A elevada variabilidade genética do HIV tipo 1 e a seleção de mutações de resistência às drogas antirretrovirais tem representado um enorme desafio para o sucesso dos esquemas terapêuticos. Muitos estudos têm demonstrado que há padrões específicos de mutações para cada um dos subtipos de HIV-1. Os padrões do subtipo B são os mais bem definidos em função de sua presença majoritária nas epidemias da Europa e Estados Unidos. Contudo, a prevalência dos subtipos não-B, assim como a das formas recombinantes, tem aumentado significativamente em várias regiões. No Brasil, onde os subtipos B e F, e em alguns estados, também o C, coexistem, a presença de recombinantes BF vem ganhando destaque. Os objetivos deste trabalho foram comparar a região da protease do recombinante BF e do subtipo F puro quanto à possível presença de substituições diferentes, analisar o perfil mutacional e a covariação de mutações associadas ao tratamento e ao uso de inibidores específicos na protease do HIV-1 subtipo F e avaliar a reversão de mutações que já haviam sido selecionadas e a seleção de novas mutações após a troca do esquema terapêutico / The high genetic variability of HIV type 1 and the selection of antiretroviral resistance mutations have represented an enormous challenge to therapeutic schema success. Many studies have demonstrated that there are specific mutations patterns for each of the HIV-1 subtypes. Subtype B mutation profiles are the best studied due to its high presence in Europe and USA epidemics. However, prevalence of non-B subtypes, as well as recombinant forms, has been significantly increasing in many regions. In Brazil, where subtypes B and F, and in some states also C, have been co-circulating, BF recombinants are commonly found. The aims of this work were to compare protease region of BF recombinants to pure subtype F to search for different amino acid substitutions; analyzing mutation profile and co-variation of related-to-treatment mutations; verifying the relationship between the presence of groups of mutations and the use of specific antiretroviral drugs; and evaluating the selection of new mutations after changing therapeutic schema

O estudo foi desenvolvido com o intuito de detectar e caracterizar Cryptosporidium spp. em pacientes de diferentes comunidades brasileiras, atendidos no HC-FMUSP. A amostra utilizada foi de 2.410 amostras fecais, provenientes de exames realizados na Divisão de Laboratório Central do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (DLC-HCFMUSP), no período de 2000 a 2006. A maioria das amostras (96,82%) era oriunda do Estado de São Paulo (DIR 1 a DIR 24), sendo que 56,18% eram do Município de São Paulo (DIR 1). Foi avaliada, também, sua relação com outros enteroparasitos, com dados clínicos e localização geográfica. Todas as amostras fecais foram submetidas a métodos de concentração para pesquisa de enteroparasitos, com resultado positivo de 4,6% e 27,8% para helmintos e protozoários, respectivamente. Oocistos de Cryptosporidium spp. foram detectados, por microscopia óptica após coloração pelo método de Kinyoun em 233 amostras fecais (9,7%), semi quantificados e medidos. A maioria das amostras apresentava pequena quantidade de oocistos. Nos isolados biológicos obtidos foi feito a extração do DNA genômico utilizando 223 amostras fecais preservadas a 20°C negativos, incubadas com solução de lise (Tris-HCl + EDTA + SDS 10% + beta mercaptoetanol + PVP) e proteinase K seguida de extração com fenol-clorofórmio-álcool isoamílico (25:24:1) em tubo Phase Lock Gel light . A amplificação do DNA alvo foi feita com PCR dupla, tendo como marcador genético o gene 18 SSUrRNA. Os produtos da amplificação (amplicons) da PCR - Dupla foram digeridos pelas enzimas de restrição: TaqI e AseI. A PCR dupla confirmou Cryptosporidium em 37,2% (83/223) das amostras fecais analisadas, com sua caracterização em 62,7% (52/83) após a digestão de seus produtos. Foram observados perfis característicos de C. hominis (88,5%), C. parvum (3,8%), Cryptosporidium não parvum não hominis (34,9%) e infecções mistas com C. hominis (27,2%). Os não caracterizados foram considerados Cryptosporidium spp. Cryptosporidium spp. apresentou associações significativas com todos os grupos de riscos avaliados e diarréia. Foi observada correlação estatisticamente significativa entre tamanho dos oocistos detectados na microscopia e os genótipos Cryptosporidium hominis e Cryptosporidium não hominis não parvum. Conclui-se que diferentes genótipos de Cryptosporidium circulam em uma mesma região geográfica, infectando indivíduos tanto imunocompetentes como imunodeprimidos. A maior freqüência de Cryptosporidium hominis indica a rota fecal oral como a mais importante na transmissão desta infecção. Métodos moleculares de genotipagem são essenciais para estudos epidemiológicos deste organismo. / The study was developed with the purpose to detect and characterize Cryptosporidium spp. in patients of different Brazilian communities attended at the HC-FMSUP. Fecal samples from 2,410 individuals were arise from the Central Laboratory Division of the University of São Paulo Medical School Hospital (DLC-HC-FMUSP) searching for enteroparasites, in the period from 2000 to 2006. Most samples (96.82%) were from São Paulo state (DIR 1 to DIR 4) of which 58.18% were from São Paulo city (DIR 1). Their relationship with other enteroparasites, clinical data and geographical localization was also assessed. In the search for enteroparasites, all fecal samples were submitted to concentration methods with a 4.6% and 27.8% positive result for helminths and protozoans, respectively. Cryptosporidium spp. oocysts were detected, semi-quantified and measured in 233 fecal samples (9.7%), using light microscopy after staining by Kinyoun\'s method. Most samples presented few oocysts. In the biologic isolates genomic DNA extraction was performed using 223 fecal samples stored at -20oC, incubated with lysing solution (Tris-HCl + EDTA + 10% SDS + ? mercaptoethanol + PVP) and proteinase K followed by extraction with phenol-chloroform-isoamylic alcohol in a Phase Lock Gel Light tube. Amplification of target DNA was performed with double PCR, with 18 SSUrRNA gene as genetic marker. The double PCR amplification products (amplicons) were digested by TaqI and AseI restriction enzymes. Double PCR confirmed Cryptosporidium in 37.2% (83/223) of the analyzed fecal samples with characterization in 62.7% (52/83) after digestion of its products. Characteristic profiles of C. hominis (88.5%). C. parvum (3.8%), Cryptosporidium non-parvum non-hominis (34.9%) and mixed infection with C. hominis (27.2%) were observed. Those not characterized were considered to be Cryptosporidium spp. Cryptopsoridium hominis presented significant associations with all evaluated risk groups and diarrhea. A statistically significant correlation between size of the oocysts detected by microscopy and the Cryptosporidium hominis and Cryptosporidium non-hominis non-parvum genotypes was observed. It is concluded that different Cryptosporidium genotypes circulate in the same geographical region, infecting both immunocompetent and immunodepressed individuals. The higher frequency of Cryptosporidium hominis indicates the fecal-oral pathway as the most important in the transmission of this infection. Molecular genotyping methods are essential for epidemiological studies on this parasite.

Introdução: Patógenos emergentes são isolados nas vias respiratórias de pacientes com fibrose cística (FC), entre eles a Burkholderia cepacia. Atualmente, é conhecida como um conjunto de nove espécies relacionadas (\"genomovares\"), referidas coletivamente como complexo B. cepacia. A identificação fenotípica do complexo B. cepacia é difícil, e métodos de análise do genoma bacteriano, como a reação em cadeia da polimerase, que exploram diferenças no gene recA, têm mostrado grande eficácia na caracterização dos genomovares. Alguns Centros de tratamento de FC demonstraram infecções cruzadas entre os pacientes e marcadores de virulência foram identificados com freqüência em alguns deles. Métodos baseados em biologia molecular são capazes de realizar a genotipagem das cepas e têm sido utilizados na avaliação epidemiológica. Objetivos: Identificar o genomovar e a presença de marcadores de virulência entre as cepas do complexo Burkholderia cepacia isoladas de pacientes com fibrose cística atendidos no ICr e analisar as cepas do complexo Burkholderia cepacia através de genotipagem pela técnica de RAPD. Métodos: Foram coletadas 672 amostras de escarro e esfregaço de orofaringe de 140 pacientes com fibrose cística (6 meses a 19 anos) atendidos na nossa Unidade nos períodos de set/2000 a abr/2001 e jun/2003 a jun/2004. As amostras foram cultivadas em meios seletivos, incluindo meio para B. cepacia, e a identificação realizada por sistema automatizado (1º período) e por testes fenotípicos clássicos (2º período). Após a extração do DNA, as cepas foram submetidas a uma série de reações de PCR para a determinação dos genomovares (I a VII), utilizando primers direcionados à amplificação de diferentes trechos da seqüência do gene recA, sendo, em seguida, submetidas ao seqüenciamento do DNA deste gene. Os genes de virulência pesquisados foram o cblA (que codifica o pili) e o esmR (marcador de uma cepa epidêmica). A genotipagem foi realizada pela técnica do RAPD, que analisa todo o genoma bacteriano. Resultados: Foram isoladas 41 cepas do complexo B. cepacia, obtidas de 21 pacientes com fibrose cística. O método de PCR identificou o genomovar de 32/41 (78%) das cepas e todos os resultados foram confirmados através do seqüenciamento do DNA. B. cenocepacia foi o genomovar mais prevalente (n = 17), seguido da B. multivorans (n = 12), B. vietnamiensis (n = 2) e B. cepacia (n = 1). As nove cepas não caracterizadas foram submetidas ao seqüenciamento, tendo sido encontradas 5 cepas de B. gladioli, 2 cepas de X. campestris e 2 cepas permaneceram sem identificação. O gene cblA não foi identificado em nenhuma cepa, mas o gene esmR foi encontrado em 2 amostras (pacientes não relacionados). A genotipagem detectou 23 padrões distintos, sem identificar padrões idênticos entre pacientes diferentes. Conclusões: O método de PCR baseado na amplificação do gene recA mostrou ser eficaz para a determinação do genomovar. B. cenocepacia e B. multivorans foram as espécies mais prevalentes entre nossos pacientes. A prevalência de marcadores de virulência foi baixa entre as cepas isoladas. Infecção cruzada pelo complexo B. cepacia não parece ter ocorrido na nossa Unidade durante os períodos estudados. / Introduction: Emerging pathogens are found in the respiratory tract of the cystic fibrosis (CF) patients, including the bacterium Burkholderia cepacia. At the present moment, it is recognized as a group of nine related species (\"genomovars\"), collectively referred as B. cepacia complex. Phenotypical identification of B. cepacia complex is difficult, and molecular based methods such as PCR, exploring differences in recA gene sequence, showed high efficacy for genomovar determination. B. cepacia complex cross infections among CF patients were previously described in some CF treatment Centers, and virulence markers were identified in a high frequency in some of them. Molecular based methods are suitable for strain genotyping and have been used for epidemiological evaluation. Aims: To identify genomovar status and virulence markers among Burkholderia cepacia complex isolates obtained from cystic fibrosis patients attending in the ICr, and to analyze the isolates through genotyping by RAPD. Methods: 672 sputum or oropharyngeal samples were obtained from 140 cystic fibrosis patients (6 months to 19 years) attending our Unit from sep/2000 to apr/2001 and jun/2003 to jun/2004. The samples were cultivated in selective media, including B. cepacia medium, and bacterial identification obtained by automated system (first period) and by classical phenotypic tests (second period). After DNA extraction, B. cepacia complex strains were submitted to sequential PCR reactions targeting recA gene in order to determine genomovar status (I to VII), and after that, submitted to automated DNA sequencing of this gene. Virulence genes screened were cblA (cable pilus) and esmR (epidemic strain marker). Genotyping was performed by whole bacterial genome fingerprinting using RAPD. Results: 41 isolates of B. cepacia complex were obtained from 21 cystic fibrosis patients. The PCR method identified genomovar status of 32/41 (78%) isolates and all results were confirmed by DNA sequencing. B. cenocepacia was the main genomovar (n=17), followed by B. multivorans (n = 12), B. vietnamiensis (n = 2) and B. cepacia (n = 1). The nine isolates uncharacterized were submitted to sequencing and we found 5 isolates as B. gladioli, 2 isolates as X. campestris and 2 isolates remained unidentified. The cblA gene was not identified in all isolates, but esmR gene was found on 2 strains (unrelated patients). Genotyping depicted 23 patterns, without identical patterns among different patients. Conclusions: The PCR method targeting recA gene showed to be a valuable tool for determination of genomovar status. B. cenocepacia and B. multivorans were the most prevalent specie among our patients. The prevalence of virulence markers was low among the isolates. Cross infection by B. cepacia complex does not seem to have occurred in our Unit during the two studied periods.

A Febre Maculosa Brasileira causada por riquétsias do Grupo Febre Maculosa (GFM) e transmitida por carrapatos ocorre principalmente na Região Sudeste, onde óbitos humanos são registrados. No estado do Rio de Janeiro, a letalidade devido à riquetsiose é alta, mas só recentemente investigações epidemiológicas foram realizadas, e indicaram a participação de novas espécies de ectoparasitas na circulação das riquétsias. O objetivo geral do projeto é avaliar riquétsias em ectoparasitos coletados em áreas de casos humanos de Febre Maculosa, suspeitos, compatíveis ou confirmados, em municípios do estado com focos recentemente comunicados. A detecção e análise de genes riquetsiais indicam a presença de Rickettsia bellii, Rickettsia felis e Rickettsia rickettsii, nos vetores Amblyomma cajennense, Amblyomma dubitatum, Boophilus microplus, Ctenocephalides felis e Ctenocephalides canis, sugerindo ampla distribuição geográfica de riquétsias GFM, nas regiões Serrana, Noroeste Fluminense e Médio Paraíba do estado. / Brazilian spotted fever caused by spotted fever group (SFG) rickettsiae and mainly transmitted by ticks occurs in the southeast, where human deaths are recorded. In the state of Rio de Janeiro, lethality due to rickettsial infection is high, but only recently epidemiological investigations were conducted, and indicated the participation of new species of ectoparasites in rickettsiae circulation. The project\'s overall objective is to evaluate rickettsiae in ectoparasites collected in areas of human suspected, confirmed or compatible cases of spotted fever, in cities of the State with the recently reported outbreaks. The detection and analysis of rickettsial genes indicate the presence of Rickettsia bellii, Rickettsia felis and Rickettsia rickettsii in the vectors Amblyomma cajennense, Amblyomma dubitatum, Boophilus microplus, Ctenocephalides felis and Ctenocephalides canis, suggesting broad geographic distribution of SFG rickettsiae in the regions Serrana, Noroeste Fluminense and Médio Paraíba of the State.

O estudo foi desenvolvido com o intuito de detectar e caracterizar Cryptosporidium spp. em pacientes de diferentes comunidades brasileiras, atendidos no HC-FMUSP. A amostra utilizada foi de 2.410 amostras fecais, provenientes de exames realizados na Divisão de Laboratório Central do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (DLC-HCFMUSP), no período de 2000 a 2006. A maioria das amostras (96,82%) era oriunda do Estado de São Paulo (DIR 1 a DIR 24), sendo que 56,18% eram do Município de São Paulo (DIR 1). Foi avaliada, também, sua relação com outros enteroparasitos, com dados clínicos e localização geográfica. Todas as amostras fecais foram submetidas a métodos de concentração para pesquisa de enteroparasitos, com resultado positivo de 4,6% e 27,8% para helmintos e protozoários, respectivamente. Oocistos de Cryptosporidium spp. foram detectados, por microscopia óptica após coloração pelo método de Kinyoun em 233 amostras fecais (9,7%), semi quantificados e medidos. A maioria das amostras apresentava pequena quantidade de oocistos. Nos isolados biológicos obtidos foi feito a extração do DNA genômico utilizando 223 amostras fecais preservadas a 20°C negativos, incubadas com solução de lise (Tris-HCl + EDTA + SDS 10% + beta mercaptoetanol + PVP) e proteinase K seguida de extração com fenol-clorofórmio-álcool isoamílico (25:24:1) em tubo Phase Lock Gel light . A amplificação do DNA alvo foi feita com PCR dupla, tendo como marcador genético o gene 18 SSUrRNA. Os produtos da amplificação (amplicons) da PCR - Dupla foram digeridos pelas enzimas de restrição: TaqI e AseI. A PCR dupla confirmou Cryptosporidium em 37,2% (83/223) das amostras fecais analisadas, com sua caracterização em 62,7% (52/83) após a digestão de seus produtos. Foram observados perfis característicos de C. hominis (88,5%), C. parvum (3,8%), Cryptosporidium não parvum não hominis (34,9%) e infecções mistas com C. hominis (27,2%). Os não caracterizados foram considerados Cryptosporidium spp. Cryptosporidium spp. apresentou associações significativas com todos os grupos de riscos avaliados e diarréia. Foi observada correlação estatisticamente significativa entre tamanho dos oocistos detectados na microscopia e os genótipos Cryptosporidium hominis e Cryptosporidium não hominis não parvum. Conclui-se que diferentes genótipos de Cryptosporidium circulam em uma mesma região geográfica, infectando indivíduos tanto imunocompetentes como imunodeprimidos. A maior freqüência de Cryptosporidium hominis indica a rota fecal oral como a mais importante na transmissão desta infecção. Métodos moleculares de genotipagem são essenciais para estudos epidemiológicos deste organismo. / The study was developed with the purpose to detect and characterize Cryptosporidium spp. in patients of different Brazilian communities attended at the HC-FMSUP. Fecal samples from 2,410 individuals were arise from the Central Laboratory Division of the University of São Paulo Medical School Hospital (DLC-HC-FMUSP) searching for enteroparasites, in the period from 2000 to 2006. Most samples (96.82%) were from São Paulo state (DIR 1 to DIR 4) of which 58.18% were from São Paulo city (DIR 1). Their relationship with other enteroparasites, clinical data and geographical localization was also assessed. In the search for enteroparasites, all fecal samples were submitted to concentration methods with a 4.6% and 27.8% positive result for helminths and protozoans, respectively. Cryptosporidium spp. oocysts were detected, semi-quantified and measured in 233 fecal samples (9.7%), using light microscopy after staining by Kinyoun\'s method. Most samples presented few oocysts. In the biologic isolates genomic DNA extraction was performed using 223 fecal samples stored at -20oC, incubated with lysing solution (Tris-HCl + EDTA + 10% SDS + ? mercaptoethanol + PVP) and proteinase K followed by extraction with phenol-chloroform-isoamylic alcohol in a Phase Lock Gel Light tube. Amplification of target DNA was performed with double PCR, with 18 SSUrRNA gene as genetic marker. The double PCR amplification products (amplicons) were digested by TaqI and AseI restriction enzymes. Double PCR confirmed Cryptosporidium in 37.2% (83/223) of the analyzed fecal samples with characterization in 62.7% (52/83) after digestion of its products. Characteristic profiles of C. hominis (88.5%). C. parvum (3.8%), Cryptosporidium non-parvum non-hominis (34.9%) and mixed infection with C. hominis (27.2%) were observed. Those not characterized were considered to be Cryptosporidium spp. Cryptopsoridium hominis presented significant associations with all evaluated risk groups and diarrhea. A statistically significant correlation between size of the oocysts detected by microscopy and the Cryptosporidium hominis and Cryptosporidium non-hominis non-parvum genotypes was observed. It is concluded that different Cryptosporidium genotypes circulate in the same geographical region, infecting both immunocompetent and immunodepressed individuals. The higher frequency of Cryptosporidium hominis indicates the fecal-oral pathway as the most important in the transmission of this infection. Molecular genotyping methods are essential for epidemiological studies on this parasite.

A elevada variabilidade genética do HIV tipo 1 e a seleção de mutações de resistência às drogas antirretrovirais tem representado um enorme desafio para o sucesso dos esquemas terapêuticos. Muitos estudos têm demonstrado que há padrões específicos de mutações para cada um dos subtipos de HIV-1. Os padrões do subtipo B são os mais bem definidos em função de sua presença majoritária nas epidemias da Europa e Estados Unidos. Contudo, a prevalência dos subtipos não-B, assim como a das formas recombinantes, tem aumentado significativamente em várias regiões. No Brasil, onde os subtipos B e F, e em alguns estados, também o C, coexistem, a presença de recombinantes BF vem ganhando destaque. Os objetivos deste trabalho foram comparar a região da protease do recombinante BF e do subtipo F puro quanto à possível presença de substituições diferentes, analisar o perfil mutacional e a covariação de mutações associadas ao tratamento e ao uso de inibidores específicos na protease do HIV-1 subtipo F e avaliar a reversão de mutações que já haviam sido selecionadas e a seleção de novas mutações após a troca do esquema terapêutico / The high genetic variability of HIV type 1 and the selection of antiretroviral resistance mutations have represented an enormous challenge to therapeutic schema success. Many studies have demonstrated that there are specific mutations patterns for each of the HIV-1 subtypes. Subtype B mutation profiles are the best studied due to its high presence in Europe and USA epidemics. However, prevalence of non-B subtypes, as well as recombinant forms, has been significantly increasing in many regions. In Brazil, where subtypes B and F, and in some states also C, have been co-circulating, BF recombinants are commonly found. The aims of this work were to compare protease region of BF recombinants to pure subtype F to search for different amino acid substitutions; analyzing mutation profile and co-variation of related-to-treatment mutations; verifying the relationship between the presence of groups of mutations and the use of specific antiretroviral drugs; and evaluating the selection of new mutations after changing therapeutic schema

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-08Bitstream added on 2014-06-13T21:05:07Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_lm_dr_jabo.pdf: 458853 bytes, checksum: 0406f864aa66f98b313ad2405eae5c45 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Entre agosto de 2005 e dezembro de 2006, foram obtidas 245 estirpes de Staphylococcus aureus isoladas de amostras de leite de vacas com mastite, de óstios papilares da glândula mamária e de insufladores da ordenhadeira, procedentes de um rebanho bovino produtor de leite tipo B. Com a finalidade de monitorar as estirpes de S. aureus envolvidas em casos de mastite bovina por meio da verificação da relação epidemiológica existente entre as estirpes isoladas, especialmente com vistas aos sítios de localização e vias de transmissão, as estirpes foram submetidas à Eletroforese de Campo Pulsado (PFGE), à amplificação das seqüências codificadoras (sea, seb, sec, sed e tst), por intermédio da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), e suas sensibilidades in vitro a 12 antimicrobianos foram determinadas. Os resultados obtidos revelaram 51 diferentes perfis, sendo que a resistência à penicilina foi a predominante entre as 179 (73,1%) estirpes de S. aureus, quando considerada de forma particular (54,8%) ou em conjunto (29,4%). As 66 (26,9%) estirpes restantes foram sensíveis aos 12 antimicrobianos testados e a vancomicina foi o único princípio ativo que se mostrou eficiente a 100% das estirpes testadas. A PFGE revelou 39 pulsotipos distintos, dos quais 25 (64,1%) encontraram-se distribuídos nas 137 (55,9%) estirpes obtidas do leite. Dentre estas, 92 (67,1%) estirpes apresentaram resistência a um ou mais antimicrobianos e foram agrupadas em 22 (88,0%) pulsotipos distintos. Foi observado, também, por meio da PFGE, que nenhum pulsotipo foi isolado por mais de três colheitas consecutivas e que somente o pulsotipo 29 foi identificado em 5 (31,2%) colheitas... / Two hundred and forty five Staphylococcus aureus strains were isolated between August of 2005 and December of 2006 from samples collected from a type-B milk-producing herd. Samples encompassed milk collected directly from mastitic cows, papillas osteuns of mammary glands, and milking machine cups. Samples were subjected to Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) to monitor for the strains of S. aureus and to determine epidemiologic relationships between the isolated strains, taking into account the different precedence of strains. PFGE was used to monitor the presence of specific coding sequences (i.e., sea, seb, sec, sed, and tst) in the milk samples using polymerase chain reaction (PCR) amplification. Moreover, sensitivity of strains to 12 different antibiotics was determined in vitro. Results revealed the presence of 51 different PFGE profiles of S. aureus in the samples, and highlighted 179 (73.1%) penicillin resistant strains. Nonetheless, the 66 (26.9%) other strains were sensitive to all 12 antibiotics tested, and vancomycin was the only antibiotic effective against all tested strains. PFGE also revealed 39 distinct peaks with 25 of them (64.1%) being present in 137 (55.9%) strains obtained from milk. Of these strains, 92 (67.1%) were resistant to one or more antibiotics, and were further grouped in 22 (88.0%) distinct peaks. Additionally, PFGE revealed the presence of no distinct peaks in samples from three consecutive collection times, and that peak 29 was the only one identified in 5 collection times (31.2%). Importantly, PGFE also indicated that in the periods A and H, which corresponded to 12.5% of the total time points, the isolated strains from one collection day (samples from all 3 sources) all had the peaks 2 and 12, respectively...(Complete abstract, click electronic access below)

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Resumo: A origem racial representa um dos principais determinantes dos riscos de colonização e infecção por Staphylococcus aureus. Há algum tempo, comunidades indígenas têm se mostrado mais propensas em relação a tais riscos, apresentando linhagens de S. aureus com perfis distintos dos quais normalmente se encontram em populações não-nativas. Características peculiares entre diferentes populações, tais como viver em condições de superlotação, assistência em saúde prejudicada e condições precárias de higiene podem ser mais relevantes na patogênese de algumas formas de infecções por S. aureus. Deste modo, os indígenas inegavelmente se enquadram no grupo de risco para o carreamento de microrganismos resistentes, estando suscetíveis tanto à aquisição quanto à disseminação de infecções. O presente estudo objetivou a identificação da prevalência e de fatores de risco para carreamento nasal e oral de S. aureus sensíveis e resistentes à meticilina (Methicilinsensitive Staphylococcus aureus MSSA e Methicilin-resistant Staphylococcus aureus MRSA, respectivamente) em indígenas de comunidades do Norte e Sudeste do Brasil, avaliando a diversidade genética, disseminação, fatores de virulência e resistência antimicrobiana, associados às questões étnicas, demográficas, ambientais e comportamentais. Para tanto, foram coletadas amostras nasais e de orofaringe de 400 indígenas (116 da região sudeste e 284 da região norte) através de swabs estéreis e posteriormente elas foram semeadas em meio de cultura... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: Illicit drug users (IDUs) are recognized as a group at particular risk for staphylococci. In this population the first outbreak of community-associated Staphylococcus aureus (CAMRSA) was described. However, most studies relating S. aureus and MRSA to drug abuse address users of intravenous substances. In Brazil, most dependents are users of inhaled drugs, especially crack. A proportion of these IDUs have multiple passages through recovery clinics. Another institutionalized group still relevant in Brazil are patients with long-term hospitalizations in psychiatric hospitals. In spite of the psychiatric reform and its emphasis on deinstitutionalization, aspects of social vulnerability and abandonment by relatives also determine the residence of patients in psychiatric hospitals. The two groups described above are exposed to different epidemiological pressures and are both at higher risk of invasive staphylococcal disease and in a strategic position for maintenance and dissemination of isolates. The objective of this study was to identify the prevalence and predictors of the carrying of S. aureus and MRSA in IDUs admitted to the Hospital of Reference for Alcohol and Drugs (SARAD) and patients residing in the Psychiatric Hospital Cantídio de Moura Campos, both located in Botucatu , São Paulo State, Brazil. Molecular characterization of MRSA isolates was performed. A total of 220 subjects were enrolled, 138 from the SARAD and 82 from the psychiatric hospital. The prevalences of S. ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Usuários de drogas ilícitas (UDI) são reconhecidos como grupo de especial risco para estafilococcias. Nessa população foi descrito o primeiro surto de Staphylococcus aureus associados à comunidade (CA-MRSA). No entanto, a maior parte dos estudos relacionando S. aureus e MRSA a drogadição aborda usuários de substâncias endovenosas. No Brasil, a maior parte de dependentes é usuário de drogas inalatórias, especialmente o crack. Uma parcela destes dependentes tem múltiplas passagens por clínicas de recuperação. Um outro grupo institucionalizado ainda relevante no Brasil são os pacientes com internações de longa permanência em hospitais psiquiátricos. A despeito da reforma psiquiátrica e sua ênfase na desinstitucionalização, aspectos de vulnerabilidade social e abandono por familiares determinam ainda a residência de pacientes em hospitais psiquiátricos. Os dois grupos descritos acima são expostos a diferentes pressões epidemiológicas e estão tanto em maior risco de doença estafilocóccica invasiva quanto em posição estratégica para manutenção e disseminação de isolados. Este estudo teve por por objetivo identificar a prevalência e fatores preditores do carreamento de S. aureus e MRSA em UDI internados no Serviço Hospitalar de Referência de Álcool e Drogas (SARAD) e pacientes residentes no Hospital Psiquiátrico Cantídio de Moura Campos, ambos localizados em Botucatu, SP. Caracterização molecular de isolados de MRSA foi realizada. Foram estuados 220 sujeitos, 138 do SARAD e 82 do ho... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-07-25T17:26:02Z No. of bitstreams: 1 victor_f_pimentel_ioc_bp_0046_2011.pdf: 6548395 bytes, checksum: afd0212363a49798d97d8d29fe0dc360 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-25T17:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 victor_f_pimentel_ioc_bp_0046_2011.pdf: 6548395 bytes, checksum: afd0212363a49798d97d8d29fe0dc360 (MD5) Previous issue date: 2011 / Universidade de São Paulo. Instituto de Ciências Biomédicas. São Paulo, SP, Brasil / Estudos de epidemiologia molecular do Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV-1) realizados no Rio de Janeiro permitiram identificar predominantemente a cocirculação dos subtipos B, da variante B” do subtipo B, F1 e formas recombinantes 20 BF1. Sendo assim, o objetivo desse estudo era traçar a dinâmica temporal dos subtipos e formas recombinantes de HIV-1 em diferentes categorias de exposição ao risco: heterossexuais (HET), bissexuais (BIS) e usuário de drogas injetáveis (UDI) em dois distintos períodos [(1990-92) e (2006-2010)] da epidemia de Aids no Rio de Janeiro. A casuística deste trabalho era composta por indivíduos HIV-1 soropositivos de dois distintos períodos da epidemia de HIV/AIDS, sendo o primeiro de amostras coletas entre 1990-92 (n=130) e o segundo composto por amostras de pacientes diagnosticados entre 2006-2010 (n=88). A subtipagem das amostras foi realizada através da filogenia pelo método de NJ com correção K2p (MEGA 4.0) e a recombinação avaliada pelo bootscan (Simplot 3.2), análise de pontos e árvore de fragmentos. Para entendermos a dinâmica das assinaturas moleculares do subtipo B no topo da alça v3 e a sua distribuição nas distintas categorias exposição de risco realizamos a análise Bayesiana (MrBayes). A análise filogenética da região da gp120 foi realizada para o primeiro período e evidenciou uma prevalência do subtipo B (90%) seguida pelo subtipo F1 (8%) e BF1 (2%). No segundo período do estudo identificamos a seguinte prevalência: (84%) do subtipo B, (9%) F1, (3.5%) C, (2.3%) BF1 e (1.2%) subtipo A. Em geral, das amostras 95 de HET e BIS caracterizadas como subtipo B no primeiro período, 40% tinham a assinatura GPG, 43% GWG e 17% GXG. Na segunda coorte, o subtipo B foi detectado em 74 amostras sendo: 62% GPG, 23% GWG e 15% GXG. A distribuição das variantes do subtipo B do HIV-1 nos dois períodos foi respectivamente: HET (GPG) [60%-69%], (GWG) [20%-13%] e (GXG) [20%-19%] e BIS (GPG) [25%-57%], (GWG) [61%-31%], (GXG) [14%-12%]. O estudo das redes de transmissão dos subtipo B realizado com as amostras do primeiro do estudo que nos permitiu detectar uma distribuição não aleatória destas segundo a categoria de exposição ao risco e assinaturas do topo do v3. De um subconjunto de 79 amostras de ambas coortes, que foram caracterizadas na região da polimerase, 8% apresentaram um perfil de recombinação, sendo estas caracterizadas majoritariamente como URFs e apenas uma amostra CRF40_BF-like. Nossos achados indicam uma redução na frequência da variante B” ao longo do tempo, e sugere que a introdução da variante B” no Rio de Janeiro estava relacionado ao grupo dos BIS. / Human Immunodeficiency virus (HIV-1) molecular epidemiology studies carried out in Rio de Janeiro, Brazil, have identified the predominance of the co-circulation of subtypes B, B” variant, F1 and BF1 recombinants. Thus, the aim of this study was trace the temporal dynamic of subtypes and recombinants forms of the HIV-1 in different exposure categories: heterosexuals (HET), bisexuals (BIS) and injecting drug users (IDU) in two distinct periods [(1990-1992) and (2006-2010)] of the AIDS epidemic in Rio de Janeiro. The subjects of this study were composed of HIV-1 seropositive individuals from two distinct periods of the HIV/AIDS epidemic. The first samples were collected from 1990-1992 (n = 130) and the second batch of samples from patients diagnosed between 2006-2010 (n = 88). The subtyping of the samples was performed by the method of phylogeny NJ with K2p correction (MEGA 4.0) and the recombination was evaluated by bootscan (Simplot 3.2), point analysis and tree fragments. To understand the dynamics of molecular signatures of subtype B on the motif at the tip of the V3 loop, and its distribution in the different exposure categories, we applied the Bayesian analysis (MrBayes). Phylogenetic analysis of gp120 region was performed for the first period and a prevalence of subtype B (90%)was observed, followed by subtype F1 (8%) and BF1 (2%). In the second period of the study we identified the following prevalence: (84%) subtype B, (9%) F1, (3.5%) C, (2.3%) BF1 and (1.2%) of subtype A. Overall, 95 samples 22 from HET and BIS were characterized as subtype B in the first period, 40% were GPG, 43% GWG and 17% GXG. In the second cohort, subtype B was detected in 74 samples: GPGR (62%), GWGR (23%), and GXGR (15%). The distribution of the HIV-1 subtype B variants in the two periods were, respectively: HET (GPG) [60%-69%], (GWG) [20%-13%] e (GXG) [20%-19%] e BIS (GPG) [25%-57%], (GWG) [61%-31%], (GXG) [14%-12%].The study of subtype B transmission network carried out within the samples from the first period of this study allowed us to detect a non random distribution, such as the category exposure and signatures from the top of v3. From a subset of 79 samples from both cohorts, which were analyzed in the polymerase region, 8% showed a recombination profile and were characterized mostly as URFs, with only one sample characterized as CRF40_BF-like. Our findings indicate a reduction of the frequency for the B” variant over time and suggest that the introduction of the B” variant in Rio Janeiro was possibly related to the BIS group.