O vírus da diarreia viral bovina (BVDV) causa uma das doenças mais importantes de bovinos em termos de custos econômicos e sociais, uma vez que é largamente disseminado na população de gado leiteiro. Os objetivos do trabalho foram estimar a prevalência em nível de rebanho e investigar fatores associados aos níveis de anticorpos em leite de tanque através de um estudo transversal, bem como discutir e comparar diferentes técnicas de modelagem, as tradicionais como regressão e as menos usuais para este fim, como as de Machine learning (ML) como Random Forest. O estudo transversal foi realizado no estado do Rio Grande do Sul para a estimação da prevalência de doenças reprodutivas baseados em amostras de tanque de leite, partindo de uma população total de 81.307 rebanhos. Foram coletadas 388 amostras de tanque de leite, e nas propriedades selecionadas foi aplicado um questionário epidemiológico. Como resultados se identificou uma prevalência de 23,9% (IC95% = 19,8 - 28,1) de propriedades positivas. Através de análise de regressão de Poisson se identificou como fatores associados o BVDV: o exame retal como rotina para o diagnóstico de prenhes, Razão de Prevalência [PR] = 2,73 (IC 95%: 1.87-3.98), contato direto entre animais (contato via cerca de propriedades lindeiras) (PR=1,63, IC 95%: 1.13-2.95) e propriedades que não utilizavam inseminação artificial (PR=2.07, IC 95%: 1.38-3.09) Na técnica de Random Forest pôde-se identificar uma dependência na ocorrência de BVDV devido a: inseminação artificial quando realizada pelo proprietário da propriedade ou capataz, o número de vizinhos que também possuem criação de bovinos, e em concordância com os resultados da regressão quanto a dependência da ocorrência de BVDV devido a palpação retal. Como resultado, pôde-se perceber que o BVDV está distribuído no estado do RS e caso seja de interesse do poder público, o desenvolvimento de um programa de controle da doença pode ser baseado nos resultados encontrados. Por outro lado, a contribuição deste estudo vai além das tradicionais análises realizadas em epidemiologia veterinária, principalmente devido os bons resultados obtidos com a abordagem por ML neste estudo transversal. Por fim, a utilização de técnicas estatísticas mais avançadas contribuiu para elucidar melhor os fatores possivelmente envolvidos com a ocorrência de BVDV no rebanho leiteiro gaúcho. / The bovine viral diarrhea virus (BVDV) causes one of the most important disease of cattle in terms of economic and social costs, since it is widely disseminated in dairy cattle population. The objectives were to estimate the herd level prevalence at and investigate factors associated with antibody levels in bulk tank milk through a cross sectional study, discuss and compare different modeling techniques such as the traditional regression with the ones less used for this approach machine learning (ML). The cross sectional study was conducted in Rio Grande do Sul state to estimate the prevalence of reproductive diseases based on bulk tank milk samples, from a total population of 81,307 herds. Milk samples from 388 bulk tank were sampled, and an epidemiological questionnaire was applied in each farm. The prevalence was 23.9% (95% CI 19.8 - 28.1). Through the Poisson regression analysis, the following factors associated with BVDV were found: routine use of rectal examination for pregnancy (Prevalence Ratio [PR] = 2.73 (IC 95%: 1.87-3.98), direct contact between/among animals (contact over the fence of neighboring farms) (PR = 1.63, IC 95%: 1.13-2.95) and properties that did not use artificial insemination (PR = 2.07, IC 95%: 1.38-3.09). On the other hand, using ML techniques, it was identify a dependency upon the occurrence of BVDV due to: artificial insemination when carried out by the owner of the property or foreman; the number of neighbors who also have cattle, and in accordance with the regression results as the dependence of the occurrence of BVDV due to routine use of rectal examination for pregnancy. BVDV is spread across the State and if the government's interest to launch a disease control program measures should be focusing mainly on better conditions and care in reproduction. On the other hand, the contribution of this study goes beyond traditional analyzes in veterinary epidemiology, mainly due to the good results obtained with the approach by ML in this cross-sectional study. Finally, the use of advances statistics techniques it has been made progress to better elucidate the factors possibly involved in the occurrence of BVDV in state dairy herds.

