Orientador: Júlio Carlos Canola / Resumo: Rinites caninas são afecções frequentes no atendimento veterinário e, por possuir sinais inespecíficos, faz-se necessária a utilização de ferramentas diagnósticas que auxiliem na conclusão diagnóstica. Objetivou-se analisar, por meio da radiologia e rinoscopia, a cavidade nasal de 10 cães, de idade, sexo, peso e raças variáveis, acometidos por afecções nasais, relacionar os achados visibilizados nas imagens aos sinais clínicos e confirmar os respectivos diagnósticos por meio de exames histopatológicos. Dentre os dez cães estudados, seis machos e quatro fêmeas, 30% destes pacientes foram diagnosticados presuntivamente pela análise radiográfica e por meio da rinoscopia de serem portadores de rinite linfoplasmocítica, 30% rinite crônica e hiperplásica, 30% com neoformações nasais e 10% com corpos estranhos. Houve elevada convergência entre os achados radiográficos e os sinais visibilizados à rinoscopia com o diagnóstico presuntivo. A interpretação diagnóstica radiográfica foi confirmada positivamente por meio da histopatologia em 90% dos casos e a rinoscopia em 90% dos sinais clínicos visibilizados durante a técnica. A inspeção detalhada das porções internas da cavidade nasal foi detectada através da rinoscopia, e as características das lesões, assim como de suas adjacências foram mais bem definidas ao exame radiográfico. Os resultados obtidos com este estudo permitem concluir que o diagnóstico de rinite em cães deve ser realizado fazendo-se uso dessas duas modalidades imaginoló... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Canine rinopathies are common afections in veterinary atendance and for having inespecifics signs is required the use of diagnostic imaging tools that help in diagnostic conclusion. Aimed to analyse trhough radiology and rhinoscopy nasal cavities of 10 dogs with diferent ages, gender, weight and breed afectted by nasal disorders and relationate images findings to clinical signs and define their respectives diagnosis by mean of histopatologic exams. From tem dogs studied, six were males and four females, 30%of these patients were presumptively diagnosed by radiografhy and rhinoscophy analisis to be bearers of lymphoplasmocytic rhinitis, chronic and hyperplastic rhinitis, 30% with nasal neoformation na 10% of foreign bodies. There has been a high convergence of between radiographic findings and visible signs by rinoscopy with the presumptive diagnosis. The radiographic interpretation diagnosis was positively confirmed by means of histopatology in 90% of cases and rhinoscopy in 90% of clincal signs visibilizated during the technique. The detailed inspection of the nasal cavity internal portions was detected by rhinoscopy and the characteristics lesions as well as their surrounding areas were more precisely defined in the radiographic examination. The obtained results with this study lead to conclusion that the diagnosis of dogs rhinities should been undertaken making use of both imaging modalities. However, the definitive diagnosis must be concluded trhough histopatology, despite of the high convergence between of radiographic examination and rhinoscopy with histopalogy, how has been defined in this study. / Mestre

Submitted by Marcio Filho (marcio.kleber@ufba.br) on 2017-06-02T13:18:48Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao - Daniel Correia.pdf: 2103439 bytes, checksum: 21998777742f6bb17677f65b32158289 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Reis (vanessa.jamile@ufba.br) on 2017-06-08T11:07:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao - Daniel Correia.pdf: 2103439 bytes, checksum: 21998777742f6bb17677f65b32158289 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-08T11:07:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao - Daniel Correia.pdf: 2103439 bytes, checksum: 21998777742f6bb17677f65b32158289 (MD5) / O objetivo deste trabalho é desenvolver e aplicar uma metodologia para a realização da análise modal experimental em um conjunto de bombeio por cavidades progressivas (BCP), em condições de instalação similares às de poços reais. A técnica utilizada neste trabalho, conhecida como Enhanced Frequency Domain Decomposition (EFDD), é capaz de estimar os parâmetros modais com boa acurácia, mesmo na presença de ruído. Ela pode estimar as frequências naturais e formas modais através da decomposição em valores singulares (SVD - Singular value decomposition) da matriz densidade espectral de potência (PSD - Power spectral density) da resposta do sistema a uma excitação de entrada. A taxa de amortecimento pode ser obtida através do cálculo do decremento logarítmico nas funções de autocorrelação. A primeira etapa do estudo consiste no desenvolvimento de algoritmos para a implementação de alguns métodos de análise modal experimental comuns na literatura. Foram implementados os métodos do Peak picking (PP), do Frequency Domain Decomposition (FDD), EFDD e do Least Square Complex Exponential (LSCE). É utilizado um sinal sintético de parâmetros conhecidos para comparar os resultados obtidos entre tais técnicas. Além disso, este sinal teve alguns parâmetros alterados, a exemplo da razão sinal-ruído, e o comportamento da estimação com estas técnicas foi avaliado. Na etapa seguinte, são analisadas estruturas relacionadas ao conjunto BCP, como a coluna de revestimento, onde o conjunto será instalado, além de um dos seus principais subsistemas, o conjunto rotor-estator. Por fim, é realizada a análise modal experimental do conjunto BCP, no interior do poço de testes, em condições de instalação similares àquelas encontradas em um poço real.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:16:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2839.pdf: 834062 bytes, checksum: ed4f27eba9e2faa1c94945a6631c70d0 (MD5) Previous issue date: 2010-03-03 / Universidade Federal de Sao Carlos / In this work we investigated the engineering of interactions and reservoirs in the context of Cavity Quantum Electrodynamics. The investigated system consists of two identical three-level atoms trapped in two distinct traps, but inside the same optical cavity, inte- racting with the cavity mode and driven by classical .elds to manipulate the atom-.eld interaction. First, we assume the atomic system interacts with a high-Q cavity and show how to generate a displaced squeezed state for cavity mode asymptotically, i.e., we con- structed an arti.cial squeezed reservoir for the cavity mode. For this purpose we assume, in addition to the engineered atom-.eld interaction, a strong decay of the atoms (i.e., the atomic decay rate must be much stronger than the e¤ective atom-.eld coupling). Next, considering a cavity with strong decay rate, we investigated how to protect atomic entangled states as the Bell states. Here, the cavity mode acts as an arti.cial squeezed reservoir for the atoms, leading the system to the desired state asymptotically. In both cases, we considered only two e¤ective levels for atoms, reaching an interaction which comprehends the simultaneous implementation of the Jaynes-Cummings and anti- Jaynes-Cummings Hamiltonians. / Nesta dissertação, investigamos a engenharia de interações e de reservatório em Eletrodi- nâmica Quântica de Cavidades. O sistema investigado consiste em átomos (íons), em uma dada con.guração de níveis, interagindo com um modo do campo de radiação aprisionado numa cavidade. O uso de campos clássicos externos se fez necessário para obtermos as interações desejadas. Primeiramente investigamos a interação de dois átomos idênticos de três níveis, con.- nados numa cavidade supercondutora de alto fator de qualidade, interagindo com o modo do campo desta e campos clássicos externos, e mostramos como gerar, assintoticamente, um estado coerente comprimido para o modo da cavidade, isto é, construímos um reser- vatório de modos comprimidos arti.cial para o campo de radiação da cavidade. Aqui, foi necessário assumir um forte decaimento atômico, ou seja, supomos que a taxa de decai- mento atômica era muito maior do que o acoplamento efetivo entre átomos e campos. Em seguida, utilizando do mesmo sistema anterior, estudamos como gerar estados emaranhados, relativos à base de Bell, entre os átomos. Porém, nesta etapa, a necessidade foi de um forte decaimento no modo da cavidade, utilizando, então, uma cavidade de baixo fator de qualidade. Em ambos os casos, consideramos apenas dois níveis efetivos para os átomos, al- cançando, assim, uma interação efetiva entre átomo e modo da cavidade correspondente à realização simultânea dos Hamiltonianos Jaynes-Cummings e anti-Jaynes-Cummings.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:16:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4958.pdf: 1123197 bytes, checksum: 3891aa4b08428df497d8bd21a99744de (MD5) Previous issue date: 2013-02-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / The Rabi model is the most complete one has to describe the interaction between radiation and matter. However, as it is difficult to obtain the exact solution to this model, many of recent atom-field studies have used the Jaynes-Cummings model, which eliminates the "counter rotating" terms from the Rabi Hamiltonian in an approach known as "rotating wave approximation". This approach was very precise to describe many experiments in quantum optics area in the past two decades, especially in the context of cavity quantum electrodynamics, where the atom-field coupling g is very weak compared to the atomic transition frequency ω0 and the cavity field frequency ωc. However, in recent experiments in the context of circuit quantum electrodynamics, the atom-field coupling can be comparable to the atom and field frequencies so that the rotating wave approximation is no longer valid. A first goal of the present work is to examine the validity of the rotating-wave approximation in the context of circuit quantum electrodynamics. We also take into account the dissipation of the system, and to do that we have analyzed two different models: a phenomenological approach where the master equation is derived by adding the free decay of the atom