Diss. (sammanfattning). Alnarp : Sveriges lantbruksuniversitet, 2005. / Härtill 7 uppsatser.

Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Agropecuarias, Mención Producción Frutícola

Memoria para optar al Título Profesional de Ingeniera Agrónoma / En Chile, los nemátodos fitoparásitos constituyen uno de los principales problemas sanitarios que enfrenta el cultivo de la vid (Vitis vinífera L.). Su control se realiza mediante el uso de nematicidas químicos altamente tóxicos, los cuales generan problemas medioambientales, como la contaminación del suelo de napas subterráneas. Pese a que existen otras alternativas para estos productos, tales como portainjertos resistentes, enmiendas orgánicas y control biológico, no han sido implementados de forma masiva en el país debido a que no existe un desarrollo importante de ellos.

Memoria para optar al título profesional de Ingeniero Agrónomo / En Chile, Lobesia botrana es una plaga sometida a una campaña de erradicación/contención por el SAG, y su manejo emplea la confusión sexual (CS) como una herramienta fundamental, la cual es normalmente evaluada respecto del impacto en los machos (capturas en trampas) o, indirectamente, por los daños producidos en los cultivos infestados. El presente estudio abordó el desarrollo de las bases para implementar la técnica de la “hembra centinela”, confinando hembras vírgenes por un tiempo acotado y evaluando, luego, su estatus de cópula. En teoría, una hembra en esas condiciones (CS) no debería copular, o bien hacerlo en baja proporción. Para el estudio, se utilizaron pupas proporcionadas por FDF (colonia oficial autorizada por el SAG) y los estudios se desarrollaron en laboratorio, bajo bioseguridad, evaluando en hembras adultas: edad a la copula; dimensiones de la bursa copulatrix en vírgenes y copuladas, y su conservación fijadas en alcohol en el tiempo. Adicionalmente, se evaluaron dos métodos de confinamiento (con un ala amarrada a una plataforma vs. libres en jaulas de acceso restringido). Se midió los respectivos % de cópula al exponerlas a machos vírgenes. Se observó que las hembras son capaces de copular y oviponer entre las 24 y 48 horas después de la emergencia desde la pupa.

Memoria para optar al título profesional de Ingeniero Agrónomo / Suelos ubicados a orillas de carreteras son susceptibles a presentar altas concentraciones de elementos traza metálicos provenientes del tránsito vehicular, particularmente el plomo (Pb). El objetivo de este estudio fue evaluar la distribución y biodisponibilidad de Pb en suelos agrícolas adyacentes a la carretera CH-66 en la Comuna de las Cabras, Región de O´Higgins. El estudio evaluó la variación de la concentración de Pb respecto a la distancia desde la carretera y la profundidad del suelo. Para ello se realizaron muestreos a las distancias de 28, 45 y 62 m desde la carretera y a las profundidades de 0-10 y 10-20 cm en dos parcelas distintas ubicadas una en frente de la otra y separadas por la carretera, bajo cultivos de papa (Solanum tuberosum L.) en la Parcela 1 y repollo (Brassica oleracea var. capitata L.) en la Parcela 2.

Submitted by FRANCISCO JOSÉ DOMINGUES NETO null (fjdominguesneto@hotmail.com) on 2016-03-30T17:20:48Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO FRANCISCO JOSÉ DOMINGUES NETO - FCA HORTICULTURA..pdf: 1303433 bytes, checksum: c71b7d47ccafba7d3a941efd36e0ee48 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-04-01T13:31:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dominguesneto_fj_me_bot.pdf: 1303433 bytes, checksum: c71b7d47ccafba7d3a941efd36e0ee48 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-01T13:31:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dominguesneto_fj_me_bot.pdf: 1303433 bytes, checksum: c71b7d47ccafba7d3a941efd36e0ee48 (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A cor das bagas de uvas tintas deve-se à antocianinas e seu acúmulo parece estar regulado, ao menos em parte, pelo ácido abscísico, sendo que aplicações exógenas desse regulador proporcionam o aumento na concentração de antocianinas na casca de uvas. O objetivo desse trabalho foi avaliar o efeito do ácido abscísico na cor das bagas e nas características físicas, químicas, bioquímicas e de armazenamento pós-colheita da uva ‘Rubi’. O experimento foi realizado em um vinhedo comercial da cv. Rubi enxertada no porta-enxerto 420-A, localizado no município de São Miguel Arcanjo, SP (23º 31’ S, 47º 35' O e altitude de 660 m), na safra 2014/15. Foi utilizado o delineamento de blocos casualizados, com 4 tratamentos e 6 repetições. Os tratamentos consistiram das concentrações do isômero (S)-cis-ácido abscísico (S-ABA), sendo: Controle (0 mg L-1); 400 mg L-1 de S-ABA no início da maturação (IM); 400 mg L-1 no IM + 200 mg L-1 aos 25 dias após a primeira aplicação (25 DAPA) e 400 mg L-1 no IM + 400 mg L-1 aos 25 DAPA. Na ocasião da colheita, na porção equatorial das bagas foram determinadas as características colorimétricas com uso de colorímetro, obtendo as seguintes variáveis: L* (luminosidade), C* (saturação), hº (matiz) e índice de cor (CIRG). Avaliou-se também a massa fresca, comprimento e largura do cacho, baga e engaço, número de bagas por cacho, teor de sólidos solúveis, acidez titulável, relação sólidos solúveis/acidez, pH, açúcares redutores, clorofilas, antocianinas, carotenoides, compostos fenólicos totais, flavonoides totais e atividade antioxidante, além da perda de massa, degrana, podridão e período de conservação da uva. A aplicação de S-ABA promoveu pouco efeito sobre as características físicas dos cachos e bagas e nenhum efeito sobre o engaço, no entanto, propiciou aumento no teor de sólidos solúveis e na relação sólidos solúveis/acidez do mosto. O S-ABA exerceu efeito sobre o acúmulo de antocianinas das bagas da uva ‘Rubi’, além de propiciar a melhoria dos atributos de cor das bagas, evidenciada pela menor luminosidade e saturação, que conferem cor mais escura às bagas, e também pela maior média de CIRG, variando de 2,9 a 3,1 para as bagas tratadas. Para a conservação da uva, verificou-se que o S-ABA proporcionou menor perda de massa dos cachos, e consequentemente elevou a podridão, evidenciada pela maior quantidade de água. / The berries’ grapes color is due to the anthocyanins and their accumulation seems to be adjusted, at least in part, by the abscisic acid, in which exogenous application of this regulator provides an increase in the concentration of anthocyanins in the grape skin. The aim of this study was to evaluate the effect of abscisic acid in the color of the berries and the physical characteristics, chemical, biochemical and postharvest storage of grape ‘Rubi’. The experiment was conducted in a commercial vineyard cv. Rubi grafted on rootstock 420-A, located in São Miguel Arcanjo, SP (23º 31’ S, 47º 35' W and the altitude of 660 m) in the 2014/15 crop. A randomized block design was used, with 4 treatments and 6 replications. The treatments consisted of isomer concentrations of (S)-cis-abscisic acid (S-ABA), as follows: Control (0 mg L-1); 400 mg L-1 S-ABA in the early maturation (EM); 400 mg L-1 to EM + 200 mg L-1 25 days after first application (25 DAFA) and 400 mg L-1 to EM + 400 mg L-1 to the 15 DAFA. At the time of harvest, in the equatorial portion of the berries were determined colorimetric characteristics with use of colorimeter, obtaining the following variables: L* (lightness), S* (saturation), hº (hue) and color index (CIRG). It was also evaluated the fresh weight, length and width of the cluster, berry and stem, number of berries per cluster, soluble solids, titratable acidity, relationship soluble solids/acidity, pH, reducing sugars, chlorophyll, anthocyanins, carotenoids, total compound phenolics, total flavonoids and antioxidant activity, besides weight loss, threshing, rot and grape storage time. The S-ABA application promoted little effect on the physical characteristics of the berries and clusters and no effect on stems, however, resulted in increased soluble solids and relationship soluble solids/acidity of the must. The S-ABA exerted effect on anthocyanins accumulation of grape berries ‘Rubi’, as well as providing improved color attributes berries as evidenced by the lower lightness and saturation, which give darker color to berries, and also by higher average CIRG, ranging from 2,9 to 3,1 for the treated berries. For grape storage, it was found that the S-ABA resulted in less loss of weight of the clusters, and consequently increased of rot, as evidenced by the greater amount of water retained in clusters.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2013. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-06-02T18:39:34Z No. of bitstreams: 1 2013_LiamarMariadosAnjos_Parcial.pdf: 4370253 bytes, checksum: 1e942fbfab25e231f1108052036de9bc (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-06-02T20:43:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_LiamarMariadosAnjos_Parcial.pdf: 4370253 bytes, checksum: 1e942fbfab25e231f1108052036de9bc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-02T20:43:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_LiamarMariadosAnjos_Parcial.pdf: 4370253 bytes, checksum: 1e942fbfab25e231f1108052036de9bc (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia e Embrapa Uva e Vinho. / A videira (Vitis vinifera L.) destaca-se entre as mais importantes espécies frutíferas cultivadas mundialmente. O míldio, causado pelo oomyceto Plasmopara viticola (Berk & Curtis.) Berl. & de Toni é uma das principais doenças da videira no mundo, causando sérios prejuízos à vitivinicultura. Este trabalho envolveu um conjunto de experimentos visando gerar informações para estudos genéticos do gênero Plasmopara, infectando videiras no Brasil. O Capítulo 1 teve como objetivo estudar a diversidade genética e a estrutura populacional de isolados de Plasmopara viticola que infectam vinhedos em diferentes regiões brasileiras. Para isto, 34 novos marcadores microssatélites de P. viticola foram desenvolvidos através de sequenciamento NGS (Next Generation Sequencing) seguido de montagem parcial de novo do genoma do fungo. Testes dos novos marcadores juntamente com dez controles possibilitaram a seleção de uma bateria mista de 15 marcadores que foram usados para genotipar 92 isolados de P. viticola coletados em regiões produtoras de uva no Brasil. A amostra de 92 isolados apresentou estruturação, tendo sido dividida em três subpopulações, denominadas PvG1(Fst=0,56), PvG2 (Fst=0,25) e PvG3 (Fst=0,24). Foi observado um grande efeito no uso de pequenas baterias de marcadores moleculares na análise genética de populações do patógeno, afetando a interpretação dos resultados de substruturação populacional. A classificação geográfica dos isolados apresenta associação com a classificação subpopulacional do patógeno. Os isolados oriundos dos Estados de São Paulo e Minas Gerais apresentam maior diversidade de subpopulações do que isolados de outras regiões tradicionais no cultivo de uva no Brasil, como o Rio Grande do Sul. O emprego de ferramentas moleculares como sequenciamento NGS e marcadores moleculares contribui para uma melhor compreensão das variáveis que afetam as populações de P. viticola. O Capítulo 2 teve por objetivo construir mapas genéticos para os genitores da progênie F1 do cruzamento CNPUV 733-34 x CNPUV 1103-88 e mapear regiões do genoma de videira que conferem resistência ao patógeno. O mapa do genitor feminino CNPUV 733-34 cobriu 1.104 cM do genoma de videira, com distância média entre marcadores de 6,69 cM. O mapa do genitor masculino CNPUV 1103-88 cobriu 958 cM do genoma de videira, com distância média entre marcadores de 7,48 cM. O fenótipo da interação patógeno-hospedeiro foi mensurado em bioensaios em ambiente controlado e infecção natural no campo. Três QTLs foram detectados por mapeamento de Intervalo Simples e Intervalo Composto no mapa genético do genitor feminino CNPUV 733-34. Um dos QTLs está localizado no GL 5, no intervalo entre os marcadores UDV041-UDV042 (LOD= 3,9) e explica 6% da variação fenotípica para resistência a P. viticola. Dois outros QTLs (C18-1 e C18-2), apresentam efeito moderado de resistência a P. viticola, foram detectados no GL 18, e explicam até 22,3% da variação fenotípica. O intervalo do QTL C18-1 (LOD= 7,6) é flanqueado pelos marcadores VMC7F2 e VVIN16, que estão separados por 5 cM. O intervalo do QTL C18-2 (LOD= 6,3) é flanqueado pelos marcadores VVIU04 e VVIN83, separados por 22 cM. O mapeamento genético de QTLs de resistência ao míldio utilizando diferentes fontes de resistência nos programas de melhoramento genético de videira é um passo importante para o aumento da eficiência de desenvolvimento de variedades resistentes ao patógeno. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Grapevine (Vitis vinifera L.) is among the most important fruit species cultivated worldwide. Downy mildew, caused by the oomycete Plasmopara viticola (Berk & Curtis.) Berl. & de Toni, is one of the main diseases of grapevine in different grape producing regions of the world, causing serious damage to grape production. This work is based on a group of experiments aimed at generating information useful to genetic studies of the genus Plasmopara, which infect grapevine in Brazil. The objective of Chapter 1 was to study the genetic diversity and population structure of Plasmopara viticola which infect grapevine fields in different regions of Brazil. 34 new P. viticola microsatellite markers were developed by NGS (Next Generation Sequencing) followed by partial de novo assembly of the fungus genome. A mixed battery of new and ten control microsatellites was used to genotype 92 P. viticola isolates, collected in grape producing regions of Brasil. A sample of 92 isolates showed a significant population structure, with isolates clustering into three subpopulations, called PvG1 (Fst=0,56), PvG2 (Fst=0,25) e PvG3 (Fst=0,24). The effect of small batteries of molecular markers used to evaluate the genetic structure of the pathogen populations was tested and found to affect the interpretation of the results. The geographic classification of the isolates is associated with the genetic groups detected in the pathogen sample. Isolates collected in São Paulo and Minas Gerais show greater diversity of genetic groups (subpopulations) than isolates from other traditional grape growing regions of Brazil, such as Rio Grande do Sul. The use of molecular tools, such as NGS and molecular markers, contribute for a better understanding of variables affecting the populations of P. viticola. The objective of Chapter 2 was to develop genetic maps for the parental varieties of an F1 progeny derived from the cross CNPUV 733-34 x CNPUV 1103-88 and map grapevine genomic regions associated with resistance to the pathogen. The map of the female genitor CNPUV 733-34 covered 1,104 cM, with an average recombination distance between markers of 6.69 cM. The map of the male genitor CNPUV 1103-88 covered 958 cM, with an average recombination distance between markers of 7.48 cM. Host-pathogen interaction phenotype was measured by controlled bioassays using artificial inoculation, and by natural infection in the field. Genetic mapping determined the location of P. viticola resistance QTLs in grapevine. Three QTLs mapped on the female genitor genome were detected by Interval Mapping and Composite Interval Mapping procedures. One of these QTLs was located in LG 5, in the UDV041-UDV042 marker interval (LOD= 3.9), explaining 6% of the phenotypic variation for P. viticola resistance. Two additional QTLs (C18-1 e C18-2), showing a moderate effect on P. viticola resistance, were detected in LG 18, explaining up to 22.3% of the phenotypic variation. The C18-1 QTL interval (LOD= 7.6) is flanked by markers VMC7F2 and VVIN16, which are 5 cM apart. The C18-2 QTL interval (LOD= 6.3) is flanked by markers VVIU04 and VVIN83, which are 22 cM apart. Mapping downy mildew resistance QTLs using germplasm accessions derived from different sources of resistance in breeding programs is an important step towards higher efficiency in the improvement of grapevine resistance to the pathogen.

