In this study, a well biofilm-forming bacterial strain was isolated from oil contaminated water and sediment samples collected in petroleum storage Duc Giang, Hanoi. It was identified as Paracoccus sp. DG25 and registered in the GenBank database with the accession numbers KJ608354. Several biophysical and bio-chemical conditions for the biofilm formation of the strain were estimated such as pH, temperature, carbon sources and nitrogen sources. As the results the biofilm forming capacity was highest at pH 7, 37 oC, on maltose and supplemented with KNO3. Using these optimal conditions, the formed biofilm degraded 76.07 % of pyrene after 7 day-incubation, with the initial concentration of 300 ppm by high-performance liquid chromatography (HPLC) analysis. To our knowledge, there is rare publication on pyrene degradation by biofilm-forming bacteria. Therefore, the obtained results show that biofilm formed the strain Paracoccus sp. DG25 may considerably increase the degrading efficiency of pyrene and may lead to a new approach to treat polycyclic aromatic hydrocarbons containing in petroleum oil contaminated water in Vietnam. / Trong nghiên cứu này, từ các mẫu đất và nước nhiễm dầu lấy tại kho xăng Đức Giang, Hà Nội, chúng tôi đã phân lập được chủng vi khuẩn có khả năng tạo màng sinh học tốt. Chủng vi khuẩn này đã được phân loại và định tên là Paracoccus sp. DG25 với số đăng ký trên ngân hàng Gen là KJ608354. Chúng tôi cũng đã nghiên cứu một số điều kiện hóa lý ảnh hưởng tới khả năng hình thành màng sinh học như pH, nhiệt độ, nguồn Carbon và nguồn Nitơ. Kết quả cho thấy, chủng DG25 có khả năng tạo màng tốt nhất ở các điều kiện pH 7, 37 oC, nguồn Carbon là maltose và nguồn Nitơ là KNO3. Sử dụng các điều kiện tối ưu này để tạo màng và đánh giá khả năng phân hủy pyrene của màng tạo thành. Bằng phương pháp sắc ký lỏng cao áp, chúng tôi đã đánh giá được hàm lượng pyrene bị phân hủy sau 7 ngày nuôi tĩnh bởi màng sinh học của chủng DG25 lên tới 76,07 % với nồng độ ban đầu là 300 ppm. Cho tới nay, chưa có nhiều công bố về hiệu quả phân hủy pyrene của các chủng vi khuẩn tạo màng sinh học. Do vậy, kết quả đạt được này mở ra khả năng sử dụng màng tạo thành bởi chủng DG25 để nâng cao hiệu quả phân hủy pyren và có thể mở ra phương pháp mới nhằm xử lý các hợp chất hydrocarbon thơm có trong nước ô nhiễm dầu ở Việt Nam.

