Orientador: Fábio Porto-Foresti / Resumo: A ictiofauna neotropical é uma das mais ricas do mundo, sendo estimada a ocorrência de 9100 espécies de peixes. Dentre estes, o gênero Astyanax (Characiformes, Characidae) se destaca como um dos mais abundantes em espécies, sendo marcante a presença de cromossomos B neste grupo. Cromossomos B, ou supranumerários, são cromossomos adicionais aos cromossomos padrões do organismo e considerados dispensáveis. A origem destes cromossomos ainda é incerta, sendo os modelos mais aceitos a origem intraespecífica, em que os cromossomos B se originam dos próprios cromossomos da espécie e a origem interespecífica, em que os supranumerários se originariam dos cromossomos de outra espécie próxima através da hibridação. Uma das características que definem os cromossomos B é a sua transmissão que foge dos padrões mendelianos, levando a acumulação ou extinção destes elementos. Em peixes, cromossomos B estão presentes em 113 espécies, sendo a variante presente em Astyanax paranae um dos modelos de estudo para o grupo. Esta variante foi diagnosticada como um isocromossomo de origem intraespecífica, e sequencias presentes neste cromossomo também estão presentes nos cromossomos B de outras espécies do grupo, sugerindo uma origem comum. Entretanto, dados em relação à transmissão deste supranumerário ainda não são conhecidos. Diante disto, o objetivo do presente trabalho foi descrever o padrão de transmissão do cromossomo B presente em A. paranae através de cruzamentos dirigidos. A transmissão de cr... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The neotropical ichthyofauna is one of the richest in the world, estimated in 9100 fish species. In this group, the genus Astyanax (Characiformes, Characidae) is considered one of the most abundant in species, being remarkable the presence of supernumerary or B chromosomes in the group. B chromosomes are additional chromosomes to the standard chromosomes and are considered dispensable. These elements are present in plants, animals and fungi and are generally formed by repetitive DNA sequences and fragments of ribosomal and histone genes. The origin of these chromosomes is still uncertain, and the most accepted model intraspecificrelated, where the B chromosomes arise from the same chromosomes of the species and the intraspecific origin, although the supernumerary ones would originate from the chromosomes of another related species by hybridization. One of the important characteristics of B chromosomes is related with their transmission, which does not follow Mendelian patterns, leading to the accumulation or extinction of these elements. In fish, B chromosomes are present in 113 species, and the variant present in Astyanax paranae is one of the studing models for the group. This variant was diagnosed as an isochromosome of intraspecific origin, and sequences present on this chromosome are also present on the B chromosomes of other related species, suggesting a common origin. However, data regarding the transmission of this supernumerary are still unknown. Therefore, the objec... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by ÉRICA ALVES SERRANO FREITAS null (ericaserrano@ibb.unesp.br) on 2017-01-09T12:02:55Z No. of bitstreams: 1 TESE Érica Alves Serrano.pdf: 10056165 bytes, checksum: a4b250d060ea74b9f61a8fe8636426d0 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-11T18:08:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 freitas_eas_dr_bot.pdf: 10056165 bytes, checksum: a4b250d060ea74b9f61a8fe8636426d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-11T18:08:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 freitas_eas_dr_bot.pdf: 10056165 bytes, checksum: a4b250d060ea74b9f61a8fe8636426d0 (MD5) Previous issue date: 2016-12-07 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cromossomos B são componentes aparentemente dispensáveis encontrados nos genomas de inúmeras espécies, compostos basicamente de sequências repetitivas de DNA. Dentre uma variedade de questões a respeito destes elementos, a busca pelo conhecimento de sua origem tem sido amplamente estudada. Em peixes, a ocorrência destes cromossomos foi relatada em cerca de 60 espécies, incluindo espécies do gênero Characidium, no qual estes elementos aparentam não ter uma origem única. Com o objetivo de investigar a origem e conteúdo molecular dos cromossomos B em Characidium, nós analisamos duas espécies, Characidium gomesi e Characidium alipioi, portadoras de cromossomos B, utilizando a combinação de técnicas citogenéticas moleculares, análises de sequências e sequenciamento massivo. Nossos resultados mostraram que i) em ambas as espécies os Bs tiveram origem intraespecífica, no entanto, em C. alipioi se originaram de forma independente em relação aos Bs de outras duas espécies do gênero, assim, não compartilham os mesmos cromossomos ancestrais; ii) em C. gomesi as duas variantes compartilham DNA repetitivos, sendo cinco distribuídos nos cromossomos A, B e ZW, e um restrito aos cromossomos B e ZW, confirmando a origem dos Bs a partir dos cromossomos sexuais; iii) os supranumerários em C. alipioi provavelmente surgiram a partir do par de cromossomos autossômicos submetacêntrico 19; iv) Bs em C. alipioi se tornaram um cenário propício para acumulação de DNAs repetitivos após seu surgimento; e v) a histona H3 isolada dos cromossomos B e A de C. gomesi apresentou idêntica sequência de aminoácidos, e as taxas de dN/dS foram menores para aquelas provenientes do genoma B, sugerindo a ação de uma seleção positiva e possível transcrição das cópias no supranumerário. Os resultados obtidos reforçam a importância da integralização de abordagens cromossômicas e moleculares para compreender questões relacionadas à biologia evolutiva de cromossomos supranumerários, uma vez que, permitiram ampliar o conhecimento sobre a estrutura, composição e origem dos cromossomos B entre os representantes do gênero Characidium. Tais observações reforçam a proposição deste grupo de peixes como um modelo interessante de estudos sobre a origem e estrutura destes elementos genômicos, bem como das estratégias evolutivas apresentadas pelos cromossomos supranumerários nos peixes. / B chromosomes are apparently dispensable components found in the genomes of many species, mainly composed of repetitive DNA sequences. These elements have been reported in approximately 60 fish species, including the genus Characidium, in which these elements do not appear to have a single origin. In order to investigate the origin and molecular content of B chromosomes in Characidium, we analyzed two species bearing B chromosomes, Characidium gomesi and Characidium alipioi, using a combination of molecular cytogenetic techniques, DNA sequence analysis and massive sequencing. Our results showed that i) the B chromosomes of both species had an intraspecific origin, but from different chromosomes; ii) the two B-variants of C. gomesi share the same repetitive DNA sequences, five distributed on the elements of the A set, and on B and ZW chromosomes, and one restricted to B and ZW chromosomes, reforcing its origin from the sex chromosomes; iii) the supernumerary in C. alipioi probably arose from the chromosomes of the submetacentric pair 19; iv) B chromosomes in C. alipioi became a conducive setting for repetitive DNAs accumulation after its emergence; v) the sequence of H3 histone gene isolated from the chromosomes of the A set and B chromosomes of C. gomesi presented identical aminoacid sequences and the rates of dN/dS were lower for those from the B genome, suggesting the action of a positive selection and possible transcription of the supernumerary copies. The results reveals the importance of multiple approaches of chromosomal and molecular methods to understand issues related to evolutionary biology of supernumerary chromosomes, once allowed to increase knowledge about the structure, composition and origin of B chromosomes in representatives of the genus Characidium. These observations reinforce the proposition of this fish group as an interesting model for studies on the origin and structure of these genomic elements and the evolutionary strategies presented by supernumerary chromosomes in fish. / FAPESP: 2013/02143-3

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1997.pdf: 2852465 bytes, checksum: 7d60628f2417ccd948f0e5c3c2977616 (MD5) Previous issue date: 2008-08-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / Cytogenetics studies in headwaters fishes have contributed significantly to the citotaxonomy and cytossistematic of these organisms. However, little is known about this diversity in the vast majority of river basins, especially among populations of adjacent basin headwaters, as it occurs in the Corumbataí area of environmental protection (Área de Proteção Ambiental APA Corumbataí), São Carlos city, São Paulo state. This way, an attempt was made to perform a comparative karyotypic analysis among the populations of many fishes of the Feijão upstream, tributary of Jacaré-Guaçu river, Tietê basin, and the Pântano upstream, tributary of Mogi-Guaçu basin, associating the cytogenetic data with the evolutionary aspects and the dispersal of the species in the region. Were studied species belongs of five Pisces families: Characidae (Astyanax altiparanae, Astyanax fasciatus, Moenkhausia sanctafilomenae); Curimatidae (Cyphocharax modestus); Prochilodontidae (Prochilodus lineatus); Cichlidae (Geophagus brasiliensis, Cichlasoma facetum); and, Gymnotidae (Gymnotus carapo, Eigenmannia sp.). The Geophagus brasiliensis, Gymnotus carapo and, Astyanax altiparanae species were characterized using basic and molecular cytogenetics tools aiming to verify the similarities and/or the chromosomal changes occurred between allopatric species, while in the others were observed inherent specific problems only in one population. A great similarity of the karyotypic macrostructure was observed between G. brasiliensis and Gymnotus carapo populations in both regions studied. However, in A. altiparanae specie differences were detected in the karyotypic formulae and in the number of 18S ribosomal sites. So, the data obtained to G. brasiliensis and G. carapo indicate that despite they are separated by waters divisors, occurred the maintenance of a very similar karyotypic macrostructure, possibly reflecting a karyotypic stability of this specie. However, in A. altiparanae specie we can observe a certain degree of evolutionary divergence between the analyzed populations, resulted of a flow gene restriction. / Estudos citogenéticos em peixes de rios de cabeceiras têm ontribuído significativamente com a citotaxonomia e citossistemática. Entretanto, pouco se conhece sobre essa diversidade na grande maioria das bacias hidrográficas, principalmente entre populações de cabeceiras de bacias adjacentes, proximamente situadas, como ocorre na área de proteção ambiental (APA) de Corumbataí, São Carlos - SP. Dessa forma, procurou-se realizar uma análise cariotípica comparativa entre populações de diversas espécies de peixes do ribeirão do Feijão, afluente do rio Jacaré-Guaçu, bacia do Médio Tietê, e do ribeirão do Pântano, bacia do rio Mogi-Guaçu, associando os dados citogenéticos com aspectos evolutivos e dispersão de espécies na região. Foram estudadas espécies pertencentes a 5 famílias: Characidae (Astyanax altiparanae, Astyanax fasciatus, Moenkhausia sanctafilomenae); Curimatidae (Cyphocharax modestus); Prochilodontidae (Prochilodus lineatus); Cichlidae (Geophagus brasiliensis, Cichlasoma facetum); e Gymnotidae (Gymnotus carapo, Eigenmannia sp.). As espécies Geophagus brasiliensis, Gymnotus carapo e Astyanax altiparanae foram caracterizadas através de técnicas citogenéticas básicas e moleculares com o objetivo de verificar as semelhanças e/ou possíveis alterações cromossômicas ocorridas entre as espécies que se encontram em alopatria, enquanto em todas as outras foram abordados problemas específicos inerentes a apenas uma população. Foi constatada uma grande similaridade para a macroestrutura cariotípica entre as populações de G. brasiliensis e Gymnotus carapo nas duas regiões estudadas. No entanto, na espécie A. altiparanae diferenças puderam ser detectadas na fórmula cariotípica e no número dos sítios ribossomais 18S encontrados. Dessa forma, os dados obtidos para G. brasiliensis e G. carapo indicam que, apesar destas populações estarem separadas por um divisor de águas, ocorre uma manutenção da macroestrutura cariotípica, possivelmente sendo reflexo da estabilidade cariotípica desta espécie. Já em A. altiparanae pode ser observado um certo grau de divergência evolutiva entre as populações analisadas, resultado da restrição ao fluxo gênico.

Submitted by Iara Maluf Tomazella null (iara_tomazella@hotmail.com) on 2017-01-11T17:32:01Z No. of bitstreams: 1 Tese Iara Tomazella - Exemplar definitivo.pdf: 3067128 bytes, checksum: a31fbf1f6b0cc7e28450ded47033bde6 (MD5) / Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido não contém o certificado de aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-01-12T16:27:03Z (GMT) / Submitted by Iara Maluf Tomazella null (iara_tomazella@hotmail.com) on 2017-01-17T17:22:25Z No. of bitstreams: 1 Tese Iara Tomazella repositório.pdf: 3251616 bytes, checksum: ae9f89d671c6cbd6a55d8e1f7d64acea (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-18T19:17:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tomazella_im_dr_jabo.pdf: 3251616 bytes, checksum: ae9f89d671c6cbd6a55d8e1f7d64acea (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-18T19:17:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tomazella_im_dr_jabo.pdf: 3251616 bytes, checksum: ae9f89d671c6cbd6a55d8e1f7d64acea (MD5) Previous issue date: 2016-12-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Mazama gouazoubira (2n=70; NF=70), popularmente chamado de veado-catingueiro, é conhecido por apresentar fragilidade cromossômica, responsável pela variação cromossômica intraespecífica, caracterizada pela presença de translocações Robertsonianas e cromossomos B. Não existem dados sobre a localização das regiões cromossômicas envolvidas com os rearranjos em M. gouazoubira e com a possível existência de sítios frágeis (SFs) nos pontos em que ocorrem esses rearranjos. Assim, torna-se necessário avaliar o polimorfismo cromossômico apresentado pela espécie e identificar os SFs, investigando sua relação com o polimorfismo. Dos 135 animais analisados, 68 (50,37%) são individuos variantes, 47 animais (69,12%) apresentaram cromossomos B, seis animais (8,82%) são heterozigotos para uma translocação Robertsoniana, um indivíduo (1,47%) é homozigoto para uma translocação Robertsoniana, 14 animais (20,59%) são portadores de cromossomos B e heterozigotos para uma translocação Robertsoniana. Foram identificados sete tipos distintos de translocações (X;16, X;21, 7;21, 8;21, 4;16, 20;26, 14;16), envolvendo nove cromossomos diferentes. As translocações X-autossômicas foram confirmadas pelas técnicas de banda C, coloração Ag-RON, hibridização in situ fluorescente (FISH) com sondas teloméricas e pintura cromossômica com a sonda específica do cromossomo X. Foi observada uma grande variabilidade de cromossomos B entre os indivíduos analisados, sendo esses cromossomos altamente heterogêneos em relação aos padrões de distribuição de heterocromatina, presença e quantidade de rDNA nas regiões organizadores de nucléolos (RON), localização de sequências teloméricas e homologias entre lotes A e B. A afidicolina foi um eficiente indutor de sítios frágeis comuns (SFCs), revelando a ocorrência de SFCs na forma de “gaps” e quebras, tanto cromatídicas como cromossômicas. A técnica de banda G localizou 531 SFCs distribuídos em 18 pares cromossômicos (X, 1, 2, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 18, 21, 22 e 34), sendo que a maioria está localizada em pontos de transição entre as bandas claras e as bandas escuras. As diferentes taxas de SFCs apresentada por cada cromossomo mostrou que alguns pares cromossômicos são mais frágeis do que outros. Dos 18 pares cromossômicos com SFCs, sete estão relacionados com as translocações Robertsonianas observadas no veado-catingueiro e somente um cromossomo envolvido no polimorfismo não possui SFCs. Assim, o polimorfismo cromossômico apresentado pelo M. gouazoubira pode estar relacionado com a fragilidade cromossômica. É necessário aprofundar os estudos para entender qual o impacto desse polimorfismo na população brasileira do veado-catingueiro. / Mazama gouazoubira (2n = 70; FN = 70), popylarly known as brown brocket deer, is known to have chromosomal fragility, which is responsible for intraspecific chromosome variation, characterized by the presence of Robertsonian translocations and B chromosomes. There are no data of the location of the chromosome regions involved in rearrangements of M. gouazoubira and the possible existence of fragile sites (FSs) in points where breaks occur. Thus, it is necessary to evaluate the chromosomal polymorphism presented by this species and to identify the FSs, investigating the relationship between FSs and polymorphism. Were analyzed 135 animals, of which 68 (50.37%) were variant individuals, 47 animals (69.12%) had B chromosomes, six animals (8.82%) were heterozygous for a Robertsonian translocation, one individual (1.47%) was homozygous for a Robertsonian translocation, 14 animals (20.59%) presented both B chromosomes and heterozygotes for a Robertsonian translocation. Were identified seven different types of translocations (X;16, X;21, 4;16, 14;16, 7;21, 20;26, 8;21) involving nine different chromosomes. X-autosomal translocations were confirmed by C-banding, Ag-NOR staining, Fluorescence in situ hybridization (FISH) with telomeric probes and chromosome painting with X chromosome-specific probe. A large variability of B chromosomes was observed among the analyzed individuals. These chromosomes were highly heterogeneous in relation to pattern of heterochromatin distribution, presence and amount of rDNA in nucleolar organizer region (NOR), lozalization of telomeric sequences and homologies between chromosome complements A and B. Aphidicolin was an efficient inducer of common fragile sites (CFSs), showing the occurrence of CFSs in gaps and breaks, both chromatid and chromosomal. The G-banding located 531 CFSs distributed in 18 chromosome pairs (X, 1, 2, 4, 5, 6, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17, 18, 21, 22 and 34). It was found that the most CFSs are localized at the boundaries between the bright bands and dark bands. The different rates of CFSs presented by each chromosome showed that some chromosome pairs are more fragile than others. Of the 18 chromosomes pais with CFSs, seven are related to the Robertsonian translocations observed in brown brocket deer, and only one chromosome involved with polymorphism does not have CFSs. Thus, the chromosomal polymorphism presented by M. gouazoubira may be related to chromosomal fragility. It is necessary to deepen the studies to understand the impact of this polymorphism on the Brazilian population of brown brocket deer. / FAPESP: 2013/06100-7