Aegialomys é membro da tribo Oryzomyini, e se distribui ao longo dos ambientes abertos, a oeste do Peru e do Equador, incluindo o Arquipélago de Galápagos. Esse gênero, recentemente descrito, é constituído por duas espécies: A. galapagoensis e A. xanthaeolus. Contudo, informações recentes sugerem a existência de uma espécie não descrita na região do Equador. Esse fato, juntamente com questões levantadas na literatura a respeito do status taxonômico de Oryzomys xanthaeolus ica, e algumas reservas sobre Oryzomys baroni, motivou a revisão taxonômica desse grupo. Dentro desse contexto, o presente estudo descreveu os padrões de variação da amostra, buscando caracterizar os táxons, em termos morfológicos e morfométricos, descrever sua variação intra e interespecífica, atribuir nomes válidos a todas as espécies e estabelecer a distribuição geográfica de cada espécie reconhecida, bem como a relação de parentesco. Para tanto, foram estudadas coleções científicas nos Estados Unidos, na Inglaterra e no Peru. As análises morfométricas (estatística uni e multivariada) e morfológicas (frequência dos caracteres) foram conduzidas em indivíduos adultos e de ambos os sexos. Os caracteres morfométricos consistiram em dimensões corpóreas e crânio-dentárias. As normalidades univariadas dos dados foram testadas. Em um primeiro momento, foi apresentado o histórico taxonômico do gênero; em seguida, um catálogo sitematizado com informações sobre os tipos das espécies. A distribuição de Aegialomys no continente está limitada por Esmeraldas (Prov. de Esmeraldas, Equador), ao norte; por Hacienda Checayani, Azangaro (Depto. de Puno, Peru), ao sul e a leste; e pela costa a oeste. O gênero é encontrado em uma ilha próxima ao continente, chamada Isla Puna, e no Arquipélago de Galápagos. As análises morfológicas e morfométricas revelaram que os espécimes examinados são similares em seus caracteres externos, cranianos e dentários, independentemente da sua origem geográfica. Entretanto, morfológicamente constatou-se algumas variações com sentido geográfico para caracteres como a coloração dorsal, a coloração ventral, a posição do lacrimal, o tamanho do palato, a presença de flexo no anterocone do M1, e no anteroconídeo e morfometricamente, observamos um acentuado acréscimo nas dimensões cranianas, no sentido norte-sul da distribuição. Unindo dados morfológicos e morfometricos reconhece-se a existência de três grupos distintos - o norte, o sul e Galápagos, aos quais os nomes A. xanthaeolus, A. baroni e A. galapagoensis, foram designados respectivamente. No padrão geral das amostras, o agrupamento Galápagos se mostra mais similar às amostras do sul. Todavia, uma característica importante é compartilhada entre os indivíduos de Galápagos e os do grupo norte, que é a presença de flexo de anterocone e no anteroconídeo. O limite de distribuição das espécies continentais foi concordante com a zona de transição climática existente no sul do Equador e norte do Peru, onde o clima passa da caracterização úmida para árida, e também com dados relacionados às áreas de endemismo e barreiras para a dispersão de fauna encontrada também para outros grupos de vertebrados. A relação de parentesco entre as espécies foi estabelecida com base em uma filogenia morfológica, revelando que as espécies continentais são mais proximamente relacionadas entre si do que com A. galapagoensis. / Aegialomys is a member of Oryzomyini tribe that occurs through the open habitats, west of the Ecuadorian and Peruvian Andes, including the Galapagos Archipelago. This genus, recently described, consists of two species, A. galapagoensis and A. xanthaeolus. Nevertheless, additional information suggests there is one undescribed species in the Ecuadorian region. This fact, along with questions raised in the literature regarding the taxonomic status of Oryzomys xanthaeolus ica, and some reserves about Oryzomys baroni, has motivated a taxonomic review of this group. Within this context the present study describes the patterns of variation of the available samples, in order to characterize the taxa on morphologic and morphometric aspects; to describe the intra and interspecific variation; to assign the valid and available names to all valid taxa; and to establish the geographic distribution of each recognized species, and the kinship. In order to achieve these goals, I studied specimens housed at several scientific collections in the United States, England and Peru. Morphometric (univariate and multivariate statistical analyses) and morphologic (character-state frequencies) analyses were conducted in adult specimens, employing both sexes. The morphometric characters consisted of body dimensions and skull and molar measurements. Univariate normality was tested. At first, I present the genus taxonomic history and a systematic catalog with information regarding the type material of each nominal taxa. The distribution of Aegialomys in the continent is limited by Esmeraldas (Province of Esmeraldas, Ecuador) to the north; by the Hacienda Checayani, Azangaro (Depto. De Puno, Peru) to the south and west; and by the coast to the west. The genus is also found in a continental island close to the continent, Isla Puna, and inoceanic islands that form the Galapagos Archipelago. The morphometric and morphologic data revealed that the specimens examined are similar in some of their external, cranial and dental characters, independently of its geographical origin; however, I notice some variations related to the geography in characters like the dorsal and ventral color, lacrimal position, palate length, presence of anterocone flexus in M1, and presence of anteroconid flexus in M1. A pronounced addition in cranial dimensions is observed through north-south distribution, which revealed the existence of three distinct clusters: North, South and Galapagos of which the names A. xanthaeolus, A. baroni and A. galapagoensis was designated respectively. The samples of Galapagos exhibit morphometric and morphologically similarity to the South samples; however, an important character is shared among the individuals of Galapagos and North cluster, which is the presence of anterocone and anteroconid flexus. The distribution limits of continental species were consistent with the existing climate transition zone in southern Ecuador and northern Peru, where the climate changes from wet to dry, and also consistent with data related to the areas of endemism and barriers to the faunal dispersion reported for other vertebrate groups. The kinship among the species was established based on a morphological phylogeny, revealing that the continental species are more closely related to each other than with A. galapagoensis.

A região amazônica se destaca como a área de floresta tropical mais extensa e diversa do mundo. Essa diversidade é especialmente válida para os pequenos roedores e marsupiais que compõem o grupo mais diversificado de mamíferos Neotropicais, com estimativas de ocorrência de cerca de 107 espécies, sendo 91 endêmicas deste bioma. No entanto, nosso conhecimento sobre os limites específicos e geográfico destas espécies, bem como sua origem ainda está em sua infância. Diversas hipóteses buscam explicar essa a origem desta diversidade, sendo a dos rios como barreiras geográficas uma interpretação de diversificação para esta região, especialmente em grandes rios como o Xingu, que tem seu curso reto e seus tributários fluindo por um declive íngreme do norte do Escudo Brasileiro. Nesse contexto, o presente trabalho teve o objetivo de elaborar uma lista detalhada das espécies de pequenos mamíferos não voadores da região do baixo rio Xingu e discutir aspectos biogeográficos desse grupo para a Bacia Amazônica. Foram analisados aproximadamente 320 indivíduos obtidos através de visitas a coleções zoológicas e provenientes do Programa de Monitoramento, Resgate e Aproveitamento Científico da Fauna da Usina Hidrelétrica de Belo Monte. Foram realizadas análises quali- e quantitativas de características externas e crânio-dentárias, e moleculares, através do sequenciamento dos genes mitocondriais citocromo b e citocromo c oxidase subunidade I. A lista é composta por 35 espécies, sendo 16 marsupais didelfimorfos, 12 roedores sigmodontíneos e sete roedores equimídeos. Para todas elas são apresentadas informações sobre localidade tipo, distribuição geográfica, identificação e comentários taxonômicos. A lista de espécies obtida para a região do baixo rio Xingu destaca-se pela expressiva riqueza com registros de espécies raras, como Glironia venusta, Gracilinanus emiliae, Marmosa lepida, Lonchothrix emiliae, Dactylomys dactylinus, Makalata didelphoides e Echimys chysurus, além da presença de quatro espécies possivelmente não descritas dos gêneros Neacomys, Oligoryzomys e Monodelphis. Uma análise de similaridade com base na riqueza do grupo alvo desse estudo demonstra que o leste da Amazônia é uma região biogeográfica distinta dentro bacia hidrográfica. Através das análises moleculares, verificou-se que o Rio Xingu não atua como agente primário de diversificação para a maioria das espécies que estão sob sua influência biogeográfica, mas sim como mantenedor de diversidade em vários níveis no leste da Amazônia. / The Amazon region stands out as the most extensive and diverse area of tropical rainforest in the world. This high diversity is especially true for the small rodents and didelphid marsupials, which compose the most diversified group of neotropical mammals, with estimates of nearly 107 species, 91 of those are endemic to this biome. However, our knowledge about the species limits and geographic distribution, as well as their origins are still in its infancy. Several hypotheses arouse to explain the Amazon diversity, and the riverine barrier seems appropriate as an interpretation of diversification for this region, especially for rivers like Xingu, which has a straight course and its tributaries flowing through a steep slope from the northern Brazilian Shield. In this context, this study aimed to present a detailed and commented list of the non-volant small mammals of the lower Xingu river region and discuss some biogeographic aspects of these groups across the Amazon Basin. I analyzed about 320 specimens obtained from zoological collections and from the \"Faunal Assessment, Rescue and Scientifical Using Program of UHE Belo Monte\" (Programa de Monitoramento, Resgate e Aproveitamento Científico da Fauna da Usina Hidrelétrica de Belo Monte). There were performed quali- and quantitative analyses of morphological traits from skin and skull, and molecular analyses, through sequencing of mitochondrial genes cytochrome b and cytochrome c oxidase subunit I. The commented list is composed by 35 species, being 16 didelphid marsupials, 12 sigmodontine rodents and seven echimyid rodents. For every species, is presented information about type locality, geographic distribution, identification and taxonomic remarks. The species list obtained here to the low Xingu river region stands out for its expressive richness with records of rare species, such as Glironia venusta, Gracilinanus emiliae, Marmosa lepida, Lonchothrix emiliae, Dactylomys dactylinus, Makalata didelphoides, Echimys chrysurus, besides the presence of four possibly undescribed species from the genera Neacomys, Oligoryzomys and Monodelphis. A similarity analysis based on the non-volant small mammal species composition shows the eastern Amazon as a distinct biogeographical region inside this basin. Regarding the molecular analysis, it was verified that the Xingu river does not act as a primary agent of diversification for most of the species under its biogeographic influence, but as a diversity support at many levels in the eastern Amazon.

