A crucial step of the viral life cycle of Kaposi’s Sarcoma Herpesvirus (KSHV) lytic infection is the triggering of a massive RNA decay event termed “Host Shutoff”. Host Shutoff is driven by the viral endonuclease SOX which leads to the destruction of over 70% of the total transcriptome. This process cripples cellular gene expression and allows for viral reprograming of the cell for the purpose of viral replication. Co-evolution has led to the host developing a multitude of antiviral defenses aimed at preserving certain cellular RNAs linked to antiviral responses. One such defense are RNA secondary structures located within the 3’UTR of select host transcripts that protect them from SOX degradation. This structure, known as the SOX Resistant Element or SRE, has previously been isolated to a 200-nucleotide region found within the 3’UTR of the host transcript Interleukin-6. In this thesis, I sought to further define the structure of the IL-6 and other SREs using SHAPE-MaP to generate chemically-probed RNA structural models. Through this work, I demonstrated that the IL-6 SRE confers a form of active resistance to SOX cleavage, and based on structural analyses, likely acts as a scaffold for the recruitment of a protective ribonucleoprotein complex. This research highlights the importance of RNA secondary structures in influencing mRNA fate during viral infection and establishes the groundwork for understanding how these structural features can facilitate escape of cellular transcripts from viral endonucleases.

La croissance du trafic aérien a rendu critique l'opération de la gestion des plateformes aéroportuaires. Celle-ci fait appel à de nombreux acteurs (autorités aéroportuaires, compagnies aériennes, contrôle du trafic aérien, prestataires de services, ...). Le concept d'Airport Collaborative Decision Making (A-CDM) développé depuis une dizaine d'années est basé sur un partage d'informations opérationnelles en temps réel entre les différents acteurs de la plate-forme, permettant de prendre des décisions en commun pour rechercher une utilisation optimale, en toutes conditions, des capacités de l'aéroport. L'objectif principal de cette thèse est de contribuer à l'organisation de la gestion des opérations d'escale dans une plateforme aéroportuaire. Il s'agit de proposer une structure d'organisation de cette opération qui soit compatible avec l'approche A-CDM. La structure proposée introduit un coordinateur des opérations d'escale (GHC) qui joue le rôle d'interface de communication entre les partenaires de l'A-CDM et les différents gestionnaires des opérations d'escale (GHM). Cette structure hiérarchique permet d'une part de partager des informations avec les partenaires de l'A-CDM et d'autre part d'interagir avec les gestionnaires des opérations d'escale (GHM). Les processus de prise de décision basés sur des heuristiques ont été développés à chaque niveau de l'organisation proposée et sont évalués aussi bien dans le cas de conditions nominales que dans le cas de la présence de perturbations majeures

La croissance du trafic aérien a rendu critique l’opération de la gestion des plateformes aéroportuaires. Celle-ci fait appel à de nombreux acteurs (autorités aéroportuaires, compagnies aériennes, contrôle du trafic aérien, prestataires de services, …). Le concept d’Airport Collaborative Decision Making (A-CDM) développé depuis une dizaine d’années est basé sur un partage d’informations opérationnelles en temps réel entre les différents acteurs de la plate-forme, permettant de prendre des décisions en commun pour rechercher une utilisation optimale, en toutes conditions, des capacités de l’aéroport. L’objectif principal de cette thèse est de contribuer à l’organisation de la gestion des opérations d’escale dans une plateforme aéroportuaire. Il s’agit de proposer une structure d’organisation de cette opération qui soit compatible avec l’approche A-CDM. La structure proposée introduit un coordinateur des opérations d’escale (GHC) qui joue le rôle d’interface de communication entre les partenaires de l’A-CDM et les différents gestionnaires des opérations d’escale (GHM). Cette structure hiérarchique permet d’une part de partager des informations avec les partenaires de l’A-CDM et d’autre part d’interagir avec les gestionnaires des opérations d’escale (GHM). Les processus de prise de décision basés sur des heuristiques ont été développés à chaque niveau de l’organisation proposée et sont évalués aussi bien dans le cas de conditions nominales que dans le cas de la présence de perturbations majeures. / The increase of the world air traffic growth of the last decades has generated a permanent challenge for civil aviation authorities, airlines and airports to supply sufficient capacity to provide a safe transportation service with acceptable quality standards. New traffic management practices, such as A-CDM, based on multi-agent and collaborative decision making concepts have been introduced at airports. However, within the turnaround process of aircraft at airports, ground handling management of aircraft has not been developed specifically in the A-CDM approach, even if it has an important role in the fluidity of aircraft operations at airports. The main objective of this thesis dissertation is to contribute to the organisation of the ground handling management at airports. It consists to provide a structure organize the ground handling management compatible with the A -CDM concept. The proposed structure introduces a ground handling coordinator (GHC) which is considered as an interface for communication between the partners of the A -CDM and the different ground handling managers (GHM). This hierarchical structure allows sharing information with partners in the A -CDM on the one side and on the other side, interacting with ground handling managers (GHM). Decision making processes based on heuristics have been developed at each level of the proposed organization and have been also evaluated in the case of nominal conditions and in the case of the presence of major disruptions.

L’expédition maritime peut se diviser en deux phases complémentaires, et dépendantes l’une de l’autre. Sans ordre de primauté on peut observer une période qui voit le navire en mer et une période qui voit le navire à quai. Chacune de ces phases sont tour à tour le précédent et le corollaire de l’autre. Le navire marchand ne saurait naviguer sans faire escale, et ne saurait faire escale sans avoir navigué.Pourtant face à ce qui semble une évidence, la chronologie des faits dans sa réalisation, ne permet pas aisément d’arrêter la fin de la navigation et de faire débuter la période de l’escale. Les règlementations internationales et locales qui régissent le transport maritime influencent l’approche du navire marchand vers le port d’escale, son accueil une fois accosté, et ses activités commerciales. Ces mêmes activités qui seront à leur tour encadrées par un contexte contractuel particulier, le concours d’intervenants, tant publics que privés, qui auront néanmoins le même objectif : que le navire et sa marchandise soient en sécurité une fois à quai.Mais l’escale du navire marchand se trouve être également un théâtre où des évènements parfois inattendus se produisent et viennent bouleverser les opérations prévues, retarder le navire dans ses manœuvres, ou tout simplement l’empêcher de repartir du port.Les différentes phases de l’escale, les règlements, les contrats qui s’y attachent, et ceux qui les exécutent ainsi que tous les évènements, parfois fortuits, qui peuvent se produire durant le séjour du navire marchand dans le port, amènent à nous demander s’il existe une unité dans la notion d’escale du navire marchand / Maritime forwarding can be divided into two complementary phases, and dependent one on the other. Without order of primacy we can observe one period which sees the ship at sea and a period which sees the ship at quay. Each one of these phases are in turn the precedent and the corollary of the other. The trading vessel could not sail without making call, and could not make call without have sailed. However in front of what seems obviousness, the chronology of the facts in its realization, does not easily to permit to determine the end of navigation and to make begin the period of the call. The international and local regulations which govern the maritime transport influence the approach of the trading vessel towards the port of call, its reception once she is accosted, and its commercial activities. These same activities which will be in their turn framed by a particular contractual context, the intervention of some participants, as well public as private, who will have nevertheless the same objective: that the ship and its goods are in safety once at quay. But the stopover of the trading vessel is being also a theatre where sometimes unexpected events occur and come to upset the operations envisaged, to delay the ship in its operations, or quite simply to prevent it from setting out of the port. The various phases of the stopover, the regulations, the contracts which are in relation with, and those which carry out them, as all the events, sometimes fortuitous, which can occur during the stay of the trading vessel in the port, bring to ask to us whether there exists a unit in the concept of stopover of the trading vessel

La libéralisation du marché du transport aérien européen a également conduit à l'ouverture du marché d'assistance en escale aéroportuaire dont le domaine d'activité est très sensible à la pression économique, ce qui peut avoir des conséquences sur la sécurité. Ce nouveau marché d’opérateurs privés se retrouve ainsi avec une multitude de contrats de délégation de pouvoir. Dès lors, l’attribution de la responsabilité des évènements indésirables devient complexe et le coût de la gestion de la sécurité ou de l’insécurité devient très élevé. Dans cette thèse, nous analysons un système fait de réseaux de délégations de pouvoir au travers la contractualisation des transactions de prestations d'assistance, sur ce marché nouvellement libéré. Nous démontrons les causes, les limites et les insuffisances de formes d’organisations regroupées aujourd’hui sous le vocable de « gouvernance », afin de mieux maîtriser cet impératif absolu dans le transport aérien qu’est la sécurité. Nous recherchons également l’explication d’une éventuelle dichotomie entre le coût de la production des services d'assistance en escale et le coût de la sécurité des aéronefs, des passagers, du personnel et de l’infrastructure. Afin d’atteindre une gouvernance améliorée de ce système d’enchevêtrement de contrats, ce travail de recherche apporte un certain éclaircissement, une analyse et ouvre des perspectives opérationnelles à partir de quelques voies de réflexions, tout en conciliant le coût avec le gain engendré par ce dernier système. / The liberalization of the European air transport market has also led to the opening of the airport ground handling market whose field of activity is very sensitive to economic pressure that can have safety impact. This new market of private operators is thus left with a multitude of power-delegated contracts. Therefore, attributing responsibility of adverse events becomes complex and the cost of managing safety very high. In this thesis, we analyze a system of delegations being able to network through contracting of ground handling services transactions, on this newly released market. We demonstrate the causes, the limits and the shortcomings of form of organizations - so called today “governance” - to better control the absolute parameter in the air transport, which is safety. We also look for explanations of a possible dichotomy between the cost of production of ground handling services and the cost of safety of aircrafts, passengers, staff and infrastructures. In order to achieve improved governance of this system, this research provides some clarifications and analysis and opens operational perspectives for an appropriate model of safety while balancing cost of safety with the gain generated by the latter.