Orientador: Helio Langoni / Resumo: A refrigeração é um importante método de conservação do leite, porém quando ocorre por longo período, a qualidade desse produto pode ser alterada devido, principalmente, a multiplicação de bactérias psicrotróficas. Dentro desse grupo de micro-organismos, entre os gêneros patogênicos, destaca-se Listeria monocytogenes. A identificação deste patógeno em alimentos é de interesse não somente pelos efeitos nocivos aos animais, mas também pelos efeitos na saúde humana. O objetivo do presente estudo foi investigar a presença de L. monocytogenes em 95 amostras de leite bovino de conjunto de pequenas propriedades leiteiras de agricultura familiar. As amostras de leite foram cultivadas nos meios seletivos de PALCAM e ALOA e as colônias características foram avaliadas por métodos fenotípicos e moleculares, pela Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), para detecção de L. monocytogenes. Apesar dos resultados negativos no cultivo e na PCR, a patogenicidade de L. monocytogenes para os animais e os riscos em saúde pública, justificam estudos continuados para vigilância epidemiológica do agente em produtos de origem animal como o leite. / Abstract: Refrigeration is an important milk preservation method. However, milk quality may deteriorate if the product is refrigerated for long periods, mainly due to the growth of psychrotrophic bacteria. This group of microorganisms includes pathogenic genera, most notably Listeria monocytogenes. The detection of this bacterium in food is important, given its pathogenic effects on human and animal health and also its economic relevance. This study focused on detecting the presence of L. monocytogenes in milk samples collected at small family-owned dairy farms. Samples were cultivated on PALCAM and ALOA agars for microbiological analysis and a molecular analysis by polymerase chain reaction (PCR) was performed for the detection of L. monocytogenes. Despite the negative results obtained in both these analyses, further studies are recommended to confirm or refute the negligible effect of L. monocytogenes on small dairy farms. / Mestre

O vírus da diarreia viral bovina (BVDV) causa uma das doenças mais importantes de bovinos em termos de custos econômicos e sociais, uma vez que é largamente disseminado na população de gado leiteiro. Os objetivos do trabalho foram estimar a prevalência em nível de rebanho e investigar fatores associados aos níveis de anticorpos em leite de tanque através de um estudo transversal, bem como discutir e comparar diferentes técnicas de modelagem, as tradicionais como regressão e as menos usuais para este fim, como as de Machine learning (ML) como Random Forest. O estudo transversal foi realizado no estado do Rio Grande do Sul para a estimação da prevalência de doenças reprodutivas baseados em amostras de tanque de leite, partindo de uma população total de 81.307 rebanhos. Foram coletadas 388 amostras de tanque de leite, e nas propriedades selecionadas foi aplicado um questionário epidemiológico. Como resultados se identificou uma prevalência de 23,9% (IC95% = 19,8 - 28,1) de propriedades positivas. Através de análise de regressão de Poisson se identificou como fatores associados o BVDV: o exame retal como rotina para o diagnóstico de prenhes, Razão de Prevalência [PR] = 2,73 (IC 95%: 1.87-3.98), contato direto entre animais (contato via cerca de propriedades lindeiras) (PR=1,63, IC 95%: 1.13-2.95) e propriedades que não utilizavam inseminação artificial (PR=2.07, IC 95%: 1.38-3.09) Na técnica de Random Forest pôde-se identificar uma dependência na ocorrência de BVDV devido a: inseminação artificial quando realizada pelo proprietário da propriedade ou capataz, o número de vizinhos que também possuem criação de bovinos, e em concordância com os resultados da regressão quanto a dependência da ocorrência de BVDV devido a palpação retal. Como resultado, pôde-se perceber que o BVDV está distribuído no estado do RS e caso seja de interesse do poder público, o desenvolvimento de um programa de controle da doença pode ser baseado nos resultados encontrados. Por outro lado, a contribuição deste estudo vai além das tradicionais análises realizadas em epidemiologia veterinária, principalmente devido os bons resultados obtidos com a abordagem por ML neste estudo transversal. Por fim, a utilização de técnicas estatísticas mais avançadas contribuiu para elucidar melhor os fatores possivelmente