O gênero Oligoryzomys é um dos mais complexos e diversos da subfamília Sigmodontinae e da tribo Oryzomyini. Dentre os mamíferos destaca-se por apresentar notável incongruência taxonômica, já que o número de espécies não é consenso entre os autores. Esta tese tem a finalidade de esclarecer alguns pontos conflitantes da taxonomia deste grupo e fornecer mapas atualizados da distribuição das espécies do gênero. Espero que os dados coligidos e analisados aqui possam contribuir significativamente para qualquer tentativa de revisão sistemática do Gênero no futuro. Para tanto, foram feitas comparações utilizando dados cariotípicos (2n e NFa), morfológicos e sequências do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. O presente trabalho está estruturado em 5 capítulos. O primeiro capítulo apresenta uma breve história da diversificação dos sigmodontíneos, uma introdução sobre o nível atual de conhecimento do gênero Oligoryzomys e por fim traz uma explanação dos aspectos filosóficos envolvidos no reconhecimento de espécie. O segundo capítulo trata dos métodos utilizados na aquisição dos espécimes em trabalhos de campo, na obtenção do material para análises citogenéticas, da extração de DNA e subsequente sequenciamento do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. Descreve ainda as estimativas de relacionamento filogenético, a metodologia de análise da estrutura e história populacional e como foram exploradas a variação morfológica e delimitação taxonômica. O terceiro capítulo discorre sobre aspectos citogenéticos e moleculares das espécies da Bolívia, cuja amostra foi gentilmente cedida pelo Prof. Dr. Jorge Salazar-Bravo no intuito de preencher com tais informações a lacuna existente nesta fauna. As lâminas deste material boliviano foram analisadas por mim para obter os dados brutos de cariótipo assim como todo o sequenciamento do material e posterior análises. Dentro dessa abordagem foram documentadas a variação cariotípica de algumas populações e discutidas questões taxonômicas visando responder quem são e onde estão as espécies reconhecidas para a Bolívia. O quarto capítulo visa reconhecer as espécies válidas de Oligoryzomys e estabelecer as relações filogenéticas entre elas. Neste capítulo foram testadas as hipóteses dos grupos de espécies de acordo com as propostas de Carleton e Musser (1989) e Miranda et al. (2009). A partir dos resultados obtidos foram realizadas comparações entre as espécies dos grupos, as quais, permitiram fornecer dados qualitativos capazes de auxiliar na diagnose das espécies e da sua distribuição. O quinto capítulo apresenta hipóteses dos processos e eventos envolvidos na diversificação do gênero na região Neotropical e encerra a monografia apresentando uma cronologia de diversificação das espécies estudadas. / O gênero Oligoryzomys é um dos mais complexos e diversos da subfamília Sigmodontinae e da tribo Oryzomyini. Dentre os mamíferos destaca-se por apresentar notável incongruência taxonômica, já que o número de espécies não é consenso entre os autores. Esta tese tem a finalidade de esclarecer alguns pontos conflitantes da taxonomia deste grupo e fornecer mapas atualizados da distribuição das espécies do gênero. Espero que os dados coligidos e analisados aqui possam contribuir significativamente para qualquer tentativa de revisão sistemática do Gênero no futuro. Para tanto, foram feitas comparações utilizando dados cariotípicos (2n e NFa), morfológicos e sequências do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. O presente trabalho está estruturado em 5 capítulos. O primeiro capítulo apresenta uma breve história da diversificação dos sigmodontíneos, uma introdução sobre o nível atual de conhecimento do gênero Oligoryzomys e por fim traz uma explanação dos aspectos filosóficos envolvidos no reconhecimento de espécie. O segundo capítulo trata dos métodos utilizados na aquisição dos espécimes em trabalhos de campo, na obtenção do material para análises citogenéticas, da extração de DNA e subsequente sequenciamento do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. Descreve ainda as estimativas de relacionamento filogenético, a metodologia de análise da estrutura e história populacional e como foram exploradas a variação morfológica e delimitação taxonômica. O terceiro capítulo discorre sobre aspectos citogenéticos e moleculares das espécies da Bolívia, cuja amostra foi gentilmente cedida pelo Prof. Dr. Jorge Salazar-Bravo no intuito de preencher com tais informações a lacuna existente nesta fauna. As lâminas deste material boliviano foram analisadas por mim para obter os dados brutos de cariótipo assim como todo o sequenciamento do material e posterior análises. Dentro dessa abordagem foram documentadas a variação cariotípica de algumas populações e discutidas questões taxonômicas visando responder quem são e onde estão as espécies reconhecidas para a Bolívia. O quarto capítulo visa reconhecer as espécies válidas de Oligoryzomys e estabelecer as relações filogenéticas entre elas. Neste capítulo foram testadas as hipóteses dos grupos de espécies de acordo com as propostas de Carleton e Musser (1989) e Miranda et al. (2009). A partir dos resultados obtidos foram realizadas comparações entre as espécies dos grupos, as quais, permitiram fornecer dados qualitativos capazes de auxiliar na diagnose das espécies e da sua distribuição. O quinto capítulo apresenta hipóteses dos processos e eventos envolvidos na diversificação do gênero na região Neotropical e encerra a monografia apresentando uma cronologia de diversificação das espécies estudadas.

O gênero Oligoryzomys é um dos mais complexos e diversos da subfamília Sigmodontinae e da tribo Oryzomyini. Dentre os mamíferos destaca-se por apresentar notável incongruência taxonômica, já que o número de espécies não é consenso entre os autores. Esta tese tem a finalidade de esclarecer alguns pontos conflitantes da taxonomia deste grupo e fornecer mapas atualizados da distribuição das espécies do gênero. Espero que os dados coligidos e analisados aqui possam contribuir significativamente para qualquer tentativa de revisão sistemática do Gênero no futuro. Para tanto, foram feitas comparações utilizando dados cariotípicos (2n e NFa), morfológicos e sequências do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. O presente trabalho está estruturado em 5 capítulos. O primeiro capítulo apresenta uma breve história da diversificação dos sigmodontíneos, uma introdução sobre o nível atual de conhecimento do gênero Oligoryzomys e por fim traz uma explanação dos aspectos filosóficos envolvidos no reconhecimento de espécie. O segundo capítulo trata dos métodos utilizados na aquisição dos espécimes em trabalhos de campo, na obtenção do material para análises citogenéticas, da extração de DNA e subsequente sequenciamento do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. Descreve ainda as estimativas de relacionamento filogenético, a metodologia de análise da estrutura e história populacional e como foram exploradas a variação morfológica e delimitação taxonômica. O terceiro capítulo discorre sobre aspectos citogenéticos e moleculares das espécies da Bolívia, cuja amostra foi gentilmente cedida pelo Prof. Dr. Jorge Salazar-Bravo no intuito de preencher com tais informações a lacuna existente nesta fauna. As lâminas deste material boliviano foram analisadas por mim para obter os dados brutos de cariótipo assim como todo o sequenciamento do material e posterior análises. Dentro dessa abordagem foram documentadas a variação cariotípica de algumas populações e discutidas questões taxonômicas visando responder quem são e onde estão as espécies reconhecidas para a Bolívia. O quarto capítulo visa reconhecer as espécies válidas de Oligoryzomys e estabelecer as relações filogenéticas entre elas. Neste capítulo foram testadas as hipóteses dos grupos de espécies de acordo com as propostas de Carleton e Musser (1989) e Miranda et al. (2009). A partir dos resultados obtidos foram realizadas comparações entre as espécies dos grupos, as quais, permitiram fornecer dados qualitativos capazes de auxiliar na diagnose das espécies e da sua distribuição. O quinto capítulo apresenta hipóteses dos processos e eventos envolvidos na diversificação do gênero na região Neotropical e encerra a monografia apresentando uma cronologia de diversificação das espécies estudadas. / O gênero Oligoryzomys é um dos mais complexos e diversos da subfamília Sigmodontinae e da tribo Oryzomyini. Dentre os mamíferos destaca-se por apresentar notável incongruência taxonômica, já que o número de espécies não é consenso entre os autores. Esta tese tem a finalidade de esclarecer alguns pontos conflitantes da taxonomia deste grupo e fornecer mapas atualizados da distribuição das espécies do gênero. Espero que os dados coligidos e analisados aqui possam contribuir significativamente para qualquer tentativa de revisão sistemática do Gênero no futuro. Para tanto, foram feitas comparações utilizando dados cariotípicos (2n e NFa), morfológicos e sequências do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. O presente trabalho está estruturado em 5 capítulos. O primeiro capítulo apresenta uma breve história da diversificação dos sigmodontíneos, uma introdução sobre o nível atual de conhecimento do gênero Oligoryzomys e por fim traz uma explanação dos aspectos filosóficos envolvidos no reconhecimento de espécie. O segundo capítulo trata dos métodos utilizados na aquisição dos espécimes em trabalhos de campo, na obtenção do material para análises citogenéticas, da extração de DNA e subsequente sequenciamento do gene mitocondrial citocromo b e do íntron 7 do beta fibrinogênio. Descreve ainda as estimativas de relacionamento filogenético, a metodologia de análise da estrutura e história populacional e como foram exploradas a variação morfológica e delimitação taxonômica. O terceiro capítulo discorre sobre aspectos citogenéticos e moleculares das espécies da Bolívia, cuja amostra foi gentilmente cedida pelo Prof. Dr. Jorge Salazar-Bravo no intuito de preencher com tais informações a lacuna existente nesta fauna. As lâminas deste material boliviano foram analisadas por mim para obter os dados brutos de cariótipo assim como todo o sequenciamento do material e posterior análises. Dentro dessa abordagem foram documentadas a variação cariotípica de algumas populações e discutidas questões taxonômicas visando responder quem são e onde estão as espécies reconhecidas para a Bolívia. O quarto capítulo visa reconhecer as espécies válidas de Oligoryzomys e estabelecer as relações filogenéticas entre elas. Neste capítulo foram testadas as hipóteses dos grupos de espécies de acordo com as propostas de Carleton e Musser (1989) e Miranda et al. (2009). A partir dos resultados obtidos foram realizadas comparações entre as espécies dos grupos, as quais, permitiram fornecer dados qualitativos capazes de auxiliar na diagnose das espécies e da sua distribuição. O quinto capítulo apresenta hipóteses dos processos e eventos envolvidos na diversificação do gênero na região Neotropical e encerra a monografia apresentando uma cronologia de diversificação das espécies estudadas.

O risco transmissão de hantavírus para humanos na Mata Atlântica está diretamente relacionado à abundância de duas espécies de roedores, Oligoryzomys nigripes e Necromys lasiurus, reconhecidas como os principais reservatórios destes vírus naquele bioma. Ambas as espécies são beneficiadas por alterações antrópicas, porém, pouco se sabe sobre quais parâmetros da estrutura da paisagem e a escala espacial (em termos de extensão e resolução) em que a paisagem influencia a abundância destas espécies. Este trabalho procura preencher essa lacuna de conhecimento e investigar como uma definição adequada de parâmetros e escalas pode afetar modelos de extrapolação espacial das abundâncias destas espécies, o que pode ter amplas implicações para um melhor controle da propagação de hantavírus. O trabalho foi desenvolvido em seis paisagens da Mata Atlântica no Planalto Paulista, próximas ao local do primeiro registro de hantavirose no Brasil, sendo três de mata contínua e três paisagens fragmentadas, as quais diferiam com relação à porcentagem de cobertura florestal (11, 31 e 49%). Os pequenos mamíferos foram coletados em contextos de fragmentos florestais, mata contínua e matriz, totalizando 104 pontos de coleta. A análise, baseada em uma abordagem de seleção de modelos, considerou a estrutura da paisagem em diferentes extensões espaciais ao redor dos pontos de coleta (raios de 200, 500 e 800 m), em três mapeamentos que diferiam quanto a suas resoluções espaciais (10, 30 e 260 m). A partir do melhor modelo selecionado para cada espécie e para cada resolução, foi feita uma extrapolação das abundâncias, através da qual comparou-se os resultados obtidos em cada mapeamento. Foram capturados 1074 indivíduos de O. nigripes, a maioria nos fragmentos florestais. A maior abundância observada ocorreu nos fragmentos da paisagem de 11% de mata, diminuindo gradativamente nas paisagens com maiores porcentagens de cobertura florestal. N. lasiurus foi quase que exclusivamente coletado na matriz e, a maioria, na paisagem de 11% de mata. A abundância de O. nigripes foi diferentemente influenciada pela cobertura florestal da paisagem dependendo do contexto (fragmentos, mata contínua e matriz) em que a espécie se encontrava e também foi influenciada pela cobertura florestal e densidade de borda em escala local (200 m). A abundância de N. lasiurus foi negativamente influenciada pela cobertura florestal em escalas mais locais e variou de acordo com o tipo de cultura agrícola. A escala que mais influenciou ambas as espécies foi a de 200 m. Os mapeamentos com resolução de 10 e 30 m foram mais semelhantes entre si do que quando comparados com o mapeamento de 260 m, o que se refletiu nos melhores modelos de abundância selecionados, assim como nas extrapolações das abundâncias. Nossos resultados mostram que estas duas espécies respondem à degradação das paisagens e que paisagens mais biodiversas impedem um grande aumento da abundância de espécies que atuam como reservatórios dos hantavírus. Os resultados reforçam a necessidade de serem tomadas medidas que impeçam ou diminuam o desmatamento e a degradação da Mata Atlântica, ou que incentivem a regeneração e restauração florestal, para que possam ser evitados outros surtos de hantavirose. Além disso, evidenciam a importância de se escolher adequadamente a resolução do mapeamento em estudos ecológicos, baseando-se em atributos biológicos da espécie estudada, e ressaltam que extrapolações de abundância das espécies reservatório feitas em escalas muito grosseiras (e.g. acima da escala de resposta das espécies) podem levar a erros expressivos, potencialmente reduzindo a efetividade de ações voltadas para o controle da propagação de hantavírus. / Hantavirus transmission risk to humans in the Atlantic Forest is directly related to the abundance of two rodents species, Oligoryzomys nigripes and Necromys lasiurus, recognized as the main reservoir species of Hantavirus in this biome. Both species benefit by landscape anthropogenic changes, however, the structural parameters and the spatial scale (in terms of extension and resolution) in which the landscape influences the abundance of these two species remains to be examined. This study aims to fill this research gap and specifically test how a proper definition of parameters and scales may affect spatial extrapolation models of the abundance of these species, what may have broad implications for a better control of Hantavirus. This study was conducted in Plateau Paulista, Atlantic Forest, near to the first Hantavirus case in Brazil. Six landscapes were selected, being three control areas (continuous forest) and three fragmented landscapes, which differ in relation to the forest cover percentage (11, 31 e 49%). Small mammals were colected in forest patches, continuous forest and matrix contexts, totaling 104 collect stations. We performed a model selecting approach considering the landscape structure in different spatial extensions around each colect station (200, 500 and 800 m radius) in three different mapping that differ in their spatial resolution (10, 30 and 260 m). The best selected model to each specie in each map resolution was used to extrapolate the species abundance for the entire fragmented landscapes studied, whereby the obtained results for each mapping resolution were compared. A total of 1074 individuals of O. nigripes were captured, most of them in forest patches. The highest abundance ocurred in forest patches of the 11% forest cover landscape, decreasing gradually in landscapes with higher forest cover percentage. N. lasiurus was almost exclusively colected in the matrix with most of the individuals being colected in the 11% forest cover landscape. The abundance of O. nigripes was differently influenced by the landscape forest cover depending on the context (forest patches, continous forest and matrix) in which the species was colected and it was influenced by forest cover and edge density at the local scale (200 m). The abundance of N. lasiurus was negatively influenced by forest cover at more local scales and varied according with type of crop. The scale that most influenced both species was 200 m. The 10 and 30 m resolution mappings were more similar to each other than with the 260 m resolution mapping, what reflected on the best selected models of abundance, as well as on the abundance extrapolations. Our results show that these two species respond to the landscape degradation and that more biodiverse landscapes prevent the increase of the species abundance that act as Hantavirus reservoirs. Ours results reinforce the need of measures that prevent or reduce the Atlantic Forest deforestation and degradation, or encourage the regeneration and forest restoration, in order to avoid other Hantavirus outbreaks. Besides, our results evidence the importance of chosing accordingly the mapping resolution in ecological studies, which should consider the biological traits of the studied species. Additionally we highlight that abundance extrapolations of reservoir species done in a very coarse grain resolution (e.g. above the species response scale) may lead to significant errors, potentially reducing the effectiveness of actions aimed at controlling Hantavirus spread.

O risco transmissão de hantavírus para humanos na Mata Atlântica está diretamente relacionado à abundância de duas espécies de roedores, Oligoryzomys nigripes e Necromys lasiurus, reconhecidas como os principais reservatórios destes vírus naquele bioma. Ambas as espécies são beneficiadas por alterações antrópicas, porém, pouco se sabe sobre quais parâmetros da estrutura da paisagem e a escala espacial (em termos de extensão e resolução) em que a paisagem influencia a abundância destas espécies. Este trabalho procura preencher essa lacuna de conhecimento e investigar como uma definição adequada de parâmetros e escalas pode afetar modelos de extrapolação espacial das abundâncias destas espécies, o que pode ter amplas implicações para um melhor controle da propagação de hantavírus. O trabalho foi desenvolvido em seis paisagens da Mata Atlântica no Planalto Paulista, próximas ao local do primeiro registro de hantavirose no Brasil, sendo três de mata contínua e três paisagens fragmentadas, as quais diferiam com relação à porcentagem de cobertura florestal (11, 31 e 49%). Os pequenos mamíferos foram coletados em contextos de fragmentos florestais, mata contínua e matriz, totalizando 104 pontos de coleta. A análise, baseada em uma abordagem de seleção de modelos, considerou a estrutura da paisagem em diferentes extensões espaciais ao redor dos pontos de coleta (raios de 200, 500 e 800 m), em três mapeamentos que diferiam quanto a suas resoluções espaciais (10, 30 e 260 m). A partir do melhor modelo selecionado para cada espécie e para cada resolução, foi feita uma extrapolação das abundâncias, através da qual comparou-se os resultados obtidos em cada mapeamento. Foram capturados 1074 indivíduos de O. nigripes, a maioria nos fragmentos florestais. A maior abundância observada ocorreu nos fragmentos da paisagem de 11% de mata, diminuindo gradativamente nas paisagens com maiores porcentagens de cobertura florestal. N. lasiurus foi quase que exclusivamente coletado na matriz e, a maioria, na paisagem de 11% de mata. A abundância de O. nigripes foi diferentemente influenciada pela cobertura florestal da paisagem dependendo do contexto (fragmentos, mata contínua e matriz) em que a espécie se encontrava e também foi influenciada pela cobertura florestal e densidade de borda em escala local (200 m). A abundância de N. lasiurus foi negativamente influenciada pela cobertura florestal em escalas mais locais e variou de acordo com o tipo de cultura agrícola. A escala que mais influenciou ambas as espécies foi a de 200 m. Os mapeamentos com resolução de 10 e 30 m foram mais semelhantes entre si do que quando comparados com o mapeamento de 260 m, o que se refletiu nos melhores modelos de abundância selecionados, assim como nas extrapolações das abundâncias. Nossos resultados mostram que estas duas espécies respondem à degradação das paisagens e que paisagens mais biodiversas impedem um grande aumento da abundância de espécies que atuam como reservatórios dos hantavírus. Os resultados reforçam a necessidade de serem tomadas medidas que impeçam ou diminuam o desmatamento e a degradação da Mata Atlântica, ou que incentivem a regeneração e restauração florestal, para que possam ser evitados outros surtos de hantavirose. Além disso, evidenciam a importância de se escolher adequadamente a resolução do mapeamento em estudos ecológicos, baseando-se em atributos biológicos da espécie estudada, e ressaltam que extrapolações de abundância das espécies reservatório feitas em escalas muito grosseiras (e.g. acima da escala de resposta das espécies) podem levar a erros expressivos, potencialmente reduzindo a efetividade de ações voltadas para o controle da propagação de hantavírus. / Hantavirus transmission risk to humans in the Atlantic Forest is directly related to the abundance of two rodents species, Oligoryzomys nigripes and Necromys lasiurus, recognized as the main reservoir species of Hantavirus in this biome. Both species benefit by landscape anthropogenic changes, however, the structural parameters and the spatial scale (in terms of extension and resolution) in which the landscape influences the abundance of these two species remains to be examined. This study aims to fill this research gap and specifically test how a proper definition of parameters and scales may affect spatial extrapolation models of the abundance of these species, what may have broad implications for a better control of Hantavirus. This study was conducted in Plateau Paulista, Atlantic Forest, near to the first Hantavirus case in Brazil. Six landscapes were selected, being three control areas (continuous forest) and three fragmented landscapes, which differ in relation to the forest cover percentage (11, 31 e 49%). Small mammals were colected in forest patches, continuous forest and matrix contexts, totaling 104 collect stations. We performed a model selecting approach considering the landscape structure in different spatial extensions around each colect station (200, 500 and 800 m radius) in three different mapping that differ in their spatial resolution (10, 30 and 260 m). The best selected model to each specie in each map resolution was used to extrapolate the species abundance for the entire fragmented landscapes studied, whereby the obtained results for each mapping resolution were compared. A total of 1074 individuals of O. nigripes were captured, most of them in forest patches. The highest abundance ocurred in forest patches of the 11% forest cover landscape, decreasing gradually in landscapes with higher forest cover percentage. N. lasiurus was almost exclusively colected in the matrix with most of the individuals being colected in the 11% forest cover landscape. The abundance of O. nigripes was differently influenced by the landscape forest cover depending on the context (forest patches, continous forest and matrix) in which the species was colected and it was influenced by forest cover and edge density at the local scale (200 m). The abundance of N. lasiurus was negatively influenced by forest cover at more local scales and varied according with type of crop. The scale that most influenced both species was 200 m. The 10 and 30 m resolution mappings were more similar to each other than with the 260 m resolution mapping, what reflected on the best selected models of abundance, as well as on the abundance extrapolations. Our results show that these two species respond to the landscape degradation and that more biodiverse landscapes prevent the increase of the species abundance that act as Hantavirus reservoirs. Ours results reinforce the need of measures that prevent or reduce the Atlantic Forest deforestation and degradation, or encourage the regeneration and forest restoration, in order to avoid other Hantavirus outbreaks. Besides, our results evidence the importance of chosing accordingly the mapping resolution in ecological studies, which should consider the biological traits of the studied species. Additionally we highlight that abundance extrapolations of reservoir species done in a very coarse grain resolution (e.g. above the species response scale) may lead to significant errors, potentially reducing the effectiveness of actions aimed at controlling Hantavirus spread.

In this work, the integrative taxonomy approach was performed to understand species limits and patterns of diversification in two genera of orizomyine rodents (Cerradomys and Oligoryzomys). Therefore, molecular markers with distinct evolutionary rates were used with different approaches (phylogeny, coalescent-based species delimitation, DNA barcoding, phylogeography, molecular dating). Classic and molecular cytogenetic analyzes were performed, contributing to cytotaxonomy and revealing chromosomal evolution. This work is divided into four chapters, including a brief introduction (Chapter 1). In Chapter 2, the integrative taxonomy approach was used to study the genus Cerradomys, based on cytogenetic and molecular data. The results revealed that cytogenetics is important in the recognition of all described species (cytotaxonomy). Phylogenetic reconstruction showed that internal relationships are well supported, with the exception of C. subflavus and C. goytaca, which are not reciprocally monophyletic. Following the integrative taxonomy, in which species limits are based on the congruence of methods, this work recognizes and reiterates the eight Cerradomys species described so far. We suggest a taxonomic revision in C. langguthi and C. subflavus, since both may represent species-complex or in process of speciation. Times of divergence show that Cerradomys is a recent genus, with speciation events occurred mainly in the Pleistocene. In Chapter 3, classic and molecular cytogenetics (Fluorescence in situ hybridization - FISH with telomeric and Oligoryzomys moojeni probes) were used to study chromosomal evolution in Cerradomys, based on the molecular phylogeny obtained in Chapter 2. Chromosome painting revealed extensive chromosome reshuffling in Cerradomys. Species with the highest diploid numbers showed exclusively telomeric signals whereas interstitial telomeric signals (ITS) were observed in the species with the lowest diploid numbers. Comparisons of chromosome painting with molecular phylogeny data corroborate the hypothesis that ITS, in this case, are remnants of telomeres. Nevertheless, other chromosomal rearrangements were detected with absence of ITS, indicating that these sequences may have been lost in the process of chromosomal breakages, evidencing that there was both retention and loss of ITS along the karyotypic evolution of the genus. In addition, complex rearrangements were detected between the karyotypes of C. goytaca and C. subflavus, reiterating that these two species are distinct, since hybrids probably would not be viable due to meiotic problems. In Chapter 4, aiming to recover the evolutionary history and species limits of Oligoryzomys, molecular phylogeny studies were integrated into cytogenetic data. The genus was monophyletic, but the internal relations had low support. The compilation of phylogenetic, chromosomal data and geographic distribution (interdisciplinarity) was important to understand species boundaries. Four lineages could not be related to any name and may be new species (Oligoryzomys A-D). Oligoryzomys flavescens was recovered paraphyletic in respect to O. fornesi. Oligoryzomys stramineus, O. microtis and O. nigripes were recovered in two well-structured clades each. In the case of the last two species, the subclades are probably related to exclusive karyotypes. In O. microtis, one subclade is composed of samples from the western Amazon region and the other with samples distributed in southern Amazon region, transition with Cerrado (2n=64, FN=64). In O. nigripes, one of the clades is composed of specimens from northeastern Brazil (2n=62, FN=78) and the other from central-south-southeast Brazil, Argentina, Paraguay and Uruguay (2n=62, FN=80-82). Phylogeographic results corroborate phylogenetic and cytogenetic data, revealing two distinctive phylogroups, consistent with