Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-06-19T12:57:03Z No. of bitstreams: 2 Dissertação José - INPA 2017_FINAL ok.pdf: 1970335 bytes, checksum: 7477d1e115e768275b1652deafba213e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-19T12:57:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação José - INPA 2017_FINAL ok.pdf: 1970335 bytes, checksum: 7477d1e115e768275b1652deafba213e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Ctenoluciidae has been allocated to the superfamily Erythrinoidea, which also includes the Erythrinidae, Lebiasinidae and Hepsetidae families. Molecular and cytogenetic data are still scarce for most groups in this superfamily, with Erythrinidae being is the best- studied family until now. Inside Ctenoluciidae, the genus Boulengerella comprises five species, which are known as pike-characins. In the present study, four species, B. cuvieri, B. lateristriga, B. lucius and B. maculata, from the Negro and Uatumã rivers, in Amazonas State, Brazil, were analyzed using conventional and molecular cytogenetic procedures. All four species have 2n = 36 chromosomes (14m+16sm+6st and NF=72). The heterochromatic pattern display mainly centromeric and bitelomeric C-positive bands, with some of them being species-specific. The nucleolus organizer region (NOR) is located in the secondary terminal constriction in the long arms of pair 18, in all four species, as confirmed by the mapping of the 18S rRNA. The 5S rRNA sites are located on two chromosome pairs: in the terminal region of the long arms of pair 1 in all four species, and in the centromeric region of pair 10 in B. lateristriga, B. maculata and B. cuvieri and pair 4 in B. lucius. FISH using telomeric probes highlighted the terminal regions of all chromosomes, with a major accumulation in pair 18 in accordance with the NOR location, in addition to interstitial sequences (ITS) in the centromeric region of pair 3 in B. lateristriga, B. maculata and B. cuvieri. No evidence of positive 5S HindIII regions was found in any species. Remarkably, a conspicuous male chromosomal heteromorphism occurs in heterozygous form in pair 18 of the four species, which may be related to a particular XX/XY sex chromosome system in this fish group. / A família Ctenoluciidae tem sido considerada o provável grupo-irmão das famílias Erythrinidae, Lebiasinidae e Hepsetidae. O gênero Boulengerella possui cinco espécies conhecidas como bicudas. No presente estudo quatro espécies: Boulengerella cuvieri, B. lateristriga, B. lucius e B. maculata, coletadas nos rios Negro e Uatumã (Amazonas, Brazil) foram analisadas citogeneticamente por procedimentos convencionais e moleculares. As quatro espécies possuem 2n=36 cromossomos (14m+16sm+6st e NF=72). O padrão heterocromático foi espécie-específico, com bandas C-positivas nas regiões centroméricas e biteloméricas de vários cromossomos, além de alguns blocos intersticiais. A região organizadora do nucléolo (RON) foi localizada na constrição secundaria terminal, nos braços longos do par 18, nas quatro espécies, sendo confirmado pelo mapeamento do DNAr 18S. O DNAr 5S foi localizado em dois pares cromossômicos: na região terminal do braço longo do par 1 nas quatro espécies e na região centromérica do par 10 em B. lateristriga, B. maculata e B. Cuvieri e do par 4 em B. lucius. A sonda telomérica destacou regiões terminais em todos os cromossomos, com um grande acúmulo no par 18, coincidente com a RON, bem como uma sequência intersticial (ITS) na região centromérica do par 3 de B. lateristriga, B. maculata e B. cuvieri. Nenhuma região positiva para 5S HindIII foi evidenciada. É notável um particular heteromorfismo cromossômico do par 18, nos exemplares machos das quatro espécies, onde um dos homólogos é bem maior que o outro, sugerindo um possível sistema de cromossomos sexuais XX/XY.

Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-09-19T17:10:05Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudosCitogeneticosRoedores.pdf: 1299121 bytes, checksum: 842a72cf552b113b74543d5caec53720 (MD5) / Rejected by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br), reason: Aguardar as orientações on 2017-10-10T16:49:19Z (GMT) / Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-10-17T17:46:39Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudosCitogeneticosRoedores.pdf: 1299121 bytes, checksum: 842a72cf552b113b74543d5caec53720 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-11-22T18:41:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudosCitogeneticosRoedores.pdf: 1299121 bytes, checksum: 842a72cf552b113b74543d5caec53720 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-22T18:41:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudosCitogeneticosRoedores.pdf: 1299121 bytes, checksum: 842a72cf552b113b74543d5caec53720 (MD5) Previous issue date: 2011-04-29 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Os roedores representam o grupo de mamíferos viventes mais diversificados e com ampla diversidade de adaptações ecológicas. Os roedores, devido às características populacionais que apresentam, desenvolveram-se como o grupo mais especioso de mamíferos em florestas neotropicais e um dos mais interessantes para estudos da variabilidade genética e de evolução entre os vertebrados. Os roedores do gênero Oecomys compreendem aproximadamente 16 espécies que habitam floresta tropical e subtropical do Centro e do Sul da América. Destas, apenas seis têm ocorrência esperada para a Amazônia Oriental Brasileira. De acordo com a literatura, o gênero Oecomys apresenta uma grande diversidade cariotípica, com o número diplóide variando entre 58 e 86. Neste estudo, espécimes de Oecomys paricola Thomas, 1904 de Belém e da Ilha do Marajó foram estudadas usando analises citogenética, molecular e morfológica. Três cariótipos foram encontrados, dois de Belém (2n=68, NF=72 e 2n=70, NF=76) e um da Ilha do Marajó (2n=70, NF=74). Não foi encontrada diferença molecular e morfológica entre indivíduos dos diferentes citótipos de Belém e da Ilha do Marajó. Espécies da cidade de Belém representam duas espécies crípticas, pois dois cariótipos diferentes estão presentes na ausência de diferenças significativas nas características morfológicas e moleculares. Populações da Ilha do Marajó e Belém representam espécies distintas que foram separadas há algum tempo, e estão em processo de diferenciação morfológica e molecular, como consequência do isolamento reprodutivo a nível geográfico e cromossômico. / The rodents are one of the most diversified groups of living mammals and also have a large range of ecological adaptations. The rodents, because of yours population characteristics, developed as the most specious group of mammals in Neotropical forests and one of the most interesting for studies of genetic variation and evolution among vertebrates. The genus Oecomys (Sigmodontinae) comprises approximately 16 species that inhabit tropical and subtropical forests in Central and South America. Six of these species are expected to occur in eastern Brasilian Amazon. In literature, the genus Oecomys has a large karyotypic variation, where the diploid number ranges from 58 to 86. In this study specimens of Oecomys paricola Thomas, 1904 from Belém and Marajó Island, northern Brazil, were investigated using cytogenetic, molecular and morphological analyses. Three karyotypes were found, two from Belém (2n=68, FN=72 and 2n=70, FN=76) and a third from Marajó Island (2n=70, FN=72). No molecular or morphological differences were found between the individuals with differing cytotypes from Belém and Marajó Island. Specimens from the Belém City region may represent two cryptic species because two different karyotypes are present in the absence of significant differences in morphology and molecular characteristics. The Marajó Island and Belém populations represent distinct species that have been separated for some time, and are in the process of morphological and molecular differentiation as a consequence of reproductive isolation at the geographic and chromosomal levels.

Os transtornos do espectro autista (TEA) são um grupo de doenças neuropsiquiátricas caracterizadas por um prejuízo na capacidade de comunicação e de interação social e por padrões comportamentais estereotipados. Os TEA são geneticamente heterogêneos o que dificulta a identificação das alterações genéticas que estão contribuindo para estes transtornos. No presente estudo, selecionamos como uma primeira abordagem o estudo de translocações cromossômicas, buscando encontrar genes candidatos para posteriores estudos funcionais. No primeiro caso, uma translocação de novo balanceada envolvendo os cromossomos 2q11 e Xq24, não identificamos nenhum candidato funcional rompido pelos pontos de quebra. Detectamos ainda a presença de uma isodissomia materna do cromossomo 5 nesta paciente. Este resultado sugere que, possivelmente, tanto a translocação cromossômica quanto a isodissomia devem estar contribuindo para a etiologia do TEA nesta paciente, caracterizando este como um caso de efeito poligênico. Já o estudo da translocação de novo balanceada (3,11)(p21,q22) revelou que o gene TRPC6, um canal de cálcio envolvido no desenvolvimento de dendritos e sinapses excitatórias, encontrava-se rompido no cromossomo 11 deste paciente. As análises dos neurônios e células progenitoras neurais deste paciente obtidas através da técnica de reprogramação celular e o estudo global de expressão gênica sugerem fortemente que o rompimento do gene TRPC6 é o fator etiológico do TEA neste caso. Por fim, nós também realizamos um estudo de expressão gênica global de pacientes autistas idiopáticos e verificamos que os genes diferencialmente expressos nestes pacientes estão principalmente envolvidos na regulação da dinâmica do citoesqueleto, indicando que este pode ser o processo biológico comumente afetado nos pacientes autistas. Nosso trabalho mostra que os estudos citogenéticos são importantes para a identificação de genes candidatos para os TEA e reforça a hipótese de que estes transtornos são causados por diferentes variantes genéticas mas que levam ao comprometimento de um processo biológico comum. Acreditamos que o modelo de reprogramação celular contribuirá para o entendimento da implicação de tais processos na etiologia dos TEA. / Autism spectrum disorders (ASD) are a group of neurodevelopmental diseases characterized by impairments in social and communicative skills and repetitive behaviors. The investigation of ASD causes is hampered by the genetic heterogeneity of these neurodevelopmental diseases. In the present study, we mapped the breakpoints associated to chromosomal translocations found in two autistic patients as a first screening approach, trying to identify single candidate genes that could be further investigated by functional analysis. In the first case, a de novo balanced translocation involving the chromosomes 2q11 and Xq24, we did not find any functionally known relevant gene disrupted by the breakpoints but, surprisingly, SNP-array data showed that the patient also presents a maternally inherited isodisomy on chromosome 5. In this case, is possible that ASD is caused by the combination of the molecular results caused by the translocation and the UPD on chromosome 5, which would characterize this case as an example of polygenic effects on ASD etiology. On the other hand, the study of a second case, a boy with a de novo balanced translocation (3;11)(p21;q22), revealed that TRPC6, a calcium channel involved in dendritic spine and excitatory synapse formation, was disrupted by the translocation on chromosome 11. Making use of cellular reprogramming to generate neurons and neuronal progenitor cells from this patient and expression analysis, we demonstrated that TRPC6 disruption can respond for the phenotype seen in this patient. Finally, we also performed a genome-wide expression analysis to investigate idiopathic autistic patients and we verified that ASD DEGs are mainly implicated in cytoskeleton dynamics, suggesting that the regulation of this cellular structure can be one of the common mechanisms of ASD etiology. Our work shows that cytogenetic studies are important for the identification of ASD candidate genes and reinforces the hypothesis that these disorders are caused by different genetic variants that are implicated in a common biological process. We believe that cellular reprogramming will contribute for the understanding of the implication of such biological processes in the etiology of ASD.

Os transtornos do espectro autista (TEA) são um grupo de doenças neuropsiquiátricas caracterizadas por um prejuízo na capacidade de comunicação e de interação social e por padrões comportamentais estereotipados. Os TEA são geneticamente heterogêneos o que dificulta a identificação das alterações genéticas que estão contribuindo para estes transtornos. No presente estudo, selecionamos como uma primeira abordagem o estudo de translocações cromossômicas, buscando encontrar genes candidatos para posteriores estudos funcionais. No primeiro caso, uma translocação de novo balanceada envolvendo os cromossomos 2q11 e Xq24, não identificamos nenhum candidato funcional rompido pelos pontos de quebra. Detectamos ainda a presença de uma isodissomia materna do cromossomo 5 nesta paciente. Este resultado sugere que, possivelmente, tanto a translocação cromossômica quanto a isodissomia devem estar contribuindo para a etiologia do TEA nesta paciente, caracterizando este como um caso de efeito poligênico. Já o estudo da translocação de novo balanceada (3,11)(p21,q22) revelou que o gene TRPC6, um canal de cálcio envolvido no desenvolvimento de dendritos e sinapses excitatórias, encontrava-se rompido no cromossomo 11 deste paciente. As análises dos neurônios e células progenitoras neurais deste paciente obtidas através da técnica de reprogramação celular e o estudo global de expressão gênica sugerem fortemente que o rompimento do gene TRPC6 é o fator etiológico do TEA neste caso. Por fim, nós também realizamos um estudo de expressão gênica global de pacientes autistas idiopáticos e verificamos que os genes diferencialmente expressos nestes pacientes estão principalmente envolvidos na regulação da dinâmica do citoesqueleto, indicando que este pode ser o processo biológico comumente afetado nos pacientes autistas. Nosso trabalho mostra que os estudos citogenéticos são importantes para a identificação de genes candidatos para os TEA e reforça a hipótese de que estes transtornos são causados por diferentes variantes genéticas mas que levam ao comprometimento de um processo biológico comum. Acreditamos que o modelo de reprogramação celular contribuirá para o entendimento da implicação de tais processos na etiologia dos TEA. / Autism spectrum disorders (ASD) are a group of neurodevelopmental diseases characterized by impairments in social and communicative skills and repetitive behaviors. The investigation of ASD causes is hampered by the genetic heterogeneity of these neurodevelopmental diseases. In the present study, we mapped the breakpoints associated to chromosomal translocations found in two autistic patients as a first screening approach, trying to identify single candidate genes that could be further investigated by functional analysis. In the first case, a de novo balanced translocation involving the chromosomes 2q11 and Xq24, we did not find any functionally known relevant gene disrupted by the breakpoints but, surprisingly, SNP-array data showed that the patient also presents a maternally inherited isodisomy on chromosome 5. In this case, is possible that ASD is caused by the combination of the molecular results caused by the translocation and the UPD on chromosome 5, which would characterize this case as an example of polygenic effects on ASD etiology. On the other hand, the study of a second case, a boy with a de novo balanced translocation (3;11)(p21;q22), revealed that TRPC6, a calcium channel involved in dendritic spine and excitatory synapse formation, was disrupted by the translocation on chromosome 11. Making use of cellular reprogramming to generate neurons and neuronal progenitor cells from this patient and expression analysis, we demonstrated that TRPC6 disruption can respond for the phenotype seen in this patient. Finally, we also performed a genome-wide expression analysis to investigate idiopathic autistic patients and we verified that ASD DEGs are mainly implicated in cytoskeleton dynamics, suggesting that the regulation of this cellular structure can be one of the common mechanisms of ASD etiology. Our work shows that cytogenetic studies are important for the identification of ASD candidate genes and reinforces the hypothesis that these disorders are caused by different genetic variants that are implicated in a common biological process. We believe that cellular reprogramming will contribute for the understanding of the implication of such biological processes in the etiology of ASD.