envolvidos com a ocorrência de BVDV no rebanho leiteiro gaúcho. / The bovine viral diarrhea virus (BVDV) causes one of the most important disease of cattle in terms of economic and social costs, since it is widely disseminated in dairy cattle population. The objectives were to estimate the herd level prevalence at and investigate factors associated with antibody levels in bulk tank milk through a cross sectional study, discuss and compare different modeling techniques such as the traditional regression with the ones less used for this approach machine learning (ML). The cross sectional study was conducted in Rio Grande do Sul state to estimate the prevalence of reproductive diseases based on bulk tank milk samples, from a total population of 81,307 herds. Milk samples from 388 bulk tank were sampled, and an epidemiological questionnaire was applied in each farm. The prevalence was 23.9% (95% CI 19.8 - 28.1). Through the Poisson regression analysis, the following factors associated with BVDV were found: routine use of rectal examination for pregnancy (Prevalence Ratio [PR] = 2.73 (IC 95%: 1.87-3.98), direct contact between/among animals (contact over the fence of neighboring farms) (PR = 1.63, IC 95%: 1.13-2.95) and properties that did not use artificial insemination (PR = 2.07, IC 95%: 1.38-3.09). On the other hand, using ML techniques, it was identify a dependency upon the occurrence of BVDV due to: artificial insemination when carried out by the owner of the property or foreman; the number of neighbors who also have cattle, and in accordance with the regression results as the dependence of the occurrence of BVDV due to routine use of rectal examination for pregnancy. BVDV is spread across the State and if the government's interest to launch a disease control program measures should be focusing mainly on better conditions and care in reproduction. On the other hand, the contribution of this study goes beyond traditional analyzes in veterinary epidemiology, mainly due to the good results obtained with the approach by ML in this cross-sectional study. Finally, the use of advances statistics techniques it has been made progress to better elucidate the factors possibly involved in the occurrence of BVDV in state dairy herds.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-20Bitstream added on 2014-06-13T18:44:23Z : No. of bitstreams: 1 souza_v_dr_jabo.pdf: 824781 bytes, checksum: 699e9efd378fb4c601290d43aebe88bb (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A mastite bovina é a principal doença do gado leiteiro em todo o mundo, devido a sua elevada ocorrência, aos prejuízos econômicos que acarreta aos produtores e à perda da qualidade do leite. Dentre os agentes da mastite, o Staphylococcus aureus é o mais frequentemente isolado. Sabe-se que o conhecimento do perfil molecular deste microrganismo é de fundamental importância para uma melhor compreensão dos estudos epidemiológicos de dispersão deste patógeno nas propriedades rurais. Sendo assim, durante o período de janeiro a abril de 2009, 222 vacas lactantes pertencentes a 12 propriedades rurais situadas no Município de Sacramento-MG foram submetidas ao California Mastitis Test (CMT). Foram colhidas amostras de leite dos quartos reagentes ao CMT, assim como do leite produzido em cada propriedade rural e do leite de conjunto das 12 propriedades contido em dois tanques de expansão comunitários. Paralelamente, foram colhidas, também, amostras dos óstios papilares, dos latões, dos baldes, dos coadores, dos insufladores das ordenhadeiras, das mãos dos ordenhadores, da superfície dos tanques de expansão, da tubulação auxiliar no transvase do leite, da água utilizada no processo de produção e da água utilizada para higienização dos tanques comunitários. A partir das 446 amostras colhidas nos diversos pontos, 244 estirpes foram isoladas e caracterizadas bioquimicamente como estafilococos coagulase-positivos. O fragmento de DNA cromossômico específico da espécie de S. aureus foi amplificado em 106 estirpes, das quais 103 foram submetidas à eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Os pontos de colheita de amostras que apresentaram maior frequência de isolamento de estirpes de Staphylococcus aureus foram os óstios papilares (31,1%), o leite das vacas reagentes ao CMT (21,7%), os insufladores das ordenhadeiras mecânicas (21,7%), o leite dos latões (6,6%)... / Bovine mastitis is a main disease in milk cattle