incipient species. Chromosome data corroborate previous work and could be associated to the following names: O. mattogrossae, O. moojeni, O. chacoensis, O. stramineus, O. nigripes and O. flavescens, although the last two species should be reassessed. In addition, an undescribed karyotype is being reported for Oligoryzomys aff. utiaritensis (2n=70, FN=72), as well as new records in Brazil for four species. We suggest a taxonomic revision in O. microtis, O. flavescens and O. nigripes, as these species probably represent incipient or species-complex. In addition, samples related to Oligoryzomys aff. delicatus, Oligoryzomys aff. chacoensis, Oligoryzomys aff. rupestris and Oligoryzomys aff. Utiaritensis should be evaluated morphologically to confirm their identities. The results of this work corroborate the importance of interdisciplinary studies, since the rates of evolution differ according to each character / Neste trabalho, utilizou-se a abordagem de taxonomia integrativa para compreender os limites das espécies e padrão de diversificação em dois gêneros de roedores orizominos (Cerradomys e Oligoryzomys). Para tanto, marcadores moleculares com taxas evolutivas distintas foram utilizados em diferentes abordagens (filogenia, delimitação de espécies baseada em coalescência, DNA barcoding, filogeografia, datação). Análises de citogenética clássica e molecular foram realizadas, contribuindo como um marcador citotaxonômico e revelando padrões de evolução cromossômica. Os dados moleculares e citogenéticos, combinados à dados de distribuição geográfica, tornaram esse trabalho interdisciplinar. Esta tese está dividida em quatro capítulos, incluindo uma breve introdução (Capítulo 1). No capítulo 2, a abordagem de taxonomia integrativa foi utilizada para estudar o gênero Cerradomys, a partir dos dados citogenéticos e moleculares. Os resultados revelaram que a citogenética é importante no reconhecimento de todas as espécies descritas (citotaxonomia). A reconstrução filogenética mostrou que as relações internas são bem suportadas, com exceção de C. subflavus e C. goytaca, que não são reciprocamente monofiléticos. De acordo com a taxonomia integrativa, em que a delimitação de espécies é baseada na congruência entre a maioria dos dados, esse trabalho reconhece e reitera as oito espécies de Cerradomys descritas até o momento. Sugerimos uma revisão taxonômica em C. langguthi e C. subflavus, uma vez que ambas podem representar complexos de espécies ou casos de especiação em curso. Os tempos de divergência mostram que Cerradomys é um gênero recente, cujos eventos de especiação ocorreram preponderantemente no Pleistoceno. No capítulo 3, estudos de citogenética clássica e molecular (hibridação in situ fluorescente - FISH com sondas teloméricas e cromossomo-específicas de Oligoryzomys moojeni) foram realizados para compreender a evolução cromossômica de Cerradomys, com base na filogenia obtida no capítulo anterior. A pintura cromossômica mostrou que um grande número de rearranjos ocorreu ao longo da evolução cariotípica de Cerradomys. As espécies com os maiores números diplóides mostraram sinais exclusivamente teloméricos enquanto que sinais teloméricos intersticiais (ITS) foram observados nas espécies com menores números diplóides. Comparações dos dados de pintura cromossômica com os dados de filogenia molecular corroboram a hipótese de que as ITS, neste caso, são remanescentes de telômeros. No entanto, outros rearranjos cromossômicos foram detectados com ausência de ITS, de modo que essas sequências podem ter sido perdidas no processo das quebras cromossômicas, evidenciando que houve tanto retenção quanto perda das ITS ao longo da evolução cariotípica do gênero. Além disso, rearranjos complexos foram detectados entre os cariótipos de C. goytaca e C. subflavus, reiterando que essas duas espécies são distintas, uma vez que provavelmente os híbridos não seriam viáveis devido a problemas meióticos. No capítulo 4, com o objetivo de recuperar a história evolutiva e os limites das espécies de Oligoryzomys, estudos de filogenia molecular foram integrados a dados citogenéticos. O gênero mostrou-se monofilético, mas as relações internas tiveram baixo suporte. A compilação dos dados filogenéticos, cromossômicos e de distribuição geográfica (interdisciplinaridade) foram importantes para compreender os limites das espécies. Quatro linhagens não puderam ser relacionadas a nenhum nome, sendo prováveis espécies novas (Oligoryzomys A-D). Oligoryzomys flavescens foi recuperado parafilético em relação à O. fornesi. Oligoryzomys stramineus, O. microtis e O. nigripes foram recuperados em dois clados bem estruturados cada. No caso das duas últimas espécies, os subclados provavelmente estão relacionados à cariótipos exclusivos. Em O. microtis, um dos clados é composto por exemplares do oeste da região amazônica e o outro, por exemplares distribuído ao sul da região amazônica, transição com Cerrado (2n=64, NF=64). Em O. nigripes, um dos clados é composto por exemplares do nordeste do Brasil (2n=62, NF=78) e o outro por exemplares da região centro-sul-sudeste do Brasil, Argentina, Paraguai e Uruguai (2n=62, NF=80-82). Os dados filogeográficos suportam os dados filogenéticos e cromossômicos, revelando dois filogrupos em O. nigripes, sugerindo que essas populações estejam em processo de especiação. Os dados cromossômicos corroboram as informações da literatura e puderam ser associados aos seguintes nomes: O. mattogrossae, O. moojeni, O. chacoensis, O. stramineus, O. flavescens e O. nigripes, embora as duas últimas devam ser reavaliadas. Adicionalmente, um novo cariótipo está sendo reportado para Oligoryzomys aff. utiaritensis (2n=70, NF=72), assim como novos dados de distribuição no Brasil para quatro espécies. Sugerimos uma revisão taxonômica em O. microtis, O. flavescens e O. nigripes, pois estas espécies provavelmente representam complexos de espécies ou estão em processo de especiação. Além disso, os exemplares relacionados à Oligoryzomys aff. delicatus, Oligoryzomys aff. chacoensis, Oligoryzomys aff. rupestris e Oligoryzomys aff. utiaritensis devem ser avaliados morfologicamente para confirmar suas identidades. Os resultados desse trabalho corroboram a importância dos estudos interdisciplinares, uma vez que as taxas de evolução para cada caráter são heterogêneas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The macro and microhabitat use by small-mammal was investigated in an Atlantic Forest- Pampa mosaic. A grid with 88 traps was used, being 27 installed in the understory every two traps placed on the ground, which were 70 m apart of each other. The fieldwork was carried out in 17 monthly phases, during five days, from June 2011 to October 2012, totalizing a sampling effort of 7480 trap-nights. An analysis of variance was used to verify differences in richness, total abundance and abundance of each species among grassland, edges and forest. The same analysis was performed to test if the body mass of each species differs between the vegetation types. Eleven environmental variables measured were summarized through a principal component analysis (PCA). Subsequently, a multiple linear regression analysis was performed between richness and total abundance of each species and the first two axes of PCA. The environmental variables were also correlated to the abundance of small mammal through an analysis of redundancy (RDA). Analysis of variance showed no difference in total abundance and richness for any vegetation types. However, abundance of Oligoryzomys nigripes differed significantly (Q = 1.88, P = 0.0009), being higher in grassland. Considering body mass, there was a significant difference for Akodon montensis (Q = 1824, P = 0.046) and O. nigripes (Q = 1262.1, P = 0.001). The first axis of the PCA, were associated Didelphis albiventris and O. nigripes (r = 0.06, P = 0.022, r = 006, P = 0.018, respectively), and related to variables that characterize forest environments (higher density of woody vegetation). Analysis of variance showed that environmental complexity is not the main factor influencing the richness and abundance of species in the studied area, but there were differences in the pattern of individual distribution according to age, since adults selected best environments than young. The PCA and RDA showed significant effect of microhabitat variables on species occurrence. The presence of A. montesis was influenced by zoochorous dispersion and number of epiphytes, while D. albiventris and O. nigripes were related to forested environments, with greater trees abundance, DAP and litter. The last ones were also correlated with open environments, being D. albiventris related to ferns and distance of water and O. nigripes related to grasses. / A distribuição macro e micro-espacial de pequenos mamíferos não-voadores em uma área de mosaico entre Floresta Atlântica e Pampa foi investigada. Foi utilizada uma grade com 88 armadilhas, 27 foram instaladas no sub-bosque a cada duas armadilhas instaladas no solo, as quais distavam 70 m uma da outra. Foram realizadas 17 fases mensais de campo, durante cinco dias, de junho de 2011 a outubro de 2012, totalizando um esforço amostral de 7480 armadilhas-noite. Uma análise de variância (ANOVA) foi utilizada para verificar se existem diferenças na riqueza, abundância total e abundância de cada espécie entre as fitofisionomias de campo, borda e interior de floresta. Também foi testada a existência de diferenças na massa corporal dos indivíduos para cada espécie, entre essas fitofisionomias. Onze variáveis ambientais mensuradas foram resumidas através de uma análise de componentes principais (PCA). Posteriormente, foi realizada uma análise de regressão linear múltipla entre a riqueza e a abundância total e de cada espécie e os dois primeiros eixos do PCA. As variáveis ambientais brutas foram relacionadas com a abundância de mamíferos por meio de uma análise de redundância (RDA). A análise de variância não mostrou diferença na riqueza e abundância total das espécies para nenhuma das fitofisionomias. Oligoryzomys nigripes foi mais abundante na fitofisionomia de campo (Q = 1,88, P = 0,0009). Quanto à massa corporal, houve diferença significativa para Akodon montensis (Q = 1824, P = 0,046) e O. nigripes (Q = 1262,1, P = 0,001). O primeiro eixo da PCA, associado com Didelphis albiventris e O. nigripes estiveram associadas (r = 0,06; P = 0,022; r = 006; P = 0,018, respectivamente), foi relacionado às variáveis que caracterizam ambientes florestais. A análise de variância mostrou que a complexidade ambiental não é o principal fator que influencia a riqueza e a abundância das espécies na área estuda, porém houve diferenças no padrão de distribuição dos indivíduos conforme a idade, com indivíduos adultos selecionando ambientes distintos dos jovens. A RDA mostrou que a abundância de A. montesis foi influenciada pela dispersão zoocórica e número de epífitas, já D. albiventris e O. nigripes foram relacionados a ambientes florestados, com maior número de árvores, DAP e folhiço. Esses últimos foram correlacionados também a ambientes campestres, com D. albiventris se relacionando a locais com presença de samambaias e distantes da água e O. nigripes a ambientes com alta abundância de gramíneas.