Xylella fastidiosa é uma bactéria fitopatogênica transmitida por insetos vetores conhecidos como cigarrinhas (Hemiptera: Cicadellidae, Subfamília Cicadellinae). Uma estirpe desta bactéria causa o Mal de Pierce em videira nos EUA e México. No Brasil, esta bactéria ainda não foi detectada colonizando videira, embora esta cultura tenha importância em algumas regiões Nesta pesquisa foi feito um levantamento faunístico de cigarrinhas da família Cicadellinae por meio de armadilhas adesivas amarelas em vinhedos dos Estados do Rio Grande do Sul e Pernambuco, com o objetivo de identificar potenciais vetoras de X. fastidiosa e sua flutuação populacional. Para a obtenção das cigarrinhas foram realizadas coletas com cartões adesivos amarelos em quatro parreirais comerciais de Vitis vinifera para cada Estado. Em cada parreiral foram instalados 20 cartões, distribuídos em 10 pontos espaçados de 40 x 40 m, com duas alturas de amostragem (45 cm do solo e 45 cm acima da lâmina foliar de videira). Os cartões adesivos foram trocados quinzenalmente no período de setembro/2004-setembro/2006 e junho/2005-junho/2007 no Rio Grande do Sul e Pernambuco, respectivamente. Baseando-se em análise faunística, determinaram-se as espécies de cigarrinhas mais abundantes, constantes, freqüentes e dominantes, as quais foram avaliadas quanto à flutuação populacional. No Rio Grande do Sul, 34 espécies de cicadelíneos e 6 de cercopídeos foram encontradas. Porém, a maioria (98,4%) dos 3,893 espécimes coletados foram cicadelídeos, distribuídos nas subfamílias Cicadellinae (n = 2.344; 23 espécies), Gyponinae (n = 1.327; 9 espécies), Deltocephalinae (n = 147; 1 espécie) e Coelidinae (n = 13; 1 espécie). Os insetos da subfamília Cicadellinae foram divididos nas tribos Cicadellini (n = 1.606; 12 espécies) e Proconiini (n = 738; 11 espécies). Dentre os cicadelíneos, 5 espécies de Cicadellini (Bucephalogonia xanthophis, Dilobopterus dispar, Macugonalia cavifrons e a morfo-espécie Cicadellini sp. 1) e 5 de Proconiini (Molomea consolida, Oncometopia facialis, Oncometopia fusca e Tapajosa rubromarginata) prevalecem nos vinhedos do Rio Grande do Sul, de acordo com as análises faunísticas. Nos vinhedos de Pernambuco, verificou-se uma menor diversidade de espécies de cigarrinhas em relação aos do Rio Grande do Sul. Um total de 4.106 cicadelídeos foram coletados, pertencentes a duas subfamílias: Cicadellinae (n = 4.094; 4 espécies) e Gyponinae (n = 12; 2 espécies). A espécie mais abundante foi a H. spottii com 3.965 indivíduos encontrados. Esta espécie utiliza a videira como hospedeiro de oviposição e desenvolvimento. Os períodos de maior ocorrência de cigarrinhas nos vinhedos são de outubro a agosto na Serra Gaúcha, e de janeiro a junho em Pernambuco. Neste estudo também foi testada a possibilidade de transmissão por cigarrinhas de uma estirpe de X. fastidiosa de citros, causadora da Clorose variegada dos citros (CVC), para videira e ameixeira. Não houve transmissão para videira, indicando que a estirpe de X. fastidiosa de citros pode não ser capaz de estabelecer infecção sistêmica em videira, após a inoculação por inseto vetor. No entanto, a diversidade e abundância de cigarrinhas potenciais vetoras nos Estados de Pernambuco e Rio Grande do Sul indicam um grande risco para disseminação do Mal de Pierce em videira caso uma estirpe de X. fastidiosa patogênica a esta cultura seja introduzida ou evolua a partir de estirpes existentes no Brasil. / Xylella fastidiosa is plant-pathogenic bacterium transmitted by leafhoppers (Hemiptera: Cicadellidae) in the subfamily Cicadellinae, commonly known as sharpshooters. In the United States and Mexico, a particular strain of this bacterium causes Pierce\'s disease (PD) in grapevines. PD has not been reported in Brazil, although grape is a major crop in some regions of this country. In this study, a 2-year survey of Cicadellidae leafhoppers was carried out by yellow sticky traps in vineyards of the States of Rio Grande do Sul and Pernambuco, in order to identify potential vectors of X. fastidiosa as well as their seasonal patterns of occurrence in the crop. The survey was conducted in four commercial plantings of Vitis vinifera L. per State, by using 20 traps distributed in 10 sampling points and 2 heights (45 cm above soil and 45 cm above the crop canopy) per vineyard. The cards were changed fortnightly during the periods of September/2004-September/2006 and June/2005-June/2007 in the States of Rio Grande do Sul and Pernambuco, respectively. Faunistic analyses of the trapping data from each vineyard were run to determine the most abundant, constant, frequent and dominant sharpshooter species, for which the population fluctuation was studied. In Rio Grande do Sul, 34 leafhopper and 6 