nos dias atuais entre diversos hospedeiros/reservatórios em numerosos focos silvestres em vários países do mundo e atualmente é considerada uma doença reemergente. Devido à alta taxa de letalidade e ao seu potencial de epidemização, a peste é classificada como doença de notificação Classe I de acordo com o Regulamento Sanitário Internacional (RSI) vigente, o que exige vigilância permanente dos focos, sobretudo porque a Y. pestis pode ser usada como agente de bioterrorismo. A vigilância da peste no Brasil baseia-se na pesquisa da bactéria em roedores e pulgas e de anticorpos antipestosos em animais sentinela (algumas espécies de roedores resistentes à infecção e carnívoros domésticos, como os cães e gatos). O conhecimento das características dos isolados de cada foco permitirá detectar a introdução de uma nova cepa e, consequentemente, a sua origem, se de outro foco ou por ato deliberado. Os estudos de tipagem molecular de cepas brasileiras de Y. pestis por diferentes técnicas, como a RAPD-PCR, PCR-ribotipagem e RFLP-IS100, revelaram, na maioria das vezes, padrões genômicos idênticos entre as cepas, independentemente das fontes, procedência e ano. Recentemente, um estudo utilizando MLVA (análise de múltiplos locos do número variável de repetições em tandem), mostrou que as cepas de Y. pestis do Brasil apresentavam polimorfismo. Este trabalho teve como objetivo caracterizar isolados de Y. pestis em um mesmo evento epidemiológico através de locos VNTR (número variável de repetições em tandem). Um conjunto de vinte cepas de Y. pestis isoladas durante a investigação de uma epizootia em um foco da Chapada do Araripe, município de Exu, Pernambuco, Brasil, em agosto de 1967, foi analisado. As cepas conservadas na bacterioteca do SRP (Serviço de Referência em Peste) foram reativadas e a identificação bacteriológica confirmada pela suscetibilidade ao bacteriófago antipestoso. Alterações no genoma foram pesquisadas pela presença ou ausência de genes de virulência nos plasmídeos prototípicos da Y. pestis e na Ilha de Patogenicidade (HPI) das yersínias, através da multiplex-PCR. Foram analisados seis locos VNTR pela reação de PCR. A ausência de alguns genes de virulência foi evidenciada em dez cepas, sugerindo que modificações genômicas ocorreram nesses isolados. Apesar disso, dos seis VNTR analisados cinco se revelaram monomórficos e apenas um apresentou polimorfismo, gerando três alelos. Colônias morfologicamente diferentes, grandes e pequenas, em algumas cepas, apresentaram padrão VNTR atípico, com duas bandas amplificadas. Por MLVA as cepas revelaram-se geneticamente relacionadas, o que reflete a relação epidemiológica desses isolados. Ao mesmo tempo, é necessário a análise de um maior número de VNTRs para confirmar a relação genética dessas cepas, em comparação com cepas de outros focos

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:01:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6300_1.pdf: 2246056 bytes, checksum: 57be7b0e6c47c2db5b0f7eee13fc1125 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / A Yersinia pestis, bactéria Gram-negativa da família Enterobacteriaceae, é uma espécie muito homogênea quando observada pelos métodos fenotípicos: apresenta apenas um sorotipo, um fagotipo e um biótipo subdividido em três biovars ou variedades geográficas. Com a introdução de técnicas moleculares os estudos de tipagem em cepas de Y. pestis foram significativamente aprofundados contribuindo para rastrear a origem de novas cepas e detectar o surgimento de novos clones. Este trabalho teve como objetivo verificar a diversidade genética entre cepas de Y. pestis analisando regiões específicas do genoma desta bactéria suscetíveis a diferentes mecanismos de mutação. Para isto foram empregadas duas abordagens: 1) análise do loco pgm em três cepas altamente virulentas, isoladas de humanos e 2) análise de VNTRs (MLVA-PCR) como marcador para reconhecer e rastrear os clones circulantes de Y. pestis nos focos de peste do Nordeste do Brasil. Foram observadas diferenças na estabilidade do