Xanthomonas citri (X. citri), causador do cancro cítrico, afeta muitas áreas de cultivo de citros com impacto comercial. Transportadores ABC foram relatados como essenciais para a patogênese de X. citri. O gene nrtT codifica a proteína periplasmática responsável pelo suposto transporte de nitrato/nitrito/taurina. Neste trabalho, mostramos que a deleção de nrtT não afeta o crescimento de X. citri, porém reduz e atrasa os sintomas do cancro durante a infecção em folhas de citros. Observamos redução na produção de goma xantana e capacidade de aderência na linhagem mutante. A proteína NrtT foi expressa monomérica e monodispersa. Foram observadas alterações na estrutura secundária e aumento da estabilidade térmica de NrtT na presença de MOPS, indicando ser este um possível ligante de NrtT. A proteína PotF descrita como ligadora de putrescina não sofre alteração significativa na estabilidade térmica na presença de putrescina, entretanto, dados de SAXS mostram alterações na estrutura possivelmente decorrentes da ligação com putrescina. / Xanthomonas citri (X. citri), which causes citrus canker, affects many citrus growing areas with commercial impact. ABC transporters have been reported as essential for the pathogenesis of X. citri. The nrtT gene encodes the periplasmic protein responsible for the alleged transport of nitrate/nitrite/taurine. In this work, we show that nrtT deletion does not affect the growth of X. citri, but delays and reduces the symptoms of cancer during infection of citrus leaves. We observed a reduction in the production of xanthan gum and adhesion capacity in the mutant strain. The NrtT protein was expressed monomeric and monodisperse. There were changes in the secondary structure and increased thermal stability NrtT in the presence of MOPS, indicating that this was a possible binder NrtT. The PotF protein described as putrescine-binding is not significantly altered thermal stability in the presence of putrescine, however, SAXS data shows changes in the structure possibly resulting from connection with putrescine.

Xanthomonas citri (X. citri), causador do cancro cítrico, afeta muitas áreas de cultivo de citros com impacto comercial. Transportadores ABC foram relatados como essenciais para a patogênese de X. citri. O gene nrtT codifica a proteína periplasmática responsável pelo suposto transporte de nitrato/nitrito/taurina. Neste trabalho, mostramos que a deleção de nrtT não afeta o crescimento de X. citri, porém reduz e atrasa os sintomas do cancro durante a infecção em folhas de citros. Observamos redução na produção de goma xantana e capacidade de aderência na linhagem mutante. A proteína NrtT foi expressa monomérica e monodispersa. Foram observadas alterações na estrutura secundária e aumento da estabilidade térmica de NrtT na presença de MOPS, indicando ser este um possível ligante de NrtT. A proteína PotF descrita como ligadora de putrescina não sofre alteração significativa na estabilidade térmica na presença de putrescina, entretanto, dados de SAXS mostram alterações na estrutura possivelmente decorrentes da ligação com putrescina. / Xanthomonas citri (X. citri), which causes citrus canker, affects many citrus growing areas with commercial impact. ABC transporters have been reported as essential for the pathogenesis of X. citri. The nrtT gene encodes the periplasmic protein responsible for the alleged transport of nitrate/nitrite/taurine. In this work, we show that nrtT deletion does not affect the growth of X. citri, but delays and reduces the symptoms of cancer during infection of citrus leaves. We observed a reduction in the production of xanthan gum and adhesion capacity in the mutant strain. The NrtT protein was expressed monomeric and monodisperse. There were changes in the secondary structure and increased thermal stability NrtT in the presence of MOPS, indicating that this was a possible binder NrtT. The PotF protein described as putrescine-binding is not significantly altered thermal stability in the presence of putrescine, however, SAXS data shows changes in the structure possibly resulting from connection with putrescine.

