INTRODUÇÃO: A maioria dos pacientes com CECP é diagnosticada em estágios avançados da doença, apresentando taxas de sobrevida insatisfatórias. Em carcinomas localmente avançados e irressecáveis, o tratamento padrão na rotina do ICESP é a QRT a base de cisplatina. Entretanto, cerca de dois terços desses pacientes apresentam recidiva local, à distância ou óbito em cinco anos. Entender os mecanismos de resistência a QRT e descobrir marcadores que possam indicar resposta ao tratamento continuam sendo um desafio. Os microRNAs possuem papel chave nos mecanismos de resistência a QRT, sendo possível quantificá-los em saliva. Neste estudo avaliamos a expressão de microRNAs na saliva de pacientes com CEC de cavidade oral e orofaringe e se esses microRNAs estão contidos dentro de microvesículas. MÉTODOS: Por meio de revisão da literatura e análises in sílico, selecionamos 8 microRNAs para serem avaliados: miR-15a-5p, 21-5p, 23a-3p, 125b-5p, 142-3p, 200b-3p, 296-5p e 503-5p. A expressão dos microRNAs foi determinada por PCR quantitativo na saliva livre de células de 70 pacientes portadores de CEC de cavidade oral e orofaringe localmente avançado e irressecável, em diferentes estágios da progressão da doença: antes de iniciar tratamento (G1), com falha do tratamento (G2) e livre da doença há 2 anos (G3) e em 28 voluntários sadios (G0). Microvesículas foram isolados por ultracentrifugação ou exoQuick, analisados por Microscopia Eletrônica de Transmissão (MET), Nanosight e para determinação da expressão do miR-21-5p. RESULTADOS: Os miRs-296-5p e 503-5p foram indetectáveis na maioria das amostras testadas. Quando comparamos os grupos em diferentes situações clínicas, encontramos diferença significativa na expressão do miR-21-5p (p=0.005), miR-23a-3p (p=0,026), miR-125-5p (p=0,013), miR-142-3p (p=0,033) e miR-200b-3p (p=0,031). Observou-se aumento na expressão dos miRs 21-5p (p=0,001), 23a-3p (p=0,004), 125b-5p (p=0,026) e 142-3p (p=0,005) na saliva dos pacientes em G1 em relação ao voluntários sadios (G0). O grupo G3 também apresentou maior expressão do mir-21-5p (p=0,018), 125b-5p (p=0,002) e 200b-3p (p=0,014) comparado ao G0, assim como o grupo G2 teve maior expressão do mir-15a-5p (p=0,023) e 23a-3p (p=0,017) comparado ao grupo G0. O grupo G2 apresentou menor expressão do miR-200b-3p (p= 0,019) e maior expressão do miR-15a-5p (p=0,057) em relação ao grupo G3. Além disso, os pacientes tabagistas e/ou etilistas apresentaram maior expressão relativa do miR-21-5p (p=0,001 e p=0,046, respectivamente) e os etilistas também tiveram maior expressão do miR-200b-3p (p=0,013). Com relação à resposta inicial do paciente ao tratamento avaliada pelo médico bem como, com a resposta a longo prazo (recidiva, status global e prognóstico), a expressão dos miR-15a-5p, miR-125b-5p, miR-23a-3p e miR-142-3p apresentaram associação com sobrevida livre de progressão e sobrevida global, porém não atingiram significância estatística. Microvesículas foram detectadas na saliva tanto na MET como na contagem no nanosight. A expressão do miR-21-5p foi predominantemente detectada dentro de microveículas em relação ao sobrenadante livre de vesículas. CONCLUSÕES: Alguns dos microRNAs analisados foram diferencialmente expressos entre os diferentes grupos estudados, a expressão do miR-21 foi associada ao tabagismo e etilismo e a do miR-200b com etilismo e a expressão de alguns microRNAs podem estar associadas à resposta ao tratamento e ao prognóstico dos pacientes / BACKGROUND: Most patients with HNSCC are diagnosed in advanced stages of the disease, with unsatisfactory survival rates. In locally advanced and unresectable carcinoma, the standard treatment in ICESP is cisplatin based QRT. However, about two-thirds of these patients have local recurrence, distance or death within five years. Understanding the QRT resistance mechanisms and discovery of markers that may indicate benefit of treatment is a great challenge. MicroRNAs have key role in the mechanisms of QRT resistance and are detectable in saliva. In the present study we analyzed the expression of microRNAs in the saliva from oral cavity/oropharynx squamous cell carcinoma (OSCC) patients and whether these microRNAs are contained within exosomes. METHODS: Through a review of studies in the literature and by in silico analysis, we choose 8 microRNAs to be evaluated: miR-15a-5p, 21-5p, 23a-3p, 125b-5p, 142-3p, 200b-3p, 296-5p and 503-5p. The expression of microRNAs was determined by quantitative PCR in the cell-free saliva from 70 locally advanced and unresectable OSCC patients at different stages of disease progression: treatment naive (G1), after treatment failure (G2) and disease free for at least 2 years (G3) and 28 healthy volunteers (G0). Exosomes were isolated by ultracentrifugation or exoQuick, analyzed by transmission electron microscopy (MET), Nanosight quantification and by determination of the miR-21-5p expression. RESULTS: The miRs-296-5p and 503-5p were undetectable in almost all saliva samples. Significant differences was observed in the expression of miR-21-5p (p=0.005), miR-23a-3p (p=0.026), miR-125-5p (p=0.013) miR-142-3p (p=0.033) and miR-200b-3p (p=0.031) among the groups analyzed. The expression of miRs 21-5p (p=0.001), 23a-3p (p=0.004), 125b-5p (p=0.026) and 142-3p (p=0.005) were high in saliva of G1 patients as compared to heath volunteers (G0). The G3 group also showed higher expression of mir-21-5p (p=0.018), 125b-5p (p=0.002) and 200b-3p (p=0.014) and G2 presented higher expression of miR-15a-5p (p=0.023) and 23a-3p (p=0.017) as both compared to the G0. The group G2 presented lower expression of the miR-200b-3p (p=0.019) and higher expression of the miR-15a-5p (p=0.057) as compared to the G3 group. In addition, saliva from the smokers and/or drinkers patients showed high relative expression of the miR-21-5p (p=0.001 e p=0.046; respectively) compared to former drinker/smokers and drinkers also showed high expression of the miR-200b-3p (p=0.013). In relation to the initial response to treatment assessed by the physician, as well the long-term response (relapse, global status and prognosis), the expression of the miR-15a-5p, miR-125b-5p, miR-23a-3p e miR-142-3p showed association with progression-free survival and overall survival, however did not reach statistical significance. Microvesicles were detected in saliva by both MET as the count in nanosight. The expression of the miR-21-5p was predominantly detected in microvesicles in relation to the supernatant. CONCLUSIONS: Some of the microRNAs analyzed were differentially expressed between the different groups, the expression of the miR-21 was associated with smoking and drinking habits and of the miR-200b with drinking habits and the expression of some microRNAs may be associated with the treatment response and prognosis of the patients

A proteína nucleolar Nop8p de levedura foi identificada inicialmente através de sua interação com Nip7p e está envolvida na formação da subunidade ribossomal 60S. A depleção de Nop8p em células de levedura leva à degradação prematura dos rRNAs, porém o mecanismo bioquímico responsável por este fenótipo ainda não é conhecido. Neste trabalho, mostramos que a interação de Nop8p com o rRNA 5.8S se dá através de sua região amino-terminal, enquanto que a porção carboxi-terminal é responsável pela interação com Nip7p e complementa parcialmente o defeito no crescimento observado na cepa mutante condicional Δnop8/GAL::NOP8. Além disso, Nop8p media a associação de Nip7p com as partículas pré-ribossomais. Nop8p também interage com a subunidade Rrp6p do exossomo e inibe a atividade do complexo in vitro, sugerindo que a diminuição dos níveis da subunidade ribosomal 60S detectada após a depleção de Nop8p pode ser resultado da degradação dos pré-rRNAs pelo exossomo. Estes resultados indicam que Nop8p pode regular a atividade do exossomo durante o processamento do pré-rRNA. / The yeast nucleolar protein Nop8p has previously been shown to interact with Nip7p and to be required for 60S ribosomal subunit formation. Although depletion of Nop8p in yeast cells leads to premature degradation of rRNAs, the biochemical mechanism responsible for this phenotype is still not known. In this work, we show that the Nop8p amino-terminal region mediates interaction with the 5.8S rRNA, while its carboxylterminal portion interacts with Nip7p and can partially complement the growth defect of the conditional mutant strain Δnop8/GAL::NOP8. Interestingly, Nop8p mediates the association of Nip7p to pre-ribosomal particles. Nop8p also interacts with the exosome subunit Rrp6p and inhibits the complex activity in vitro, suggesting that the decrease in 60S ribosomal subunit levels detected upon depletion of Nop8p may result from degradation of pre-rRNAs by the exosome. These results strongly indicate that Nop8p may control exosome function during pre-rRNA processing.

Em Saccharomyces cerevisiae, Rrp43p é uma proteína que faz parte do exossomo, um complexo multiproteíco que atua no processamento de snoRNAs, snRNAs e rRNAs e na degradação de mRNA. O exossomo está envolvido nesses processos através de uma ação 3\'→5\' exonucleolítica. Este complexo é composto por onze subunidades em S. cerevisiae e cada uma dessas subunidades tem uma ação predominante nos diferentes processos em que o complexo participa. Por estar envolvido diretamente na maturação dos rRNAs e alguns snoRNAs e snRNAs, assim como na degradação de mRNAs, o exossomo tem um papel importante no controle de expressão gênica. Com o objetivo de entender melhor a função da subunidade do exossomo Rrp43p, e conseqüentemente do complexo, nas modificações do RNA, realizamos estudos de interação entre proteínas através do método de \"two hybrid\", que permite analisar interações in vivo entre duas proteínas, convertendo-se assim, em uma ferramenta importante nestes estudos. Utilizando Rrp43p como \" isca\" estudamos interações com outras proteínas expressas em Saccharomyces cerevisiae, na procura de proteínas envolvidas em alguns eventos de processamento de RNA, que pudessem ajudar a esclarecer em maior detalhe o papel do exossomo na célula. Também examinamos interações da Rrp43p com os demais componentes do exossomo para determinar a possível estrutura deste complexo. Os resultados obtidos demonstram que Rrp43p interage com somente uma outra subunidade do exossomo, Rrp46p. A força desta interação, quando quantificada através do nível de expressão de um gene repórter, é compatível com o fato dessas proteínas formarem parte de um complexo. Estes dados constituem resultados inéditos a respeito da interação entre subunidades do exossomo. Os resultados evidenciam também a interação entre Rrp43p e uma proteína com função ainda não caracterizada em levedura (aqui denominada 137p). Esta interação foi detectada através do sistema do duplo híbrido, e depois confirmada por co-imunoprecipitação. A determinação da função desta nova proteína poderá ampliar as ferramentas de estudo da função e controle de atividade de Rrp43p e do exossomo. / In the yeast Saccharomyces cerevisiae, Rrp43p is one of the eleven subunits of the exosome, a complex involved in the processing of snoRNAs, snRNAs and rRNAs, and in mRNA degradation. The exosome participates in these processes through a 3\'-to-5\' exonucleolytic activity. Each of the eleven subunits is predominately active in one or few of the processes in which the complex takes part. Since the exosome is involved directly in rRNAs, and in some snRNAs and snoRNAs maturation, as well as in mRNA degradation, it plays an important role on the control of gene expression. Aiming to a better understanding of the Rrp43p subunit function on RNA processing, we started a screening for Rrp43p-interacting proteins through the yeast two hybrid system. In this study we expected to find proteins interacting with Rrp43p, which were involved in some aspects of RNA processing, and would improve the current knowledge on the exosome function. In order to obtain more information about the complex structure, we have also studied the interactions between Rrp43p and the other exosome subunits. The results shown here demonstrate that Rrp43p interacts with only one other exosome subunit, Rrp46p. These results can help elucidate the final exosome structure. We also found the interaction of Rrp43p with a protein of yet uncharacterized function (here named 137p). This interaction, identified in the two hybrid system, was also confirmed through co-immunoprecipitation analysis, and the study of 137p function might bring new insights on Rrp43p function and control.

Nop53 e uma protena nucleolar, conservada evolutivamente e essencial na levedura Saccharomyces cerevisiae para a biogênese da subunidade maior do ribossomo, 60S. O principal fenotipo causado pela repressão da expressão de Nop53 e o acumulo do intermedi ario de processamento de pre-Rrna, 7S, que tambem e substrato do complexo exossomo na formação do rRNA maduro 5:8S. Nop53 interage diretamente com a subunidade do exossomo Rrp6 e com a subunidade Mtr4 do co-ativador do exossomo TRAMP. O objetivo principal deste trabalho foi o de analisar como a interação entre Nop53 e o exossomo pode modular a atividade deste ultimo. Para isso, foram utilizados metodos bioqumicos, geneticos e de biologia molecular. Os resultados mostrados aqui demonstram que a depleção de Nop53 faz com que mais protenas ribossomais, principalmente da subunidade maior, sejam co-imunoprecipitadas com o core do exossomo, sugerindo que Nop53 possa ter um papel na liberação do exossomo da subunidade pre-60S depois da formação do rRNA maduro 5:8S. Esta hipotese foi conrmada atraves da separação de complexos por centrifugação em gradiente de glicerol, que mostrou a presenca de subunidades do exossomo em complexos maiores na ausência de Nop53, provavelmente correspondendo a partculas pre-ribossomais. Co-imunoprecipitação de RNA com o exossomo na ausência de Nop53 tambem conrmou uma maior associação deste complexo com o pre-rRNA 7S. Como tambem mostrado aqui, alem de interagir com Rrp6, Nop53 interage com subunidades do core do exossomo e a superexpressão de uma destas subunidades, Rrp43, complementa parcialmente a ausência de Nop53 na celula. Estes resultados levaram a conclusão de que Nop53 pode recrutar o exossomo para a partcula ribossomal pre-60S para a maturação do pre-rRNA 7S a 5:8S, e atue tambem na liberação do exossomo, possivelmente atraves de sua interação com a helicase Mtr4. / Abstract Nop53 is a nucleolar, conserved and essential protein in the yeast Saccharomyces cerevisiae, involved in the biogenesis of the large ribosomal subunit 60S. The main phenotype of the depletion of Nop53 in yeast cells is the accumulation of the prerRNA processing intermediate 7S, which is also the substrate of the exosome complex for the formation of the mature rRNA 5:8S. Nop53 directly interacts with the exosome subunit Rrp6, and with the subunit Mtr4 of the TRAMP complex, an exosome co-activator. The main objective of this work was the analysis of the interaction between Nop53 and the exosome and the identication of the mechanism through which Nop53 regulates the exosome activity. The results shown here demonstrate that the depletion of Nop53 leads to a more stable association of the exosome with the pre-60S ribosome particle, as determined by co-immunoprecipitation of proteins with one of the exosome core subunits, and by fractionation of complexes through glycerol gradients. These results suggested that Nop53 could play a role in the release of the exosome after the formation of the mature rRNA 5:8S. This hypothesis was conrmed through the co-immunoprecipitation of pre-rRNA 7S with the exosome in the absence of Nop53. In addition to the interaction with the exosome subunit Rrp6, as shown here, Nop53 also interacts with core subunits of the complex. Interestingly, overexpression of one of these subunits, Rrp43, partially complements the depletion of Nop53. These results led to the conclusion that Nop53 may recruit the exosome to the pre-60S particle for the maturation of the pre-rRNA 7S to the mature 5:8S, but Nop53 may also be involved in the release of the exosome, possibly through its interaction with the helicase Mtr4.

