Introducción: El cáncer escamoso de cabeza y cuello (CECC) es una patología con alta incidencia en nuestro medio. Los segundos tumores primarios (STP) y las recidivas tumorales (RT) tienen gran trascendencia en la progresión de la enfermedad y en la supervivencia de los pacientes. Objetivos: estudiar los cambios génicos en STP y RT para contribuir al conocimiento de la progresión tumoral, con posibles implicaciones en el diagnóstico precoz y en el pronóstico. Metodología: Se estudian 36 pacientes con CECC, 21 desarrollaron STP y 15 RT. Se excluyeron los que habían recibido radioterapia entre ambos diagnósticos. Empleamos la técnica de MLPA que utiliza una mínima cantidad de ADN (>20 ng) y permite amplificar más de 40 secuencias distintas de ADN, obteniendo un patrón de pérdidas/ganancias. Resultados: Los STP tienen mayor supervivencia (67%) que las RT (20%). Los cambios génicos que diferencian los CECC iniciales de los STP fueron las pérdidas en IL2, AI651963, IL18, BRCA2, DLEU, CDH2 y la ganancia de CDKN2D. Para las RT las pérdidas en IGSF4 y TP53 y las ganancias en LMNA y PTPN1. Los cambios génicos que diferencian los STP y las RT fueron las pérdidas en TP53, CDKN2A, AI651963, RENT2, IL18 y las ganancias en LMNA, CTSB, PTPN1 y N33. Entre los CECC con su correspondiente STP y RT predominan las discordancias, aunque también se observan concordancias. Conclusiones: El estudio realizado demuestra buen número de cambios génicos que diferencian los grupos estudiados, algunos no descritos previamente. El gran número de discordancias entre los CECC y sus RT, junto con algunas concordancias entre CECC y STP, sugieren que los criterios clínicos de progresión tumoral no son adecuados y deben modificarse por los genéticos.