Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-08-22T13:58:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Andrea_Felix_Listik.pdf: 2574585 bytes, checksum: 5205a9fa5870bce4ba7a6ce4600cf4d8 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-08-22T13:58:39Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Andrea_Felix_Listik.pdf: 2574585 bytes, checksum: 5205a9fa5870bce4ba7a6ce4600cf4d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-22T13:58:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Andrea_Felix_Listik.pdf: 2574585 bytes, checksum: 5205a9fa5870bce4ba7a6ce4600cf4d8 (MD5) Previous issue date: 2014-01-24 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Chromobacterium violaceum is a Gram-negative bacteria belonging to the Neisseriaceae family often found in soil and water in tropical and subtropical regions. The biotechnological potential of C. violaceum, due to its peculiar characteristics, led to his choice to be the first bacteria to have its genome sequenced by Brazilian Genome Consortium (MCT / CNPq). A previous study (Vale, R., 2005) identified extra chromosomal DNA molecules in C. violaceum CVT2 samples isolated in fresh waters from Negro in which so far had not been identified C. violaceum bacterial species in this region. Plasmids from C. violaceum CVT2 sample was sequenced by pyrosequencing and analysis " in silico " revealed sequences (contig) that could correspond to three natural plasmids pCVT2.1 , pCVT2.2 and pCVT2.3 so called . The contig 1 (pCVT2.1) with the size of 26.206pb and 84% similarity to plasmid pIJB1 the contig 2 (pCVT2.2) with the size of 7.440pb and 92% similarity to plasmid pRSB105 and contig 4 (pCVT2.3) size of 3062pb and 82% similarity to plasmid pHLHK19. The result of the sequences annotation of these three contigs showed a total of 23 ORFs, being distributed as follows: 18 ORFs located in the plasmid pCVT2.1 7 pCVT2.2 the ORFs, and ORF in plasmid pCVT2.3 1. Research suggests that replication of plasmids and pCVT2.2 pCVT2.3 require a Rep protein and its possible origins of replication with sequences 511and 383pb, respectively, located upstream from the gene Rep. / A Chromobacterium violaceum é uma bactéria Gram-negativa pertencente à família Neisseriaceae, frequentemente encontrada no solo e na água, em regiões tropicais e subtropicais. O potencial biotecnológico da C. violaceum, devido suas características peculiares, levaram a sua escolha para ser a primeira bactéria a ter seu genoma sequenciado pelo Projeto Genoma Brasileiro (MCT/CNPq). Um estudo desenvolvido por do Vale, R. (2005) identificou moléculas de DNA extracromossomais na amostra CVT2 de C. violaceum isolada nas águas doces da região do Baixo Rio Negro que até então, não tinham sido identificadas nessa espécie bacteriana. Neste estudo foi realizado o sequenciamento dos plasmídeos naturais de C. violaceum CVT2 bem como, a análise das sequências obtidas. A fração de DNA plasmidial de C. violaceum amostra CVT2 foi sequenciada por pirosequenciamento e a análise “in sílico” revelou três contigs que poderiam corresponder a três plasmídeos naturais que foram denominados pCVT2.1, pCVT2.2 e pCVT2.3. O contig 1 (pCVT2.1) com o tamanho de 26.206pb e identidade de 84% ao plasmídeo pIJB1, o contig 2 (pCVT2.2) com o tamanho de 7.440pb e similaridade de 92% ao plasmídeo pRSB105 e o contig 4 (pCVT2.3) com o tamanho de 3062pb e similaridade de 82% ao plasmídeo pHLHK19. O resultado da anotação das sequências desses 3 contigs mostrou um total de 23 ORFs, sendo distribuídas da seguinte maneira: 18 ORFs localizadas no plasmídeo pCVT2.1, 7 ORFs no pCVT2.2 e, 1 ORF no plasmídeo pCVT2.3. A investigação sugere que a replicação dos plasmídeos pCVT2.2 e pCVT2.3 requerem uma proteína Rep e suas prováveis origens de replicação, com sequências de 511pb e 383, respectivamente, localizadas a montante do gene da proteína Rep.