A região amazônica se destaca como a área de floresta tropical mais extensa e diversa do mundo. Essa diversidade é especialmente válida para os pequenos roedores e marsupiais que compõem o grupo mais diversificado de mamíferos Neotropicais, com estimativas de ocorrência de cerca de 107 espécies, sendo 91 endêmicas deste bioma. No entanto, nosso conhecimento sobre os limites específicos e geográfico destas espécies, bem como sua origem ainda está em sua infância. Diversas hipóteses buscam explicar essa a origem desta diversidade, sendo a dos rios como barreiras geográficas uma interpretação de diversificação para esta região, especialmente em grandes rios como o Xingu, que tem seu curso reto e seus tributários fluindo por um declive íngreme do norte do Escudo Brasileiro. Nesse contexto, o presente trabalho teve o objetivo de elaborar uma lista detalhada das espécies de pequenos mamíferos não voadores da região do baixo rio Xingu e discutir aspectos biogeográficos desse grupo para a Bacia Amazônica. Foram analisados aproximadamente 320 indivíduos obtidos através de visitas a coleções zoológicas e provenientes do Programa de Monitoramento, Resgate e Aproveitamento Científico da Fauna da Usina Hidrelétrica de Belo Monte. Foram realizadas análises quali- e quantitativas de características externas e crânio-dentárias, e moleculares, através do sequenciamento dos genes mitocondriais citocromo b e citocromo c oxidase subunidade I. A lista é composta por 35 espécies, sendo 16 marsupais didelfimorfos, 12 roedores sigmodontíneos e sete roedores equimídeos. Para todas elas são apresentadas informações sobre localidade tipo, distribuição geográfica, identificação e comentários taxonômicos. A lista de espécies obtida para a região do baixo rio Xingu destaca-se pela expressiva riqueza com registros de espécies raras, como Glironia venusta, Gracilinanus emiliae, Marmosa lepida, Lonchothrix emiliae, Dactylomys dactylinus, Makalata didelphoides e Echimys chysurus, além da presença de quatro espécies possivelmente não descritas dos gêneros Neacomys, Oligoryzomys e Monodelphis. Uma análise de similaridade com base na riqueza do grupo alvo desse estudo demonstra que o leste da Amazônia é uma região biogeográfica distinta dentro bacia hidrográfica. Através das análises moleculares, verificou-se que o Rio Xingu não atua como agente primário de diversificação para a maioria das espécies que estão sob sua influência biogeográfica, mas sim como mantenedor de diversidade em vários níveis no leste da Amazônia. / The Amazon region stands out as the most extensive and diverse area of tropical rainforest in the world. This high diversity is especially true for the small rodents and didelphid marsupials, which compose the most diversified group of neotropical mammals, with estimates of nearly 107 species, 91 of those are endemic to this biome. However, our knowledge about the species limits and geographic distribution, as well as their origins are still in its infancy. Several hypotheses arouse to explain the Amazon diversity, and the riverine barrier seems appropriate as an interpretation of diversification for this region, especially for rivers like Xingu, which has a straight course and its tributaries flowing through a steep slope from the northern Brazilian Shield. In this context, this study aimed to present a detailed and commented list of the non-volant small mammals of the lower Xingu river region and discuss some biogeographic aspects of these groups across the Amazon Basin. I analyzed about 320 specimens obtained from zoological collections and from the \"Faunal Assessment, Rescue and Scientifical Using Program of UHE Belo Monte\" (Programa de Monitoramento, Resgate e Aproveitamento Científico da Fauna da Usina Hidrelétrica de Belo Monte). There were performed quali- and quantitative analyses of morphological traits from skin and skull, and molecular analyses, through sequencing of mitochondrial genes cytochrome b and cytochrome c oxidase subunit I. The commented list is composed by 35 species, being 16 didelphid marsupials, 12 sigmodontine rodents and seven echimyid rodents. For every species, is presented information about type locality, geographic distribution, identification and taxonomic remarks. The species list obtained here to the low Xingu river region stands out for its expressive richness with records of rare species, such as Glironia venusta, Gracilinanus emiliae, Marmosa lepida, Lonchothrix emiliae, Dactylomys dactylinus, Makalata didelphoides, Echimys chrysurus, besides the presence of four possibly undescribed species from the genera Neacomys, Oligoryzomys and Monodelphis. A similarity analysis based on the non-volant small mammal species composition shows the eastern Amazon as a distinct biogeographical region inside this basin. Regarding the molecular analysis, it was verified that the Xingu river does not act as a primary agent of diversification for most of the species under its biogeographic influence, but as a diversity support at many levels in the eastern Amazon.

Aegialomys é membro da tribo Oryzomyini, e se distribui ao longo dos ambientes abertos, a oeste do Peru e do Equador, incluindo o Arquipélago de Galápagos. Esse gênero, recentemente descrito, é constituído por duas espécies: A. galapagoensis e A. xanthaeolus. Contudo, informações recentes sugerem a existência de uma espécie não descrita na região do Equador. Esse fato, juntamente com questões levantadas na literatura a respeito do status taxonômico de Oryzomys xanthaeolus ica, e algumas reservas sobre Oryzomys baroni, motivou a revisão taxonômica desse grupo. Dentro desse contexto, o presente estudo descreveu os padrões de variação da amostra, buscando caracterizar os táxons, em termos morfológicos e morfométricos, descrever sua variação intra e interespecífica, atribuir nomes válidos a todas as espécies e estabelecer a distribuição geográfica de cada espécie reconhecida, bem como a relação de parentesco. Para tanto, foram estudadas coleções científicas nos Estados Unidos, na Inglaterra e no Peru. As análises morfométricas (estatística uni e multivariada) e morfológicas (frequência dos caracteres) foram conduzidas em indivíduos adultos e de ambos os sexos. Os caracteres morfométricos consistiram em dimensões corpóreas e crânio-dentárias. As normalidades univariadas dos dados foram testadas. Em um primeiro momento, foi apresentado o histórico taxonômico do gênero; em seguida, um catálogo sitematizado com informações sobre os tipos das espécies. A distribuição de Aegialomys no continente está limitada por Esmeraldas (Prov. de Esmeraldas, Equador), ao norte; por Hacienda Checayani, Azangaro (Depto. de Puno, Peru), ao sul e a leste; e pela costa a oeste. O gênero é encontrado em uma ilha próxima ao continente, chamada Isla Puna, e no Arquipélago de Galápagos. As análises morfológicas e morfométricas revelaram que os espécimes examinados são similares em seus caracteres externos, cranianos e dentários, independentemente da sua origem geográfica. Entretanto, morfológicamente constatou-se algumas variações com sentido geográfico para caracteres como a coloração dorsal, a coloração ventral, a