worldwide. Staphylococcus aureus is the most frequently isolated among mastitis agents. The microorganism’s molecular profile is of paramount importance for a better understanding of epidemiologic studies of these pathogens on farms and ranches. Two hundred twenty-two cows on 12 farms in the municipality of Sacramento-MG, Brazil were tested by the California Mastitis Test (CMT) between January and April 2009. Milk samples were collected from four CMT reagents, from the milk produced on each farm and from milk collectively collected from the 12 farms and maintained in two community bulk tanks. At the same time samples of papillary ostia were collected from milk pails, cans, sieves, milking machine insufflators, milkers’ hands, from the water used on the 12 farms and from the two community bulk tanks. Two hundred and forty-four strains among the 446 samples collected from several sites were isolated and biochemically characterized as positive coagulase Staphylococcus. Chromosome DNA fragment, specific to S. aureus, was amplified in 106 strains. Further, when 103 S. aureus strains underwent pulsed field gel electrophoresis (PFGE), the samples’ collection sites with the highest isolation frequency of S. aureus strains were papillary ostia (31.1%), milk of cows which reacted to CMT (21.7%), the insufflators of milking machines (21.7%), milk in pails (6.6%) and milk in the community bulk tanks (5.6%). Since 32 different pulsotypes were identified, genetic heterogeneity existed among the 106 S. aureus isolated strains. Pulsotype 1 had the highest similarity among the S. aureus isolated strains at the different sites of the milk production flowchart. Since highest isolation frequency of pulsotype 1 of S. aureus strains were papillary ostia (10.6%), milk of cows which reacted to CMT (5.8%), the insufflators of milking machines (3.8%)... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Antonio Nader Filho / Banca: Luciano Menezes Ferreira / Banca: Luiz Francisco Zafalon / Banca: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Angela Cleusa de Fátima Banzatto de Carvalho / Resumo: A mastite bovina é a principal doença do gado leiteiro em todo o mundo, devido a sua elevada ocorrência, aos prejuízos econômicos que acarreta aos produtores e à perda da qualidade do leite. Dentre os agentes da mastite, o Staphylococcus aureus é o mais frequentemente isolado. Sabe-se que o conhecimento do perfil molecular deste microrganismo é de fundamental importância para uma melhor compreensão dos estudos epidemiológicos de dispersão deste patógeno nas propriedades rurais. Sendo assim, durante o período de janeiro a abril de 2009, 222 vacas lactantes pertencentes a 12 propriedades rurais situadas no Município de Sacramento-MG foram submetidas ao California Mastitis Test (CMT). Foram colhidas amostras de leite dos quartos reagentes ao CMT, assim como do leite produzido em cada propriedade rural e do leite de conjunto das 12 propriedades contido em dois tanques de expansão comunitários. Paralelamente, foram colhidas, também, amostras dos óstios papilares, dos latões, dos baldes, dos coadores, dos insufladores das ordenhadeiras, das mãos dos ordenhadores, da superfície dos tanques de expansão, da tubulação auxiliar no transvase do leite, da água utilizada no processo de produção e da água utilizada para higienização dos tanques comunitários. A partir das 446 amostras colhidas nos diversos pontos, 244 estirpes foram isoladas e caracterizadas bioquimicamente como estafilococos coagulase-positivos. O fragmento de DNA cromossômico específico da espécie de S. aureus foi amplificado em 106 estirpes, das quais 103 foram submetidas à eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Os pontos de colheita de amostras que apresentaram maior frequência de isolamento de estirpes de Staphylococcus aureus foram os óstios papilares (31,1%), o leite das vacas reagentes ao CMT (21,7%), os insufladores das ordenhadeiras mecânicas (21,7%), o leite dos latões (6,6%)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bovine mastitis is a main disease in milk cattle worldwide. Staphylococcus aureus is the most frequently isolated among mastitis agents. The microorganism's molecular profile is of paramount importance for a better understanding of epidemiologic studies of these pathogens on farms and ranches. Two hundred twenty-two cows on 12 farms in the municipality of Sacramento-MG, Brazil were tested by the California Mastitis