loco pgm das cepas estudadas (duas cepas brasileiras: P. CE 882 e P. Exu 340 e uma de outro foco sul-americano: P. Peru 375). As culturas derivadas da P. Exu 340 e P. Peru 375 apresentaram alterações no loco pgm após repiques sucessivos no meio agar vermelho Congo, enquanto que a P. CE 882 não apresentou. Nos ensaios do MLVA-PCR todos os seis locos estudados foram amplificados em todas as cepas de Y. pestis. Os locos VNTR1, VNTR5 e VNTR6 apresentaram padrões de amplificação semelhantes em todas as cepas de Y. pestis das diferentes regiões geográficas. Entretanto, os padrões dos locos VNTR2, VNTR3 e VNTR4 foram distintos para algumas cepas. Foi verificado diversidade no número de alelos por loco variando de três (para o VNTR1 e o VNTR3), quatro (para o VNTR2) e cinco (para o VNTR4), enquanto para os VNTR5 e VNTR6 o número de alelos não variou. A análise do tamanho e o número de repeats para cada VNTR permitiu identificar 23 genótipos nas 105 amostras de Y. pestis analisadas. Alguns destes genótipos apresentaram uma ampla distribuição geográfica, enquanto outros foram específicos de uma determinada região. Para verificar a estabilidade dos VNTRs in vitro , três cepas de Y. pestis foram submetidas a repiques sucessivos e as culturas derivadas foram analisadas. As cepas parentais e as culturas derivadas revelaram perfis idênticos com os seis locos estudados. Cepas de Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica foram incluídas no trabalho para comparação. As cepas de Y. enterocolitica amplificaram todos os locos, com exceção do VNTR1 onde nenhum segmento foi amplificado. Com os outros locos os padrões de amplificação obtidos foram semelhantes aos encontrados nas cepas de Y. pestis. As cepas de Y.pseudotuberculosis apresentaram padrões de amplificação semelhantes aos encontrados em cepas de Y. pestis para os locos VNTR1 e VNTR3 e distintos para os demais locos. Os resultados obtidos pela análise de diferentes regiões ou locos (pgm e VNTRs) do genoma da Y. pestis demonstraram diversidade genética intraespecífica nessa espécie os quais contribuirão para estudos epidemiológicos, taxonômicos e evolutivos futuros

Molecular genetic protocols have been developed to provide evidence in infractions of wildlife statutes in Canada. We have utilized DNA marker systems to address specific questions in wildlife investigations based on their different levels of genetic variability. Multilocus DNA fingerprinting has been applied to poaching infractions to determine if tissue samples associated with a suspected poacher originated from the remains of an animal at a known illegal kill site. The hypervariability of the variable number of tandem repeat (VNTR) loci detected by multilocus DNA fingerprinting allows the individual identification of samples. Highly repetitive satellite DNA markers have been applied to determining the species of origin of unknown tissue samples based on their species-specificity. Satellite DNA profiling have provided evidence in illegal commercialization investigations involving species such as moose (Alces alces) and white-tailed deer (Odocoileus virginianus), including the illegal addition of game meat in processed meat products. A sex-specific DNA locus, the sex-determining region on the Y-chromosome (Sry), has been utilized to determine the sex of cervid samples that have had gender-specific physical characteristics, antlers and genitalia removed in violation of the validation tag system. Finally, a polymerase chain reaction (PCR) based protocol has been established for the species identification of samples that produce minute amounts of DNA or degraded DNA. Cytochrome b sequences demonstrate low intra-specific levels of sequence divergence and higher inter-specific levels of sequence divergence. Cytochrome b sequence analysis has been applied to fish, game and domestic species commonly involved in wildlife investigations and to the identification of a number of species, mostly seal species, involved in the trade of animal parts. / Thesis / Master of Science (MS)