Staphylococcus aureus is one of the most important pathogens both in community- or hospital-acquired infections. The first part of this study analyzed the similarity of molecular types of S. aureus isolates cultured from nares and blood in patients with S. aureus bacteremia (SAB) by pulse-fielded gel electrophoresis (PFGE) of digested chromosomal DNA by Sma I at Kaohsiung Veterans General Hospital from August 1, 2000 through July 31, 2001. The results showed that the PFGE types of 78 (82.1%) paired nare and blood isolates of the 95 SAB patients having nasal carriage of S. aureus were clonally identical; identical in 89.7% patients of nosocomial group and 62.9% in community-acquired group. This provides the powerful evidence in close relationship between nasal carriage of S. aureus and acquisition of it in bacteremia. The data also showed that the rate of methicillin resistance occurred in SAB patients with nasal carriage in isolates of nosocomial SAB was 85.3%, and 31.3% in community-acquired group. The second part of this study analyzed the distribution of PFGE types of 163 nosocomial SAB isolates. The most predominant type was type A and composed 51.5% (84 strains) of 163 nosocomial SAB isolates. They were further divided into 7 subtypes. The second prevailing type was type B, 6.1%(10 strains). The evidence that an endemic stain (type A) occurred in >50% of nosocomial bacteremic isolates demonstrates horizontal dissemination of a single endemic strain of S. aureus in the SAB patients was common in the hospital. These results provide support for strategies to endorse more intensive procedures in infection control and to prevent systemic S. aureus infections by eliminating S. aureus nasal carriage.

Nosokomiale Infektionen (NKI) gehören zu den häufigsten Komplikationen eines Krankenhausaufenthaltes, insbesondere auf Intensivstationen mit einer Prävalenz von rund 18,65%. Die Folgen sind eine längere Verweildauer, erhöhte Morbidität und Letalität sowie höhere Kosten für das Gesundheitssystem. Die Erfassung NKI stellt einen wichtigen Qualitäts- Parameter für Intensivstationen dar. Ziel dieser Arbeit war es, die Übereinstimmung von nur nach KISS (Krankenhaus-InfektionsSurveillance System)- Definitionen erfassten Infektionen mit der klinisch diagnostizierten nosokomialen Infektion zu prüfen und den Zusammenhang zwischen ärztlicher Diagnose und den laborchemischen und klinisch erhobenen Kriterien darzustellen. Hierfür wurden auf einer interdisziplinären operativen Intensivstation nosokomiale Infektionen sowohl nach ITS- KISS (VAP, ZVK- assoziierte Infektionen und HWI), als auch nach ärztlicher Diagnose plus Beginn oder Eskalation einer Antibiotikatherapie erfasst. Zusätzlich zu den KISS-Parametern wurden laborchemische Entzündungsparameter (CRP und PCT) registriert. Es traten 32 Infektionen nach ITS- KISS und 69 Infektionen nach ärztlicher Diagnose auf. Acht Infektionen wurden ausschließlich nach KISS und 45 ausschließlich nach der ärztlichen Diagnose erfasst. Die Infektionsrate nach KISS für VAP lag bei 20,6, für ZVK bei 5,9 und für HWI bei 2 Infektionen, jeweils pro 1000 Devicetage. Spezifität und positiv prädiktiver Wert hinsichtlich der Vorhersage einer ärztlich diagnostizierten Infektion waren gering. Auch durch Kombination verschiedener Parameter wurden keine höheren prädiktiven Werte erreicht. Die geringe Übereinstimmung der beiden Methoden legt nahe, dass KISS die klinisch relevanten Infektionen nicht wesentlich erfasst und relevante Infektfoci nicht berücksichtigt werden, beispielsweise abdominelle Infektionen. Zudem erlauben die erfassten Laborparameter keine zuverlässige Diagnose bzw. Prädiktion einer nosokomialen Infektion. Die ärztliche Diagnose in Verbindung mit dem Beginn oder der Eskalation einer Antibiotikatherapie könnte eine vereinfachte Methode zur Surveillance nosokomialer Infektionen darstellen.

Introdução: A assistência à saúde é desafiada por eventos adversos evitáveis e mais da metade destes corresponde a Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS), com expressivas taxas de morbimortalidade e altos custos hospitalares. No entanto, não há investimentos em avaliação e reconhecimento da qualidade dos Programas de Prevenção e Controle de Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (PCIRAS). Objetivo: Realizar um diagnóstico de situação da estrutura e atuação dos PCIRAS em hospitais de pequeno porte, tendo como hipótese a conformidade mínima de 70%. Método: Estudo transversal, prospectivo e de avaliação processual no qual foram entrevistadas enfermeiras que atuam nos PCIRAS de catorze hospitais, de um total de 27, com até setenta leitos, adscritos no Departamento Regional de Saúde XVII, Estado de São Paulo, no período de 2015 a 2016. A avaliação aplicou quatro indicadores previamente validados: Estrutura Técnico-Operacional do Programa de Controle de Infecção Hospitalar (PCET), Diretrizes Operacionais de Controle e Prevenção de Infecção Hospitalar (PCDO), Sistema de Vigilância Epidemiológica de Infecção Hospitalar (PCVE) e Atividades de Controle e Prevenção de Infecção Hospitalar (PCCP). Resultados: O índice de conformidade geral dos indicadores foi de 69%, dispersão (dp) de (12,3), com valores médios de 61% (20,3 dp) para PCET, 85% (18,7 dp) para PCDO, 58% (39,5 dp) para PCVE e 75% (24,1 dp) para PCCP. O desempenho geral ficou pouco abaixo do esperado (70%) em decorrência dos indicadores PCET e PCVE. As instituições privadas apresentaram maiores índices de conformidade, bem como as que possuíam Unidade de Terapia Intensiva (UTI). Apesar, dos hospitais possuírem enfermeiros designados para PCIRAS (92,9%), somente em 23,1% das instituições privadas eles atuavam com dedicação exclusiva de seis horas. Foi observada relevância estatisticamente significativa para correlação entre os indicadores e as seguintes variáveis: presença de UTI (PCET e PCVE), representação do SCIH (PCDO) e carga horária diária do enfermeiro (PCET). Ao contrário, não foi observada relevância estatística para: presença de acreditação e carga horária do segundo profissional do SCIH. Conclusões: diante do exposto, os hospitais de pequeno porte apresentam dificuldades para instituir PCIRAS nos moldes preconizados pela legislação (Portaria 8 n. 2.616/1998). Faz-se necessário o estabelecimento de recomendações e políticas públicas viáveis e que permitam um programa efetivo de prevenção de infecções nestas instituições. / Introduction: Healthcare is challenged by preventable adverse events and more than half of these events are Healthcare-Associated Infections (HAI), with significant morbidity and mortality rates and high hospital costs. However, there is no investment in the assessment and recognition of the quality of the Prevention and Control Programs Related to Healthcare-Associated Infections. Purpose: Provide a diagnosis of the situation of the structure and performance of Programs of HAI in small-sized hospitals, with the hypothesis of a minimal compliance of 70%. Method: Cross-sectional, prospective and process evaluation study presenting interviews with nurses working in Programs of HAI of 14 hospitals, out of a total of 27, with up to 70 beds, ascribed in the Regional Health Department XVII of the state of Sao Paulo, in the period from 2015 to 2016. The evaluation applied four previously validated indicators: Technical-Operational Structure of the Hospital-Acquired Infection Control Program (PCET), Operational Guidelines for the Control and Prevention of Hospital-Acquired Infections (PCDO), Hospital-Acquired Infection Epidemiological Surveillance System (PCVE) and Activities of Infection Control and Prevention (PCCP). Results: The overall compliance rate of the indicators was 69%, dispersion (dp) of (12.3), with average values of 61% (20.3 dp) for PCET, 85% (18.7 dp) for PCDO, 58 % (39.5 dp) for PCVE and 75% (24.1 dp) for PCCP. The overall performance was slightly lower than expected (70%) as a result of PCET and PCVE indicators. Private institutions had higher rates of compliance, as well as those having an Intensive Care Unit (ICU). Though the hospitals have nurses assigned to PCIRAS (92.9%), they worked in an exclusive six hours system only in 23.1% of the private institutions. A statistically significant relevance was observed for correlation between the indicators and the following variables: presence of ICU (PCET and PCVE), representation of the SCIH (PCDO) and daily workload of nurses (PCET). On the contrary, there was no statistical significance for: presence of accreditation and workload of the second professional of the SCIH. Conclusions: considering the above, the small hospitals find it difficult to use PCIRAS along the lines recommended by law (Ordinance no. 2,616/1998). It is necessary to establish recommendations and viable public policies, as well as providing an effective program to prevent infections in these institutions.

Introdução: A assistência à saúde é desafiada por eventos adversos evitáveis e mais da metade destes corresponde a Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS), com expressivas taxas de morbimortalidade e altos custos hospitalares. No entanto, não há investimentos em avaliação e reconhecimento da qualidade dos Programas de Prevenção e Controle de Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (PCIRAS). Objetivo: Realizar um diagnóstico de situação da estrutura e atuação dos PCIRAS em hospitais de pequeno porte, tendo como hipótese a conformidade mínima de 70%. Método: Estudo transversal, prospectivo e de avaliação processual no qual foram entrevistadas enfermeiras que atuam nos PCIRAS de catorze hospitais, de um total de 27, com até setenta leitos, adscritos no Departamento Regional de Saúde XVII, Estado de São Paulo, no período de 2015 a 2016. A avaliação aplicou quatro indicadores previamente validados: Estrutura Técnico-Operacional do Programa de Controle de Infecção Hospitalar (PCET), Diretrizes Operacionais de Controle e Prevenção de Infecção Hospitalar (PCDO), Sistema de Vigilância Epidemiológica de Infecção Hospitalar (PCVE) e Atividades de Controle e Prevenção de Infecção Hospitalar (PCCP). Resultados: O índice de conformidade geral dos indicadores foi de 69%, dispersão (dp) de (12,3), com valores médios de 61% (20,3 dp) para PCET, 85% (18,7 dp) para PCDO, 58% (39,5 dp) para PCVE e 75% (24,1 dp) para PCCP. O desempenho geral ficou pouco abaixo do esperado (70%) em decorrência dos indicadores PCET e PCVE. As instituições privadas apresentaram maiores índices de conformidade, bem como as que possuíam Unidade de Terapia Intensiva (UTI). Apesar, dos hospitais possuírem enfermeiros designados para PCIRAS (92,9%), somente em 23,1% das instituições privadas eles atuavam com dedicação exclusiva de seis horas. Foi observada relevância estatisticamente significativa para correlação entre os indicadores e as seguintes variáveis: presença de UTI (PCET e PCVE), representação do SCIH (PCDO) e carga horária diária do enfermeiro (PCET). Ao contrário, não foi observada relevância estatística para: presença de acreditação e carga horária do segundo profissional do SCIH. Conclusões: diante do exposto, os hospitais de pequeno porte apresentam dificuldades para instituir PCIRAS nos moldes preconizados pela legislação (Portaria 8 n. 2.616/1998). Faz-se necessário o estabelecimento de recomendações e políticas públicas viáveis e que permitam um programa efetivo de prevenção de infecções nestas instituições. / Introduction: Healthcare is challenged by preventable adverse events and more than half of these events are Healthcare-Associated Infections (HAI), with significant morbidity and mortality rates and high hospital costs. However, there is no investment in the assessment and recognition of the quality of the Prevention and Control Programs Related to Healthcare-Associated Infections. Purpose: Provide a diagnosis of the situation of the structure and performance of Programs of HAI in small-sized hospitals, with the hypothesis of a minimal compliance of 70%. Method: Cross-sectional, prospective and process evaluation study presenting interviews with nurses working in Programs of HAI of 14 hospitals, out of a total of 27, with up to 70 beds, ascribed in the Regional Health Department XVII of the state of Sao Paulo, in the period from 2015 to 2016. The evaluation applied four previously validated indicators: Technical-Operational Structure of the Hospital-Acquired Infection Control Program (PCET), Operational Guidelines for the Control and Prevention of Hospital-Acquired Infections (PCDO), Hospital-Acquired Infection Epidemiological Surveillance System (PCVE) and Activities of Infection Control and Prevention (PCCP). Results: The overall compliance rate of the indicators was 69%, dispersion (dp) of (12.3), with average values of 61% (20.3 dp) for PCET, 85% (18.7 dp) for PCDO, 58 % (39.5 dp) for PCVE and 75% (24.1 dp) for PCCP. The overall performance was slightly lower than expected (70%) as a result of PCET and PCVE indicators. Private institutions had higher rates of compliance, as well as those having an Intensive Care Unit (ICU). Though the hospitals have nurses assigned to PCIRAS (92.9%), they worked in an exclusive six hours system only in 23.1% of the private institutions. A statistically significant relevance was observed for correlation between the indicators and the following variables: presence of ICU (PCET and PCVE), representation of the SCIH (PCDO) and daily workload of nurses (PCET). On the contrary, there was no statistical significance for: presence of accreditation and workload of the second professional of the SCIH. Conclusions: considering the above, the small hospitals find it difficult to use PCIRAS along the lines recommended by law (Ordinance no. 2,616/1998). It is necessary to establish recommendations and viable public policies, as well as providing an effective program to prevent infections in these institutions.

Nosokomiale Infektionen (NKI) gehören zu den häufigsten Komplikationen eines Krankenhausaufenthaltes, insbesondere auf Intensivstationen mit einer Prävalenz von rund 18,65%. Die Folgen sind eine längere Verweildauer, erhöhte Morbidität und Letalität sowie höhere Kosten für das Gesundheitssystem. Die Erfassung NKI stellt einen wichtigen Qualitäts- Parameter für Intensivstationen dar. Ziel dieser Arbeit war es, die Übereinstimmung von nur nach KISS (Krankenhaus-InfektionsSurveillance System)- Definitionen erfassten Infektionen mit der klinisch diagnostizierten nosokomialen Infektion zu prüfen und den Zusammenhang zwischen ärztlicher Diagnose und den laborchemischen und klinisch erhobenen Kriterien darzustellen. Hierfür wurden auf einer interdisziplinären operativen Intensivstation nosokomiale Infektionen sowohl nach ITS- KISS (VAP, ZVK- assoziierte Infektionen und HWI), als auch nach ärztlicher Diagnose plus Beginn oder Eskalation einer Antibiotikatherapie erfasst. Zusätzlich zu den KISS-Parametern wurden laborchemische Entzündungsparameter (CRP und PCT) registriert. Es traten 32 Infektionen nach ITS- KISS und 69 Infektionen nach ärztlicher Diagnose auf. Acht Infektionen wurden ausschließlich nach KISS und 45 ausschließlich nach der ärztlichen Diagnose erfasst. Die Infektionsrate nach KISS für VAP lag bei 20,6, für ZVK bei 5,9 und für HWI bei 2 Infektionen, jeweils pro 1000 Devicetage. Spezifität und positiv prädiktiver Wert hinsichtlich der Vorhersage einer ärztlich diagnostizierten Infektion waren gering. Auch durch Kombination verschiedener Parameter wurden keine höheren prädiktiven Werte erreicht. Die geringe Übereinstimmung der beiden Methoden legt nahe, dass KISS die klinisch relevanten Infektionen nicht wesentlich erfasst und relevante Infektfoci nicht berücksichtigt werden, beispielsweise abdominelle Infektionen. Zudem erlauben die erfassten Laborparameter keine zuverlässige Diagnose bzw. Prädiktion einer nosokomialen Infektion. Die ärztliche Diagnose in Verbindung mit dem Beginn oder der Eskalation einer Antibiotikatherapie könnte eine vereinfachte Methode zur Surveillance nosokomialer Infektionen darstellen.

Study Objective: To compare the rates and severity of hospital-acquired Clostridium difficile infection (CDI) among patients taking proton pump inhibitors (PPIs) versus those not taking PPIs. Design: Retrospective, single-center, cohort study. Setting: Tertiary community hospital with a teaching service. Patients: A total of 41,663 patients with CDI who were hospitalized between January 2013 and May 2014; of those, 17,471 patients (41.9%) had received at least one dose of a PPI (PPI group), and 24,192 patients (58.1%) had no PPI exposure (control group). Measurements and Main Results: A total of 348 patients had CDI during the study period, with 269 cases present on admission. Hospital-acquired CDI was defined as CDI diagnosis occurring on or after the third calendar day of admission. After excluding those patients with CDI on admission, 65 (0.38%) of 17,302 patients later developed CDI in the hospital in the PPI group compared with only 14 (0.058%) of 24,092 patients in the control group. Of these patients, 36 patients (0.21%) in the PPI group met the definition of severe CDI compared with 8 (0.03%) in the control group. This demonstrated an unadjusted relative risk (RR) of 6.46 (95% confidence interval [CI] 3.63–11.51, p<0.0001) of developing hospital-acquired CDI and an unadjusted RR of 6.27 (95% CI 2.91–13.48, p<0.0001) of developing severe CDI while taking a PPI. When evaluating only patients who developed severe-complicated CDI, there were 22 cases in the PPI group and 2 cases in the control group, demonstrating an unadjusted RR of 15.3 (95% CI 3.6–65.13, p=0.0002) of developing severe-complicated CDI. Confounding variables were similar between groups. Conclusion: PPI use was associated with an increase in both the rate and severity of hospital-acquired CDI.

