Orientadores: Iscia Teresinha Lopes-Cendes, Rovilson Gilioli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-07T01:47:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Grippo_MariangelaCarnivalli_D.pdf: 1241429 bytes, checksum: 5f05623ad1e884a0014d2eca9109fb9a (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A interferência do RNA (RNAi) pode ser usada como uma ferramenta eficaz no silenciamento gênico específico mediado por moléculas de dupla fita de RNA (dsRNAs). Nesse contexto possui uma variedade de aplicações biológicas, incluindo o combate a patógenos infecciosos de importância biomédica. O objetivo do estudo foi determinar a eficiência e a especificidade da técnica de RNAi em eliminar o vírus da hepatite murina tipo 3 (MIN-3) in vitro. MHVs são vírus envelopados, cujo genoma é formado por uma cadeia de RNA fita simples (+) pertecentes a família Coronaviridae. Seu genoma codifica quatro proteínas estruturais: S (proteína da espícula); M (glicoproteína da transmembrana), N (proteína do nucleocapsídeo) e E (proteína associada à membrana) . Neste trabalho foi escolhido como alvo para o silenciamento gênico a proteína N, tendo sido produzidas moléculas de dsRNA complementares a sua seqüência genômica (GenBank AF 201929). Foram obtidas duas moléculas siRNAs transcritas por T7 RNA polimerase e uma terceira molécula interferente sintetizada comercialmente. Foi observado que os siRNAs produzidos pela transcrição in vitro, induziram uma resposta antiviral não específica. Além disso demonstrou-se que este efeito foi mediado através de substâncias secretadas no meio de cultura celular, provavelmente interferons (IFNs). Este efeito foi eficientemente eliminado após tratamento dos siRNAs com fosfatase alcalina. Observou-se também que a técnica de RNAi in vitro, tendo como alvo a proteína N de MHV-3, foi um tratamento eficaz e específico na infecção viral, confirmados através de estudos fenotípicos e moleculares. Desse modo, concluímos que experiências que utilizam RNAi contra alvos virais devem ser cuidadosamente monitoradas devido aos efeitos não específicos que podem ser induzidos por moléculas de dsRNA / Abstract: RNA Interference (RNAi) can be used as a powerful tool for post transcriptional gene-silencing mediated by double stranded RNA (dsRNAs) molecules. RNAi has a variety of biological applications including the combat against pathogens of biomedical importance. The objective of our study was to determine the efficiency and specificity of this new technique in eliminating mouse hepatitis virus type 3 (MIN-3) in vitro. MIN-3 is a subtype of enveloped viroses with a large plus-stranded RNA genome belonging to the Coronavirus family. Its genome codifies four structural proteins: S (spike protein); M (membrane protein); E (transmembrane glycoprotein); N (nucleocapsid protein). In the present study we target protein N by designing and producing dsRNA molecules complementary to its genomic sequence (GenBank AF 201929). We obtained three small interfering RNAs (siRNA) by in house T7 polymerase in vitro transcription and a fourth siRNA molecule that was commercially synthetized. We identified that siRNAs produced by in vitro transcription triggered a potent and sequence-unspecificied antiviral response. In addition, we demonstrated that this antiviral effect was mediated through molecules that were secreted in medium culture, probably interferons (IFNs). This unspecific effect was efficient1y suppressed when siRNAs were treated with aIkaline phosphatase prior to in vitro experiments. We also observed that RNAi targeting the N protein ofMIN-3 was a potent and specific treatment against in vitro infection, showing significant phenotypic protection and molecular evidence of specific gene-silencing. We concluded that experiments using RNAi against viral targets, although efficient, must be carefully controlled and monitored against possible sequence-unspecific effects triggered by dsRNA molecules / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular