Two sympatric species of dolphins (Atlantic spotted dolphins, Stenella frontalis and Atlantic bottlenose dolphins, Tursiops truncatus) have been long-term residents to Little Bahama Bank. This study assessed whether there was a change in residence patterns or diurnal foraging depths of bottlenose dolphins following a large emigration event in the resident spotted dolphin community on this sandbank. Photo-identification was used to identify individual bottlenose dolphins and compare pooled years before (2010-2012) and after (2013-2015) the spotted dolphin emigration. The identified community size and overall residency of the bottlenose dolphins remained similar, although two bottlenose dolphins emigrated over deep water to the site spotted dolphins emigrated. Bottlenose dolphins diurnally fed in shallower water but remained in the same geographic foraging locations. Reasons remain unknown for this depth change, but potential changes in the productivity of primary bottlenose dolphin foraging habitats or reduction of spotted dolphins from shallower depths remain possibilities. / Includes bibliography. / Thesis (M.S.)--Florida Atlantic University, 2017. / FAU Electronic Theses and Dissertations Collection

O ciclo diurno do fluxo de CO2 no oceano Atlântico equatorial para o mês de agosto é estimado utilizando um algoritmo de transferência de gases. O algoritmo é baseado na teoria de similaridade de Monin-Obukhov para fluxos turbulentos na interface ar-mar e na física da transferência de CO2 na camada molecular oceânica. O ciclo diurno do fluxo de CO2, obtido na região, caracteriza o oceano Atlântico equatorial, durante o período, como fonte de CO2 para a atmosfera e seus valores estão entre 0,71 e 0,85 mol CO2 m^-2 ano^-1. / The diurnal cycle of CO2 is estimated for the month of August on the Atlantic Ocean using a gas transfer algorithm. The algorithm is based on the Monin-Obukhov similarity theory for turbulent transfer at the air-sea interface and the physics of the CO2 transfer at the oceanic molecular layer.

Worldwide research of bottlenose dolphins (Tursiops truncatus) has led to varied definitions and terminology regarding ways to group dolphins for study and management. An understanding of the demographic history and population structure of bottlenose dolphins residing within the Indian River Lagoon Estuary System (IRLES), Florida, is needed to help define the IRLES dolphin population: ecotype, population, or community. Using mitochondrial DNA sequencing and microsatellite genotyping, this study detected: (1) genetic differentiation between estuarine and coastal individuals (FstmtDNA=0.414, Fstmsat=0.057; p<0.05; K=2), (2) genetic differentiation between the Indian River Lagoon (IRL) and Mosquito Lagoon (ML) (FstmtDNA=0.0201, Fstmsat=0.0234; p<0.09), and (3) minute undefined sub-structure within the IRLES (FstmtDNA=-0.00 -0.0379, Fstmsat=0.00 - vii 0.0445; p>0.1). Additionally, within ML this study detected non-mixing cohabitation of two potential ecotypes, estuarine and coastal. These findings raise many questions regarding how dolphins are presently categorized and managed which are critical to population assessments including abundance, vital rates, and health. / by Sarah E. Rodgers. / Thesis (M.S.)--Florida Atlantic University, 2013. / Includes bibliography. / Mode of access: World Wide Web. / System requirements: Adobe Reader.

The Major Histocompatibility Complex (MHC) encodes proteins critical to the vertebrate immune response; therefore MHC diversity is an indicator of population health. I have (1) Isolated exon 2 of the class II gene DQA in Tursiops truncatus in the North Indian River Lagoon (IRL) (n=17), South IRL (n=29) and adjacent Atlantic waters (n=20), (2) assessed genetic variability between groups, (3) developed a method to genotype individuals, (4) typed 11 unique alleles in 66 individuals, (5) detected geographic patterns of diversity between estuarine and coastal individuals (FST=0.1255, p<0.05), (6) found evidence of positive selection centered in the binding pockets P1, P6 and P9 of the peptide binding region (w=2.08), (7) found that patterns of polymorphism did not closely match patterns of diversity in neutral markers, (8) performed a pilot study with Orcinus orca. The initial findings highlight the need for further comparative work and suggest that silent mutations are not neutral. / by Tatiana Ferrer. / Thesis (M.S.)--Florida Atlantic University, 2013. / Includes bibliography. / Mode of access: World Wide Web. / System requirements: Adobe Reader.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Patricia Sanez Pacheco.pdf: 5863593 bytes, checksum: 09110174632af5db7c118097a7724e97 (MD5) Previous issue date: 2006-11-16 / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / In this work, formulations of ocean data assimilation methods and numerical experiments focusing on the tropical Atlantic Ocean are presented. A methodology of correction of salinity, which takes the temperature analysis and a local relation between temperature and salinity, and numerical experiments are also presented. The methods used here were: the Bergthorsson and Döös (B&D) method; the method of Successive Corrections, both with fixed weights; and a version of the Kalman filter based on the Fokker-Plank equation with prognostic weights. The global circulation model MOM version 3 from GFDL/NOAA was used for the realization of experiments with inter-annual and seasonal variabilities. These experiments used observational data from the PIRATA project and from the climatological Levitus Atlas, respectively. The experiments were performed after 15 years of spin up. Several sensitivity experiments were realized to identify the impact of data assimilation on the model results, particularly in relation to: (i) the number of model vertical levels with assimilation, (ii) assimilation of only vertical profiles of temperature; (iii) assimilation of only vertical profiles of salinity; (iv) assimilation of vertical profiles of both temperature and salinity; (v) assimilation of only vertical profiles of temperature but with salinity correction. The results showed that the use of the assimilation methods reduced the model errors in relation to the observational data. The analysis increments by the data assimilation methods heated the surface ocean and cooled the region below the thermocline. The Kalman filter version produced localized corrections around the observational data, while the methods with prescribed weights produced smooth analysis with large-scale impacts. The assimilation of only temperature with the B&D method conducted for 1 year imposed perturbations that caused the degradation of the solution in the second half of the experiment. The assimilation of both temperature and salinity or the assimilation of only temperature with salinity correction produced the best model estimate with respect to observation. For the implementation of an operational ocean data assimilation system with the methods investigated in the present work, it is recommended the use of the B&D method and assimilation of both temperature and salinity. / Neste trabalho são apresentadas formulações de métodos de assimilação de dados oceanográficos e experimentos numéricos enfocando o Oceano Atlântico tropical. É apresentada ainda uma metodologia e experimentos de correção da salinidade a partir de análises de temperatura usando uma relaçãolocal entre a temperatura e salinidade. Foi utilizado o método de Bergthorsoon e Döös (B&D), o método de correções sucessivas, ambos com pesos prescritos, e uma versão do filtro de Kalman baseada na equação de Fokker-Planck com pesos prognosticados. Foi empregado o modelo de circulação geral dos oceanos MOM3 do GFDL/NOAA para a realização de experimentos com variabilidade interanual e com variabilidade sazonal usando dados observados do projeto PIRATA e climatologia do Atlas de Levitus, respectivamente. As integrações foram feitas após 15 anos de integração de spin up. Diversos experimentos de sensibilidade foram realizados para identificar o impacto da assimilação de dados na simulação do modelo, particularmente em relação a: (i) número de níveis verticais do modelo com assimilação; (ii) assimilação com perfis verticais de temperatura; (iii) assimilação com perfis verticais de salinidade; (iv) assimilação de ambos perfis verticais de temperatura e salinidade; e (v) assimilação de somente perfis verticais de temperatura mas com correção da salinidade. Os resultados obtidos indicam que os métodos de assimilação reduziram os erros do modelo em relação às observações. Os incrementos da análise produzidos pelos métodos de assimilação aqueceram o oceano superficial e esfriaram a região abaixo da termoclina. A versão do filtro de Kalman produziu correções localizadas ao redor dos pontos de dados observacionais, enquanto os métodos com pesos prescritos produziram análises mais suaves com correções em áreas maiores. A assimilação de somente temperatura com o método de B&D conduzida por 1 ano impôs perturbações que causaram a degradação da qualidade da simulação na segunda metade do experimento. A assimilação de ambos temperatura e salinidade ou somente assimilação de temperatura com correção da salinidade produziram a melhor estimativa do modelo em relação às observações. Para a implementação de um sistema de assimilação de dados oceanográficos operacional com os métodos aqui investigados recomenda-se o uso do método de B&D e assimilação de ambos temperatura e salinidade.

