published_or_final_version / abstract / toc / Microbiology / Doctoral / Doctor of Philosophy

The broad aim of this dissertation is to understand the early impact of HPV vaccination in females at the population level. Three important public health questions are addressed: 1) Is HPV vaccination doing what is expected: decreasing the prevalence of vaccine-type HPV 6, 11, 16 and 18 which are etiologically linked to invasive cervical cancer and genital warts?; 2) Is there evidence of beneficial cross-protection (decreased prevalence) of any of the other non-vaccine-targeted high-risk (HR) HPV genotypes?; and 3) With the expected decline of HPV 16 and 18, are there deleterious virological consequences, such as type-replacement (increased prevalence) with a rise of non-vaccine-targeted HR HPV? In the first chapter, I assess and synthesize peer-reviewed literature published from 2007 to 2013 that documented early impact of HPV vaccination. Seventeen ecological studies were stratified into three tiers based on degree of vaccination impact (cervical abnormalities, genital warts, and HPV DNA) and incidence or prevalence in samples from a pre-HPV vaccination time period (pre-2007) with that of a post-vaccination time period (post-2007) were compared. In the second chapter, I investigate vaccine-type HPV prevalence changes between pre- and post-vaccine periods in over 8,000 females aged 14-59 years enrolled in the NHANES HPV Vaginal Swab Surveys from 2003-2010. In the third chapter, I test for evidence of non-vaccine-targeted HR HPV genotypic cross-protection and type-replacement in NHANES Survey females from the pre- and post-vaccine periods. Finally, I conclude the dissertation with a summary of the findings and a discussion of the public health impltcations and offer suggestions for future research.

by Chan Chuek Kee. / Thesis (Ph.D.)--Chinese University of Hong Kong, 1992. / Includes bibliographical references (leaves 165-201). / Abstract --- p.i / Table of Content --- p.iv / List of Abbreviations --- p.viii / List of Tables --- p.x / List of Figures --- p.xii / Acknowledgement --- p.xiii / Chapter Chapter 1. --- Introduction / Chapter 1.1. --- Discovery and historical events --- p.1 / Chapter 1.2. --- General characteristics of rotavirus --- p.3 / Chapter 1.2.1. --- Virus morphology --- p.3 / Chapter 1.2.2. --- Physicochemical properties --- p.3 / Chapter 1.2.3. --- Virus stability and inactivation --- p.4 / Chapter 1.2.4. --- Genome structure --- p.4 / Chapter 1.2.5. --- Rotavirus proteins --- p.5 / Chapter 1.2.6. --- Morphogenesis --- p.8 / Chapter 1.3. --- Characteristics of rotavirus infection --- p.9 / Chapter 1.3.1. --- Morbidity and mortality --- p.9 / Chapter 1.3.2. --- Clinical features --- p.11 / Chapter 1.3.3. --- Pathogenesis --- p.13 / Chapter 1.3.4. --- Seasonal variation of rotavirus infection --- p.13 / Chapter 1.3.5. --- Nosocomial rotavirus infection --- p.14 / Chapter 1.3.6. --- Route of transmission --- p.14 / Chapter 1.4. --- Classification and epidemiology of rotaviruses --- p.15 / Chapter 1.4.1. --- Rotavirus groups --- p.15 / Chapter 1.4.2. --- Rotavirus subgroups --- p.16 / Chapter 1.4.3. --- Rotavirus serotypes --- p.17 / Chapter 1.4.4. --- Rotavirus electropherotypes --- p.20 / Chapter 1.4.5. --- "Relationship between subgroup, serotype and electropherotype" --- p.23 / Chapter 1.4.6. --- Mechanisms contributing to strain variations --- p.24 / Chapter 1.5. --- Detection of rotavirus --- p.28 / Chapter 1.5.1. --- Electron microscopy (EM) --- p.28 / Chapter 1.5.2. --- Virus isolation --- p.29 / Chapter 1.5.3. --- Serological methods --- p.30 / Chapter 1.5.4. --- RNA analysis --- p.30 / Chapter 1.5.5. --- Nucleic acid hybridization --- p.31 / Chapter 1.6. --- Prevention and control of rotavirus infection --- p.32 / Chapter 1.6.1. --- Host resistance --- p.32 / Chapter 1.6.2. --- Vaccine development --- p.33 / Chapter 1.6.3. --- Passive immunization --- p.35 / Chapter 1.7. --- Objectives of this study --- p.36 / Chapter Chapter 2. --- Materials and methods / Chapter 2.1. --- Materials --- p.38 / Chapter 2.1.1. --- Reagents for tissue culture work --- p.38 / Chapter 2.1.2. --- Reagents for electropherotyping --- p.39 / Chapter 2.1.3. --- Reagents for ELISA --- p.42 / Chapter 2.1.4. --- Reagents for hybridization assay --- p.43 / Chapter 2.2. --- Methods / Chapter 2.2.1. --- Collection of specimens --- p.46 / Chapter 2.2.2. --- Rotavirus strains --- p.46 / Chapter 2.2.3. --- Monoclonal antibodies --- p.48 / Chapter 2.2.4. --- Detection of rotavirus antigen by ELISA --- p.49 / Chapter 2.2.5. --- Rotavirus electropherotyping --- p.50 / Chapter 2.2.6. --- Serotyping of rotavirus by fluorescent foci neutralization --- p.52 / Chapter 2.2.7. --- Serotyping of rotavirus by oligo- nucleotide probes hybridization --- p.55 / Chapter 2.2.8. --- Rotavirus serotyping by ELISA --- p.59 / Chapter 2.2.9. --- Rotavirus subgrouping by ELISA --- p.61 / Chapter Chapter 3. --- Results / Chapter 3.1. --- Age and sex distribution of the study population --- p.63 / Chapter 3.2. --- Detection of rotavirus by ELISA --- p.63 / Chapter 3.3. --- Seasonal distribution of rotavirus infections --- p.67 / Chapter 3.4. --- Genetic diversity of human rotaviruses --- p.74 / Chapter 3.5. --- Subgroup determination by ELISA --- p.99 / Chapter 3.6. --- Rotavirus serotypes by fluorescent foci neutralization (FFN) --- p.102 / Chapter 3.7. --- Rotavirus serotypes by ELISA --- p.107 / Chapter 3.8. --- Rotavirus serotypes as determined by oligonucleotide probes --- p.110 / Chapter 3.8.1. --- Dot hybridization --- p.110 / Chapter 3.8.2. --- Northern blots of electrophoresed RNAs --- p.118 / Chapter 3.9. --- Temporal distribution of rotavirus serotypes --- p.124 / Chapter 3.10. --- "Association between serotype, subgroups and electropherotypes" --- p.128 / Chapter 3.11. --- Unusual rotavirus strains --- p.135 / Chapter 3.12. --- Nosocomial rotavirus infection --- p.135 / Chapter Chapter 4. --- Discussion / Chapter 4.1. --- Seasonal variation of rotavirus infection --- p.141 / Chapter 4.2. --- Molecular epidemiology of rotavirus infection --- p.143 / Chapter 4.3. --- Subgrouping of human rotavirus strains --- p.146 / Chapter 4.4. --- Serotyping rotaviruses by ELISA --- p.147 / Chapter 4.5. --- Serotyping rotaviruses by oligonucleotide probe hybridization --- p.150 / Chapter 4.6 --- Advantage and disadvantage of different methods for serotyping of rotaviruses --- p.152 / Chapter 4.7. --- Distribution of rotavirus serotypes --- p.153 / Chapter 4.8. --- Association between rotavirus serotype and electropherotype --- p.156 / Chapter 4.9. --- Nosocomial rotavirus infection --- p.158 / Chapter 4.10. --- Unusual rotavirus strains --- p.159 / Chapter 4.11. --- Concluding remark --- p.162 / Chapter 4.12. --- Future studies --- p.164 / References --- p.165