and the field, regardless of the interaction between them, and another microscope, where the master equation is derived by taking into account the interaction between the atom and the field. We then investigate what happens when one has two atoms interacting with the same field in the cavity, considering, for example, the "spontaneous" generation of correlations between the atoms mediated by the field, that is, assuming initially all subsystems (atoms and field) in their ground states, we study the dynamics of correlations generated between the atoms. To quantify those correlations we employ measures as quantum discord and entanglement of formation. / O modelo de Rabi é o mais completo que se tem para entender a interação entre radiação e matéria. Entretanto, por não se ter uma solução exata para esse modelo, muitos trabalhos recentes têm recorrido ao modelo de Jaynes-Cummings, que elimina do Hamiltoniano do sistema os termos contragirantes , em um processo conhecido como Aproximação de onda girante . Essa aproximação tem sido bastante precisa para descrever os experimentos na área de Óptica Quântica nas últimas duas décadas, especialmente no contexto da Eletrodinâmica Quântica de Cavidades, onde o acoplamento átomo-campo g é muito fraco comparado com a frequência de transição atômica ω0 e a frequência da cavidade ωc. Entretanto, em recentes experimentos no contexto de Eletrodinâmica Quântica de Circuitos, o acoplamento átomo-campo tem atingido valores comparáveis aos das frequências do átomo e do campo, de modo que a aproximação de onda girante deixa de ser válida. É nesse contexto que esse trabalho se encontra, isto é, avalia as situações em que a aproximação de onda girante deixa de ser válida e mostra, através da análise de algumas propriedades do sistema, as diferenças devidas à escolha do modelo. Levamos também em conta a dissipação do sistema, e para isso analisamos dois modelos distintos: um fenomenológico, onde a equação mestra é deduzida adicionando-se os decaimentos do átomo e do campo independentemente da interação entre eles, e outro microscópico, onde a equação mestra é deduzida considerando-se a interação entre o átomo e o campo. Investigamos, então, o que acontece quando se tem dois átomos interagindo com o mesmo campo na cavidade, analisando, por exemplo, a geração "espontânea" de correlações entre os átomos mediada pelo campo, isto é, assumindo que todos os subsis- temas (átomo e campo) estão inicialmente no seus estados fundamentais, nós estudamos a dinâmica das correlações geradas entre os átomos. Para quantificar essas correlações utilizamos medidas de discórdia quântica e emaranhamento de formação.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-27Bitstream added on 2014-06-13T20:47:57Z : No. of bitstreams: 1 mega_eaf_me_ilha.pdf: 5562341 bytes, checksum: b4568a8bd3a6a082c99afbb870a6bc28 (MD5) / Neste trabalho, um estudo experimental do escoamento em cavidades abertas, para diferentes razões de aspecto e números de Reynolds, foi realizado. Para a condução da campanha de ensaios, um canal de superfície livre em circuito fechado foi projetado e construído. Testes de qualificação foram conduzidos, com o propósito de verificar as características vibratórias do aparato e a qualidade do escoamento na seção de testes. A partir dos dados coletados nessa etapa, modificações foram introduzidas no projeto, melhorando significativamente as condições de funcionamento do dispositivo. Em seguida, os ensaios das cavidades abertas, propriamente ditos, foram executados. Para a determinação qualitativa dos padrões de escoamento encontrados em cavidades rasas e profundas, visualizações de escoamento foram realizadas, utilizando-se, como traçadores, corante líquido e partículas sólidas em suspensão. Com uma iluminação adequada, as duas técnicas foram capazes de fornecer elementos importantes para a identificação topológica deste tipo de escoamento. Além disso, medições de velocidade local e instantânea foram realizadas, dentro e fora das cavidades, com o auxílio de uma sonda ADV (acoustic Doppler velocimetry). Os resultados obtidos foram analisados fisicamente e comparados com dados experimentais e numéricos da literatura, apresentando excelente concordância / In this work, an experimental study of the flow inside open cavities, for different aspect ratios and Reynolds numbers, was performed. To carry out the experimental runs, a closed-circuit free-surface water channel has been designed and built. Qualification tests have been conducted to verify the vibrating characteristics of the device and the quality of the flow in the test section. From the data collected in this stage, constructive changes have been proposed and executed in the apparatus, improving significantly its operational conditions. Soon after the open cavities tests have been performed. For qualitative determination of the fluid motion inside deep and shallow cavities, flow visualizations techniques have been implemented using as tracers liquid dye and solid micro-particles in suspension. With the help of an adequate illumination system, both techniques were able to provide important information about the topological structure of the flow. Measurements of local instantaneous speed have also been performed within and outside the cavities by means of an ADV probe (acoustic Doppler velocimetry). The results have been physically analyzed and compared with available experimental and numerical data. An excellent agreement has been reached