Quantifizierung des postmortalen RNA-Status im Gehirn mittels Real-time-PCR: Ein Beitrag zur Bestimmung der Leichenliegezeit Der postmortale Nukleinsäureabbau verläuft unterschiedlich: während DNA im Allgemeinen als stabil angesehen wird und erst mit Einsetzen von Fäulniserscheinungen stärkerer Degradation unterliegt, wird RNA mit dem Sistieren der Kreislauftätigkeit relativ rasch abgebaut. Eine Reihe von Studien hat aber gezeigt, dass RNA in bestimmten Geweben eine höhere Stabilität besitzt als ursprünglich angenommen. Dies könnte Bedeutung für die molekulare Medizinforschung besitzen, die auf Genexpressionsstudien in postmortalem Gewebe angewiesen ist. Außerdem könnte eine Quantifizierung der RNA-Degradation z.B. durch Real-time-PCR zur Eingrenzung der Leichenliegezeit genutzt werden. In dieser Studie wurde ein quantitativer Vergleich verschiedener sog. Haushaltsgene (u.a. GAPDH, ß-Actin, FASN) in Gehirngewebe mit einer Leichenliegezeit zwischen 0 und 96 Stunden und unter alternativen Ansätzen zur reversen Transkription (oligo-(dT)-Primer mit und ohne sog. Anker, Random Hexamer Primer) durchgeführt. Zunächst erfolgten systematische Untersuchungen zur Effektivität der RNA-Isolierung, reversen Transkription und der PCR im Hinblick auf eine möglichst präzise Quantifizierung. Es zeigte sich, dass die Resultate der Real-time-PCR ein Maß für die ursprünglich in der Probe vorhandene mRNA-Menge darstellen. Weiterhin stellte sich heraus, dass eine deutliche und evtl. auch zur Liegezeitbestimmung nutzbare RNA-Degradation erst nach 24h einsetzt. Ein wesentlicher Unterschied zwischen Random- und oligo-(dT)-priming der reversen Transkription war dabei nicht festzustellen. Diese Ergebnisse belegen zum einen, dass RNA im frühen postmortalen Intervall relativ stabil ist und als Substrat für quantitative Untersuchungen dienen kann, zum anderen, dass ein zeitabhängiger Abbau besteht, der eine Eingrenzung der Leichenliegezeit z.B. mittels Grenzwerten in ein frühes und mittleres Postmortalintervall zulässt. / Quantification of the postmortem RNA-status in human brain by means of real-time-PCR: A contribution to the determination of the postmortem interval The postmortem degradation of nucleic acid proceeds differently: whereas DNA is generally considered as stable and is only subject to stronger degradation with the beginning of putrefaction, RNA degrades very fast when the circulation is suspended. A series of studies, however, has shown that RNA has a greater stability in certain tissues than originally expected. This could be important for molecular medical research which is dependent on gene expression studies using postmortem tissue. Furthermore, the quantification of RNA-degradation by means of real-time-PCR could be used for the limitation of the postmortem interval. In this study, a quantitative comparison has been made between different so-called housekeeping-genes (e.g. GAPDH, ß-Actin, FASN) in human brain and a postmortem interval between 0 and 96 hours. Different alternative approaches have been used for the reverse transcription (oligo-(dT)-Primer with and without Anker, Random Hexamer Primer). At first, systematic examinations concerning the effectiveness of RNA isolation, reverse transcription and PCR have been undertaken with regard to a preferably exact quantification. It turned out that the results of the real-time-PCR represent a measure for the mRNA amount originally present in the specimen. Moreover, it emerged that a clear RNA degradation, which could possibly be used for the determination of the postmortem interval, begins after 24 hours. An important difference between random and oligo-(dT) priming of the reverse transcription could not be stated. These results demonstrate, on the one hand, that RNA is relatively stable during the early postmortem interval so that it can serve as substrate for quantitative examinations. On the other hand, it is shown that a time-dependent degradation exists which allows a limitation of the postmortem interval into an early and middle postmortem interval by means of threshold values for example.

Thesis (Ph. D.)--Universität Göttingen, 2003. / Includes bibliographical references.

Stuttgart, Universiẗat, Diss., 2008.

Techn. Universiẗat, Diss., 2005--München. / Enth. 5 Sonderabdr. aus verschiedenen Zeitschr.

Universiẗat, Diss., 2002--Dortmund.

This article studies the impact of some environmental conditions and the nutrition of culturing medium on the growth of bacteria and theirs capacity of toluene removal. The 5 bacterial strains isolated from leaf samples of three different common houseplants in Vietnam are Gram-negative, rod-shaped bacteria. The cells are single or arranged in chains. The cell size is relatively small and ranged from 0.7 to 2.5μm. These bacteria prefer the incubating temperature from 28°C to 32°C and a neutral pH 6.5 to 7.5. They are able to assimilate different nitrogen and carbon sources. In the liquid SH1 medium containing 200ppm toluene five selected strains have shown the ability to degrade toluene at a rate of 12.8 to 75.2% in comparison with the control at 30°C at a speed of 200rpm for over 120 hours. These 5 studied strains are potentially useful in bioremediation strategies to remove airborne toluene. / 5 chủng vi khuẩn có khả năng phân giải toluene được phân lập từ lá một số cây cảnh phổ biến ở Việt Nam là vi khuẩn G (-), dạng trực khuẩn và kích thước tế bào từ 0,7 – 2,5μm. Một số điều kiện môi trường nuôi cấy thích hợp cho 5 chủng vi khuẩn nghiên cứ gồm nhiệt độ 28°C-32°C, pH 6,5- 7,5, có khả năng đồng hoá nhiều nguồn nitơ và ba nguồn carbon khác nhau. Trong điều kiện môi trường dịch SH1 chứa 200ppm toluene, 5 chủng vi khuẩn này cho thấy khả năng phân giải toluene từ 12,8 – 75,2%. Đây là các chủng vi khuẩn có tiềm năng ứng dụng để loại bỏ toluene từ không khí ô nhiễm.

Thesis (doctoral)--Universität Bremen, 2003. / Includes bibliographical references.