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-02T18:36:32Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 465320 bytes, checksum: aef535b7b9e18085d72080d249710846 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-02T18:36:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 465320 bytes, checksum: aef535b7b9e18085d72080d249710846 (MD5) Previous issue date: 2005-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família Geminiviridae é caracterizada pelo aspecto geminado da partícula viral e genoma composto por DNA circular de fita simples, com aproximadamente 2.600 nucleotídeos. É dividida em quatro gêneros, de acordo com o tipo de inseto vetor, gama de hospedeiros, organização do genoma e relacionamento filogenético. Os begomovírus possuem dois componentes genômicos, são transmitidos por mosca-branca e infectam espécies dicotiledôneas. No Brasil há diversos relatos de begomovírus causando sérias perdas nas culturas do feijoeiro e tomateiro. Embora a importância econômica dos begomovírus em soja seja secundária, a ocorrência desses patógenos nesta cultura é preocupante. Duas possíveis novas espécies de begomovírus, denominadas “vírus A” e “vírus B” foram isoladas e clonadas a partir de plantas de soja. Obteve-se a seqüência completa de nucleotídeos do DNA-B do “vírus A”, e uma seqüência parcial do DNA-A do “vírus B”. A comparação de seqüências e análise filogenética indica que o DNA-B do “vírus A” possui a máxima correspondência nucleotídica com o isolado B3 do Sida micrantha mosaic virus (SimMV), e o DNA-A do “vírus B” com o isolado A2 do SimMV. Entretanto os níveis de identidade são baixos, indicando que ambos os vírus realmente devem constituir novas espécies de begomovírus. Vírus de plantas, incluindo os begomovírus, têm sido utilizados com sucesso na construção de vetores para a indução de silenciamento gênico. Entretanto, existem poucos vetores eficientes para a inoculação em plantas de tomate e não há relatos para plantas de soja. Os dois componentes genômicos do Tomato rugose mosaic virus (ToRMV) encontram-se completamente seqüenciados e, o DNA-A foi utilizado para a construção do vetor viral pToR- A1.4 CP. A estratégia utilizada foi a construção de um clone infeccioso sem o gene da proteína capsidial, substituído por um sítio múltiplo de clonagem para 9 enzimas de restrição derivado do vetor pKS+. Este vetor viral baseado no ToRMV será um complemento e uma alternativa em estudos de genômica funcional de tomateiro e de soja, na análise de genes envolvidos em vários processos biológicos. / The Geminiviridae is a family of plant viruses characterized by twinned icosahedral viral particles and a circular single-stranded DNA genome, with approximately 2.600 nucleotides. It is divided into four genera according to the type of insect vector, host range, genomic organization and phylogenetic relationships. Begomoviruses have two genomic components, are transmitted by whitefly and infect dicotyledoneous species. In Brazil, begomoviruses cause serious losses in tomato and bean crops. Although the economic importance of the begomoviruses in soybean is secondary, the presence of these pathogens in this crop is cause of concern. Two possible new begomovirus species, named “virus A” and “virus B”, were isolated and cloned from soybean plants. The complete nucleotide sequence of the DNA-B from “virus A” and a partial sequence of the DNA-A from “virus B” were obtained. Sequence comparisons and phylogenetic analysis indicated that the DNA-B from “virus A” has a maximum nucleotide identity with the isolate B3 from Sida micrantha mosaic virus (SimMV), and that the DNA-A from “virus B” with the isolate A2 from SimMV. However, identity levels are low, indicating that both viruses could actually comprise novel begomovirus species. Plant viruses, including begomoviruses, have been used with success for the construction of vectors for the induction of gene silencing. However, there are few effective vectors for inoculation into tomato plants and none for soybean plants. Both genomic components of Tomato rugose mosaic virus (ToRMV) have been completely sequenced and, the DNA-A was used for the construction of the viral vector pToR-A1.4 CP. The strategy used was the construction of an infectious clone without the capsid protein gene, replaced by a multiple cloning site for 9 restriction enzymes, derived from the pKS+ plasmid vector. This viral vector will be a complement and an alternative in functional genomics of tomato and soybean plants, in the analysis of genes involved in various biological processes. / Dissertação importada do Alexandria