Les travaux de recherche effectués dans le cadre de cette thèse ont été guidés par le manque d’information et une compréhension limitée des mécanismes épidémiologiques à l’origine de l’émergence et de la diffusion de la grippe aviaire hautement pathogène, souche H5N1 en Chine du Sud, aussi reconnue comme l’épicentre potentiel de l’émergence des virus influenza aviaires à caractères pandémiques. <p>Dans ce cadre, des données spatio-temporelles relatives aux foyers de la maladie ainsi que des données de surveillance virologiques (isolement du virus effectué dans le cadre du système de surveillance nationale) ont été collectées sur une période de quatre ans et analysées afin d’éxplorer les facteurs de risque relatifs à l’émergence et persistence de la maladie dans certaine zones de production du sud de la Chine. Les analyses ainsi effectuées ont permis d’identifier, à travers l’utilisation de méthodes statistiques robustes ayant fait leur preuve dans le domaine de la santé ou de l’écologie (la régression logistique classique et les arbres de regression logistique), des facteurs de risque liés à certains types de production de volailles (canards élevés en plein air, zones riches en eau et par extension associées à la riziculture) ou des facteurs associés à l’activité humaine. A travers une représentation cartographique des facteurs ainsi identifiés, des cartes de risque ont été produites permettant ainsi de visualiser d’une part les zones à haut risque de persistence de l’infection virale et d’autre part les zones vulnérables à l’apparition de foyers de la maladie, donnant aux autorités nationales la possibilité de mieux cibler leurs politiques de surveillance et de contrôle. <p>Dans un second temps, notre étude s’est portée sur les marchés à volailles traditionnels du sud de la Chine qui représentent un risque permanent de persistence, d’évolution et de diffusion des virus influenza aviaires, ainsi qu’un risque important en matière de santé publique. La dynamique de ces marchés et les liens qui les unissent ont été étudiés à travers des outils d’analyse empruntés à la sociologie tels que l’Analyse des Réseaux Sociaux (Social Network Analysis). Grace à cette approche, l’importance de l’hygiène de ces marchés et notamment du nettoyage et de la désinfection des cages dans la persistence du virus a été mise en évidence. Enfin, des enquêtes effectuées auprès des vendeurs de volailles ont permis d’identifier l’origine et la destination des animaux vendus et de reconstruire des réseaux plus ou moins intriqués de liens commerciaux qui unissent ces marchés entre eux dans trois provinces du sud de la Chine. L’analyse de ces réseaux et de leurs configurations ont permis d’identifier des marchés à plus haut risque de persistence de l’infection du fait de leur position centrale au sein de ces réseaux. De même qu’il est indispensable de cibler la surveillance et le contrôle de la maladie dans des zones écologiquement favorables à la persistence des virus influenza aviaires, cette étude révèle l’importance de certaines pratiques hygiéniques et commerciales dans la persistence de la maladie et la nécessité de cibler la surveillance et le contrôle au niveau de certains de ces marchés situés au centre d’un réseau dense et connecté, pour pouvoir in fine mieux contrôler la maladie au niveau national.<p> / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished