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Thermophilic proteins : stability and function / Les protéines thermophiles : stabilité et fonction

Katava, Marina 14 October 2016 (has links)
La température est un paramètre crucial dans le fonctionnement du monde vivant, notamment de la machinerie moléculaire (les protéines) dont la stabilité et l’activité en dépendent sensiblement. Celles-ci sont souvent considérées comme étant équivalentes : si une protéine fonctionne, c’est qu’elle est stable, et vice-versa. Cependant, les protéines des organismes thermophiles, qui prolifèrent dans de températures élevées, sont stables à température ambiante, mais y présentent une faible activité. Cette dernière est optimale à la température de croissance de l’organisme hôte. Lorsqu’on parle de stabilité et d’activité protéique, la rigidité mécanique est souvent utilisée comme paramètre pertinent, offrant une explication simple et attractive à la fois pour la stabilité thermodynamique à haute température et au manque d’activité à des températures plus modérés. La réalité s’avère souvent plus complexe, et les mécanismes moléculaires reliant rigidité/flexibilité avec la stabilité et l’activité sont encore mal compris. Dans ce travail, nous abordons le problème au travers de trois systèmes. Nous avons examiné l’activation thermique des modes fonctionnels du domaine G de la protéine EF ainsi que les homologues mésophiles et thermophiles de la déshydrogénase Lactate/Malate. Par ailleurs, nous avons mis en évidence l’existence d’un paramètre unique (la moyenne des fluctuations atomiques) permettant d’expliquer la dynamique de la protéine lysozyme près de son point de fusion, et ce quelle que soit la nature de l’environnement autour de la protéine (qui décale le point de fusion). Nos conclusions se basent principalement sur une approche in silico où la dynamique moléculaire et des techniques d’échantillonnage améliorées sont utilisées et sont complémentées par des expériences de diffraction de neutrons / Temperature is one of the major factors governing life as demonstrated by the fine tuning of stability and activity of the molecular machinery, proteins in particular. The structural stability and activity of proteins have been often presented as equivalent. However, the thermophilic proteins are stable at ambient condition, but lack activity, the latter recovered only when the temperature increases to match that of the optimal growth condition for the hosting organism. In discussing the protein stability and activity, mechanical rigidity is often used as a relevant parameter, offering a simple and appealing explanation of both the extreme thermodynamic stability and the lack of activity at low temperature. The reality, however, illustrates the complexity of the rigidity/flexibility trade off in ensuring stability and activity through intricate thermodynamic and molecular mechanisms. Here we investigate the problem by studying three study cases. These are used to relate the thermal effects on mechanical properties and the stability and activity of the proteins. For instance, we have probed the thermal activation of functional modes in EF G-domain and Lactate/Malate dehydrogenase mesophilic and thermophilic homologues and verified a “universal” scaling of atomistic fluctuation of the Lysozyme approaching the melting in different environmental conditions. Our conclusions largely rest on an in silico approach, where molecular dynamics and enhanced sampling techniques are utilized, and are often complemented with neutron scattering experiments
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Triste topique : violences postcoloniales entre littérature, journalisme et devoir de mémoire chez Gil Courtemanche et Hans Christoph Buch

Bouchard, Marie-Pierre 02 1900 (has links) (PDF)
La présente recherche porte sur les modalités et les conditions de possibilités entourant la prise de parole des journalistes-écrivains occidentaux lorsque vient le temps, pour eux, d'écrire par le biais du roman l'altérité intrinsèque et anthropologique que constitue l'univers des violences postcoloniales. Partant de la prémisse selon laquelle ne se prononce pas qui veut au sujet de l'Afrique et de la violence, ce mémoire cherche à montrer, dans une perspective qui emprunte à la fois à une certaine tradition d'étude des topiques et à l'analyse du discours, comment deux journalistes-écrivains parviennent à légitimer leur entreprise littéraire. À cet effet, les romans du Québécois Gil Courtemanche, Un dimanche à la piscine de Kigali (2002), et de l'Allemand Hans Christoph Buch, Voyage en Afrique extrême (2000), œuvres à la croisée des genres, forment notre corpus puisqu'ils constituent tous deux le fruit d'une difficile médiation entre les expériences personnelles des journalistes et le vécu des sujets lésés par ces phénomènes de violence extrême. Ces romans nous intéressent également en ce qu'ils composent avec les préjugés et les réalités qui entourent et le journalisme moderne et, ce que nous appelons dans le cadre de ce mémoire, le topique du reporter de guerre. Aussi, dans un jeu de polarité constant entre écriture et imaginaire, nous observons comment, conscients de leur posture d'énonciation problématique, ces deux journalistes-écrivains négocient de manière très différente avec l'altérité marquée des violences postcoloniales et déploient tous deux des stratégies énonciatives opposées afin de rendre légitime leur prise de parole. Très concrètement, le premier chapitre circonscrit les questions et les enjeux qui sous-tendent la posture d'énonciation du journaliste-écrivain. Puis, à partir de l'étude des différents enjeux historiques, structurels, éthiques et mémoriels liés à l'espace discursif relatif à l'Afrique et à la pratique actuelle de la profession journalistique, surtout en tant de guerre, les deuxième et troisième chapitres interrogent les appareils discursifs déployés par les œuvres de notre corpus. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : journaliste-écrivain, violences postcoloniales, stratégies énonciatives, topique, journalisme moderne, devoir de mémoire
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Rational Lanczos-type methods for model order reduction / Méthodes de type Lanczos rationnel pour la réduction de modèles

Barkouki, Houda 22 December 2016 (has links)
La solution numérique des systèmes dynamiques est un moyen efficace pour étudier des phénomènes physiques complexes. Cependant, dans un cadre à grande échelle, la dimension du système rend les calculs infaisables en raison des limites de mémoire et de temps, ainsi que le mauvais conditionnement. La solution de ce problème est la réduction de modèles. Cette thèse porte sur les méthodes de projection pour construire efficacement des modèles d'ordre inférieur à partir des systèmes linéaires dynamiques de grande taille. En particulier, nous nous intéressons à la projection sur la réunion de plusieurs sous-espaces de Krylov standard qui conduit à une classe de modèles d'ordre réduit. Cette méthode est connue par l'interpolation rationnelle. En se basant sur ce cadre théorique qui relie la projection de Krylov à l'interpolation rationnelle, quatre algorithmes de type Lanczos rationnel pour la réduction de modèles sont proposés. Dans un premier temps, nous avons introduit une méthode adaptative de type Lanczos rationnel par block pour réduire l'ordre des systèmes linéaires dynamiques de grande taille, cette méthode est basée sur l'algorithme de Lanczos rationnel par block et une méthode adaptative pour choisir les points d'interpolation. Une généralisation de ce premier algorithme est également donnée, où différentes multiplicités sont considérées pour chaque point d'interpolation. Ensuite, nous avons proposé une autre extension de la méthode du sous-espace de Krylov standard pour les systèmes à plusieurs-entrées plusieurs-sorties, qui est le sous-espace de Krylov global. Nous avons obtenu des équations qui décrivent cette procédure. Finalement, nous avons proposé une méthode de Lanczos étendu par block et nous avons établi de nouvelles propriétés algébriques pour cet algorithme. L'efficacité et la précision de tous les algorithmes proposés, appliqués sur des problèmes de réduction de modèles, sont testées dans plusieurs exemples numériques. / Numerical solution of dynamical systems have been a successful means for studying complex physical phenomena. However, in large-scale setting, the system dimension makes the computations infeasible due to memory and time limitations, and ill-conditioning. The remedy of this problem is model reductions. This dissertations focuses on projection methods to efficiently construct reduced order models for large linear dynamical systems. Especially, we are interesting by projection onto unions of Krylov subspaces which lead to a class of reduced order models known as rational interpolation. Based on this theoretical framework that relate Krylov projection to rational interpolation, four rational Lanczos-type algorithms for model reduction are proposed. At first, an adaptative rational block Lanczos-type method for reducing the order of large scale dynamical systems is introduced, based on a rational block Lanczos algorithm and an adaptive approach for choosing the interpolation points. A generalization of the first algorithm is also given where different multiplicities are consider for each interpolation point. Next, we proposed another extension of the standard Krylov subspace method for Multiple-Input Multiple-Output (MIMO) systems, which is the global Krylov subspace, and we obtained also some equations that describe this process. Finally, an extended block Lanczos method is introduced and new algebraic properties for this algorithm are also given. The accuracy and the efficiency of all proposed algorithms when applied to model order reduction problem are tested by means of different numerical experiments that use a collection of well known benchmark examples.
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Un journalisme d’immersion limité et contraint : étude de la pratique des correspondants français en Chine / A limited and constrained immersion journalism : a study of the practice of French correspondents in China

Sun, Jiangeng 11 December 2015 (has links)
Dans un contexte de « mondialisation », les échanges entre cultures différentes favorisent une meilleure compréhension mutuelle entre les peuples du monde. Les correspondants de presse étrangers constituent des acteurs clés dans ce processus de médiation culturelle transnationale. Leur travail journalistique permet en effet à un public national de mieux connaître la culture dans laquelle ces correspondants sont immergés. Et par là contribuer à la compréhension culturelle entre le pays d’origine des correspondants et leur pays d’accueil. Notre recherche s’intéresse aux pratiques journalistiques des correspondants de presse français en Chine. Cet exemple permet de mettre en lumière des logiques de travail et des dispositifs de contrôle qui contraignent, directement ou indirectement, le travail de production de l’information. Nourries de nos enquêtes de terrain et d’approches théoriques, nos analyses permettent de montrer que les journalistes français présents en Chine constituent un microcosme social, à la fois relativement fermé sur lui-même et isolé de la société chinoise. Il s’agit le plus souvent de journalistes professionnels à la fois très diplômés et très expérimentés. Toutefois, en Chine, ils ne peuvent jamais exercer un « journalisme d’immersion » malgré leur présence sur place sur des durées relativement longues. Leur faible maîtrise du chinois opérationnel empêche une bonne partie des journalistes français de communiquer directement avec des Chinois. Ensuite, les conditions de réalisation de reportages subissent souvent des contraintes liées à la politique chinoise de régulation des journalistes étrangers en Chine. Enfin, leur accès aux sources d’information pèse également de manière décisive sur la production de l’information sur place. / In a context of globalisation, cultural exchanges foster and increase a mutual understanding between peoples and cultures, all around the world. Foreign correspondents are key players in the transnational process of cultural mediation. Indeed, their journalistic work helps a national audience to achieve a better understanding of the culture in which these correspondents are immersed, and thereby contributes to cultural understanding between their home country and the host country. Our research focuses on the journalistic practices of French correspondents in China, and highlights the logics of work and the control devices that influence, directly or indirectly, the production of information and, generally speaking, the journalistic practice of foreign correspondents. Based on our field studies and theoretical approaches, our analysis aims at demonstrating that French journalists in China constitute a social microcosm, relatively closed on itself and isolated from the Chinese society. They are often professionals both highly qualified and very experienced. However, they can never really have recourse to the method of "immersion journalism" despite long periods of presence in China. Lots of French journalists cannot directly communicate with the Chinese population, because of their insufficient knowledge of the everyday language. Then their working conditions often face constraints of the Chinese's regulation policy towards foreign journalists. Finally, their limited access to information sources also has a major impact on the process of information production in China.

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