Submitted by Biblioteca de Pós-Graduação em Geoquímica BGQ (bgq@ndc.uff.br) on 2016-09-05T17:15:32Z No. of bitstreams: 1 MARTINS G.S. 2016.pdf: 11805657 bytes, checksum: 112f32d3100030fafec5c3f6222a4b72 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-05T17:15:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MARTINS G.S. 2016.pdf: 11805657 bytes, checksum: 112f32d3100030fafec5c3f6222a4b72 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Universidade Federal Fluminense. Instituto de Química. Programa de Pós-Graduação em Geociências - Geoquímica. Niterói, RJ / Este trabalho consiste na reconstrução paleoambiental de dois lagos amazônicos através de dados sedimentares e geoquímicos com especial ênfase a geoquímica orgânica e isotópica. Os lagos estudados apresentam-se em duas área climáticas distintas da Amazônia, sendo o Lago do Saci localizado ao sul do estado do Pará, em área de clima tropical com estação seca definida; e a Lagoa da Pata, localizada no extremo norte do Amazonas em regime de clima sempre úmido. O registro do Lago Saci abrange o intervalo entre 35.000 cal AP até o último milênio e o registro da Lagoa da Pata abrange os últimos 7500 cal AP. Na lagoa da Pata observou-se a existência de condições secas durante o Holoceno Inferior (7.500 – 6.500 anos cal AP) e o Holoceno Médio (6.500 – 3.600 anos cal AP) com baixos valores de COT (Carbono orgânico Total) e altos valores de 13C, sugerindo baixo nível do lago e aumento na contribuição de plantas C4. Durante o Holoceno Superior (3.600 anos cal AP até o presente) a estabilização de um clima mais úmido é observado na Lagoa da Pata, suportado pelo aumento significativo nos valores de COT e redução nos valores de 13C, sugerindo um aumento no nível do lago e contribuição de plantas C3. O registro molecular da Lagoa da Pata sugere a existência de uma vegetação adaptada a condições de alto estresse hídrico em função do tipo de solo presente na região do Morro dos Seis Lagos. A composição isotópica de carbono do n-alcano apresentou um range de valores característicos de vegetação C3 (-33,6‰ e -36,9‰) durante os últimos 7.500 anos cal AP. No Pleistoceno Superior, o Lago do Saci é caracterizado pelos menores valores de COT e valores mais enriquecidos de 13C sedimentar, sugerindo um baixo nível lacustre e grandes contribuições de plantas C4. O ápice do clima seco acontece entre 22.000 – 21.000 anos cal AP, com ocorrências significativas de incêndios, indicado pelos valores de BC (Carbono Grafítico). A transição para o Holoceno é marcado pela ausência de sedimentação entre 18.200-9.200 anos cal AP, sugerindo a ocorrência de uma fase seca severa ou evento erosivo atuante no fim do período glacial. O Holoceno no Lago do Saci marca um aumento no nível do lago, refletido pelo aumento na produtividade e acumulação da matéria orgânica. Esse período tem como característica a ocorrência de eventos de transporte de material da bacia de drenagem, representado pelos pulsos de areia.Os dados de biomarcadores moleculares sugerem condições de estresse hídrico durante o Pleistoceno e o Holoceno Médio na Lago do Saci, em função dos altos valores de ACL (Comprimento médio da Cadeia), sendo esses períodos os com maiores contribuições de plantas C4 como indicado pela razão C33:(C27+C29). Os valores de 13C dos n-alcanos (- 33.2‰ e -35.7‰) sugerem que a região foi coberta por vegetação C3 durante todo o período e mostram uma variação significativa entre o Pleistoceno Superior e o Holoceno, associada a alterações fisiológicas da vegetação. O registro de D sugere um período de precipitação reduzida no Pleistoceno e um período de chuvas mais abundantes no Holoceno. Ambos os registros (Lago do Saci e na Lagoa da Pata) sugerem condições ligeiramente mais úmidas durante o Holoceno, com a existência de uma fase seca no Holoceno Médio, caracterizados por uma redução significativa no nível lacustre e maior contribuição de plantas C4. As chuvas se tornam mais abundantes na Lagoa da Pata e o Lago do Saci a partir de 4.000 anos cal AP onde ocorre a expansão da floresta. Em Ambos os sítios, o sinal isotópico de biomarcadores, apesar de indicar alterações na precipitação, apresentou um enriquecimento do sinal isotópico em função da evapotranspiração ou alteração na vegetação fonte (C3 ou C4), alterando o processo de fracionamento do deutério. / In this work we present the paleoenvironmental reconstruction of two Amazonian lakes based in sedimentary and geochemical data with focus on organic and isotopic geochemistry.The lakes are presented in two distinct climatic area of the Amazon, the Saci Lake are located in south of Para state, in tropical area with dry season; and Pata Lake, located on the northern of the Amazon in a humid climate regime. The Saci lake core covers the range between 35,000 cal BP until the last millennium and Pata Lake covers the last 7,500 cal BP. Pata lake record dry conditions during the Early Holocene (7,500-6,500 cal years BP) and the Middle Holocene (6,500-3,600 cal years BP) with low TOC values (Total Organic Carbon) and high 13C values, suggesting low lake level and an increase of C4 plants contribution. During the Late Holocene (3,600 years cal BP to the present) is observed a stabilization of humid conditions, supported by the increase in TOC values and reduction in 13C values, suggesting an increase in lake level and C3 plants. The molecular record of Pata Lake suggests the existence of a vegetation adapted to high water stress conditions due the soil characteristic in the Six Lakes Morro region. The isotopic composition of n-alkane carbon presented a range of C3 vegetation (-33.6 ‰ and -36.9 ‰) over the last 7,500 years AP. In the Late Pleistocene, Saci lake is characterized by lower TOC values and more enriched 13C values, suggesting a low lake level and more C4 plants contributions. The dry climate occurs between 22,000 to 21,000 cal years BP, with significant occurrences of fires, indicated by the BC (Black Carbon) values. The