HIV-1 infections can be treated but not cured by the current antiretroviral therapy regimens. One of the major barriers to HIV-1 eradication is the persistence of the virus in treated HIV+ individuals under the form of reservoirs. A continuum of molecular mechanisms, at the epigenetic, transcriptional and post-transcriptional levels maintains HIV-1 gene expression silent in its reservoirs. A better understanding of HIV-1 molecular mechanisms of persistence thus allows to devise novel therapeutic approaches to eradicate the virus. In this context, our thesis aimed at characterizing the molecular mechanisms of HIV-1 persistence in its T-lymphoid and myeloid reservoirs. More specifically, we have studied the epigenetic and transcriptional mechanisms of HIV-1 persistence at three different levels. First, we have investigated the DNA methylation-mediated mechanisms underlying the heterogeneity of the DNA methylation inhibitor 5-aza-2’-deoxycytidine potency in the reactivation of HIV-1 gene expression from latently-infected CD4+ T cells. Second, we have studied the contribution of the intragenic binding sites for the cellular PU.1 transcription factor in the specific regulation of HIV-1 gene expression in myeloid lineages. Finally, in a third study, we have designed a new tool to study the transcriptional landscape of HIV-1 in LTRs-suppressed proviruses. Collectively, our work has offered individual insights into the molecular mechanisms underlying the heterogeneity of HIV-1 T-lymphoid and myeloid reservoirs, with the ultimate goal of developing new HIV-1 curative strategies and improving the quality of life of HIV+ individuals. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

The development of cervical cancer depends on high-risk human papillomavirus (HR-HPV) persistent infection in the cervix. The transformation process leading to invasive cancer can take many years even decades and provides ample opportunity to detect, prevent and cure true precursor lesions. Although cervical cancer is widely preventable, it is the fourth most common cancer among women throughout the world, being a real public health issue, especially in developing countries, as 85 % of deaths occur in low and middle-income countries. The situation in Bolivia is particularly alarming, as the cervical cancer incidence is around 38.5 per 100,000 women, which is estimated to be the highest incidence in Latin America. Prevention of cervical cancer in Bolivia is mainly based on the cytological examination of a Papanicolaou smear (Pap) and more recently on visual inspection after application of acetic acid (VIA). However, many economic, sociocultural, and geographic barriers impair this prevention program being successful, as reflected by the low coverage obtained with these screening tests.In order to reduce the cervical cancer incidence and mortality in the department of Cochabamba in Bolivia, we aimed to assess a low-cost HPV test applicable on self-samples. We believe that this strategy could improve the poor screening programs developed in our country. An evaluation was first made to knowledge of Bolivian women about human papillomavirus (HPV) and cervical cancer. As expected, Bolivian women, from rural, peri-urban and urban areas, knew little or nothing about those. Secondly, their degree of acceptability and confidence towards HPV self-sampling was assessed. Most of the women found self-sampling easier to perform (86.9 % to 93.2 %) and more comfortable (79.4 % to 83.3 %) compared to physician sampling. However, accuracy to detect cervical pre-cancer was higher in their point of view when it was performed on specimens taken by a physician (35.1% to 63.5%). Accordingly, the campaign of vaginal HPV self-sampling in a peri-urban area increased screening coverage, reaching in three months the annual rate average. Finally, the determination of accuracy to detect preneoplastic lesions was assessed for three screening methods, in 469 women, divided in two groups. The first group included 362 women that underwent three consecutively primary screening tests: self-collected sampling for HR-HPV detection, conventional cervical cytology and visual inspection under acetic acid (VIA). The second group included 107 women referred with a positive HR-HPV test that underwent were triage by conventional cervical cytology and VIA. The presence of high-grade intraepithelial neoplasia or invasive cancer (CIN 2+) was verified by colposcopy and biopsy.Among primary screening tests, the sensitivity of the HR-HPV test to detect CIN 2+ lesions was the highest (76 %). In HR-HPV positive women, the sensitivity of the VIA and cytology to detect CIN 2+ lesions were 100% and 81%, respectively.In conclusion, the knowledge about cervical cancer and HPV infection is poor in Bolivia. Despite greater acceptance of the vaginal self-sampling in all areas, women kept greater confidence in the screening performed by the gynecologist, although HPV self-sampling improved coverage rate. Finally, HPV testing on self- samples was the most sensitive screening test and VIA was the most sensitive method for the triage. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Pharmacie) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le diagnostic virologique est un sujet d’actualité particulièrement du fait des récentes épidémiesou pandémies telles que la pandémie d’influenza A(H1N1) en 2009 ou la diffusion du virus Zika dansles Amériques et la région du Pacifique entre 2014 et 2017, associée à des cas de microcéphalie et dessyndromes de Guillain Barré. Encore plus récemment, en août 2018, le ministre de la santé de laRépublique Démocratique du Congo annonçait la 10e épidémie de virus Ebola dans le pays et endécembre 2019, le coronavirus SARS-CoV-2 est à l’origine d’une pandémie au départ de la Chine. Avecle nombre croissant de migrants et de voyageurs favorisant la dissémination des maladies virales, leslaboratoires diagnostiques doivent être parés à la fois pour l’identification des virus communs maisaussi de ceux importés.Les techniques les plus anciennes de diagnostic virologique tendent à devenir obsolètes suite audéveloppement rapide des techniques moléculaires depuis les années 90. Cependant, nous utilisonstoujours un mélange de techniques moléculaires et non moléculaires au sein de notre laboratoire.Les objectifs de ce travail sont de passer en revue les différentes techniques communémentutilisées pour la détection directe des virus avec leurs avantages et leurs inconvénients et de fournirune réflexion sur la place de chaque technique, en 2020, dans un laboratoire diagnostique.Nous aborderons tout d’abord les cultures cellulaires et nous insisterons sur leur polyvalence quipermet parfois de mettre en évidence des micro-organismes que l’on ne suspectait pas. Nousillustrerons ce point par un article relatant la mise en évidence de Chlamydia trachomatis du serovar Lresponsables de la lymphogranulomatose vénérienne dans des prélèvements envoyés pour suspiciond’infection herpétique.Le travail se focalisera ensuite plus particulièrement sur le diagnostic des infections viralesrespiratoires. Nous verrons les principes des tests de détection antigéniques et discuterons de leurslimites en se basant sur un article qui traite du diagnostic des virus influenza A et B par 3 différentstests immunochromatographiques. Cet article montre que la sensibilité des tests varie en fonction dela charge virale dans le prélèvement ainsi que du sous-type de virus.Nous poursuivrons avec les tests d’amplification d’acides nucléiques (tests moléculaires) enexpliquant la technique de PCR (Polymerase Chain Reaction) et une technique d’amplificationisothermique (Nicking Enzyme Amplification Reaction - NEAR). Nous illustrerons par un article portantsur l’évaluation du test Alere i influenza A&B (technique NEAR) en comparaison du test Sofia influenzaA+B (immunochromatographie). Cet article montre un gain de sensibilité de l’Alere i par rapport auSofia pour le diagnostic de l’influenza A mais pas pour l’influenza B. Il constitue également un travailpréliminaire sur l’appréciation de l’utilité d’une technique PCR rapide dans la prise en charge despatients. La conclusion est qu’il pourrait y avoir un apport de ce type de technique pour la diminutiondes hospitalisations, de la prescription des examens complémentaires et des antibiotiques. Celapermettrait également une prescription plus adéquate de l’oseltamivir pour le traitement de la grippe.Le point important est que l’impact du résultat est d’autant plus grand qu’il est délivré précocementdans la prise en charge des patients, idéalement lorsqu’ils sont encore aux urgences.Suite au travail sur l’Alere i, nous avons entrepris d’évaluer un test PCR multiplex (FilmArrayRespiratory Panel) pour le diagnostic des virus afin de voir si la détection d’un plus grand nombre depathogènes pourrait avoir un impact plus grand sur la prise en charge des patients. Cette évaluation adonné lieu à deux articles. Le premier détaille les avantages et inconvénients des différents outils dediagnostic pour la détection des virus respiratoires et sert d’état des lieux sur les tests utilisésactuellement dans les laboratoires de virologie. Le deuxième article porte plus particulièrement surl’apport du FilmArray dans la prise en charge des patients. La conclusion est que ce n’est pas le résultatdu test qui a un impact sur cette prise en charge mais plutôt d’autres facteurs notamment l’âge ou desmarqueurs inflammatoires biologiques.Nous terminerons ce travail par un aperçu des techniques de séquençage qui seront sans aucundoute de plus en plus utilisées pour le diagnostic en virologie. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished