Technologijos greitai keičiasi, kasdien atsiranda mokslo ir technikos naujovių, kurios daugiau ar mažiau įtakoja mūsų kasdieninį gyvenimą. Skaitmeninės technologijos atnešė daug naujovių ir galima numanyti, kad jų bus dar daugiau. Skaitmenizavimo procesas tęsiasi ir apima dar likusias analogines erdves. Ypatingai šis procesas svarbus komunikacijų srityje Darbe stengtasi išsiaiškinti ir ištirti DVI veikimo principus bei suprojektuoti šios sąsajos modifikaciją, besiremiančia suspaustų vaizdų perdavimo technologija. Darbe susiduriama su vaizdo duomenų formavimo, perdavimo ir atvaizdavimo mechanizmais. Tuo pat panagrinėjant įvairius nestandartinius šio mechanizmo atvejus, kurie galbūt dabar nėra komerciškai efektyvūs, bet galėtų rasti labai specifinį panaudojimą ir būtent jame taptų nepakeičiamai naudingi. Nuspręsta imtis skaitmeninės DVI sąsajos (angl. digital visual interface). Atliekamų funkcijų atskyrimui naudojama blokinė dekompozicija, apžvelgiamos aparatūrinės ir programinės užsibrėžtos sistemos kūrimo priemonės. Kadangi DVI sąsaja jungiamas kompiuteris ir skaitmeninis monitorius paprastai yra vienas nuo kito netoli, nuspręsta pabandyti kaip pavyktų šį atstumą pailginti neapibrėžtai daug, kitaip tariant vaizdą perduoti naudojant įprastą ethernet tipo laidą, duomenų formatą pakeičiant į paketinį - IP (interneto protokolą) bei su kokiomis pagrindinėmis problemomis susiduriama tai darant. Darbe nagrinėjama ir iškeltos funkcijos ar jos dalies perkėlimo į lustą galimybė. / The study tries to clear out how does the digital video data transfer system works. The scope is about DVI interface and similar systems. Also the design of compressed video data transfer mechanisms. The things touched are very different and not even very popular in deed but in some cases they can become a very useful decision for some non standard applications. The study mainly touches digital visual interface – DVI. In case that DVI interface connected computer and monitor must be really near each other it was decided to enlong this distance. In other words – to transfer video data through Ethernet cable and changing and compressing DVI video data format into packets. All study stands for it and tries to clarify the main problems and difficulties doing that.

In this thesis the author defined basic concepts in relation to the identification of mass disaster victims, described the current status of the issue, based on questionnaire survey and personal interviews provided, what is the best method of identification in specific cases and suggested measures to improve the process of identifying victims, that means to identify all victims as soon as possible and in the most considerate way for survivors, performing staff and the general public.

Les introns de groupe II forment une classe d'ARN connus avant tout pour leur activité ribozymique, qui leur permet de catalyser leur propre réaction d'épissage. Sous certaines conditions, ces introns peuvent s'exciser des ARN précurseurs dont ils font partie et assurer la ligation des exons qui les bordent sans l'aide d'aucune protéine. Les introns de groupe II sont généralement excisés sous forme d'un lariat, semblable à celui formé par les introns des prémessagers nucléaires, dont l'épissage est assurée par le spliceosome. De telles similarités dans le mécanisme d'épissage suggèrent que les introns de groupe II et les introns des prémessagers nucléaires pourraient avoir un ancêtre évolutif commun.Malgré leurs séquences très diverses, les introns de groupe II peuvent être définis par une structure secondaire commune, hautement conservée. Celle-ci est formée de six domaines (domaine I à domaine VI ; D1-D6), émergeant d'une roue centrale. L'épissage des introns de groupe II comprend deux étapes, et autant de réactions de transestérification, qui produisent les exons liés et l'intron excisé sous forme lariat. Il est généralement admis que la structure du ribozyme subit des changements conformationnels entre les deux étapes de l'épissage et que le domaine VI est un acteur clé dans ce phénomène. Cependant, malgré l'identification d'un certain nombre d'interactions tertiaires entre domaines, ni la RMN, ni les études faisant appel à des modifications chimiques ne sont parvenues à déterminer l'environnement immédiat, au niveau du site actif du ribozyme, de l'adénosine qui sert de point de branchement de la structure en lariat, ainsi que des nucléotides qui entourent cette adénosine au sein du domaine VI. A l'aide d'analyses phylogénétiques et d'une modélisation moléculaire tridimensionnelle, nous avons identifié plusieurs sections du ribozyme susceptibles de constituer le site de fixation du domaine VI au cours de l'étape de branchement. Des mutations ont été introduites dans ces sites de fixation potentiels et la cinétique de réaction des ARN mutants résultants a été déterminée. Afin de démontrer formellement l'interaction du domaine VI avec le site récepteur le plus probable, une molécule de ribozyme dont la réaction de branchement est assurée par l'addition d'oligonucléotides ADN ou ARN qui positionnent correctement le domaine VI vis-à-vis de son partenaire a été construite. En combinant l'information apportée par différentes expériences de ce type, nous avons pu générer un modèle à résolution atomique du complexe formé par le domaine VI, son site de branchement et le reste de l'intron au moment où l'épissage est initié.

En blodtransfusion kan rädda liv men det kan också avsluta ett liv om fel blodtransfunderas. En oförenlighet mellan mottagaren och blodgivaren kan leda tillimmunisering eller hemolytiska transfusionsreaktioner (HTR) med dödlig utgång. Viktigast att ta hänsyn till är A- och B-antigenen inom AB0-systemet och D-antigenet inom Rh-systemet då dessa kan orsaka stor skada. På grund av en stor variation hos D-antigenet, i form av svagt uttryck eller skadade epitop kan individer med vissa av dessa varianter immuniseras om de erhåller RhD-positiva erytrocyter. För att minska risken för immunisering av mottagaren används därför olika reagenser för att detektera D-antigenet beroende på om individen är mottagare eller blodgivare. Syftet med studien var att utvärdera bestämning av RhD-antigen vidblodgivargruppering i en kolonn innehållande anti-D som påvisar kategori VI genom direktagglutinationsteknik (DA), samt att jämföra med befintlig metod för påvisandet avsvaga och partiella D med indirekt antiglobulintest (IAT). Tanken var att minska antaletmanuella analyser med IAT. Blodgivargruppering utfördes på helblod från 50 nyregistrerade blodgivare i AB0/D gelkort med DA-teknik. De RhD-negativa proverna analyserades med IAT för konfirmering av negativa resultat samt påvisning av RhD-varianter. Resultaten med det nya anti-D reagenset visade något starkare reaktioner än med det nuvarande reagenset. Detta kan antyda att fler skulle kunna bestämmas som RhD-positiva utan att IAT behöver utföras. Studien ger för lite underlag för några konkreta slutsatser. Avslutningsvis föreligger det ett intresse ur patientsäkerhetssynpunkt att utföra en meromfattande studie för att på djupet utvärdera bestämning av RhD-antigen meddirektagglutinationsteknik. / Blood transfusion can save lives, but if incompatible blood is transfused it could lead to immunization or fatal haemolytic transfusion reactions. The ABO and the Rh systems are considered the most clinically relevant systems. There are several variants of RhD antigen and individuals expressing some of these variants can be immunized if they receive RhD positive erythrocytes. Therefore, to reduce the risk of immunization, different reagents are used to detect the D-antigen depending on whether the individual is a recipient or a blood donor. The aim to this study was to evaluate RhD phenotyping in blood donors using a new anti-D reagent that detects partial D category VI with direct agglutination technique and to compare with the current method for detecting weak or partial D. Could the number of manual tests for the D variant with indirect antiglobulin test be reduced? Anticoagulated whole blood from 50 newly registered blood donors were grouped with the AB0/D gel card and D-negative samples was further analyzed with indirect antiglobulin test for confirmation of negative results and detection of RhD variant. Thereactions with the new anti-D showed stronger results than those from current anti-D. The results may indicate that with the new anti-D, more tests could be typed D positive, without indirect antiglobulin test. There is not enough data for proper conclusions,but there is an interest in a more comprehensive study to evaluate the D phenotyping with direct agglutination technique in the aspect of patient safety.

This research study focused on the development and subsequent evaluation of an in-vehicle Active Traffic and Demand Management (ATDM) system deployed on I-66. The ATDM elements inside the vehicle allowed drivers to remain consistently aware of traffic conditions and roadway requirements even if external signage was inaccessible. Forty participants were accompanied by a member of the research team and experienced the following features from the in-vehicle device (IVD): 1) dynamic speed limits, 2) dynamic lane use/shoulder control, 3) High Occupancy Vehicle (HOV) restrictions, and 4) variable message signs (VMS). This system was equipped with auditory and visual alerts to notify the driver when relevant information was updated. The research questions addressed distraction, desirability, and driver behavior associated with the system. Participant data was collected from the instrumented vehicle, various surveys, and researcher observation. Analysis of Variance (ANOVA) and Tukey-Kramer tests were performed to analyze participant eye glance durations towards the IVD and instrument cluster. Wilcoxon signed rank tests were used to draw conclusions from participant speed data and some survey responses. Several key findings were uncovered related to each research category: 1) the IVD would not be classified as a distraction according to NHTSA distraction guidelines, 2) seventy-three percent of participants would want the in-vehicle technology in their next vehicle, and 3) the speed limit alert motivated participants to alter their speed (based on both survey results and actual participant speed data). / Master of Science

Les introns de groupe II forment une classe d’ARN connus avant tout pour leur activité ribozymique, qui leur permet de catalyser leur propre réaction d’épissage. Sous certaines conditions, ces introns peuvent s’exciser des ARN précurseurs dont ils font partie et assurer la ligation des exons qui les bordent sans l’aide d’aucune protéine. Les introns de groupe II sont généralement excisés sous forme d’un lariat, semblable à celui formé par les introns des prémessagers nucléaires, dont l’épissage est assurée par le spliceosome. De telles similarités dans le mécanisme d’épissage suggèrent que les introns de groupe II et les introns des prémessagers nucléaires pourraient avoir un ancêtre évolutif commun.Malgré leurs séquences très diverses, les introns de groupe II peuvent être définis par une structure secondaire commune, hautement conservée. Celle-ci est formée de six domaines (domaine I à domaine VI ; D1-D6), émergeant d’une roue centrale. L’épissage des introns de groupe II comprend deux étapes, et autant de réactions de transestérification, qui produisent les exons liés et l’intron excisé sous forme lariat. Il est généralement admis que la structure du ribozyme subit des changements conformationnels entre les deux étapes de l’épissage et que le domaine VI est un acteur clé dans ce phénomène. Cependant, malgré l’identification d’un certain nombre d’interactions tertiaires entre domaines, ni la RMN, ni les études faisant appel à des modifications chimiques ne sont parvenues à déterminer l’environnement immédiat, au niveau du site actif du ribozyme, de l’adénosine qui sert de point de branchement de la structure en lariat, ainsi que des nucléotides qui entourent cette adénosine au sein du domaine VI. A l’aide d’analyses phylogénétiques et d’une modélisation moléculaire tridimensionnelle, nous avons identifié plusieurs sections du ribozyme susceptibles de constituer le site de fixation du domaine VI au cours de l’étape de branchement. Des mutations ont été introduites dans ces sites de fixation potentiels et la cinétique de réaction des ARN mutants résultants a été déterminée. Afin de démontrer formellement l’interaction du domaine VI avec le site récepteur le plus probable, une molécule de ribozyme dont la réaction de branchement est assurée par l’addition d’oligonucléotides ADN ou ARN qui positionnent correctement le domaine VI vis-à-vis de son partenaire a été construite. En combinant l’information apportée par différentes expériences de ce type, nous avons pu générer un modèle à résolution atomique du complexe formé par le domaine VI, son site de branchement et le reste de l’intron au moment où l’épissage est initié. / Group II introns are a class of RNAs best known for their ribozyme-catalyzed, self-splicing reaction. Under certain conditions, the introns can excise themselves from precursor mRNAs and ligate together their flanking exons, without the aid of proteins. Group II introns generally excise from pre-mRNA as a lariat, like the one formed by spliceosomal introns, similarities in the splicing mechanism suggest that group II introns and nuclear spliceosomal introns may share a common evolutionary ancestor.Despite their very diverse primary sequences, group II introns are defined by a highly conserved secondary structure. This generally consists of six domains (Domain I-Domain VI; D1-D6) radiating from a central wheel. Each of the six intronic domains has a specific role in folding, conformational rearrangements or catalysis. The native conformation of a group II intron is sustained by intra- and interdomain long-range tertiary interactions, which are critical either for folding of the intron to the native state or for its catalytic activity. In brief, Domain V interacts with Domain I to form the minimal catalytic core; Domain VI contains a highly conserved bulged adenosine serving as the branch-point nucleotide. DII and Domain III contribute to RNA folding and catalytic efficiency. Domain IV, which encodes the intron ORF, is dispensable for ribozyme activity.Group II intron splicing proceeds through two step transesterification reactions which yield ligated exons and an excised intron lariat. It is initiated by the 2’-hydroxyl group of the bulged adenosine within Domain 6, which serves as a branch point and attacks the phosphate at the 5’-end of the intron, thus releasing the 5’-exon while forming a lariat structure in the first step. The released 5’-exon, which is bound to the intron through base pairing interactions, is then positioned correctly to attack the 3’-splice site with its free 3’-OH in the second step of splicing. It is generally believed that the structure of a group II ribozyme undergoes conformational rearrangements between first step and second step and domain VI must play a central role in the process. However, despite the identification of several interdomain tertiary interactions, neither NMR nor chemical probing studies have been successful in determining the local surroundings of the branch-point adenosine and neighboring domain VI nucleotides in the ribozyme active site. By using phylogenetic analysis and molecular modelling, we have identified several areas of the molecule which have the potential to constitute the docking site of domain VI. Mutations were introduced in putative binding sites and the resulting, mutant RNAs have been kinetically characterized. This has allowed us to identify a site within the ribozyme that appears to be specifically involved in the branching reaction. In order to further investigate the interaction between that site and domain VI, we set up a system in which the docking of domain VI into its presumed binding site is ensured by the addition of DNA/RNA oligos that position the two RNA elements in an appropriate orientation. By combining the information from such experiments, we have built an atomic-resolution model of the complex formed by domain VI, the branch site and the rest of the intron at the time at which splicing is initiated.