transition to the Holocene is marked by the absence of sedimentation between 18,200-9,200 cal years BP, suggesting the occurrence of a severe drought phase or active erosive event at the end of the glacial period. The Holocene in Saci Lake is marked by an increase in lake level, reflected by the increase of productivity and organic matter accumulation. This period is characterized by the occurrence of runoff events, represented by sand pulses. The molecular biomarker data suggest water stress during the Pleistocene and the Middle Holocene in Lake Saci, with high ACL values (Average Chain Length), and more C4 plants contributions as indicated by the reason C33: (C27 + C29). The 13C values of nalkanes (-33.2 and -35.7 ‰ ‰) suggest that the area was covered by C3 vegetation during the whole period and show a significant variation between the Pleistocene and Holoceno associated with physiological changes in the C3 vegetation. The D record suggests a reduced precipitation in the Pleistocene and a period of more abundant rainfall in the Holocene. Both records (Saci lake and Pata Lake) suggest wetter conditions during the Holocene, with the existence of a dry phase in the Middle Holocene, characterized by a significant reduction in lake levels and greater contribution of C4 plants. The rains become more abundant in Pata Lake and Saci Lake after 4,000 cal years BP, where the forest expansion occurs. In both sites, the isotopic biomarkers indicate changes in precipitation, however the D enrichment could be explained by the evapotranspiration processes or change in vegetation source (C3 or C4), which interfers the deuterium fractionation process.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2017-02-16T14:23:09Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTACAO-NYKON_CRAVEIRO_BIBLIOTECA-COMPLETA_SemAssinaturas.pdf: 2023918 bytes, checksum: ae7ded82175a687652e553dbed943897 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-16T14:23:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTACAO-NYKON_CRAVEIRO_BIBLIOTECA-COMPLETA_SemAssinaturas.pdf: 2023918 bytes, checksum: ae7ded82175a687652e553dbed943897 (MD5) Previous issue date: 2016-07-14 / CNPq / A contaminação por hidrocarbonetos (HCs) do petróleo em regiões costeiras marinhas, como os estuários, é considerada uma das mais importantes e impactantes, devido aos danos que esses elementos podem ocasionar aos organismos e ao homem. O objetivo do presente estudo foi investigas, pela primeira vez, os hidrocarbonetos nos sedimentos superficiais do sistema estuarino do Rio Formoso (SERF), litoral Sul do estado de Pernambuco – Brasil. Os compostos de hidrocarbonetos alifáticos (HAs) foram determinados em cromatógrafo a gás (GC) Agilent Tecnologies 7820A, acoplado a um detector de ionização de chamas (DIC) e os compostos de hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs) foram determinados no mesmo cromatógrafo, porém acoplado a um espectrômetro de massas 5975 (MS) em modo de monitoramento de íons selecionados (SIM). A concentração de alifáticos totais (∑Alif) nos sedimentos do SERF variou entre 1,37 e 126,64 μg g-1 peso seco (ps), com as concentrações de n-alcanos totais (Σn-Alc) entre 0,51 e 27,5 μg g-1 ps, oriundos principalmente de fontes biogênicas, como vegetais superiores. A concentração de HPAs (Σ16HPAs) variou entre 3,80 e 500,3 ng g-1 ps, provenientes de fontes petrogências e pirogênicas As concentrações de hidrocarbonetos alifáticos e aromáticos detectados nos sedimentos do sistema estuarino do Rio Formoso foram consideradas baixas, quando comparadas com outras áreas estudadas ao redor do mundo e aos índices propostos por estudos e agências reguladoras nacionais e internacionais, sugerindo um ambiente com pouco impacto sobre a biota. Contudo, a presença de compostos como HPAs é um indicativo de ação antrópica sobre o sistema, sendo importante a implantação e manutenção de um programa de monitoramento na área, quanto aos hidrocarbonetos, para avaliar os possíveis impactos que a presença desses compostos possam ocasionar sobre o SERF e garantir a conservação continuada de um estuário de tamanha importância ecológica, econômica e social. / The contamination by hydrocarbons (HCs) of oil in marine coastal regions, such as estuaries, is considered one of the most important and impactful due to the damage that these elements may cause to the bodies and man. The aim of this study was investigas for the first time, the hydrocarbons in the surface sediments of the estuarine system of the Formoso river (SERF), South coast of the state of Pernambuco - Brazil. Aliphatic hydrocarbon compounds (HAs) were determined on a gas chromatograph (GC) Agilent Technologies 7820A coupled to a flame ionization detector (FID) and polycyclic aromatic hydrocarbon compounds (PAH) were determined in the same chromatograph, however coupled a mass spectrometer 5975 (MS) in selected ion monitoring mode (SIM). The concentration of total aliphatic (ΣAlif) in SERF sediments ranged between 1.37 and 126.64 μg g-1 dry weight (dw), with total n-alkanes concentrations (Σn-Alc) between 0.51 and 27.5 μg g-1 dw, mainly from biogenic sources such as higher plants. The concentration of PAHs (Σ16HPAs) ranged from 3.80 to 500.3 ng g-1 dw, from petrogências sources and pyrogenic Hydrocarbon concentrations aliphatic and aromatic detected in the sediments of the estuarine system of the Formoso river were considered low compared with other areas studied around the world and the indices proposed by studies and national and international regulatory agencies, suggesting an environment with little impact on the biota. However, the presence of compounds such as PAHs is indicative of human action on the system, it is important to establishing and maintaining a monitoring program in the area, as hydrocarbons, to assess the possible impact that the presence of these compounds can cause on SERF and ensure the continued conservation of an estuary of such ecological, economic and social.