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[pt] A Organização Mundial da Saúde declarou que a resistência aos antibióticos é uma das 10 principais ameaças globais à saúde pública. Entre os fatores que causam a disseminação de bactérias multirresistentes está o uso excessivo de antibióticos em hospitais. Esta tese baseia-se na premissa de que é necessário usar dados históricos para melhorar a prescrição de antibióticos e, assim, reduzir o impacto da resistência em ambientes hospitalares. Seus objetivos específicos incluem a análise de dados para fornecer informações que possam apoiar a prescrição de antibióticos, evitando assim que as taxas de resistência permaneçam elevadas após a pandemia de COVID-19 e prevenindo futuras quebras de protocolo semelhantes.. A tese também investiga as diferenças de desfechos entre a apresentação de bactérias resistentes e não resistentes em infecções adquiridas na comunidade. Para alcançar esses objetivos, os métodos incluem ferramentas de análise de dados, como estatísticas descritivas e inferenciais, Regressão Logística, Mineração de Processos e Mineração de Texto. Os dados incluem informações sobre pacientes internados em Unidades de Terapia Intensiva em hospitais de uma rede privada localizados no Rio de Janeiro, Brasil. A tese é composta por três artigos e descreve ainda uma plataforma desenvolvida para apoiar a prescrição de antibióticos em hospitais. Os resultados da tese revelaram um aumento significativo no consumo de antibióticos durante a pandemia, especialmente durante o segundo e terceiro meses da doença no Brasil. Esse aumento, aliado à alta variabilidade nos tratamentos de pacientes com COVID-19, demonstra que a incerteza em relação à doença levou ao não cumprimento dos protocolos previamente estabelecidos. O meropenem, um antibiótico da classe dos carbapenêmicos, teve o maior número ajustado de doses prescritas para pacientes com COVID-19 nos hospitais analisados. O aumento na prescrição de carbapenêmicos provavelmente explica o aumento observado na resistência a esse antibiótico durante o surto de COVID-19. No período pós-surto, a taxa de resistência aos carbapenêmicos diminuiu, seguindo a queda no consumo desses antibióticos após os primeiros meses da pandemia. No entanto, mesmo com a diminuição, os níveis de resistência pós-surto permaneceram mais altos do que antes da pandemia. Além disso, observou-se que a pandemia alterou outro hábito dos médicos nos hospitais pois o número de exames por paciente aumentou durante a pandemia e, mesmo após o surto da doença, continuou mais alto do que antes da doença. A tese também demonstrou como ferramentas de Mineração de Texto podem ser utilizadas na etapa de tratamento dos dados, possibilitando a inclusão de mais informações nas análises. Constatou-se ainda que, embora um terço dos pacientes admitidos em unidades de terapia intensiva apresentassem bactérias resistentes, não houve evidência de que isso implicasse em maiores chances de mortalidade hospitalar ou sepse em comparação com pacientes com infecções comunitárias por bactérias não resistentes. / [en] The World Health Organization has declared that antimicrobial resistance is one of the top 10 global public health threats facing humanity. Among the factors that cause the dissemination of multidrug-resistant bacteria is the overuse of antimicrobials in hospitals. This thesis is based on the premise that it is necessary to use historical data to improve antimicrobial prescription and thus reduce the burden of antimicrobial resistance in hospital settings. Its specific goals include analyzing data to provide information that can support antimicrobial prescription, thus avoiding antimicrobial resistance rates remaining high after the COVID-19 pandemic and preventing future similar protocol breakdowns. It also investigates the differences in outcomes between presenting resistant vs. non-resistant bacteria in community-acquired infections. To achieve these objectives, the methods include data analysis tools such as descriptive and inferential statistics, Logistic Regression, Process Mining, and Text Mining. The data includes information on patients admitted to Intensive Care Units in hospitals from a private network located in Rio de Janeiro, Brazil. The thesis comprises three articles and describes a CDSS developed to support antimicrobial prescription in hospitals. The thesis s findings revealed a significant increase in antimicrobial consumption and high variability in treatments for COVID-19 patients. Specifically, meropenem, a carbapenem-class antimicrobial, presented the highest adjusted number of doses prescribed for COVID-19 patients in the analyzed hospitals. The escalation in carbapenem prescription probably explains the observed increase in carbapenem resistance during the COVID-19 surge. In the post-surge, the carbapenem resistance rate decreased, following the decrease pattern we found in carbapenem consumption after the first months of the pandemic. Even though there was a decrease in carbapenem resistance, the post-surge levels remained higher than before the surge. Besides, this thesis did not find an association between presenting with antimicrobial-resistant bacteria and higher chances of hospital mortality or sepsis in patients with community-acquired infections.