spittlebugs (Hemiptera: Cercopidae) species were trapped, but most (98.4%) of the 3,893 specimens collected were leafhoppers, which were distributed in the subfamilies Cicadellinae (n = 2,344; 23 species), Gyponinae (n = 1,327; 9 species), Deltocephalinae (n = 147; 1 species) and Coelidinae (n = 13; 1 species). The sharpshooter (Cicadellinae) specimens were divided in the tribes Cicadellini (n = 1,606; 12 species) and Proconiini (n = 738; 11 species). Among the sharpshooters, 5 species of Cicadellini (Bucephalogonia xanthophis, Dilobopterus dispar, Macugonalia cavifrons and the morpho-species Cicadellini sp. 1) and 5 of Proconiini (Molomea consolida, Oncometopia facialis, Oncometopia fusca and Tapajosa rubromarginata) are prevalent in vineyards of Rio Grande do Sul based on the faunistic indices. In the vineyards of Pernambuco State, a different species composition and a lower diversity of sharpshooters were found. A total of 4,106 leafhopper specimens were trapped, distributed in two subfamilies: Cicadellinae (n = 4,106; 4 species) and Gyponinae (n = 12; 2 species). H. spottii was the most abundant sharpshooter, with 3,965 specimens. The periods of higher sharpshooter populations in the vineyards are from October to August in Rio Grande do Sul, and from January to June in Pernambuco. The possibility of transmission of a Citrus variegated chlorosis (CVC) strain of X. fastidiosa from citrus to grape was tested by using the sharpshooter B. xanthophis as a vector. No transmission to the test plants was recorded, suggesting that the CVC strain may not establish systemic infections in grape after vector inoculation. However, the diversity and abundance of native sharpshooters found in Rio Grande do Sul and Pernambuco indicate a high risk of PD spread in vineyards if a pathogenic strain of X. fastidiosa to grapes evolves or is introduced in Brazil.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-24T15:08:49Z No. of bitstreams: 1 Myrzania de Lira Guerra.pdf: 1530658 bytes, checksum: 73ad27186e300f4bbcd6fd5b19977dd1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T15:08:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Myrzania de Lira Guerra.pdf: 1530658 bytes, checksum: 73ad27186e300f4bbcd6fd5b19977dd1 (MD5) Previous issue date: 2015-07-24 / Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv) is the causal agent of grapevine bacterial canker. In the Submédio do Vale São Francisco in the northeast of Brazil, bacterial canker is one of the most important grapevine diseases, responsible for severe damage and representing a serious risk to Brazilian viticulture and wine production. The aims of this study were to: a) evaluate the ability of seven Xcv strains to adhere and form biofilms in vitro and to determine the influence of the culture medium and surfaces on biofilm formation, besides to study the biofilm architecture and swarming motility; and b) optimize a method of protein extraction for proteomic analysis of the Xcv, comparing the efficiency of four methods, based on the twodimensional gel electrophoresis profile (2D-PAGE). All the strains adhered to the wells of the polystyrene microtiter plate and formed biofilms in all liquid culture medium (nutrient brothdextrose- yeast extract, yeast extract-dextrose-calcium carbonate, KADO 523 and Luria-Bertani), though to different degrees (weak, moderate and strong). In glass tubes, only Xcv229 and Xcv158 strains formed biofilms. We identified Xcv229 as a strong biofilmproducing strain. Using confocal laser scanning microscopy (CLMS) only Xcv229 showed an initial matrix of biofilm structure after 24 h of growth. Scanning electron microscopy (SEM) images of strains Xcv229 and Xcv158 grown for 36 h on microtiter plates revealed typical biofilm architectures. Strain Xcv158 displayed a higher swarming motility than Xcv229, showing that in this case, biofilm formation is not motility-dependent. This is the first report of biofilm production by the bacterial plant pathogen Xcv. Trizol®, Phenol, Centrifugation and Lysis methods were tested and through quantitative and qualitative analysis, the most suitable method to obtain high-quality protein was selected. All methods enabled the extraction of a significant amount of proteins; nevertheless, the centrifugation method allowed obtaining the highest concentration of solubilized proteins. However, the analysis of the 2D-PAGE gel images revealed a larger number of spots in the lysis method when compared to the others. Taking into consideration the quality of the results and the practical advantages of the lysis method, this is recommended as the best option for total protein extraction of Xcv for proteomic studies. / Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv) é o agente causal do cancro bacteriano da videira. No Submédio do Vale São Francisco, no nordeste do Brasil, o cancro bacteriano é uma das doenças mais importantes dessa cultura, sendo responsável por grandes prejuízos, o que representa um sério risco para a viticultura brasileira. Os objetivos deste estudo foram: a) avaliar a capacidade de sete isolados de Xcv para aderir e formar biofilmes in vitro e determinar a influência do meio de cultura e das superfícies na formação de biofilme, além de investigar a arquitetura do biofilme e motilidade swarming; e b) otimizar um protocolo para extração de proteínas para análise da proteômica de Xcv, comparando a eficiência de quatro métodos com base no perfil de eletroforese em gel bidimensional (2D-PAGE). Todos os isolados aderiram aos poços da placa de microtitulação de poliestireno e formaram biofilmes nos meios de cultura líquidos testados (caldo nutriente-dextrose-extrato de levedura, extrato de levedura-dextrose-carbonato de cálcio, KADO 523 e Luria-Bertani), em níveis fraco, moderado e forte. Em tubos de vidro, apenas os isolados Xcv229 e Xcv158 formaram biofilmes. Xcv229 foi considerado um forte produtor de biofilme. Na microscopia confocal a laser (MCL) apenas em Xcv229 visualizou-se a matriz inicial da estrutura do biofilme, após 24 h de crescimento. As imagens da microscopia eletrônica de varredura (MEV) de Xcv229 e Xcv158 crescidos durante 36 h em placas de microtitulação revelaram arquiteturas típicas de biofilme. O isolado Xcv158 apresentou uma maior motilidade swarming do que Xcv229, mostrando que, neste caso, a formação de biofilme é independente da motilidade. Este é o primeiro relato de produção de biofilme bacteriano pela fitobactéria Xcv. Os métodos Trizol®, fenol, centrifugação e lise foram analizados quantitativa e qualitativamente, para selecionar o mais adequado na obtenção de proteína de alta qualidade. Todos permitiram a extração de uma quantidade significativa de proteínas, no entanto, o método de centrifugação resultou numa maior concentração de proteínas solubilizadas. A análise das imagens do gel 2D-PAGE revelou um maior número de spots no método de lise, quando comparado com os outros. Levando-se em consideração a qualidade dos resultados e as vantagens práticas do método de lise, este é recomendado como a melhor opção para extração de proteínas totais de Xcv para estudos de proteômica.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-12-18T12:36:35Z No. of bitstreams: 1 Flavia Gomes da Silva.pdf: 1179327 bytes, checksum: db99f0969d6e76ec0106dc4eeed57e4f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-18T12:36:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Flavia Gomes da Silva.pdf: 1179327 bytes, checksum: db99f0969d6e76ec0106dc4eeed57e4f (MD5) Previous issue date: 2017-07-20 / The objective of this study was to evaluate the agronomic and quality characteristics of the must in varieties of Vitis vinifera L., as well as the genetic divergence between them. The varieties are: Chardonnay, Muscat Petit Grain, Sauvignon Blanc and Viognier (white wines) and Cabernet Sauvignon, Malbec, Merlot Noir, Petit Verdot, Pinot Noir and Syrah (red wines), grafted on Paulsen 1103 rootstock were. The experiment was conducted at the Experimental Station of the Agronomic Institute of Pernambuco (IPA) in Brejão-PE, and data from the second productive cycle were analyzed (August 2016 to January 2017). The design was randomized blocks with five replications and eight plants per plot. The phenotypic variability was evaluated for agronomic and must quality variables. It was evaluated: phenology (days) and thermal requirements (Day-degrees); bud sprouting (%) and bud fertility (bud sprout-1); (ha-1), number of bunches (bunch plant-1), bunch mass (g), bunch length and width (cm), volume of 100 berries (%), soluble solids (SS, ° Brix), pH, titratable acidity (AT,% tartaric acid) and SS/TA ratio. The results were submitted to analysis of variance and Tukey averages comparison test (p≤0.05). As a method of grouping, UPGMA and the analysis of canonical variables were used. Sprouting varied from 13.68 (Petit Verdot) to 81.6% (Sauvignon Blanc) and the fertility of 0.1 (Chardonnay) buds to 0.67 cherry bud-1 (Sauvignon Blanc). The length of the pruning cycle ranged from 133 days (Muscat Petit Grain) to 167 days (Merlot Noir), and the cumulative Degrees ranged from 1,684 GD (Muscat Petit Grain) to 2,070 GD (Merlot Noir). The bunch number ranged from five (Merlot Noir) to 29 plant-1 bunches (Sauvignon Blanc). 