Test (CMT) between January and April 2009. Milk samples were collected from four CMT reagents, from the milk produced on each farm and from milk collectively collected from the 12 farms and maintained in two community bulk tanks. At the same time samples of papillary ostia were collected from milk pails, cans, sieves, milking machine insufflators, milkers' hands, from the water used on the 12 farms and from the two community bulk tanks. Two hundred and forty-four strains among the 446 samples collected from several sites were isolated and biochemically characterized as positive coagulase Staphylococcus. Chromosome DNA fragment, specific to S. aureus, was amplified in 106 strains. Further, when 103 S. aureus strains underwent pulsed field gel electrophoresis (PFGE), the samples' collection sites with the highest isolation frequency of S. aureus strains were papillary ostia (31.1%), milk of cows which reacted to CMT (21.7%), the insufflators of milking machines (21.7%), milk in pails (6.6%) and milk in the community bulk tanks (5.6%). Since 32 different pulsotypes were identified, genetic heterogeneity existed among the 106 S. aureus isolated strains. Pulsotype 1 had the highest similarity among the S. aureus isolated strains at the different sites of the milk production flowchart. Since highest isolation frequency of pulsotype 1 of S. aureus strains were papillary ostia (10.6%), milk of cows which reacted to CMT (5.8%), the insufflators of milking machines (3.8%)... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Gabriela Capriogli Oliveira null (gabriela.capriogli@gmail.com) on 2017-09-30T18:07:42Z No. of bitstreams: 1 Gabriela_Dissertação.docx: 1944431 bytes, checksum: 800e12f9e8f1c061f9cb1d5d649d748a (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-10-04T18:54:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Gabriela_Dissertação.docx: 1944431 bytes, checksum: 800e12f9e8f1c061f9cb1d5d649d748a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-04T18:54:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gabriela_Dissertação.docx: 1944431 bytes, checksum: 800e12f9e8f1c061f9cb1d5d649d748a (MD5) Previous issue date: 2017-08-10 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A refrigeração é um importante método de conservação do leite, porém quando ocorre por longo período, a qualidade desse produto pode ser alterada devido, principalmente, a multiplicação de bactérias psicrotróficas. Dentro desse grupo de micro-organismos, entre os gêneros patogênicos, destaca-se Listeria monocytogenes. A identificação deste patógeno em alimentos é de interesse não somente pelos efeitos nocivos aos animais, mas também pelos efeitos na saúde humana. O objetivo do presente estudo foi investigar a presença de L. monocytogenes em 95 amostras de leite bovino de conjunto de pequenas propriedades leiteiras de agricultura familiar. As amostras de leite foram cultivadas nos meios seletivos de PALCAM e ALOA e as colônias características foram avaliadas por métodos fenotípicos e moleculares, pela Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), para detecção de L. monocytogenes. Apesar dos resultados negativos no cultivo e na PCR, a patogenicidade de L. monocytogenes para os animais e os riscos em saúde pública, justificam estudos continuados para vigilância epidemiológica do agente em produtos de origem animal como o leite. / Refrigeration is an important milk preservation method. However, milk quality may deteriorate if the product is refrigerated for long periods, mainly due to the growth of psychrotrophic bacteria. This group of microorganisms includes pathogenic genera, most notably Listeria monocytogenes. The detection of this bacterium in food is important, given its pathogenic effects on human and animal health and also its economic relevance. This study focused on detecting the presence of L. monocytogenes in milk samples collected at small family-owned dairy farms. Samples were cultivated on PALCAM and ALOA agars for microbiological analysis and a molecular analysis by polymerase chain reaction (PCR) was performed for the detection of L. monocytogenes. Despite the negative results obtained in both these analyses, further studies are recommended to confirm or refute the negligible effect of L. monocytogenes on small dairy farms. / FAPESP: 2015/11571-4

O vírus da diarreia viral bovina (BVDV) causa uma das doenças mais importantes de bovinos em termos de custos econômicos e sociais, uma vez que é largamente disseminado na população de gado leiteiro. Os objetivos do trabalho foram estimar a prevalência em nível de rebanho e investigar fatores associados aos níveis de anticorpos em leite de tanque através de um estudo transversal, bem como discutir e comparar diferentes técnicas de modelagem, as tradicionais como regressão e as menos usuais para este fim, como as de Machine learning (ML) como Random Forest. O estudo transversal foi realizado no estado do Rio Grande do Sul para a estimação da prevalência de doenças reprodutivas baseados em amostras de tanque de leite, partindo de uma população total de 81.307 rebanhos. Foram coletadas 388 amostras de tanque de leite, e nas propriedades selecionadas foi aplicado um questionário epidemiológico. Como resultados se identificou uma prevalência de 23,9% (IC95% = 19,8 - 28,1) de propriedades positivas. Através de análise de regressão de Poisson se identificou como fatores associados o BVDV: o exame retal como rotina para o diagnóstico de prenhes, Razão de Prevalência [PR] = 2,73 (IC 95%: 1.87-3.98), contato direto entre animais (contato via cerca de propriedades lindeiras) (PR=1,63, IC 95%: 1.13-2.95) e propriedades que não utilizavam inseminação artificial (PR=2.07, IC 95%: 1.38-3.09) Na técnica de Random Forest pôde-se identificar uma dependência na ocorrência de BVDV devido a: inseminação artificial quando realizada pelo proprietário da propriedade ou capataz, o número de vizinhos que também possuem criação de bovinos, e em concordância com os resultados da regressão quanto a dependência da ocorrência de BVDV devido a palpação retal. Como resultado, pôde-se perceber que o BVDV está distribuído no estado do RS e caso seja de interesse do poder público, o desenvolvimento de um programa de controle da doença pode ser baseado nos resultados encontrados. Por outro lado, a contribuição deste estudo vai além das tradicionais análises realizadas em epidemiologia veterinária, principalmente devido os bons resultados obtidos com a abordagem por ML neste estudo transversal. Por fim, a utilização de técnicas estatísticas mais avançadas contribuiu para elucidar melhor os fatores possivelmente envolvidos com a ocorrência de BVDV no rebanho leiteiro gaúcho. / The bovine viral diarrhea virus (BVDV) causes one of the most important disease of cattle in terms of economic and social costs, since it is widely disseminated in dairy cattle population. The objectives were to estimate the herd level prevalence at and investigate factors associated with antibody levels in bulk tank milk through a cross sectional study, discuss and compare different modeling techniques such as the traditional regression with the ones less used for this approach machine learning (ML). The cross sectional study was conducted in Rio Grande do Sul state to estimate the prevalence of reproductive diseases based on bulk tank milk samples, from a total population of 81,307 herds. Milk samples from 388 bulk tank were sampled, and an epidemiological questionnaire was applied in each farm. The prevalence was 23.9% (95% CI 19.8 - 28.1). Through the Poisson regression analysis, the following factors associated with BVDV were found: routine use of rectal examination for pregnancy (Prevalence Ratio [PR] = 2.73 (IC 95%: 1.87-3.98), direct contact between/among animals (contact over the fence of neighboring farms) (PR = 1.63, IC 95%: 1.13-2.95) and properties that did not use artificial insemination (PR = 2.07, IC 95%: 1.38-3.09). On the other hand, using ML techniques, it was identify a dependency upon the occurrence of BVDV due to: artificial insemination when carried out by the owner of the property or foreman; the number of neighbors who also have cattle, and in accordance with the regression results as the dependence of the occurrence of BVDV due to routine use of rectal examination for pregnancy. BVDV is spread across the State and if the government's interest to launch a disease control program measures should be focusing mainly on better conditions and care in reproduction. On the other hand, the contribution of this study goes beyond traditional analyzes in veterinary epidemiology, mainly due to the good results obtained with the approach by ML in this cross-sectional study. Finally, the use of advances statistics techniques it has been made progress to better elucidate the factors possibly involved in the occurrence of BVDV in state dairy herds.