Submitted by Leonardo Cavalcante (leo.ocavalcante@gmail.com) on 2018-05-07T15:58:13Z No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 3094040 bytes, checksum: a87167e5afd20391a015f8b70a02bcd3 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-07T15:58:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 3094040 bytes, checksum: a87167e5afd20391a015f8b70a02bcd3 (MD5) Previous issue date: 2017-08-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / research refers to the study of natural cavities in the geological-geomorphological context in the State of Paraíba. This work addressed nine natural cavities (the most representative) distributed in four municipalities of the state that developed in differentiated lithologies, such as: sandstone, limestone and granite. These cavities are distributed in the respective municipalities: two in the municipality of João Pessoa (Caverna da Onça and Caverna do Marés); two in the municipality of Santa Rita (Caverna do Índio and Gruta do Lobo guará); one of municipality of Alhandra (Gruta do Wilson) and four in the municipality of Araruna More precisely in the Parque Estadual da Pedra da Boca - PEPB (Pedra da Boca, Pedra da Caveira, Pedra da Santa and Furna do Caçador). These nine natural cavities constitute the most representative morphological expressions of the genus existing in the state of Paraíba. The main objective of this research is to study the different types of natural cavities on the Coastal and Eastern Agreste paraibano. The methodology employed in this work was envolved in bibliographical surveys regarding the natural cavities in the regional and local context of the researched areas. Several field researches were carried out with the objective of making an external and internal characterization of the cavities, giving data tabulation and thematic mapping of the interior of the cavities using Survex software. It was verified through the prospecting and mapping that the cavities mentioned in this research are in full transformation stage, caused by the dissolution, mechanical action of the water (piping) and the blocking of blocks in steep slopes. It can be verified for the first time, a study of natural cavity of carbonate lithology in the State of Paraíba, called the Gruta do Wilson. During the research it is noticed that all the cavities have a cultural value for the region where it is inserted, where some of them attract a significant number of tourists with the purpose of practicing leisure and adventure sports. / Esta pesquisa refere-se ao estudo sobre cavidades naturais no âmbito geológico-geomorfológico no Estado da Paraíba. Este trabalho abordou nove cavidades naturais (as mais representativas) distribuídas em quatro municípios do estado que se desenvolveram em litologias diferenciadas, como: arenito, calcário e granito. Essas cavidades estão distribuídas nos respectivos municípios: duas no municipio de João Pessoa (Caverna da Onça e Caverna do Marés); duas no município de Santa Rita (Caverna do Índio, Gruta do Lobo guará); um no municipio de Alhandra (Gruta do Wilson) e quatro no municipio de Araruna, mais precisamente no Parque Estadual da Pedra da Boca - PEPB (Pedra da Boca, Pedra da Caveira, Pedra da Santa e Furna do Caçador). Essas nove cavidades naturais constituem as mais representativas expressões morfológicas do gênero existente no estado da Paraíba. O objetivo principal desta pesquisa é estudar os diversos tipos de cavidades naturais existentes no Litoral e porção oriental do Agreste paraibano. A metodologia empregada nesse trabalho envolveu-se em levantamentos bibliográficos o que diz respeito às cavidades naturais no contexto regional e local das áreas pesquisadas. Foram elaboradas diversas pesquisas de campo com o objetivo de fazer uma caracterização externa e interna das cavidades originando a tabulação de dados e confecção de mapas temáticos do interior das cavidades usando o software Survex. Constatou-se através das prospecções e mapeamentos, que as cavidades citadas nesta pesquisa, estão em pleno estágio de transformação, acarretadas pela dissolução, ação mecânica da água (piping) e pelo caimento de blocos em vertentes íngremes. Pode-se constatar pela primeira vez, um estudo de cavidade natural de litologia carbonática no Estado da Paraíba, denominada de Gruta do Wilson. Durante a pesquisa percebe-se que todas as cavidades possuem um valor cultural para a região onde está inserida, onde algumas delas atraem um numero significativo de turistas com o objetivo de praticar lazer e esportes de aventura. Palavras-chave: Cavidades naturais. Geomorfologia e Ambiente Subterrâneo.

Orientador: Valfrido Antonio Pereira Filho / Banca: Marisa Aparecida Cabrini gabrielli / Banca: Eduardo Sanches Gonçales / Resumo: O objetivo desta pesquisa foi avaliar as alterações volumétricas da cavidade nasal de pacientes diagnosticados com deficiência transversa de maxila submetidos à expansão rápida de maxila assistida cirurgicamente. Foram avaliadas tomografias computadorizadas de feixe cônico de 28 pacientes adultos (17 mulheres e 11 homens), em três períodos distintos, a saber: período pré-operatório imediato (T1), pós-operatório ao final da expansão (T2) e 6 meses após do término da expansão (T3), no qual as imagens, em formato DICOM, foram importadas e reconstruídas por meio do software On Demand 3D, que permitiu a reconstrução multiplanar da região de interesse de maneira padronizada. Para cada imagem do corte gerado, dois examinadores treinados delimitaram manualmente o espaço aéreo nasal, utilizando o software ImageJ. Com base no principio de Cavalieri, a soma de todas as áreas medidas em cada paciente/período foi utilizada para gerar o volume da estrutura avaliada, em milímetros cúbicos. Os dados obtidos foram verificados pelo teste ANOVA e teste de Tukey, com nível de significância de 5%. Concluiu-se que as expansões maxilares cirurgicamente assistida em adultos não promoveram alterações de volume da cavidade nasal. / Abstract: The objective of this study was to evaluate the volumetric changes of the nasal cavity in patients with transverse maxillary deficiency after surgically assisted rapid maxillary expansion. Cone beam tomographic images of 28 adult patients (17 women and 11 men) were evaluated. They were obtained after three different time periods: immediate preoperative period (T1), postoperative after completion of expansion (T2) and 6 months after expansion (T3). The DICOM images were imported and reconstructed through the On Demand 3D software, which allowed standardized multiplanar reconstruction of the interest region. For each image two examiners manually delimited the nasal air space, using the Image J software. Based on the Cavalieri principle, the summation of all measured areas in each patient/period was used to calculate of the volume in cubic millimeters. The data were analysed by the ANOVA and Tukey tests at 5% significance level. It was concluded that surgically assisted maxillary expansion in adults did not promote volume changes of the nasal cavity. / Mestre

Orientador: Roberto Calderon Gonçalves / Resumo: A Mannheimia haemolytica A1 é o agente etiológico da Mannheimiose Pneumônica Bovina (MPB), uma doença de grande importância econômica. Um modelo experimental de MPB foi utilizado com o objetivo de avaliar os sinais clínicos, as alterações hematológicas e as espécies bacterianas das cavidades nasais e nasofaringeanas de bezerros com MPB, em diferentes momentos do curso da doença. Um total de 28 bezerros foi divido em sete lotes e os bezerros de cada lote foram distribuídos aleatoriamente em cada um dos quatro grupos. Cada grupo foi avaliado em um momento do curso da MPB: grupo I às 12, grupo II às 24, grupo III às 48 e grupo IV às 72 horas após a inoculação. Após incubação por cinco horas, a 37ºC e sob rotação de 150 ciclos/min, os inóculos da cepa D153 de M. haemolytica A1, com concentrações variando entre 1,5 x 10 8 a 8,20 x 10 9 UFCs (Unidades Formadoras de Colônias), foram infundidos na região da carina em todos os bezerros de cada lote, por via transtraqueal, enquanto eram mantidos em decúbito lateral direito. As respostas dos bezerros de cada grupo, I a IV, à M. haemolytica A1 foram caracterizadas por: hipertermia e taquicardia, com a temperatura corporal e a freqüência cardíaca tendendo a ser mais baixa nos grupos I a III e alcançando valores mais elevados no grupo IV. A freqüência respiratória aumentou em todos os grupos após a inoculação, com os valores dos grupos III e IV tendendo a ser mais elevados. Os sinais clínicos qualitativos da MPB que indicaram alterações da condição física geral, do sistema cardiovascular e alterações oculares tenderam a melhorar à medida que a doença progrediu, quando os quatro grupos foram comparados. Adicionalmente, a freqüência da secreção nasal mucosa e a intensidade da secreção nasal muco-purulenta tenderam a aumentar, concomitantemente com o aumento da... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo). / Abstract: Mannheimia haemolytica A1 is the etiologic agent of Bovine Pneumonic Mannheimiosis (BPM), a disease of great economic importance. An experimental model of BPM was utilized with the objective of evaluating the clinical signs, hematologic changes and the bacterial species of the nasal and nasopharynx cavities of calves with BPM at different moments of the course of the disease. A total of 28 calves were divided in seven blocks, and the calves of each block were randomized to take part in one of four groups. Each group was evaluated at one moment of the course of BPM: group I at 12, II at 24, III at 48 and IV at 72 hours after inoculation. After incubation for 5 hours at 37ºC and under rotation of 150 cycles/min, the inoculums of the D153 strain of M. haemolytica A1, with concentrations varying between 1,5 x 10 8 a 8,20 x 10 9 CFU (Colonies Forming Unit), were infused at the karin region in all calves of each block, through transtraqueal route, while the calves were in right side lying. The reaction of the calves of each group (I to IV) to M. haemolytica A1 was characterized by: hipertermia and tachycardia, with body temperature and heart rate tending to be lower in groups I to III and reaching higher values in group IV. Respiratory rate increased in all groups after inoculation, with the values of groups III and IV tending to be higher. BPM qualitative clinical signs which indicated alterations of general physical condition, alterations of the cardiovascular system and ocular changes tended to improve along the progression of the disease when the four groups were compared. Additionally, the frequency of the mucous nasal... (Complete abstract, click electronic address below). / Doutor

A identificação e caracterização geométrica e físico-química de espaços vazios na estrutura tridimensional de proteínas é capaz de agregar informações importantes para guiar o desenho racional de drogas e a caracterização funcional de sítios de ligação e sítios catalíticos. Dessa forma, algumas ferramentas computacionais foram desenvolvidas nas últimas duas décadas, visando efetuar essas caracterizações. Contudo, as ferramentas existentes lidam com uma série de limitações, dais quais merecem destaque a falta de precisão, falta de capacidade de integração em protocolos de larga escala, falta de capacidade de customização e a falta de uma caracterização eletrostática . Tendo em mente estas limitações, desenvolvemos uma nova ferramenta, denominada KV-Finder, com o objetivo de estender as funcionalidades dos programas existentes, fornecendo assim uma caracterização sistemática mais eficiente e mais informativa dos espaços vazios da estrutura tridimensional de proteínas. Através de uma modelagem matricial baseada em um direcionamento realizado pelo usuário, nossa ferramenta identifica e caracteriza espaços vazios em topologias proteicas. O utilitário é capaz de quantificar o volume, a forma, a extensão de sua superfície, os resíduos proteicos que interagem com os espaços vazios e um mapa de cargas parciais da superfície encontrada. Nossa rotina foi integrada com ferramentas gráficas de modelagem molecular, fornecendo uma interação fácil e eficiente com o usuário. A validação de nosso algoritmo foi realizada em um conjunto de proteínas cujos diversos tipos de espaços vazios englobam os mais variados sítios de ligação e sítios catalíticos. O cálculo do volume de cavidades enzimáticas foi efetuado em larga escala, acompanhando a evolução do tamanho de bolsões na superfamília ALDH. Com relação aos outros softwares existentes, nossa ferramenta apresenta uma série de vantagens das quais merecem destaque menor tempo de execução, maior precisão, maior acessibilidade e facilidade de integração com outros programas, além das características únicas de permitir que a busca ocorra em regiões específicas dentro da proteína e de realizar um mapeamento parcial de cargas da superfície encontrada. / The identification and characterization of geometrical and physical-chemical properties in protein vacant spaces aggregates important information for steering rational drug designing and functional characterization of binding and catalytic sites. Therefore, several softwares have been develop during the past