Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Resumo: As características de qualidade de carne, por serem de difícil mensuração, raramente são contempladas em programas de melhoramento genético. Porém, é necessário conhecer sobre os genes e os mecanismos moleculares que controlam essas características, isso poderá auxiliar na avaliação de animais de forma precoce. Objetivo desse estudo foi identificar e analisar genes e isoformas de mRNA diferencialmente expressos no tecido do músculo Longissimus thoracis de bovinos da raça Nelore, fenotipicamente divergentes para características cor da carne, marmoreio e maciez da carne (avaliada através das metodologias de WBSF e MFI) usando dados de RNA-Seq. Além disso, esse estudo visa a identificação dos efeitos de variantes estruturais em “splice sites” de transcriptos diferencialmente expressos em animais fenotipicamente divergentes para as características de color e marmoreio da carne. Uma média de 37 mil transcritos foram detectados sendo expressos no músculo de bovinos Nelore. Foram identificados 40 e 28 isoformas de mRNA (p-valor < 0,001) diferencialmente expressas para os fenótipos de WBSF e MFI, respectivamente. Além disso, foram identificados sendo diferencialmente expressos os mRNAs [WBSF (SYNPO-201) e MFI (ANKRD23-202)], e entre outras isoformas de mRNA relacionadas a genes que afetam a velocidade de degradação das fibras musculares durante o processo de envelhecimento da carne, como e.g. [para WBSF (MYOT, CASQ1, TPM2, MB e SYNM) e para MFI (FGFRL1 e NEB)]. Na análise de enriquec... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The measurement of meat quality traits are costly, because of that it is rarely included in breeding programs. However, it is necessary to know about the genes and the molecular mechanisms that control these traits, this may help in the evaluation of animals at an early stage.Thus, the identification of mRNA isoforms and the associated splice variants affecting meat quality traits in Nellore cattle could allow to better understanding the genetic architecture of these complex traits. The objective of this study was to identify and analyze genes and mRNA isoforms differentially expressed in the Longissimus thoracis muscle tissue of Nellore cattle, phenotypically divergent for meat color, marbling and meat tenderness (evaluated using WBSF and MFI methodologies) traits, using RNA-Seq data. In addition, to identify structural variants affecting splice sites of differencially expressed mRNA isoforms for marbling and meat color traits. An average of 37 thousand transcripts were detected in the Nellore muscle transcriptomic analysis. A total of 40 and 28 mRNA isoforms (p-value |<| 0.001) were differentially expressed between divergent groups for WBSF and MFI phenotypes, respectively. The differentially expressed mRNA isoforms [WBSF(MYL1, MYL3, MYH1 and MYBPC2) and MFI (MYL6) traits], which are myosin encoders, was the family with most abundantly number of mRNA isoforms detected as diferencially expressed. In addition, we identified as DE [WBSF (SYNPO-201 isoform) and for MFI (ANKRD23... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

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The animals were slaughtered when they reached a minimum weight of 500 kg and 5 millimeters of fat backfat, forming groups of 17 or 18 animals of each slaughter. The slaughter occurred in a commercial slaughterhouse under Federal Inspection (SIF 431). The experimental design was a randomized block design with two treatment types (low and high WBSF). Data were subjected to an analysis of variance using the GLM procedure in SAS. The treatment means were compared by the Duncan test at 5% significance. Sensory analyses were submitted to the NPAR1WAY procedure, and means were compared by the non-parametric Kruskal- Wallis test. There weren’t significant differences for the carcasses characteristics evaluated. The shear force was high for animals with high WBSF analyzed in both methods (1.55 kgf and 2.48 kgf texturometer Warner Bratzler). The high group WBSF had a value of 5.99 for pH, higher than the low group WBSF, which showed a pH of 6.36. The animals of the low WBSF group had lower cooking losses, 18.1% and higher water retention capacity of 77.01%. It is suggested that these differences may have been due to the high pH value observed for animals in this group. Color parameters were better for animals with high WBSF. In the sensory panel, the animals with low WBSF were better for both, tenderness (8.38 vs. 5.01) and juiciness (6.12 vs. 5.26), compared to the high WBSF group. The two groups did not differ in carcass characteristics, but animals with low WBSF produced superior beef according to objective and taste panel evaluations. Genetic selection for meat tenderness didn’t influence carcass characteristics, but was effective / A seleção genética de animais com potencial para produção de carcaça e carne de melhor qualidade é uma estratégia que deve ser mais adotada pela pecuária brasileira. O país ocupa posição de destaque no agronegócio mundial, detentor do maior rebanho bovino comercial do mundo, e um dos maiores exportadores de carne bovina, no entanto, a carne brasileira é tida como de média a baixa qualidade. Objetivou-se avaliar as características quantitativas e qualitativas da carcaça e da carne de bovinos Nelore Mocho, pertencentes a uma população segregante selecionada para maciez da carne. Foram utilizados 68 animais machos inteiros sendo 27 deles pertencentes ao grupo de baixo WBSF (força de cisalhamento <3,5 kgf) e 41 pertencentes ao grupo de alto WBSF (força de cisalhamento >3,5 kgf). A idade e peso inicial dos animais foram, em média de seis meses e 215,5 kg, respectivamente. Os animais foram abatidos quando atingiram peso mínimo de 500 kg e cinco milímetros de espessura de gordura, formando grupos com 17 ou 18 animais por abate. O abate ocorreu em frigorifico comercial sob Inspeção Federal (SIF 431). O delineamento experimental foi em blocos casualizados com dois tratamentos (baixo e alto WBSF). Os dados foram submetidos à análise de variância utilizando o procedimento GLM, disponibilizados no programa estatístico SAS. As médias dos tratamentos foram comparadas pelo teste de Duncan a 5% de significância. As análises sensoriais foram submetidas ao procedimento NPAR1WAY, e as médias foram comparadas pelo teste não paramétrico de Kruskal-Wallis. Não houve diferença significativa para as características de carcaça avaliadas. A força de cisalhamento foi menor para os animais de baixo WBSF nos dois métodos analisados (1,55 kgf no texturômetro e 2,48 kgf no Warner Bratzler). O grupo de alto WBSF apresentou valor médio de 5,99 para pH, sendo superior ao grupo baixo WBSF, que apresentou pH de 6,36 em média. A carne dos animais de baixo WBSF apresentam menores perdas por cocção (18,1%) e maior capacidade de retenção de água (77,01%), sugere-se que essas diferenças possam ter sido devido ao alto valor de pH observado para os bovinos deste grupo. Os parâmetros de cor foram superiores para os animais de alto WBSF. No painel sensorial, a carne dos animais de baixo WBSF foram superiores, tanto para a característica de maciez (8,38 vs. 5,01) como para suculência (6,12 vs. 5,26), em relação ao grupo alto WBSF. Os dois grupos não diferiram em relação às características de carcaça, mas a carne dos animais de baixo WBSF apresentaram superioridade para as características de qualidade medidas objetivamente pelo painel sensorial. Dessa forma, pode-se afirmar que a seleção genética para maciez da carne não influenciou nas características de carcaça, mas foi eficiente na melhoria das características de qualidade da carne proveniente de bovinos da raça Nelore.