posição do lacrimal, o tamanho do palato, a presença de flexo no anterocone do M1, e no anteroconídeo e morfometricamente, observamos um acentuado acréscimo nas dimensões cranianas, no sentido norte-sul da distribuição. Unindo dados morfológicos e morfometricos reconhece-se a existência de três grupos distintos - o norte, o sul e Galápagos, aos quais os nomes A. xanthaeolus, A. baroni e A. galapagoensis, foram designados respectivamente. No padrão geral das amostras, o agrupamento Galápagos se mostra mais similar às amostras do sul. Todavia, uma característica importante é compartilhada entre os indivíduos de Galápagos e os do grupo norte, que é a presença de flexo de anterocone e no anteroconídeo. O limite de distribuição das espécies continentais foi concordante com a zona de transição climática existente no sul do Equador e norte do Peru, onde o clima passa da caracterização úmida para árida, e também com dados relacionados às áreas de endemismo e barreiras para a dispersão de fauna encontrada também para outros grupos de vertebrados. A relação de parentesco entre as espécies foi estabelecida com base em uma filogenia morfológica, revelando que as espécies continentais são mais proximamente relacionadas entre si do que com A. galapagoensis. / Aegialomys is a member of Oryzomyini tribe that occurs through the open habitats, west of the Ecuadorian and Peruvian Andes, including the Galapagos Archipelago. This genus, recently described, consists of two species, A. galapagoensis and A. xanthaeolus. Nevertheless, additional information suggests there is one undescribed species in the Ecuadorian region. This fact, along with questions raised in the literature regarding the taxonomic status of Oryzomys xanthaeolus ica, and some reserves about Oryzomys baroni, has motivated a taxonomic review of this group. Within this context the present study describes the patterns of variation of the available samples, in order to characterize the taxa on morphologic and morphometric aspects; to describe the intra and interspecific variation; to assign the valid and available names to all valid taxa; and to establish the geographic distribution of each recognized species, and the kinship. In order to achieve these goals, I studied specimens housed at several scientific collections in the United States, England and Peru. Morphometric (univariate and multivariate statistical analyses) and morphologic (character-state frequencies) analyses were conducted in adult specimens, employing both sexes. The morphometric characters consisted of body dimensions and skull and molar measurements. Univariate normality was tested. At first, I present the genus taxonomic history and a systematic catalog with information regarding the type material of each nominal taxa. The distribution of Aegialomys in the continent is limited by Esmeraldas (Province of Esmeraldas, Ecuador) to the north; by the Hacienda Checayani, Azangaro (Depto. De Puno, Peru) to the south and west; and by the coast to the west. The genus is also found in a continental island close to the continent, Isla Puna, and inoceanic islands that form the Galapagos Archipelago. The morphometric and morphologic data revealed that the specimens examined are similar in some of their external, cranial and dental characters, independently of its geographical origin; however, I notice some variations related to the geography in characters like the dorsal and ventral color, lacrimal position, palate length, presence of anterocone flexus in M1, and presence of anteroconid flexus in M1. A pronounced addition in cranial dimensions is observed through north-south distribution, which revealed the existence of three distinct clusters: North, South and Galapagos of which the names A. xanthaeolus, A. baroni and A. galapagoensis was designated respectively. The samples of Galapagos exhibit morphometric and morphologically similarity to the South samples; however, an important character is shared among the individuals of Galapagos and North cluster, which is the presence of anterocone and anteroconid flexus. The distribution limits of continental species were consistent with the existing climate transition zone in southern Ecuador and northern Peru, where the climate changes from wet to dry, and also consistent with data related to the areas of endemism and barriers to the faunal dispersion reported for other vertebrate groups. The kinship among the species was established based on a morphological phylogeny, revealing that the continental species are more closely related to each other than with A. galapagoensis.

A tribo Oryzomyini abriga 34 dos 86 gêneros sigmodontíneos e apresenta ampla distribuição geográfica, ocorrendo em diversos habitats desde a Terra do Fogo ao sudeste dos Estados Unidos; com representantes cursoriais, arborícolas ou ainda semi-aquáticos, e com diferentes hábitos alimentares, variando de onívoros a insetívoros. Estudos sistemáticos nessa tribo têm sido desenvolvidos com base em dados de morfologia, morfometria, informações citogenéticas e moleculares, o que vêm contribuindo para o reconhecimento de novos táxons. No entanto, a última revisão taxonômica publicada para o gênero Nectomys data da década de 1940, na qual foi reconhecida apenas uma espécie com diversas subespécies, o que aumentou substancialmente a quantidade de nomes associados ao gênero. Diante disso, o cerne desse estudo foi testar a hipótese levantada por Hershkovitz de que Nectomys é representado por apenas uma espécie com ampla distribuição geográfica pela América do Sul. Para testar essa hipótese, reuni informações acerca dos táxons nominais e empreguei análises de variação geográfica com base na metodologia de transectos, tendo como unidades geográficas as bacias hidrográficas da América do Sul. Para isso, apliquei análises univariadas e multivariadas para dados quantitativos, e frequência de caracteres para dados qualitativos. Os resultados apontaram que o gênero Nectomys é composto por oito entidades, assim nomeadas e distribuídas: N. apicalis, encosta oriental da Cordilheira dos Andes do sul do Peru até o norte da Colômbia, no extremo oeste do Estado do Amazonas, no Brasil; N. magdalenae, ao longo do vale do rio Magdalena e ao norte do vale do rio Cauca, no oeste da Colômbia; N. palmipes, Trinidad e Tobago e nordeste da Venezuela; N. rattus, porção norte e central do Brasil, ao norte da bacia do rio Paraná e a oeste do rio São Francisco, Guiana, Suriname, Guiana Francesa, Venezuela (exceto Península de Paria), e rios Ucayali e Huallaga no Peru; N. saturatus, Ibarra, Equador; N. squamipes, Floresta Atlântica, desde Pernambuco até o Rio Grande do Sul, nos Estados de Minas Gerais e na porção leste do Mato Grosso do Sul, Paraguai e na Província de Misiones, na Argentina; Nectomys sp. A, noroeste da Bolívia, encosta oriental da Cordilheira do Andes; e Nectomys sp. B., Amazônia ocidental, nos rios Purus, Juruá e Javari. As análises que conduzi me permitiram estabelecer que a variação morfológica e citogenética não é aleatória: encontrei descontinuidades nítidas entre amostras ao longo da geografia, e com base no conceito de espécie por mim adotado, estabeleço que estas entidades representam oito espécies distintas. / The tribe Oryzomyini holds 34 of 86 sigmodontine genera and presents a wide geographic distribution, occurring in several habitats from Tierra del Fuego to southeast United States ; it includes cursorial, arboreal and semi-acquatic species with distinct food habits, ranging from omnivorous to insectivorous. Systematic studies in Oryzomyini have been based on morphological and morphometric data, as well cytogenetic and molecular information, which is contributing to recognition of new taxa. However, the latest published taxonomic review of the genus Nectomys date from 1940, where was recognized only one species with several subespecies, what increased substantially the amount of names related to the genus. In this way, the main goal of this study was to test the Hershkovitz\'s hypothesis that Nectomys is represented by only one species widely distributed through South America. To test this hypothesis, I gathered information about the nominal taxa and I employed geographical variation analysis based on the transect method, for what I used the South America river basins as a geographic units. To do so, I applied univariated and multivariated analysis for the quantitative data, and character frequency for the qualitative data. The results suggest the genus Nectomys is composed by eight species, which are so named and distributed: N. apicalis, Andean eastern slope, from southern Peru to northern Colombia, and westernmost Amazonas state, in Brazil; N. magdalenae, through Magdalena and Cauca valleys, in Colombia; N. palmipes, Trinidad and Tobago, and northeast Venezuela; N. rattus, central and north region in Brazil, Guyana, Suriname, and French Guyana, Venezuela (except Paria peninsula), and Ucayali and Huallaga rivers in Peru; N. saturatus, Ibarra, Ecuador; N. squamipes, Atlantic Forest, from Pernambuco to Rio Grande do Sul, Minas Gerais and eastern Mato Grosso do Sul in Brazil, Paraguay, and Misiones province, Argentina; Nectomys sp. A, northwestern Bolivia, in the eastern Andean slope; and Nectomys sp. B., western Amazônia, in Purus, Juruá, and Javari rivers. The analysis conducted allowed me to establish that the cytogenetic and morphologic variation is not random: I found marked discontinuities among samples through the geography, and based on the species concept I adopted, I establish that these entities represent eight distinct species.

A tirbo Oryzomyini é a mais especiosa dentre os sigmodontíneos e os estudos citogenéticos nesses roedores refletem tal diversidade exibindo uma gama excepcional de variabilidade cromossômica. O número diploide varia de 2n = 16 até 2n = 88, além disso, algumas espécies apresentam polimorfismos de cromossomos autossômicos e sexuais, assim como a presença de supernumerários. De modo a compreender melhor a variabilidade cromossômica do grupo, o presente trabalho tem como objetivo: fazer uma revisão citogenética da tribo; descrever sete novos cariótipos (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110 e Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); realizar um estudo de pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo-específicas de todo o complemento cromossômico de Holochilus sciureus e alguns autossomos de Oligoryzomys moojeni em quinze espécies de Oryzomyini (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62 e Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs); e por fim fazer uma análise filogenética da tribo baseada em dados de pintura cromossômica. Os resultados mostraram uma intensa reorganização genômica envolvendo inversões pericêntricas e/ou reposicionamento centromérico, inversões paracêntricas, rearranjos Robertsonianos, fusões e/ou fissões em tandem e translocações envolvidas na diversidade e evolução cromossômica de Oryzomyini. A utilização de duas abordagens diferentes na análise filogenética mostrou qual é mais confiável e apresenta resultados similares aqueles resultantes das análises morfológicas e moleculares. Além disso, os cromossomos sexuais dessas espécies apresentaram regiões homólogas compartilhadas entre todas as espécies analisadas com amplificação espécie-específica de heterocromatina / Oryzomyini is the most specious tribe of Sigmodontinae subfamily and cytogenetic studies of these rodents reflect such diversity displaying an exceptional range of karyotype variability. Diploid number vary from 2n = 16 to 2n = 88, in addition, some species present autosomal and sex chromosomes polymorphisms, besides the presence of B chromosomes. In order to understand the actual karyotype variability of Oryzomyini we present: a cytogenetic review of the tribe in order to rescue all chromosomal data available for the group; the description of seven new karyotypes (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110, and Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); a genome-wide comparative study using whole chromosome probes of the entirely chromosome set of Holochilus sciureus and some autosomes of Oligoryzomys moojeni in metaphases of fifteen Oryzomyini species (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62, and Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs) and; a phylogenetic analysis of Oryzomyini using chromosome painting data. The results showed an extensive chromosomal rearrangement, such as pericentric inversions or centromeric shift, paracentric inversions, Robertsonian rearrangements, tandem fusions/fissions, and translocations involved in the karyotype diversity and evolution of Oryzomyini. The use of two different approaches to perform a phylogenetic analysis based on chromosome painting data revealed which one is more trustworthy and present results more similar with molecular and morphological analysis. In addiction, the sex chromosomes of these species present homologous regions between all analysed species with amplification of species-specific heterochromatin

A tribo Oryzomyini abriga 34 dos 86 gêneros sigmodontíneos e apresenta ampla distribuição geográfica, ocorrendo em diversos habitats desde a Terra do Fogo ao sudeste dos Estados Unidos; com representantes cursoriais, arborícolas ou ainda semi-aquáticos, e com diferentes hábitos alimentares, variando de onívoros a insetívoros. Estudos sistemáticos nessa tribo têm sido desenvolvidos com base em dados de morfologia, morfometria, informações citogenéticas e moleculares, o que vêm contribuindo para o reconhecimento de novos táxons. No entanto, a última revisão taxonômica publicada para o gênero Nectomys data da década de 1940, na qual foi reconhecida apenas uma espécie com diversas subespécies, o que aumentou substancialmente a quantidade de nomes associados ao gênero. Diante disso, o cerne desse estudo foi testar a hipótese levantada por Hershkovitz de que Nectomys é representado por apenas uma espécie com ampla distribuição geográfica pela América do Sul. Para testar essa hipótese, reuni informações acerca dos táxons nominais e empreguei análises de variação geográfica com base na metodologia de transectos, tendo como unidades geográficas as bacias hidrográficas da América do Sul. Para isso, apliquei análises univariadas e multivariadas para dados quantitativos, e frequência de caracteres para dados qualitativos. Os resultados apontaram que o gênero Nectomys é composto por oito entidades, assim nomeadas e distribuídas: N. apicalis, encosta oriental da Cordilheira dos Andes do sul do Peru até o norte da Colômbia, no extremo oeste do Estado do Amazonas, no Brasil; N. magdalenae, ao longo do vale do rio Magdalena e ao norte do vale do rio Cauca, no oeste da Colômbia; N. palmipes, Trinidad e Tobago e nordeste da Venezuela; N. rattus, porção norte e central do Brasil, ao norte da bacia do rio Paraná e a oeste do rio São Francisco, Guiana, Suriname, Guiana Francesa, Venezuela (exceto Península de Paria), e rios Ucayali e Huallaga no Peru; N. saturatus, Ibarra, Equador; N. squamipes, Floresta Atlântica, desde Pernambuco até o Rio Grande do Sul, nos Estados de Minas Gerais e na porção leste do Mato Grosso do Sul, Paraguai e na Província de Misiones, na Argentina; Nectomys sp. A, noroeste da Bolívia, encosta oriental da Cordilheira do Andes; e Nectomys sp. B., Amazônia ocidental, nos rios Purus, Juruá e Javari. As análises que conduzi me permitiram estabelecer que a variação morfológica e citogenética não é aleatória: encontrei descontinuidades nítidas entre amostras ao longo da geografia, e com base no conceito de espécie por mim adotado, estabeleço que estas entidades representam oito espécies distintas. / The tribe Oryzomyini holds 34 of 86 sigmodontine genera and presents a wide geographic distribution, occurring in several habitats from Tierra del Fuego to southeast United States ; it includes cursorial, arboreal and semi-acquatic species with distinct food habits, ranging from omnivorous to insectivorous. Systematic studies in Oryzomyini have been based on morphological and morphometric data, as well cytogenetic and molecular information, which is contributing to recognition of new taxa. However, the latest published taxonomic review of the genus Nectomys date from 1940, where was recognized only one species with several subespecies, what increased substantially the amount of names related to the genus. In this way, the main goal of this study was to test the Hershkovitz\'s hypothesis that Nectomys is represented by only one species widely distributed through South America. To test this hypothesis, I gathered information about the nominal taxa and I employed geographical variation analysis based on the transect method, for what I used the South America river basins as a geographic units. To do so, I applied univariated and multivariated analysis for the quantitative data, and character frequency for the qualitative data. The results suggest the genus Nectomys is composed by eight species, which are so named and distributed: N. apicalis, Andean eastern slope, from southern Peru to northern Colombia, and westernmost Amazonas state, in Brazil; N. magdalenae, through Magdalena and Cauca valleys, in Colombia; N. palmipes, Trinidad and Tobago, and northeast Venezuela; N. rattus, central and north region in Brazil, Guyana, Suriname, and French Guyana, Venezuela (except Paria peninsula), and Ucayali and Huallaga rivers in Peru; N. saturatus, Ibarra, Ecuador; N. squamipes, Atlantic Forest, from Pernambuco to Rio Grande do Sul, Minas Gerais and eastern Mato Grosso do Sul in Brazil, Paraguay, and Misiones province, Argentina; Nectomys sp. A, northwestern Bolivia, in the eastern Andean slope; and Nectomys sp. B., western Amazônia, in Purus, Juruá, and Javari rivers. The analysis conducted allowed me to establish that the cytogenetic and morphologic variation is not random: I found marked discontinuities among samples through the geography, and based on the species concept I adopted, I establish that these entities represent eight distinct species.

A tirbo Oryzomyini é a mais especiosa dentre os sigmodontíneos e os estudos citogenéticos nesses roedores refletem tal diversidade exibindo uma gama excepcional de variabilidade cromossômica. O número diploide varia de 2n = 16 até 2n = 88, além disso, algumas espécies apresentam polimorfismos de cromossomos autossômicos e sexuais, assim como a presença de supernumerários. De modo a compreender melhor a variabilidade cromossômica do grupo, o presente trabalho tem como objetivo: fazer uma revisão citogenética da tribo; descrever sete novos cariótipos (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110 e Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); realizar um estudo de pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo-específicas de todo o complemento cromossômico de Holochilus sciureus e alguns autossomos de Oligoryzomys moojeni em quinze espécies de Oryzomyini (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62 e Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs); e por fim fazer uma análise filogenética da tribo baseada em dados de pintura cromossômica. Os resultados mostraram uma intensa reorganização genômica envolvendo inversões pericêntricas e/ou reposicionamento centromérico, inversões paracêntricas, rearranjos Robertsonianos, fusões e/ou fissões em tandem e translocações envolvidas na diversidade e evolução cromossômica de Oryzomyini. A utilização de duas abordagens diferentes na análise filogenética mostrou qual é mais confiável e apresenta resultados similares aqueles resultantes das análises morfológicas e moleculares. Além disso, os cromossomos sexuais dessas espécies apresentaram regiões homólogas compartilhadas entre todas as espécies analisadas com amplificação espécie-específica de heterocromatina / Oryzomyini is the most specious tribe of Sigmodontinae subfamily and cytogenetic studies of these rodents reflect such diversity displaying an exceptional range of karyotype variability. Diploid number vary from 2n = 16 to 2n = 88, in addition, some species present autosomal and sex chromosomes polymorphisms, besides the presence of B chromosomes. In order to understand the actual karyotype variability of Oryzomyini we present: a cytogenetic review of the tribe in order to rescue all chromosomal data available for the group; the description of seven new karyotypes (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110, and Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); a genome-wide comparative study using whole chromosome probes of the entirely chromosome set of Holochilus sciureus and some autosomes of Oligoryzomys moojeni in metaphases of fifteen Oryzomyini species (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62, and Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs) and; a phylogenetic analysis of Oryzomyini using chromosome painting data. The results showed an extensive chromosomal rearrangement, such as pericentric inversions or centromeric shift, paracentric inversions, Robertsonian rearrangements, tandem fusions/fissions, and translocations involved in the karyotype diversity and evolution of Oryzomyini. The use of two different approaches to perform a phylogenetic analysis based on chromosome painting data revealed which one is more trustworthy and present results more similar with molecular and morphological analysis. In addiction, the sex chromosomes of these species present homologous regions between all analysed species with amplification of species-specific heterochromatin

An interdisciplinary approach integrating micro and macroevolution, genomic, morphometric and morphological variation, systematics, quantitative genetics, and biogeography was employed to investigate the evolutionary history of the genus Holochilus (Rodentia: Sigmodontinae). Holochilus presents poorly defined species, with nomenclatural problems and phylogenetic relationships on species level unknown. The current species number possibly does not reflect its real diversity, and no work combining genetic and morphometric evidences from all its geographic range was performed. This genus belongs to the tribe Oryzomyini, and along with other 14 genera constitute the Oryzomyini clade D, the most comprehensive generic diversity of the tribe, occupying distinct environments. The internal phylogenetic relationship within this clade is still unclear and variable. Due to its broad geographic distribution, Holochilus also represents a key piece on the study of the evolution of oryzomines of open formations of South America. Based on a comprehensive sampling, I analyzed patterns of morphometric and genomic variation within Holochilus, in order to delimit the species belonging to this genus, as well as access the phylogenetic relationship between these lineages. I investigated the sexual and ontogenetic variation in this group, comparing natural and captive populations, seeking for understand the effect of the environmental differences in the pattern of variation and ontogenetic trajectories (Chapter 1). I also evaluated and compared the genomic variation among three species of Holochilus to verify the influence of the biomes and the climatic changes in the genomic signatures (Chapter 2). I applied a model-based approach to delimit species (Chapter 3). And finally, additional investigations were made to propose the phylogenetic relationship between members of clade D, and provide date intervals for the main diversifications events, as well as the possible process responsible for the biogeographic pattern current observed related with the forest and open areas occupation (Chapter 4). Sexual dimorphism exhibited small degree of variation among populations. The greater ontogenetic variation is found in the younger age classes, but oldest individuals also show larger degree of differentiation. There are also great differences in the ontogenetic trajectories among samples, where individuals from the captive population exhibited the lower degree of variation between all age classes. The quantitative genetic analysis showed that genomic differences are observed across the taxa, and it was associated with geography. Ecological niche models revealed that biomes with larger areas of stability also presented more genomic structure, suggesting that historical dimension impacted population isolation/connectivity. Results also shows that biomes not only differ geographically and environmentally (based on past climatic conditions), but also show significant association between the environmental space and the genetic variation that is not related with geography. Eight independent lineages within Holochilus were recovered, and the phylogenetic arrangement partially corroborates previous studies. Finally, the phylogeny proposed for the clade D presented some differences in comparisons with other previously reported, and suggest that most of the cladogenetic events happened during the Pleistocene, being the expansion of open environments an important driver of diversification in this group. / Uma abordagem interdisciplinar integrando micro e macroevolução, variação genômica, morfométrica e morfológica, sistemática, genética quantitativa e biogeografia foi empregada para investigar a história evolutiva do gênero Holochilus (Rodentia: Sigmodontinae). O gênero Holochilus apresenta espécies mal definidas, com problemas nomenclaturais e relações desconhecida. O número atual de espécies possivelmente não reflete a sua diversidade real e, até o momento, não foi realizado nenhum trabalho combinando evidências genéticas e morfométricas englobando toda a distribuição geográfica desse grupo. Este gênero pertence à tribo Oryzomyini, e juntamente com outros 14 gêneros (a diversidade genérica mais abrangente da tribo) formam o clado D. A relação filogenética interna dentro deste clado ainda é variável. Devido à sua ampla distribuição geográfica, Holochilus também representa uma peça chave no estudo da evolução dos oryzomíneos de formações abertas da América do Sul. Com base em uma amostragem abrangente, analisei padrões de variação morfométrica e genômica dentro de Holochilus, a fim de delimitar as espécies pertencentes a este gênero, bem como acessar a relação filogenética entre essas linhagens. Investiguei a variação sexual e ontogenética deste grupo, comparando populações naturais e de cativeiro, buscando entender o efeito das diferenças ambientais no padrão de variação e nas trajetórias ontogenéticas (Capítulo 1). Eu também avaliei e comparei a variação genômica entre três espécies de Holochilus a fim de verificar a influência dos biomas e das mudanças climáticas nas assinaturas genômicas das espécies (Capítulo 2). Em seguida eu apliquei uma abordagem baseada em modelos para delimitar as espécies (Capítulo 3). Finalmente, investigações adicionais foram realizadas para propor as relações filogenéticas entre os membros do clade D, fornecendo datas para os principais eventos de diversificação, e inferências sobre possíveis processos responsáveis pelo padrão biogeográfico atual, relacionado os mesmos com a ocupação florestal e áreas abertas (Capítulo 4). O dimorfismo sexual apresentou pequeno grau de variação entre as populações. A maior variação ontogenética é encontrada nas classes etárias mais jovens e mais velhas. Há também grandes diferenças nas trajetórias ontogenéticas entre as amostras, onde indivíduos da população cativeiro exibiram o menor grau de variação entre todas as classes etárias. A análise genética quantitativa mostrou que diferenças genômicas são observadas em todos os táxons e essa diferença está associada à geografia. Modelos de nichos ecológicos revelaram que os biomas com maiores áreas de estabilidade também apresentaram maior estruturação genômica, sugerindo que uma dimensão histórica impactou o isolamento/conectividade entre as populações. Os resultados também mostram que os biomas não só diferem geograficamente e ambientalmente (baseado em condições climáticas passadas), mas também mostram associação significativa entre o espaço ambiental e a variação genética que não está relacionada com a geografia. Adicionalmente, foi recuperado oito linhagens independentes dentro de Holochilus, e o arranjo filogenético parcialmente corrobora estudos anteriores. Finalmente, a filogenia proposta para o clado D apresentou algumas diferenças em comparação com outros estudos, e sugeriu que a maioria dos eventos cladogenéticos ocorreram durante o Pleistoceno, sendo a expansão dos ambientes abertos um importante motor de diversificação neste grupo.

An interdisciplinary approach integrating micro and macroevolution, genomic, morphometric and morphological variation, systematics, quantitative genetics, and biogeography was employed to investigate the evolutionary history of the genus Holochilus (Rodentia: Sigmodontinae). Holochilus presents poorly defined species, with nomenclatural problems and phylogenetic relationships on species level unknown. The current species number possibly does not reflect its real diversity, and no work combining genetic and morphometric evidences from all its geographic range was performed. This genus belongs to the tribe Oryzomyini, and along with other 14 genera constitute the Oryzomyini clade D, the most comprehensive generic diversity of the tribe, occupying distinct environments. The internal phylogenetic relationship within this clade is still unclear and variable. Due to its broad geographic distribution, Holochilus also represents a key piece on the study of the evolution of oryzomines of open formations of South America. Based on a comprehensive sampling, I analyzed patterns of morphometric and genomic variation within Holochilus, in order to delimit the species belonging to this genus, as well as access the phylogenetic relationship between these lineages. I investigated the sexual and ontogenetic variation in this group, comparing natural and captive populations, seeking for understand the effect of the environmental differences in the pattern of variation and ontogenetic trajectories (Chapter 1). I also evaluated and compared the genomic variation among three species of Holochilus to verify the influence of the biomes and the climatic changes in the genomic signatures (Chapter 2). I applied a model-based approach to delimit species (Chapter 3). And finally, additional investigations were made to propose the phylogenetic relationship between members of clade D, and provide date intervals for the main diversifications events, as well as the possible process responsible for the biogeographic pattern current observed related with the forest and open areas occupation (Chapter 4). Sexual dimorphism exhibited small degree of variation among populations. The greater ontogenetic variation is found in the younger age classes, but oldest individuals also show larger degree of differentiation. There are also great differences in the ontogenetic trajectories among samples, where individuals from the captive population exhibited the lower degree of variation between all age classes. The quantitative genetic analysis showed that genomic differences are observed across the taxa, and it was associated with geography. Ecological niche models revealed that biomes with larger areas of stability also presented more genomic structure, suggesting that historical dimension impacted population isolation/connectivity. Results also shows that biomes not only differ geographically and environmentally (based on past climatic conditions), but also show significant association between the environmental space and the genetic variation that is not related with geography. Eight independent lineages within Holochilus were recovered, and the phylogenetic arrangement partially corroborates previous studies. Finally, the phylogeny proposed for the clade D presented some differences in comparisons with other previously reported, and suggest that most of the cladogenetic events happened during the Pleistocene, being the expansion of open environments an important driver of diversification in this group. / Uma abordagem interdisciplinar integrando micro e macroevolução, variação genômica, morfométrica e morfológica, sistemática, genética quantitativa e biogeografia foi empregada para investigar a história evolutiva do gênero Holochilus (Rodentia: Sigmodontinae). O gênero Holochilus apresenta espécies mal definidas, com problemas nomenclaturais e relações desconhecida. O número atual de espécies possivelmente não reflete a sua diversidade real e, até o momento, não foi realizado nenhum trabalho combinando evidências genéticas e morfométricas englobando toda a distribuição geográfica desse grupo. Este gênero pertence à tribo Oryzomyini, e juntamente com outros 14 gêneros (a diversidade genérica mais abrangente da tribo) formam o clado D. A relação filogenética interna dentro deste clado ainda é variável. Devido à sua ampla distribuição geográfica, Holochilus também representa uma peça chave no estudo da evolução dos oryzomíneos de formações abertas da América do Sul. Com base em uma amostragem abrangente, analisei padrões de variação morfométrica e genômica dentro de Holochilus, a fim de delimitar as espécies pertencentes a este gênero, bem como acessar a relação filogenética entre essas linhagens. Investiguei a variação sexual e ontogenética deste grupo, comparando populações naturais e de cativeiro, buscando entender o efeito das diferenças ambientais no padrão de variação e nas trajetórias ontogenéticas (Capítulo 1). Eu também avaliei e comparei a variação genômica entre três espécies de Holochilus a fim de verificar a influência dos biomas e das mudanças climáticas nas assinaturas genômicas das espécies (Capítulo 2). Em seguida eu apliquei uma abordagem baseada em modelos para delimitar as espécies (Capítulo 3). Finalmente, investigações adicionais foram realizadas para propor as relações filogenéticas entre os membros do clade D, fornecendo datas para os principais eventos de diversificação, e inferências sobre possíveis processos responsáveis pelo padrão biogeográfico atual, relacionado os mesmos com a ocupação florestal e áreas abertas (Capítulo 4). O dimorfismo sexual apresentou pequeno grau de variação entre as populações. A maior variação ontogenética é encontrada nas classes etárias mais jovens e mais velhas. Há também grandes diferenças nas trajetórias ontogenéticas entre as amostras, onde indivíduos da população cativeiro exibiram o menor grau de variação entre todas as classes etárias. A análise genética quantitativa mostrou que diferenças genômicas são observadas em todos os táxons e essa diferença está associada à geografia. Modelos de nichos ecológicos revelaram que os biomas com maiores áreas de estabilidade também apresentaram maior estruturação genômica, sugerindo que uma dimensão histórica impactou o isolamento/conectividade entre as populações. Os resultados também mostram que os biomas não só diferem geograficamente e ambientalmente (baseado em condições climáticas passadas), mas também mostram associação significativa entre o espaço ambiental e a variação genética que não está relacionada com a geografia. Adicionalmente, foi recuperado oito linhagens independentes dentro de Holochilus, e o arranjo filogenético parcialmente corrobora estudos anteriores. Finalmente, a filogenia proposta para o clado D apresentou algumas diferenças em comparação com outros estudos, e sugeriu que a maioria dos eventos cladogenéticos ocorreram durante o Pleistoceno, sendo a expansão dos ambientes abertos um importante motor de diversificação neste grupo.