Amostras de sedimento foram coletadas no talude superior e médio da Bacia de Campos para avaliar a quantidade e qualidade da matéria orgânica (MO) disponíveis no ambiente. A partir de dados geoquímicos, sedimentológicos (tamanho médio de grão e razão silte/argila), e microfaunísticos foi possível identificar diferenças no aporte de MO no talude. O talude superior apresentou valores maiores de conteúdo de carbono orgânico (COT) e lipídeos, elevados valores de densidade, baixos valores de diversidade, riqueza, equitatividade, ALD10, e perfil vertical com densidades maiores, predomínio de espécies epifaunais e/ou infaunais rasos, indicando ambiente com maior produtividade primária sobre maior influência de pulsos de fitodetrito, decorrente da influência do Vórtice de Vitória transportando nutrientes para o mar profundo. Já o talude médio, apresentou menores valores de COT, lipídeos e densidade, maiores valores de diversidade, riqueza, equitatividade, ALD10, predomínio de espécies aglutinantes, indicando condições com menor aporte de nutrientes lábeis. Pelos dados microfaunísticos obtidos, o modelo TROX não pode ser aplicado no talude da Bacia de Campos como avaliador de condições tróficas possivelmente pela não inclusão de fatores como disponibilidade de MO lábil, e bioturbação que influenciam na distribuição vertical dos foraminíferos bentônicos vivos no talude superior e médio da Bacia de Campos. / Sediment samples were collected in the upper and middle slope of Campos Basin to evaluate the quantity and quality of organic matter (OM) available in the environment. From geochemical, sedimentological (grain size, ratio and silt/clay), and microfaunistic data was possible to identify differences in the contribution of OM in slope. The upper slope had higher organic carbon content (TOC) and lipids, high density values, low values of diversity, richness, evenness, ALD10, and vertical profile with higher densities, predominance of epifaunal and/or shallow infaunal species, indicating higher primary productivity environment with greater influence on the pulse of phytodetritus, due to the influence of the Vitória Eddy carrying nutrients to the deep sea. The average slope had lower TOC values, lipids and density, higher values of diversity, richness, evenness, ALD10, predominant agglutinated species, indicating conditions with lower input of labile nutrients. Microfaunistic data obtained cannot be applied by the TROX model to the upper and middle slope of Campos Basin as an evaluator of trophic conditions due to non-inclusion of factors such as availability of labile OM, and bioturbation that influence the vertical distribution of living benthic foraminifera in the upper and middle slope of Campos Basin.

Through analysis of large-scale ocean gyre dynamics from simulation results of the ocean component of the Community Earth System Model version 1 - the Parallel Ocean Program version 2 (CESM1-POP2) - this study builds upon existing research suggesting recent changes in the circulation of global subtropical gyres with respect to the South Atlantic Ocean. Results all point to an increase in the total counterclockwise circulation and a southward displacement of the sub- tropical gyre system. The northern boundary of the South Atlantic Subtropical Gyre (SASG) is represented by the bifurcation of the southern branch of the South Equatorial Current (sSEC) into the North Brazil Undercurrent/Current (NBUC/NBC) to the north and the Brazil Current (BC) to the south. The sSEC Bifurcation Latitude (SBL) dictates the partition between waters flowing poleward and those flowing equatorward. Although a northward migration of the SBL would be expected with the gyre spin up and associated poleward transport increase, the SBL migrates southwards at a rate of 0.051o/yr, in conjunction to a substantial increase in the equatorward advection of waters within the sSEC-SBL-NBUC system, which is included in the upper-branch of the Atlantic Meridional Overturning Circulation. / Através de análises da dinâmica de grande-escala do giro oceânico, proveniente dos resultados de simulação da componente oceânica do Community Earth System Model versão 1 - o Parallel Ocean Program versão 2 (CESM1-POP2) - este estudo se baseia em estudos prévios sugerindo mudanças recentes na circulação dos giros subtropicais globais, com respeito ao oceano Atlântico Sul. Os resultados apontam para uma intensificação da circulação anti-horária e um deslocamento para sul de todo o sistema do giro subtropical. A borda norte do Giro Subtropical do Atlântico Sul (GSAS) é representada pela bifurcação do ramo sul da Corrente Sul Equatorial (CSEs) em Subcorrente/Corrente Norte do Brasil (SCNB/CNB) para norte e Corrente do Brasil (CB) para sul. A Latitude da Bifurcação da CSEs (LBC) determina a partição entre as águas fluindo em direção ao pólo e aquelas fluindo em direção ao equador. Embora seja esperada uma migração para norte da LBC com a aceleração da circulação do giro e consequente aumento do transporte em direção ao pólo, a LBC migra para sul a uma taxa de 0.051o/ano. Esta migração ocorre em conjunto à um aumento substancial na advecção de águas em direção ao equador com o sistema CSEs-LBC-SCNB, o qual está incluso no ramo superior da Circulação de Revolvimento Meridional do Atlântico.

