Euryoryzomys, anteriormente reconhecido como Oryzomys do grupo nitidus, compreende um conjunto de sete espécies: E. emmonsae, E. lamia, E. legatus, E. macconnelli, E. nitidus, E. russatus e Euryoryzomys sp. SB (espécie reconhecida para o grupo com base em dados cariotípicos, porém ainda não descrita formalmente). Essas espécies estão distribuídas em regiões de elevada a baixa altitude, ocorrendo em zonas tropicais andinas, até as demais planícies. Com exceção de E. legatus, todas as outras espécies ocorrem no Brasil. Morfologicamente, os representantes desse gênero apresentam características semelhantes entre si, o que dificulta sua precisa identificação. Acredita-se que o número de espécies para o gênero esteja subestimado e, além disso, as relações entre as espécies permanecem pouco esclarecidas. Este trabalho teve como objetivo realizar estudos filogenéticos e filogeográficos em roedores do gênero Euryoryzomys, bem como avaliar o potencial do DNA barcoding na identificação de suas espécies. Para isso, foram utilizados os marcadores moleculares cyt-b, coxI e Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP), cujas análises enfocaram três perspectivas: sistemática molecular e as relações filogenéticas entre as espécies do gênero Euryoryzomys; teste de DNA barcoding na delimitação das espécies e filogeografia de E. russatus. O capítulo um traz uma revisão sobre a sistemática de roedores desde o nível de ordem até o gênero Euryoryzomys; o segundo capítulo abordou as relações filogenéticas entre as espécies de roedores do gênero Euryoryzomys e os padrões de diversificação, utilizando sequências dos genes mitocondriais (cyt-b, CoxI) e um nuclear IRBP. Os resultados evidenciaram que o gênero possui uma diversificação complexa devido à extensão geográfica que ocupa, e, além disso, está com sua diversidade subestimada - principalmente no bioma amazônico. É possível apontar para a ocorrência de pelo menos dois clados candidatos a novas espécies: Euryoryzomys sp. 1 (subclado de E. emmonsae); e Euryoryzomys sp. 2, originalmente descrita como espécimes pertencentes a E. nitidus. O terceiro capítulo investigou o potencial das sequências parciais do gene CoxI na identificação das espécies do gênero Euryoryzomys, por meio das estimativas de variabilidade intra e interespecíficas e também apontou diversidade subestimada do gênero, sendo possível observar, neste trabalho, a ocorrência de pelo menos oito espécies: Euryoryzomys sp. 3 (espécie irmã de E. macconnelli), E. macconnelli, Euryoryzomys sp. 1, E. emmonsae, Euryoryzomys sp. 2, E. legatus, Euryoryzomys sp. SB e E. russatus, além de E. lâmia e E. nitidus, que não compuseram a amostra do capítulo, totalizando 10 espécies para o gênero. Além disso, o método possibilitou a separação de espécies com números diplóides distintos, o que futuramente pode contribuir na identificação de amostras desconhecidas, provenientes principalmente da Amazônia. No quarto capítulo, foi realizado um estudo filogeográfico da espécie Euryoryzomys russatus e com o objetivo de investigar a sua diversidade genética ao longo da Mata Atlântica. Foi possível concluir que o principal processo responsável pela separação de linhagens de E. russatus pode ter sido isolamento por distância e que as linhagens estão separadas ao longo da MA principalmente em quatro grupos, sem entretanto, apresentam estruturação genética entre eles; o primeiro (grupo A) está restrito às regiões do RJ, ES e BA; o segundo (grupo B) entre PR, SC e norte do RS; o terceiro (grupo C) no RS; e o quarto (grupo D), ao longo de SP, RJ e PR. O intenso desmatamento na região compromete o entendimento da dinâmica do bioma em relação aos processos de diversificação das espécies, uma vez que a destruição de hábitats pode apagar assinaturas desses processos históricos. Dessa forma, medidas eficazes de conservação são necessárias / Euryoryzomys, previously recognized as Oryzomys nitidus group, heretofore comprises seven species: E. emmonsae, E. lamia, E. legatus, E. macconnelli, E. nitidus, E. russatus, and Euryoryzomys sp. (with 2n=76, recognized for the group based on karyotypic data, but it is not formally described until now). These species are widespread in Neotropics, occupying regions of high to low altitudes, including Andean areas and subtropical plains. Except for E. legatus, all the other species occur in Brazil. Morphologically, the representatives of this genus share similar traitsdifficulting accurate identification. The aim of this study is to conduct molecular studies based on molecular systematics and phylogenetic inferences, investigate the potencial of DNA barcoding in order to test the delimitation of the species of the genus Euryoryzomys, and also to develop phylogeographic studies in E. russatus, a species widespread in the Atlantic Forest. Based on this purpose, the present work encompasses four chapters: Chapter 1 contains a revision concerning the systematic position of the genus Euryoryzomys; Chapter 2 shows the investigation concerning phylogenetic relationships among species of the genus, and also inferences regarding patterns of diversification are discussed, using cyt-b, IRBP, and coxI sequences. According to these approaches the genus has a complex pattern of diversification due to its geographic distribution, moreover its diversity is underestimated, especially in the Amazon biome. We could point out at least two candidate clades as new species: Euryoryzomys sp. 1 (a subclade of E. emmonsae clade) and Euryoryzomys sp. 2, previously described as specimens belonging to E. nitidus. Chapter 3 investigates the potential of a partial sequence of the coxI for identification of the species of Euryoryzomys, and estimates intra- and interspecific variability, which revealed, once again, that the number of species is underestimated. At least eight species could be pointed out in this study: Euryoryzomys sp. 1, E. emmonsae, Euryoryzomys sp. 2, E. macconnelli, Euryoryzomys sp. 3 (sister species of E. macconnelli), E. legatus, Euryoryzomys sp. SB, and E. russatus (plus E. nitidus and E. lamia - not included in the analyses - and therefore resulting in at least 10 species for the genus). Moreover, the method was able to separatespecies with different diploid numbers, which can further contribute to the identification of unknown samples. Chapter 4 investigates the phylogeography of E. russatus, and also describes its genetic diversity over the Atlantic Forest (AF). The hypothesis of isolation by distance could be the main process responsible for the split of the lineages of E. russatus which were separated along the AF into four main groups: group A restricted to regions RJ, ES, and BA; group B encompasses PR, SC and northern of RS; group C composed of representatives from RS; and group D related to animals from SP, RJ, and PR. The massive deforestation in the Atlantic Forest undertakes the understanding concerning the dynamics of the biome and in relation to the processes of species diversification, since the destruction these historical processes, thus effective conservation measures are needed

Euryoryzomys, anteriormente reconhecido como Oryzomys do grupo nitidus, compreende um conjunto de sete espécies: E. emmonsae, E. lamia, E. legatus, E. macconnelli, E. nitidus, E. russatus e Euryoryzomys sp. SB (espécie reconhecida para o grupo com base em dados cariotípicos, porém ainda não descrita formalmente). Essas espécies estão distribuídas em regiões de elevada a baixa altitude, ocorrendo em zonas tropicais andinas, até as demais planícies. Com exceção de E. legatus, todas as outras espécies ocorrem no Brasil. Morfologicamente, os representantes desse gênero apresentam características semelhantes entre si, o que dificulta sua precisa identificação. Acredita-se que o número de espécies para o gênero esteja subestimado e, além disso, as relações entre as espécies permanecem pouco esclarecidas. Este trabalho teve como objetivo realizar estudos filogenéticos e filogeográficos em roedores do gênero Euryoryzomys, bem como avaliar o potencial do DNA barcoding na identificação de suas espécies. Para isso, foram utilizados os marcadores moleculares cyt-b, coxI e Interphotoreceptor Retinoid Binding Protein (IRBP), cujas análises enfocaram três perspectivas: sistemática molecular e as relações filogenéticas entre as espécies do gênero Euryoryzomys; teste de DNA barcoding na delimitação das espécies e filogeografia de E. russatus. O capítulo um traz uma revisão sobre a sistemática de roedores desde o nível de ordem até o gênero Euryoryzomys; o segundo capítulo abordou as relações filogenéticas entre as espécies de roedores do gênero Euryoryzomys e os padrões de diversificação, utilizando sequências dos genes mitocondriais (cyt-b, CoxI) e um nuclear IRBP. Os resultados evidenciaram que o gênero possui uma diversificação complexa devido à extensão geográfica que ocupa, e, além disso, está com sua diversidade subestimada - principalmente no bioma amazônico. É possível apontar para a ocorrência de pelo menos dois clados candidatos a novas espécies: Euryoryzomys sp. 1 (subclado de E. emmonsae); e Euryoryzomys sp. 2, originalmente descrita como espécimes pertencentes a E. nitidus. O terceiro capítulo investigou o potencial das sequências parciais do gene CoxI na identificação das espécies do gênero Euryoryzomys, por meio das estimativas de variabilidade intra e interespecíficas e também apontou diversidade subestimada do gênero, sendo possível observar, neste trabalho, a ocorrência de pelo menos oito espécies: Euryoryzomys sp. 3 (espécie irmã de E. macconnelli), E. macconnelli, Euryoryzomys sp. 1, E. emmonsae, Euryoryzomys sp. 2, E. legatus, Euryoryzomys sp. SB e E. russatus, além de E. lâmia e E. nitidus, que não compuseram a amostra do capítulo, totalizando 10 espécies para o gênero. Além disso, o método possibilitou a separação de espécies com números diplóides distintos, o que futuramente pode contribuir na identificação de amostras desconhecidas, provenientes principalmente da Amazônia. No quarto capítulo, foi realizado um estudo filogeográfico da espécie Euryoryzomys russatus e com o objetivo de investigar a sua diversidade genética ao longo da Mata Atlântica. Foi possível concluir que o principal processo responsável pela separação de linhagens de E. russatus pode ter sido isolamento por distância e que as linhagens estão separadas ao longo da MA principalmente em quatro grupos, sem entretanto, apresentam estruturação genética entre eles; o primeiro (grupo A) está restrito às regiões do RJ, ES e BA; o segundo (grupo B) entre PR, SC e norte do RS; o terceiro (grupo C) no RS; e o quarto (grupo D), ao longo de SP, RJ e PR. O intenso desmatamento na região compromete o entendimento da dinâmica do bioma em relação aos processos de diversificação das espécies, uma vez que a destruição de hábitats pode apagar assinaturas desses processos históricos. Dessa forma, medidas eficazes de conservação são necessárias / Euryoryzomys, previously recognized as Oryzomys nitidus group, heretofore comprises seven species: E. emmonsae, E. lamia, E. legatus, E. macconnelli, E. nitidus, E. russatus, and Euryoryzomys sp. (with 2n=76, recognized for the group based on karyotypic data, but it is not formally described until now). These species are widespread in Neotropics, occupying regions of high to low altitudes, including Andean areas and subtropical plains. Except for E. legatus, all the other species occur in Brazil. Morphologically, the representatives of this genus share similar traitsdifficulting accurate identification. The aim of this study is to conduct molecular studies based on molecular systematics and phylogenetic inferences, investigate the potencial of DNA barcoding in order to test the delimitation of the species of the genus Euryoryzomys, and also to develop phylogeographic studies in E. russatus, a species widespread in the Atlantic Forest. Based on this purpose, the present work encompasses four chapters: Chapter 1 contains a revision concerning the systematic position of the genus Euryoryzomys; Chapter 2 shows the investigation concerning phylogenetic relationships among species of the genus, and also inferences regarding patterns of diversification are discussed, using cyt-b, IRBP, and coxI sequences. According to these approaches the genus has a complex pattern of diversification due to its geographic distribution, moreover its diversity is underestimated, especially in the Amazon biome. We could point out at least two candidate clades as new species: Euryoryzomys sp. 1 (a subclade of E. emmonsae clade) and Euryoryzomys sp. 2, previously described as specimens belonging to E. nitidus. Chapter 3 investigates the potential of a partial sequence of the coxI for identification of the species of Euryoryzomys, and estimates intra- and interspecific variability, which revealed, once again, that the number of species is underestimated. At least eight species could be pointed out in this study: Euryoryzomys sp. 1, E. emmonsae, Euryoryzomys sp. 2, E. macconnelli, Euryoryzomys sp. 3 (sister species of E. macconnelli), E. legatus, Euryoryzomys sp. SB, and E. russatus (plus E. nitidus and E. lamia - not included in the analyses - and therefore resulting in at least 10 species for the genus). Moreover, the method was able to separatespecies with different diploid numbers, which can further contribute to the identification of unknown samples. Chapter 4 investigates the phylogeography of E. russatus, and also describes its genetic diversity over the Atlantic Forest (AF). The hypothesis of isolation by distance could be the main process responsible for the split of the lineages of E. russatus which were separated along the AF into four main groups: group A restricted to regions RJ, ES, and BA; group B encompasses PR, SC and northern of RS; group C composed of representatives from RS; and group D related to animals from SP, RJ, and PR. The massive deforestation in the Atlantic Forest undertakes the understanding concerning the dynamics of the biome and in relation to the processes of species diversification, since the destruction these historical processes, thus effective conservation measures are needed

Dentre os ecossistemas neotropicais, a Mata Atlântica é considerada um dos mais importantes hotspots mundiais. O presente estudo foi conduzido na Reserva Florestal Morro Grande - RFMG (23°39\'-23°48\'S, 47°01\'-46°55\'W), reconhecida pelo seu alto valor para a conservação e está localizada na faixa da Mata Atlântica Ombrófila Densa Montana, Planalto Atlântico do Estado de São Paulo. Presentes na Mata Atlântica, os pequenos mamíferos não-voadores constituem o grupo de mamíferos mais diverso do bioma, e dados recentes relacionados à representatividade ecológica sugerem que os Orizomíneos mais típicos, comuns e abundantes das florestas costeiras e de planalto no estado de São Paulo são Euryoryzomys russatus e Sooretamys angouya. Estes dados ainda indicam que E. russatus e S. angouya, espécies classificadas respectivamente como \"em risco de extinção\" e \"deficiente de dados\" no Estado de São Paulo, respondem diferentemente ao processo de fragmentação, mas não existem informações suficientes disponíveis de história natural e autoecologia para o melhor entendimento destas respostas ao ambiente. O presente projeto avaliou a estrutura populacional, a área de vida, o uso do espaço, a dieta e seleção alimentar exibida por E. russatus e S. angouya na RFMG. O presente trabalho demonstrou que a espécie E. russatus apresenta uma abundância maior do que S. angouya na RFMG e que a temperatura e a disponibilidade de frutos influenciam a variação populacional de E. russatus, enquanto que, para S. angouya, a variação populacional independe dos fatores bióticos (frutos e artrópodes) ou abióticos (temperatura e precipitação) avaliados. Foi verificado uma estratificação vertical no uso do espaço para S. angouya e E. russatus, já que S. angouya apresentou uma locomoção escansorial enquanto E. russatus se apresentou estritamente terrestre. O estudo sugere que a disponibilidade de recursos, o período reprodutivo e o tamanho do indivíduo são os principais fatores que afetam o tamanho de área de vida, o uso do espaço e a locomoção apresentada pelas espécies. Os resultados obtidos pelo estudo da dieta, demonstram de forma conclusiva que E. russatus seleciona alimentos de origem animal, e que S. angouya utiliza muito pouco, ou não utiliza, fontes de origem animal, mas sim fontes vegetais ricas em proteínas e carboidratos, como os frutos. Este estudo possibilitou a compreensão de estratégias de vida adotadas por E. russatus e S. angouya, o que permitiu uma análise comparada da história natural a partir de um contexto evolutivo de organismos que compartilham a mesma escala geográfica e temporal, o que é algo inédito dentro da tribo e da subfamília. / The Atlantic Forest is considered one of the most important global hotspot among the neotropical ecosystems. This study was conducted at the Morro Grande Forest Reserve - MGFR (23°39\'-23°48\'S, 47°01\'-46°55\'W), located in the Dense Montana Atlantic forest, Atlantic Plateau of São Paulo, Brazil, which is known by its high conservation value. The non-flying small mammals are the most diverse group of mammals in the Atlantic forest and recent data suggest Euryoryzomys russatus and Sooretamys angouya as the most common and abundant species in coastal forests and highlands in the state of São Paulo. These data also indicate that E. russatus is classified as endangered and S. angouya as data deficient in the state of São Paulo red list, and these species respond differently to the fragmentation process. This project evaluated the population structure, the living area, the use of space, the diet, and food selection displayed by E. russatus and S. angouya in MGFR. This study demonstrated that the species E. russatus features greater abundance than S. angouya in the study area. Thus, the temperature and the availability of fruits influenced the variation of the population of E. russatus, whereas the population variation of S. angouya showed no dependence of assessed biotic (fruits and arthropods) or abiotic factors (temperature and precipitation). Vertical stratification was observed in the use of space between S. angouya and E. russatus, once S. angouya presented escansorial locomotion and E. russatus was strictly terrestrial. The study suggests that the availability of resources, the reproductive period and the individual overall size are the main factors that affect the home range size, the use of space and mobility presented by the species. The results obtained by the study of diet demonstrate conclusively that E. russatus selects animal origin and S. angouya uses very little or does not use animal food resources, choosing plant sources rich in protein and carbohydrates, such as fruits. This study brought a better understanding of the life strategies adopted by E. russatus and S. angouya, which allowed the comparison of natural history of organisms that share the same spatial and temporal scale under an evolutionary perspective, which is a completely new approach within the tribe and subfamily.

Dentre os ecossistemas neotropicais, a Mata Atlântica é considerada um dos mais importantes hotspots mundiais. O presente estudo foi conduzido na Reserva Florestal Morro Grande - RFMG (23°39\'-23°48\'S, 47°01\'-46°55\'W), reconhecida pelo seu alto valor para a conservação e está localizada na faixa da Mata Atlântica Ombrófila Densa Montana, Planalto Atlântico do Estado de São Paulo. Presentes na Mata Atlântica, os pequenos mamíferos não-voadores constituem o grupo de mamíferos mais diverso do bioma, e dados recentes relacionados à representatividade ecológica sugerem que os Orizomíneos mais típicos, comuns e abundantes das florestas costeiras e de planalto no estado de São Paulo são Euryoryzomys russatus e Sooretamys angouya. Estes dados ainda indicam que E. russatus e S. angouya, espécies classificadas respectivamente como \"em risco de extinção\" e \"deficiente de dados\" no Estado de São Paulo, respondem diferentemente ao processo de fragmentação, mas não existem informações suficientes disponíveis de história natural e autoecologia para o melhor entendimento destas respostas ao ambiente. O presente projeto avaliou a estrutura populacional, a área de vida, o uso do espaço, a dieta e seleção alimentar exibida por E. russatus e S. angouya na RFMG. O presente trabalho demonstrou que a espécie E. russatus apresenta uma abundância maior do que S. angouya na RFMG e que a temperatura e a disponibilidade de frutos influenciam a variação populacional de E. russatus, enquanto que, para S. angouya, a variação populacional independe dos fatores bióticos (frutos e artrópodes) ou abióticos (temperatura e precipitação) avaliados. Foi verificado uma estratificação vertical no uso do espaço para S. angouya e E. russatus, já que S. angouya apresentou uma locomoção escansorial enquanto E. russatus se apresentou estritamente terrestre. O estudo sugere que a disponibilidade de recursos, o período reprodutivo e o tamanho do indivíduo são os principais fatores que afetam o tamanho de área de vida, o uso do espaço e a locomoção apresentada pelas espécies. Os resultados obtidos pelo estudo da dieta, demonstram de forma conclusiva que E. russatus seleciona alimentos de origem animal, e que S. angouya utiliza muito pouco, ou não utiliza, fontes de origem animal, mas sim fontes vegetais ricas em proteínas e carboidratos, como os frutos. Este estudo possibilitou a compreensão de estratégias de vida adotadas por E. russatus e S. angouya, o que permitiu uma análise comparada da história natural a partir de um contexto evolutivo de organismos que compartilham a mesma escala geográfica e temporal, o que é algo inédito dentro da tribo e da subfamília. / The Atlantic Forest is considered one of the most important global hotspot among the neotropical ecosystems. This study was conducted at the Morro Grande Forest Reserve - MGFR (23°39\'-23°48\'S, 47°01\'-46°55\'W), located in the Dense Montana Atlantic forest, Atlantic Plateau of São Paulo, Brazil, which is known by its high conservation value. The non-flying small mammals are the most diverse group of mammals in the Atlantic forest and recent data suggest Euryoryzomys russatus and Sooretamys angouya as the most common and abundant species in coastal forests and highlands in the state of São Paulo. These data also indicate that E. russatus is classified as endangered and S. angouya as data deficient in the state of São Paulo red list, and these species respond differently to the fragmentation process. This project evaluated the population structure, the living area, the use of space, the diet, and food selection displayed by E. russatus and S. angouya in MGFR. This study demonstrated that the species E. russatus features greater abundance than S. angouya in the study area. Thus, the temperature and the availability of fruits influenced the variation of the population of E. russatus, whereas the population variation of S. angouya showed no dependence of assessed biotic (fruits and arthropods) or abiotic factors (temperature and precipitation). Vertical stratification was observed in the use of space between S. angouya and E. russatus, once S. angouya presented escansorial locomotion and E. russatus was strictly terrestrial. The study suggests that the availability of resources, the reproductive period and the individual overall size are the main factors that affect the home range size, the use of space and mobility presented by the species. The results obtained by the study of diet demonstrate conclusively that E. russatus selects animal origin and S. angouya uses very little or does not use animal food resources, choosing plant sources rich in protein and carbohydrates, such as fruits. This study brought a better understanding of the life strategies adopted by E. russatus and S. angouya, which allowed the comparison of natural history of organisms that share the same spatial and temporal scale under an evolutionary perspective, which is a completely new approach within the tribe and subfamily.