two decades in order to perform such characterization. Nevertheless, the existing tools still present a series of limitations such as lack of precision, lack of integrability in large scale protocols, lack of customization capacity and the lack of a proper electrostatic depiction. We developed a new software, dubbed KV-Finder, in order to complement and extend the functionality of existing softwares, providing a systematic and more descriptive portrayal of protein vacant spaces. By employing a user-driven matrix modeling, our tool identifies and characterizes empty spaces in all sorts of protein topologies. The software quantifies the volume, the area and the shape of the surface, the residues that interact with the vacant spaces and a partial charge map of the computed surface. Our routine was integrated with a graphical molecular modeling software, providing the user with a simple and easy-to-use interface. KV-Finder has been validated with a distinct set of proteins and binding sites. The volume computation was carried in large scale, accompanying the evolution of the pocket volume in the ALDH superfamily. Compared with existing software, KV-Finder presents greater precision, greater accessibility and ease of integration in large scale protocols and visualization softwares. Also, the software possesses unique and innovative features such as the ability to segment and subsegment the empty spaces, a electrostatic depiction and a ligand interaction highlight feature.

Orientador: Jose Antonio Roversi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-09T22:35:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Meneguele_HugoLeonardodeOliveira_M.pdf: 4373941 bytes, checksum: 4efca6ce7c6517706ffe61c248036b0c (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Neste trabalho, estudamos o emaranhamento quântico entre dois átomos, que surge quando ambos interagem com o mesmo campo em uma cavidade. A interação é descrita pelo Modelo de Jaynes-Cummings para processos de 1 e 2 f ótons, sendo analisadas as diferenças na dinâmica de emaran-hamento devidas aos processos distintos. A cavidade é preparada em estados comprimidos de 1 e 2 modos, sendo analisada a influência da compressão inicial no emaranhamento atômico obtido, em termos do máximo emaranhamento possível para cada situação, bem como a robustez e persistência do emaranhamento gerado em relação à compressão. Encontramos que a compressão de um modo é, de modo geral, danosa ao emaranhamento, embora também provoque um efeito de deslocamento nos instantes de interção que gera ganhos para instantes de baixo emaranhamento. Processos de 2 f ótons em campos comprimidos de 1 modo fazem com que o emaranhamento se torne mais robusto, sendo mais persistente contra os efeitos redutores da compressão. Para campos comprimidos de 2 modos, a compressão aumenta o emaranhamento entre os modos da cavidade e reduz entre os átomos; estes dois efeitos concorrentes podem ser combinados de forma a gerarem um ganho de emaranhamento atômico para tempos de interação específicos / Abstract: In this work, we studied the quantum entanglement between two atoms, arising from their interactions with the same cavity field. This interaction follows the Jaynes-Cummings Model for 1 and 2 photons processes, being analized the differences in entanglement dynamics due to distinct processes. The cavity is prepared in 1-and 2-modes squeezed states, being analized the initial squeezing¿s influence in the obtained atomic entanglement, in terms of the highest possible entanglement for each situation, as well as the robustness and persistence of the generated entanglement in relation to squeezing. We found that 1 mode squeezing is, generally speaking, harmful to entanglement, although it also causes a displacement effect in the interaction times, which in turn generates gain for low-entanglement moments. 2-photons processes in 1- mode squeezed fields makes more robust entanglement, which is more persistent against reductive effects by squeezing. For 2- modes squeezed fields, squeezing enhances entanglement between the cavity modes and reduces entanglement between atoms; these two competing effects can be combined as to generate a gain in atomic entanglement for specific interaction times / Mestrado / Física / Mestre em Física