Amostras de sedimento foram coletadas no talude superior e médio da Bacia de Campos para avaliar a quantidade e qualidade da matéria orgânica (MO) disponíveis no ambiente. A partir de dados geoquímicos, sedimentológicos (tamanho médio de grão e razão silte/argila), e microfaunísticos foi possível identificar diferenças no aporte de MO no talude. O talude superior apresentou valores maiores de conteúdo de carbono orgânico (COT) e lipídeos, elevados valores de densidade, baixos valores de diversidade, riqueza, equitatividade, ALD10, e perfil vertical com densidades maiores, predomínio de espécies epifaunais e/ou infaunais rasos, indicando ambiente com maior produtividade primária sobre maior influência de pulsos de fitodetrito, decorrente da influência do Vórtice de Vitória transportando nutrientes para o mar profundo. Já o talude médio, apresentou menores valores de COT, lipídeos e densidade, maiores valores de diversidade, riqueza, equitatividade, ALD10, predomínio de espécies aglutinantes, indicando condições com menor aporte de nutrientes lábeis. Pelos dados microfaunísticos obtidos, o modelo TROX não pode ser aplicado no talude da Bacia de Campos como avaliador de condições tróficas possivelmente pela não inclusão de fatores como disponibilidade de MO lábil, e bioturbação que influenciam na distribuição vertical dos foraminíferos bentônicos vivos no talude superior e médio da Bacia de Campos. / Sediment samples were collected in the upper and middle slope of Campos Basin to evaluate the quantity and quality of organic matter (OM) available in the environment. From geochemical, sedimentological (grain size, ratio and silt/clay), and microfaunistic data was possible to identify differences in the contribution of OM in slope. The upper slope had higher organic carbon content (TOC) and lipids, high density values, low values of diversity, richness, evenness, ALD10, and vertical profile with higher densities, predominance of epifaunal and/or shallow infaunal species, indicating higher primary productivity environment with greater influence on the pulse of phytodetritus, due to the influence of the Vitória Eddy carrying nutrients to the deep sea. The average slope had lower TOC values, lipids and density, higher values of diversity, richness, evenness, ALD10, predominant agglutinated species, indicating conditions with lower input of labile nutrients. Microfaunistic data obtained cannot be applied by the TROX model to the upper and middle slope of Campos Basin as an evaluator of trophic conditions due to non-inclusion of factors such as availability of labile OM, and bioturbation that influence the vertical distribution of living benthic foraminifera in the upper and middle slope of Campos Basin.

Flow cytometry (FCM) is a well established technique used for enumeration and characterization of marine biological particles, which fulfills the scientific demands of rapid cell counting automation. FCM allows the discrimination of pico- and nanoplankton populations regarding its abundance, cell size, and pigment content both by natural or induced fluorescence. The cyanobacterium Prochlorococcus is widespread in the euphotic zone of the tropical and subtropical oceans, and is considered the smallest and most abundant photosynthetic organism in the planet. Synechococcus, other important cyanobacterium genus present in the picoplankton, is highly diverse and is widely distributed in marine ecosystems from cold and mesotrophic, to warm, open ocean oligotrophic waters. Photosynthetic pico- and nanoeukaryotes display a range of physiologies and life strategies. Although its abundance is generally lower, the larger cell size leads to a significant contribution to the epipelagic community biomass. In this thesis I aimed to investigate the abundance and carbon biomass distribution of heterotrophic bacteria, Prochlorococcus, Synechococcus, autotrophic pico- and nanoeukaryotes in the Southwest Atlantic Ocean off Brazil, their relation to the different water masses and the influence of hydrodynamic (South Atlantic Central Water intrusion) and biological processes (Trichodesmium spp. and Mesodinium rubrum blooms) on such distributions. / A citometria de fluxo (FCM, sigla em inglês) é uma técnica bem estabelecida, usada para enumeração e caracterização de partículas biológicas marinhas, a qual supre a demanda científica por automação rápida de contagem de células. A FCM permite a discriminação de populações pico- e nanoplanctônicas no que concerne à sua abundância, tamanho de célula e pigmentação, tanto por fluorescência natural ou induzida. A cianobactéria