À l'origine chasseurs-cueilleurs semi-nomades, les Pygmées Bakoya vivent aujourd'hui dans des villages en bordure de route où ils cohabitent avec des groupes ethniques non-pygmées (Mwesa, Mahongwe, Kota, Kwele et Bongom). Ce groupe pygmée atypique car sédentaire depuis relativement longtemps et pratiquant désormais une agriculture comparable à celle des agriculteurs non-pygmées auprès desquels ils ont appris à cultiver, offre un cadre intéressant pour l'étude de la dynamique des savoirs naturalistes locaux. L'objet de ma thèse est d'étudier les répercussions que le changement de mode de subsistance des Bakoya a eu sur le corpus de savoir ethnobotanique, en me focalisant sur les plantes utilisées lors d'une activité traditionnelle, la collecte, et sur la principale culture vivrière, le manioc. Pour ce faire, j'ai mené une étude comparative et synchronique parmi les Bakoya d'Imbong et d'Ekata, deux villages contrastés en termes de distance à la ville et montrant aussi des différences socioéconomiques. J'ai analysé de quelle manière les savoirs ethnobotaniques variaient selon l'âge et le sexe parmi les Bakoya des deux villages. Le même protocole de recherche a été mis en place auprès de leurs voisins non-pygmées, permettant ainsi de les comparer aux Bakoya et de voir si les uns et les autres se différencient. La méthodologie employée est une combinaison de méthodes tant qualitatives que quantitatives. D'une part, j'ai réalisé une ethnographie pour décrire les groupes sociaux en présence, leur organisation sociale et leur mode de production. Elle a permis de mettre en lumière les changements sociaux, les transformations économiques de ce groupe : (i) la place importante qu'occupe l'agriculture dans le mode de production koya pour l'autoconsommation mais également pour la vente, (ii) l'abandon d'activités collectives traditionnelles, notamment de chasse, et (iii) des changements dans la nature des relations entre Bakoya et non-Pygmées, les Bakoya étant désormais, selon les cas, moins dépendants des non-Pygmées. D'autre part, j'ai fait appel à des méthodes quantitatives qui ont permis de mettre en lumière de quelle façon les savoirs ethnobotaniques liées aux activités de subsistance sont distribués et transmis. Parmi les résultats obtenus, il apparaît qu'aujourd'hui Bakoya et non-Pygmées partagent les mêmes pratiques agricoles et les mêmes connaissances concernant le manioc. Par contre, il existe des savoirs différenciés concernant les plantes de collecte, les Bakoya étant globalement plus connaisseurs que les non-Pygmées, avec des distinctions plus notables en ce qui concerne la médecine traditionnelle et les arbres employés pour la construction ou la fabrication d'objets utilitaires. Par ailleurs, hommes et femmes, bien qu'ayant des savoirs spécifiques liés aux pratiques qui leur incombent en écho à la division sexuelle du travail, ne sont pas pour autant dépourvus de savoirs liés aux tâches du sexe opposé. Malgré la scolarisation, de façon générale les enfants ont des connaissances importantes concernant les plantes de collecte, mais aussi le manioc. De plus, le changement de mode de subsistance a eu notamment comme conséquence un changement dans le système de valeurs des Bakoya. Dorénavant, après une sédentarisation relativement ancienne et une cohabitation longue avec les non-Pygmées, leurs priorités sont plus tournées vers l'agriculture. Les perceptions liées à la forêt se voient remodelées, en opérant une dichotomie entre le monde du village et celui de la forêt.