Terrestrial environments are highly complex and dynamic. It consists of various types of soils which are constantly exposed to fluctuating conditions affecting their physical and biological properties. Moreover, soils are delivering several ecosystem services with high relevance for the human well-being such as water purification, nutrient cycling, or biodegradation. For many of those ecosystem services, microorganisms are the main drivers. In consequence, it is important to understand the functional response of microbial ecosystems to disturbances. Thus, identifying key factors for the functional stability of microbial ecosystems in terrestrial environments is of high interest. A powerful tool for analysing dynamics and underlying mechanisms of ecosystems are computational simulation models. Within this doctoral thesis, a spatiotemporally explicit bacterial simulation model was developed for assessing dynamics of biodegradation as a typical microbial ecosystem function under the influence of disturbances. Disturbances were introduced as lethal events for the bacteria within a certain, randomly picked disturbance area. The disturbance characteristics vary in the spatial configuration and frequency of the disturbance events. Functional stability was analysed in terms of the ability to recover the function after a single disturbance event, i.e. functional resilience, and the ability to maintain the function during recurrent disturbance events, i.e. functional resistance. Key factors for functional stability were assessed by systematically varying properties and processes of the microbial ecosystem and characteristics of the disturbance regime. Simulation results show a high influence of the disturbance characteristics, especially its spatial distribution pattern, on the stability of biodegradation. Functional resistance and resilience increase with fragmentation of the spatial pattern of the disturbances. The frequency of recurrent disturbance events proved also essential for the functional resistance: if the disturbances occur too often, the emergence of a functional collapse may not be preventable. However, if the fragmentation of the applied disturbance patterns increases, the function is also maintained under more frequent disturbances without a functional collapse. Ecological processes such as bacterial dispersal and growth are shown to enhance the biodegradation performance, but only under specific disturbance regimes, again depending on frequency and fragmentation of the disturbances. Dispersal networks are shown to increase the functional stability in many scenarios and, thus, may serve as a buffer mechanism against disturbances. Therefore, strategies facilitating these ecological processes, for instance stimulating fungi that act as dispersal networks for bacteria, or modulating the physical soil structure to alter the spatial configuration of disturbances are proposed to increase the functional stability of microbial ecosystems.

Biochar is defined as a carbon-rich, fine-grained, porous substance, which is produced by pyrolysis biomass with little or no oxygen. Biochar is usually produced from crop residues, wood biomass, animal litters, and solid wastes. Recently, biochar is increasingly receiving attention as an environmental-friendly approach, especially as a climate change mitigation strategy. Biochar is especilly demonstrated to remove diesel oil (DO) from soil and water. In this report, 4 biofilm forming bacteria including Klepsiella sp. VTD8, Pseudomonas sp. BQN21, Rhodococcus sp. BN5 and Stenotropomonas sp. QND8 were used to attach to biochar produced from husk to estimate the capacity of their DO removal. As the results, removal efficiency of biofilm formed by each strain VTD8, BQN21, BN5 and QND8 were 67, 73, 75 and 68 % with initial concentration of 39 g/l, respectively. On the other hand, mix species biofilm attached to husk carrier and without carrier degraded 98 and 78 %. Using husk without bacteria as absortion control, the amount of DO removal was 23 %. These results gave hint that using biochar produced from husk as carrier for biofilm forming bacteria to attach may increase efficiency of DO pollution treatment. / Than sinh học (biochar) là một chất xốp có các gốc carbon và có nguồn gốc từ quá trình nhiệt phân sinh khối các loại chất thải, động, thực vật,… dưới điều kiện hạn chế oxy hoặc không có oxy. Hiện nay biochar đã được ứng dụng rộng rãi trong xử lý môi trường. Đặc biệt các biochar còn được chứng minh là có thể xử lý dầu diesel (diesel oil - DO) có trong đất và nước. Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng 4 chủng vi khuẩn tạo màng sinh học tốt là Klepsiella sp. VTD8, Pseudomonas sp. BQN21, Rhodococcus sp. BN5 và Stenotropomonas sp. QND8 để gắn lên chất mang là biochar làm từ trấu nhằm đánh giá hiệu quả xử lý DO của chúng. Kết quả cho thấy, sau 7 ngày, các chủng VTD8, BQN21, BN5 và QND8 có khả năng phân hủy 67, 73, 75 và 68 % DO với hàm lượng ban đầu là 39 g/l. Trong khi đó, hiệu suất của màng sinh học tạo thành bởi hỗn hợp các chủng này khi không có chất mang biochar trấu và khi có chất mang biochar trấu lần lượt là 78 và 98 %. Còn sử dụng chất mang biochar trấu không có vi sinh vật làm đối chứng thì thu được hiệu suất hấp phụ DO là 23 %. Như vậy, kết quả này mở ra tiềm năng ứng dụng biochar trấu làm chất mang cho các chủng vi khuẩn tạo màng sinh học để nâng cao hiệu quả xử lý ô nhiễm dầu.