Prochlorococcus é amplamente disseminada pela zona eufótica dos oceanos tropicais e subtropicais, sendo considerada o menor e mais abundante organismo fotossintético do planeta. Synechococcus, outro importante gênero de cianobactérias presente no picoplâncton, é diverso e amplamente distribuído em ecossistemas marinhos, de águas frias e mesotróficas à regiões oceânicas quentes e de águas oligotróficas. Pico- e nanoeucariotos fotossintéticos apresentam uma grande variedade de fisiologias e estratégias de vida. Embora a abundância destes grupos seja geralmente menor, o maior tamanho de suas células resulta numa contribuição significante dos mesmos para a biomassa da comunidade epipelágica. Na presente tese eu objetivei investigar a abundância e a distribuição da biomassa de carbono de bactérias heterotróficas, Prochlorococcus, Synechococcus, pico- e nanoeucariotos autotróficos no sudoeste do Oceano Atlântico ao largo do Brasil, sua relação com as diferentes massas d\'água e a influência de processos hidrodinâmicos (como a intrusão da Água Central do Atlântico Sul) e biológicos (florações de Trichodesmium spp. e Mesodinium rubrum) em tais distribuições.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-09T12:26:22Z No. of bitstreams: 1 Cesar Calzavara da Nobrega.pdf: 415393 bytes, checksum: db5c9d74b18ae233d83588a5ae11360c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-09T12:26:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cesar Calzavara da Nobrega.pdf: 415393 bytes, checksum: db5c9d74b18ae233d83588a5ae11360c (MD5) Previous issue date: 2010-12-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The fish known as tuna are highly valued in oriental cuisine, the Bigeye tuna (Thunnus obesus) one of the most important species commercially. The quality of tuna is evaluated by various parameters such as meat quality, freshness, texture and fat. Many factors related to capture, as days of onboard storage, months of the year, captured alive or dead, weight and year were related to the purpose of identifying those that affect quality. Therefore, to relate these factors were used a database composed of 21,908 Bigeye tuna, from longline vessels based in Natal, Rio Grande in the North, from January 2007 to April 2010. The quality of Bigeye tuna (meat quality, freshness, texture and fat) were related to the parameters of fish using multiple linear regression analysis in which predictor variables were entered into the model by stepwise procedure (F> 4) . According to this technique it was confirmed that loading live positively affects the quality of the species studied, the amount of storage days was inversely proportional to the quality of the meat, the freshness and texture, that the quality variation between the months the year has two moments of quality reduction, ie in March, April and May, with another fall in November, that quality was higher in the months from December to February and in August and that the greater weight of fish tend to have better quality in all aspects. / Os peixes denominados atuns são bastante apreciados na culinária oriental, sendo a Albacora bandolim (Thunnus obesus) uma das espécies mais importantes comercialmente. A qualidade dos atuns é avaliada por diversos parâmetros como qualidade da carne, frescor, textura e gordura. Diversos fatores inerentes à captura, como dias de armazenamento a bordo, meses do ano, condição de embarque se vivo ou morto, peso e ano foram relacionados com o objetivo de identificar os que interferem na sua qualidade. Portanto, para relacionar esses fatores foram utilizados um banco de dados composto por 21.908 dados de Albacora bandolim, oriundos de embarcações espinheleiras sediadas em Natal, Rio Grande no Norte, do período de janeiro de 2007 a abril de 2010. A qualidade da Albacora bandolim (qualidade da carne, frescor, textura e gordura) foram relacionados com os parâmetros pesqueiros utilizando-se de análise de regressão linear múltipla,em que as variáveis preditoras foram inseridas no modelo pelo processo de Stepwise (F>4). De acordo com essa técnica confirmouse que o embarque vivo interfere positivamente na qualidade da espécie estudada; que a quantidade de dias de armazenamento foi inversamente proporcional à qualidade da carne, ao frescor e à textura; que a variação da qualidade em relação aos meses do ano apresenta dois momentos de redução de qualidade, ou seja, em março, abril e maio, com nova queda em novembro; que a qualidade foi superior nos meses de dezembro a fevereiro, bem como em agosto e que os peixes de maior peso tendem a apresentar melhor qualidade em todos os aspectos.