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-06-04T13:19:24Z No. of bitstreams: 1 luciana_g_portugal_ioc_bp_0019_2009.pdf: 1548127 bytes, checksum: 8942d79125d2358e00f75100870c51fe (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-04T13:19:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 luciana_g_portugal_ioc_bp_0019_2009.pdf: 1548127 bytes, checksum: 8942d79125d2358e00f75100870c51fe (MD5) Previous issue date: 2009 / Instituto Oswaldo Cruz, CNPq, PAPES III / Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública. Rio de janeiro, RJ, Brasil / Este trabalho determinou o perfil de infecção natural, ao longo do tempo, do Trypanosoma cruzi nos marsupiais Didelphis aurita e Philander frenatus e nos roedores Nectomys squamipes, Akodon cursor e Oligoryzomys nigripes no Município de Sumidouro, RJ. O diagnóstico parasitológico, obtido através de hemocultivos, e as prevalências sorológicas, obtidas através de Imunoflorescência Indireta, foram analisadas e correlacionadas com os dados populacionais, biológicos e de habitat dos hospedeiros, e com as variáveis ambientais e de composição de fauna da área. As dinâmicas populacionais dos pequenos mamíferos seguiram os padrões observados para as espécies neotropicais, estando relacionadas às suas estratégias reprodutivas, sendo estacional para os marsupiais e oportunista para os roedores. Apesar da degradação ambiental, os marsupiais e roedores apresentaram preferências por microhabitats específicos dentro da área de captura. Nenhuma amostra proveniente dos roedores foi positiva no hemocultivo, nem na análise sorológica. Na análise parasitológica dos marsupiais, 5% dos hemocultivos foram positivos, enquanto que na sorologia, a prevalência variou de 20% a 60% para D. aurita e 0% e 67,5% para P. frenatus. Através das taxas de infecção, não foram encontradas relações entre o parasitismo e a riqueza ou diversidade de mamíferos da área de estudo. Não houve diferença entre o habitat de animais infectados e não infectados. Não houve diferença entre machos e fêmeas infectados. O parasitismo por T. cruzi não afetou a biologia dos seus hospedeiros nem suas dinâmicas populacionais neste cenário de transmissão do parasito. Assim, foi verificada a existência de um ciclo de transmissão de T. cruzi na área, com ausência de participação dos roedores. Os marsupiais atuaram como hospedeiros mantenedores nas duas áreas de estudo, devido às evidências sorológicas e as baixas parasitemias. É possível que outras espécies de mamíferos estejam atuando na área como hospedeiros mantenedores ou amplificadores da infecção, como o furão Galictis cf. Cuja, que foi a primeira espécies capturada com infecção natural por T. cruzi na área. Concluímos que o ciclo de transmissão do T. cruzi nesta região apresentou um perfil de parasitemia sub-patente nas espécies marsupiais, caracterizada apenas pelo diagnóstico sorológico, e uma continuidade de transmissão ao longo de todo o ano nas duas áreas, observada através das conversões sorológicas. / The aim of this study was to understand the natural infection dynamic by Trypanosoma cruzi in the marsupials Didelphis aurita and Philander frenatus and the rodents Nectomys squamipes, Akodon cursor and Oligorysomys nigripes in order to along time, in Sumidouro Municipality, Rio de Janeiro State. The parasitological diagnose obtained from Haemoculture and the Serological prevalence obtained from Immunofluorescense assay were analyzed and correlated with the population dynamics of the hosts, their habitat and biological factors, and also with environment variables and species composition of the study area. The population dynamics of the small mammals followed the patterns observed for Neotropical species, showing a relation with the reproductive strategies, which was seasonal for the marsupials and opportunist for the rodents. Despite of the environment degradation, the marsupials and rodents presented preference for specifics microhabitats in the study area. No rodent was positive neither in the haemoculture nor in serology for T. cruzi infection. In the parasitological analysis of the marsupials, 5% of the haemocultures were positive while the prevalence using serology ranged from 20% to 60% for D. aurita and from 0% to 67,5% for P. frenatus. No relation was found between parasitism and richness and diversity of mammals’ species. Marsupials’ habitats were more related to triatomines’ habitat than the rodents’ habitat. No difference was observed between males and females infected animals. The parasitism of T. cruzi did not affect the biology of the hosts, neither their population dynamics in this scenario of transmission. Thus, a transmission cycle of T. cruzi was confirmed in the study area, and the rodents’ species were not participating in the transmission. The marsupials D.aurita and P. frenatus acted in this scenario as maintaining hosts in both study areas, due to the serological evidences and low parasitemia. It is possible that other mammal species are participating in this cycle as maintaining or amplifier hosts, for example the ferret Galictis cf. cuja. In conclusion, the profile of the transmission cycle of T. cruzi in this area was a sub-patent parasitemia in the marsupials, evidenced only by serologic results, and there is continuity in the parasite transmission throughout the year in the two study areas, observed in the serologic conversions.