O objetivo do presente estudo foi: a) comparar dois métodos de detecção e contagem de S. agalactiae, (cultura microbiológica e qPCR) em leite de vacas e de tanques; b) determinar a sensibilidade analítica e a repetibilidade do diagnóstico por qPCR em relação à cultura microbiológica para detecção de S. agalactiae em amostras compostas de leite de vaca e de tanque. Foram utilizadas amostras de leite de vaca (n=31) e de tanque (n=150), as quais foram submetidas à cultura microbiológica e contagem de S. agalactiae por cultura de microbiologia convencional e qPCR. Para avaliar a sensibilidade analítica, foi construída uma curva padrão com amostras de leite desnatado reconstituído estéril contaminado artificialmente com S. agalactiae (ATCC 13813). Em apenas duas amostras não foi possível amplificação de DNA, o que indica que a qPCR foi capaz de detectar S. agalactiae, em 96% e 97%, do leite de vaca e de tanque, respectivamente. Embora a técnica qPCR tenha apresentado alta sensibilidade analítica, não houve equivalência de resultados de contagem S. agalactiae entre os dois métodos propostos. Os coeficientes de variação interensaio utilizados para avaliar a técnica qPCR foram < 5%, o que demonstra que a técnica possui repetibilidade adequada. Portanto, não houve equivalência entre a contagem de S. agalactiae por cultura microbiológica padrão e a técnica de qPCR, provavelmente pela alta sensibilidade da técnica qPCR em quantificar DNA de células inviáveis. No entanto, a qPCR apresentou-se como uma técnica sensível para identificação de S. agalactiae em amostras de leite de vaca e de taque. / The aim of this study was to: a) to compare two methods of detection and enumeration of S. agalactiae (microbiological culture and qPCR) in cow`s milk and bulk tank milks, b) to determine the analytical sensitivity and repeatability of the diagnosis by qPCR in relation to microbiological culture for detection of S. agalactiae on composite samples of cow\'s milk and bulk tank milk. Samples of cow\'s milk (n = 31) and bulk tank milk (n = 150), which were submitted to microbiological culture and enumeration of S. agalactiae by conventional microbiology culture and qPCR. To evaluate the analytical sensitivity, a standard curve was made with samples of sterile reconstituted skim milk artificially contaminated with S. agalactiae (ATCC - 13813). In two samples was not possible the amplification of DNA, indicating that qPCR was able to detect S. agalactiae, 96% and 97% cow\'s milk and bulk tank milk, respectively. Although the technique has presented qPCR high analytical sensitivity, there was no equivalent result of counting S. agalactiae between the two proposed methods. The interassay coefficients of variation technique used to evaluate the qPCR were <5%, which demonstrate that the technique has adequate repeatability. So there was no equivalence between the counts of S. agalactiae by standard microbiological culture and qPCR technique, probably due to the high sensitivity of qPCR technique to quantify DNA of unviable cells. However, the qPCR presented as a sensitive technique for identifying S. agalactiae in samples of cow\'s milk and bulk tank milk.

O objetivo do presente estudo foi: a) comparar dois métodos de detecção e contagem de S. agalactiae, (cultura microbiológica e qPCR) em leite de vacas e de tanques; b) determinar a sensibilidade analítica e a repetibilidade do diagnóstico por qPCR em relação à cultura microbiológica para detecção de S. agalactiae em amostras compostas de leite de vaca e de tanque. Foram utilizadas amostras de leite de vaca (n=31) e de tanque (n=150), as quais foram submetidas à cultura microbiológica e contagem de S. agalactiae por cultura de microbiologia convencional e qPCR. Para avaliar a sensibilidade analítica, foi construída uma curva padrão com amostras de leite desnatado reconstituído estéril contaminado artificialmente com S. agalactiae (ATCC 13813). Em apenas duas amostras não foi possível amplificação de DNA, o que indica que a qPCR foi capaz de detectar S. agalactiae, em 96% e 97%, do leite de vaca e de tanque, respectivamente. Embora a técnica qPCR tenha apresentado alta sensibilidade analítica, não houve equivalência de resultados de contagem S. agalactiae entre os dois métodos propostos. Os coeficientes de variação interensaio utilizados para avaliar a técnica qPCR foram < 5%, o que demonstra que a técnica possui repetibilidade adequada. Portanto, não houve equivalência entre a contagem de S. agalactiae por cultura microbiológica padrão e a técnica de qPCR, provavelmente pela alta sensibilidade da técnica qPCR em quantificar DNA de células inviáveis. No entanto, a qPCR apresentou-se como uma técnica sensível para identificação de S. agalactiae em amostras de leite de vaca e de taque. / The aim of this study was to: a) to compare two methods of detection and enumeration of S. agalactiae (microbiological culture and qPCR) in cow`s milk and bulk tank milks, b) to determine the analytical sensitivity and repeatability of the diagnosis by qPCR in relation to microbiological culture for detection of S. agalactiae on composite samples of cow\'s milk and bulk tank milk. Samples of cow\'s milk (n = 31) and bulk tank milk (n = 150), which were submitted to microbiological culture and enumeration of S. agalactiae by conventional microbiology culture and qPCR. To evaluate the analytical sensitivity, a standard curve was made with samples of sterile reconstituted skim milk artificially contaminated with S. agalactiae (ATCC - 13813). In two samples was not possible the amplification of DNA, indicating that qPCR was able to detect S. agalactiae, 96% and 97% cow\'s milk and bulk tank milk, respectively. Although the technique has presented qPCR high analytical sensitivity, there was no equivalent result of counting S. agalactiae between the two proposed methods. The interassay coefficients of variation technique used to evaluate the qPCR were <5%, which demonstrate that the technique has adequate repeatability. So there was no equivalence between the counts of S. agalactiae by standard microbiological culture and qPCR technique, probably due to the high sensitivity of qPCR technique to quantify DNA of unviable cells. However, the qPCR presented as a sensitive technique for identifying S. agalactiae in samples of cow\'s milk and bulk tank milk.

Avec la mise en place de la nouvelle limite maximale de 400 000 cellules somatiques par millilitres de lait (c/mL) au réservoir, le mois d’août 2012 a marqué une étape importante en termes de qualité du lait pour les producteurs de bovins laitiers du Canada. L’objectif de cette étude consistait en l’établissement d’un modèle de prédiction de la violation de cette limite au réservoir à l’aide des données individuelles et mensuelles de comptages en cellules somatiques (CCS) obtenues au contrôle laitier des mois précédents. Une banque de donnée DSA comprenant 924 troupeaux de laitiers québécois, en 2008, a été utilisée pour construire un modèle de régression logistique, adapté pour les mesures répétées, de la probabilité d’excéder 400 000 c/mL au réservoir. Le modèle final comprend 6 variables : le pointage linéaire moyen au test précédent, la proportion de CCS > 500 000 c/mL au test précédent, la production annuelle moyenne de lait par vache par jour, le nombre de jours en lait moyen (JEL) au test précédent ainsi que les proportions de vaches saines et de vaches infectées de manière chronique au test précédant. Le modèle montre une excellente discrimination entre les troupeaux qui excèdent ou n’excèdent pas la limite lors d’un test et pourrait être aisément utilisé comme outil supplémentaire de gestion de la santé mammaire à la ferme. / August 2012 represents an in important step in terms of milk quality for the Canadian bovine dairy producers because the upper tolerance limit for bulk tank somatic cell count (BTSCC) was lowered to 400 000 somatic cells per millilitre (c/mL). The objective of this study was to develop a predictive model of exceeding the BTSCC limit based on monthly individuals somatic cell count (SCC) measures obtained in the previous months. A database including DHI data from the year 2008 of 924 dairy herds in Québec, Canada was used. A logistic regression model for repeated measures was constructed. The final model included 6 variables related to monthly individual cow somatic cell count: mean individual linear score at the previous test, proportion of cows over 500 000 cells/mL at the previous test, mean herd annual daily milk production per cow, average days in milk at the previous test, proportion of healthy cows at previous test, proportion of chronic cows at previous test. The model has excellent discrimination between herd that exceeded and herd that did not exceed 400 000 cells/mL and can be use to advise dairy producers of impending risks of exceeding the BTSCC limit.