'Muscat Petit Grain' (160.2 g) stood out from the others for mass of curls, not differing from 'Syrah' and 'Malbec'. The varieties showed no difference in the length and width of bunches. For volume of 100 berries, 'Malbec' (216.0 ml) and 'Muscat Petit Grain' (213.6 ml) stood out. For the 'Sauvignon Blanc' (70.87%) yield, it stood out, not differing from 'Muscat Petiit Grain' (70,22%), 'Malbec' (64,31%) and 'Viognier' (69,79%). 'Muscat Petit Grain', 'Sauvignon Blanc', 'Viognier' (white wine), 'Cabernet Sauvignon', 'Malbec', 'Merlot Noir' and 'Syrah', PH (3.73, 3.90, 3.97, 3.68, 3.75, 3, 4, 6, 8, 50 and 3.86), AT (0.60, 0.57, 0.64, 0.77, 0.71, 0.59 and 0.54% tartaric acid) and the SS/AT ratio (36, 68, 40.29, 35.48, 29.31, 34.39, 39.42 and 42.28), respectively. The Muscat Petit Grain, Sauvignon Blanc (white wines) and Cabernet Sauvignon and Syrah (red wines) varieties stood out in agronomic analysis and grape quality. From the analyzes of genetic divergence for the characteristics analyzed, it was possible to identify that the varieties are divergent. / O objetivo deste trabalho foi avaliar as características agronômicas e de qualidade da uva em variedades de Vitis vinifera L., bem como a divergência genética entre elas. As variedades são: Chardonnay, Muscat Petit Grain, Sauvignon Blanc e Viognier (vinhos brancos) e Cabernet Sauvignon, Malbec, Merlot Noir, Petit Verdot, Pinot Noir e Syrah (vinhos tintos), enxertadas sobre o porta-enxerto Paulsen 1103. O experimento foi conduzido na Estação Experimental do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA) em Brejão-PE, sendo analisado os dados do segundo ciclo produtivo (agosto de 2016 a janeiro de 2017). O delineamento foi em blocos casualizados com cinco repetições e oito plantas por parcela. A variabilidade fenotípica foi avaliada para variáveis agronômicas e de qualidade do mosto. Avaliouse: fenologia (dias) e exigências térmicas (Graus-dia); brotação (%) e fertilidade de gemas (cacho broto-1); produção (kg planta-1) e produtividade (t ha-1), número de cachos (cacho planta-1), massa do cacho (g), comprimento e largura do cacho (cm), volume de 100 bagas (mL), rendimento de mosto (%), sólidos solúveis (SS, °Brix), pH, acidez titulável (AT, % de ácido tartárico) e a relação SS/AT. Os resultados foram submetidos a análise de variância e teste de comparação de médias de Tukey (p≤0,05). Como método de agrupamento, foram empregados UPGMA e a análise de variáveis canônicas. A brotação variou de 13,68 (Petit Verdot) a 81,6% (Sauvignon Blanc) e a fertilidade de gemas de 0,1 (Chardonnay) a 0,67 cacho broto-1 (Sauvignon Blanc). A duração do ciclo da poda a colheita variou de 133 dias (Muscat Petit Grain) a 167 dias (Merlot Noir), e os Graus-dia acumulados variaram de 1.684 GD (Muscat Petit Grain) a 2.070 GD (Merlot Noir). O número de cacho variou de cinco (Merlot Noir) a 29 cachos planta-1 (Sauvignon Blanc). ‘Muscat Petit Grain’ (160,2 g) se destacou das demais para massa de cachos, não diferindo da ‘Syrah’ e ‘Malbec’. As variedades não apresentaram diferença no comprimento e largura de cachos. Para volume de 100 bagas, ‘Malbec’ (216,0 ml) e ‘Muscat Petit Grain’ (213,6 ml) se sobressaíram. Para o rendimento de mosto ‘Sauvignon Blanc’ (70,87%) se destacou, não diferindo da ‘Muscat Petiit Grain’ (70,22%), ‘Malbec’ (64,31%) e ‘Viognier’ (69,79%). ‘Muscat Petit Grain’, ‘Sauvignon Blanc’, ‘Viognier’ (vinho branco), ‘Cabernet Sauvignon’ ‘Malbec’, ‘Merlot Noir’ e ‘Syrah’ (vinho tinto) obtiveram valores aceitáveis de SS (21,9; 22,6; 22,7; 22,3; 22,2; 21,0 e 22,9°Brix), pH (3,73; 3,90; 3,97; 3,68; 3,75; 3,50 e 3,86), AT (0,60; 0,57; 0,64; 0,77; 0,71; 0,59 e 0,54% de ácido tartárico) e na relação SS/AT (36,68; 40,29; 35,48; 29,31; 34,39; 39,42 e 42,28), respectivamente. As variedades Muscat Petit Grain, Sauvignon Blanc (vinhos brancos) e Cabernet Sauvignon e Syrah (vinhos tintos) destacaram-se nas análises agronômicas e na qualidade da uva. A partir das análises de divergência genética para as características analisadas, foi possível identificar que as variedades são divergentes.