<p>Invasive Candida infection is an increasing cause of morbidity and mortality in the immunocompromised patient. Molecular diagnosis based on genomic amplification methods, such as real time PCR, has been reported as an alternative to conventional culture for early detection of invasive candidiasis. The template DNA extraction step has been the major limitation in most reported nucleic acid based assays, due to problems in breaking fungal cell walls and incomplete purification in PCR inhibitor substances.</p><p>The aim of this study was to compare enzymatic cell wall disruption using recombinant lyticase with mechanical disruption using glass beads. The QIAamp tissue kit was compared with two automated DNA extraction robots, the BioRobot M48 and NucliSens easyMAG, to determine their sensitivity, reliability and duration for DNA release of C. albicans. Mechanical cell wall disruption shortened and facilitated the extraction procedure, but the quantity of released DNA was significantly lower than when enzymatic cell wall disruption was used. Use of robots did not significantly shorten the DNA extraction time, compared with manual DNA extraction. However the NucliSens easyMAG resulted in a higher yield of target DNA compared to the BioRobot M48 and the manual QIAamp tissue kit.</p> / <p>Invasiva svampinfektioner är ett stort problem hos patienter med dåligt immunförsvar. Förekomst av invasiva svampinfektioner har ökat under senare år och medför hög dödlighet. En svampinfektion som inte snabbt diagnostiseras och behandlas kan bli livshotande om patientens kondition är dålig. Candida albicans är den vanligaste orsaken till invasiva svampinfektioner. Med traditionell svampidentifiering kan det ta dagar till veckor att isolera och artbestämma svampen. En snabbare metod att detektera Candida är att använda sig av molekylärbiologiska metoder som påvisar svampens arvsmassa, DNA. Svampar har en cellvägg som är svår att bryta ner och därför är DNA extraktionssteget ett av de mest rapporterade problemen vid DNA svampdiagnostik.</p><p>Syftet med denna studie var att jämföra enzymatisk och mekanisk cellväggsnedbrytning av C. albicans med hjälp av enzymet lyticase respektive glaskulor. Vi jämförde också en manuell metod med två automatiska robotar för att bestämma deras känslighet, tillförlitlighet och tidsåtgång för DNA-extraktion från C. albicans. De slutsatser som nåtts är att den enzymatiska cellväggsnedbrytningen var känsligare men betydligt mer tidskrävande än den mekaniska cellväggsnedbrytningen. Denna studie visade även att en av de automatiska systemen extraherade signifikant mer DNA än den manuella metoden.</p>

Invasive Candida infection is an increasing cause of morbidity and mortality in the immunocompromised patient. Molecular diagnosis based on genomic amplification methods, such as real time PCR, has been reported as an alternative to conventional culture for early detection of invasive candidiasis. The template DNA extraction step has been the major limitation in most reported nucleic acid based assays, due to problems in breaking fungal cell walls and incomplete purification in PCR inhibitor substances. The aim of this study was to compare enzymatic cell wall disruption using recombinant lyticase with mechanical disruption using glass beads. The QIAamp tissue kit was compared with two automated DNA extraction robots, the BioRobot M48 and NucliSens easyMAG, to determine their sensitivity, reliability and duration for DNA release of C. albicans. Mechanical cell wall disruption shortened and facilitated the extraction procedure, but the quantity of released DNA was significantly lower than when enzymatic cell wall disruption was used. Use of robots did not significantly shorten the DNA extraction time, compared with manual DNA extraction. However the NucliSens easyMAG resulted in a higher yield of target DNA compared to the BioRobot M48 and the manual QIAamp tissue kit. / Invasiva svampinfektioner är ett stort problem hos patienter med dåligt immunförsvar. Förekomst av invasiva svampinfektioner har ökat under senare år och medför hög dödlighet. En svampinfektion som inte snabbt diagnostiseras och behandlas kan bli livshotande om patientens kondition är dålig. Candida albicans är den vanligaste orsaken till invasiva svampinfektioner. Med traditionell svampidentifiering kan det ta dagar till veckor att isolera och artbestämma svampen. En snabbare metod att detektera Candida är att använda sig av molekylärbiologiska metoder som påvisar svampens arvsmassa, DNA. Svampar har en cellvägg som är svår att bryta ner och därför är DNA extraktionssteget ett av de mest rapporterade problemen vid DNA svampdiagnostik. Syftet med denna studie var att jämföra enzymatisk och mekanisk cellväggsnedbrytning av C. albicans med hjälp av enzymet lyticase respektive glaskulor. Vi jämförde också en manuell metod med två automatiska robotar för att bestämma deras känslighet, tillförlitlighet och tidsåtgång för DNA-extraktion från C. albicans. De slutsatser som nåtts är att den enzymatiska cellväggsnedbrytningen var känsligare men betydligt mer tidskrävande än den mekaniska cellväggsnedbrytningen. Denna studie visade även att en av de automatiska systemen extraherade signifikant mer DNA än den manuella metoden.