INTRODUÇÃO: A maioria dos pacientes com CECP é diagnosticada em estágios avançados da doença, apresentando taxas de sobrevida insatisfatórias. Em carcinomas localmente avançados e irressecáveis, o tratamento padrão na rotina do ICESP é a QRT a base de cisplatina. Entretanto, cerca de dois terços desses pacientes apresentam recidiva local, à distância ou óbito em cinco anos. Entender os mecanismos de resistência a QRT e descobrir marcadores que possam indicar resposta ao tratamento continuam sendo um desafio. Os microRNAs possuem papel chave nos mecanismos de resistência a QRT, sendo possível quantificá-los em saliva. Neste estudo avaliamos a expressão de microRNAs na saliva de pacientes com CEC de cavidade oral e orofaringe e se esses microRNAs estão contidos dentro de microvesículas. MÉTODOS: Por meio de revisão da literatura e análises in sílico, selecionamos 8 microRNAs para serem avaliados: miR-15a-5p, 21-5p, 23a-3p, 125b-5p, 142-3p, 200b-3p, 296-5p e 503-5p. A expressão dos microRNAs foi determinada por PCR quantitativo na saliva livre de células de 70 pacientes portadores de CEC de cavidade oral e orofaringe localmente avançado e irressecável, em diferentes estágios da progressão da doença: antes de iniciar tratamento (G1), com falha do tratamento (G2) e livre da doença há 2 anos (G3) e em 28 voluntários sadios (G0). Microvesículas foram isolados por ultracentrifugação ou exoQuick, analisados por Microscopia Eletrônica de Transmissão (MET), Nanosight e para determinação da expressão do miR-21-5p. RESULTADOS: Os miRs-296-5p e 503-5p foram indetectáveis na maioria das amostras testadas. Quando comparamos os grupos em diferentes situações clínicas, encontramos diferença significativa na expressão do miR-21-5p (p=0.005), miR-23a-3p (p=0,026), miR-125-5p (p=0,013), miR-142-3p (p=0,033) e miR-200b-3p (p=0,031). Observou-se aumento na expressão dos miRs 21-5p (p=0,001), 23a-3p (p=0,004), 125b-5p (p=0,026) e 142-3p (p=0,005) na saliva dos pacientes em G1 em relação ao voluntários sadios (G0). O grupo G3 também apresentou maior expressão do mir-21-5p (p=0,018), 125b-5p (p=0,002) e 200b-3p (p=0,014) comparado ao G0, assim como o grupo G2 teve maior expressão do mir-15a-5p (p=0,023) e 23a-3p (p=0,017) comparado ao grupo G0. O grupo G2 apresentou menor expressão do miR-200b-3p (p= 0,019) e maior expressão do miR-15a-5p (p=0,057) em relação ao grupo G3. Além disso, os pacientes tabagistas e/ou etilistas apresentaram maior expressão relativa do miR-21-5p (p=0,001 e p=0,046, respectivamente) e os etilistas também tiveram maior expressão do miR-200b-3p (p=0,013). Com relação à resposta inicial do paciente ao tratamento avaliada pelo médico bem como, com a resposta a longo prazo (recidiva, status global e prognóstico), a expressão dos miR-15a-5p, miR-125b-5p, miR-23a-3p e miR-142-3p apresentaram associação com sobrevida livre de progressão e sobrevida global, porém não atingiram significância estatística. Microvesículas foram detectadas na saliva tanto na MET como na contagem no nanosight. A expressão do miR-21-5p foi predominantemente detectada dentro de microveículas em relação ao sobrenadante livre de vesículas. CONCLUSÕES: Alguns dos microRNAs analisados foram diferencialmente expressos entre os diferentes grupos estudados, a expressão do miR-21 foi associada ao tabagismo e etilismo e a do miR-200b com etilismo e a expressão de alguns microRNAs podem estar associadas à resposta ao tratamento e ao prognóstico dos pacientes / BACKGROUND: Most patients with HNSCC are diagnosed in advanced stages of the disease, with unsatisfactory survival rates. In locally advanced and unresectable carcinoma, the standard treatment in ICESP is cisplatin based QRT. However, about two-thirds of these patients have local recurrence, distance or death within five years. Understanding the QRT resistance mechanisms and discovery of markers that may indicate benefit of treatment is a great challenge. MicroRNAs have key role in the mechanisms of QRT resistance and are detectable in saliva. In the present study we analyzed the expression of microRNAs in the saliva from oral cavity/oropharynx squamous cell carcinoma (OSCC) patients and whether these microRNAs are contained within exosomes. METHODS: Through a review of studies in the literature and by in silico analysis, we choose 8 microRNAs to be evaluated: miR-15a-5p, 21-5p, 23a-3p, 125b-5p, 142-3p, 200b-3p, 296-5p and 503-5p. The expression of microRNAs was determined by quantitative PCR in the cell-free saliva from 70 locally advanced and unresectable OSCC patients at different stages of disease progression: treatment naive (G1), after treatment failure (G2) and disease free for at least 2 years (G3) and 28 healthy volunteers (G0). Exosomes were isolated by ultracentrifugation or exoQuick, analyzed by transmission electron microscopy (MET), Nanosight quantification and by determination of the miR-21-5p expression. RESULTS: The miRs-296-5p and 503-5p were undetectable in almost all saliva samples. Significant differences was observed in the expression of miR-21-5p (p=0.005), miR-23a-3p (p=0.026), miR-125-5p (p=0.013) miR-142-3p (p=0.033) and miR-200b-3p (p=0.031) among the groups analyzed. The expression of miRs 21-5p (p=0.001), 23a-3p (p=0.004), 125b-5p (p=0.026) and 142-3p (p=0.005) were high in saliva of G1 patients as compared to heath volunteers (G0). The G3 group also showed higher expression of mir-21-5p (p=0.018), 125b-5p (p=0.002) and 200b-3p (p=0.014) and G2 presented higher expression of miR-15a-5p (p=0.023) and 23a-3p (p=0.017) as both compared to the G0. The group G2 presented lower expression of the miR-200b-3p (p=0.019) and higher expression of the miR-15a-5p (p=0.057) as compared to the G3 group. In addition, saliva from the smokers and/or drinkers patients showed high relative expression of the miR-21-5p (p=0.001 e p=0.046; respectively) compared to former drinker/smokers and drinkers also showed high expression of the miR-200b-3p (p=0.013). In relation to the initial response to treatment assessed by the physician, as well the long-term response (relapse, global status and prognosis), the expression of the miR-15a-5p, miR-125b-5p, miR-23a-3p e miR-142-3p showed association with progression-free survival and overall survival, however did not reach statistical significance. Microvesicles were detected in saliva by both MET as the count in nanosight. The expression of the miR-21-5p was predominantly detected in microvesicles in relation to the supernatant. CONCLUSIONS: Some of the microRNAs analyzed were differentially expressed between the different groups, the expression of the miR-21 was associated with smoking and drinking habits and of the miR-200b with drinking habits and the expression of some microRNAs may be associated with the treatment response and prognosis of the patients

Em Saccharomyces cerevisiae, Rrp43p é uma proteína que faz parte do exossomo, um complexo multiproteíco que atua no processamento de snoRNAs, snRNAs e rRNAs e na degradação de mRNA. O exossomo está envolvido nesses processos através de uma ação 3\'→5\' exonucleolítica. Este complexo é composto por onze subunidades em S. cerevisiae e cada uma dessas subunidades tem uma ação predominante nos diferentes processos em que o complexo participa. Por estar envolvido diretamente na maturação dos rRNAs e alguns snoRNAs e snRNAs, assim como na degradação de mRNAs, o exossomo tem um papel importante no controle de expressão gênica. Com o objetivo de entender melhor a função da subunidade do exossomo Rrp43p, e conseqüentemente do complexo, nas modificações do RNA, realizamos estudos de interação entre proteínas através do método de \"two hybrid\", que permite analisar interações in vivo entre duas proteínas, convertendo-se assim, em uma ferramenta importante nestes estudos. Utilizando Rrp43p como \" isca\" estudamos interações com outras proteínas expressas em Saccharomyces cerevisiae, na procura de proteínas envolvidas em alguns eventos de processamento de RNA, que pudessem ajudar a esclarecer em maior detalhe o papel do exossomo na célula. Também examinamos interações da Rrp43p com os demais componentes do exossomo para determinar a possível estrutura deste complexo. Os resultados obtidos demonstram que Rrp43p interage com somente uma outra subunidade do exossomo, Rrp46p. A força desta interação, quando quantificada através do nível de expressão de um gene repórter, é compatível com o fato dessas proteínas formarem parte de um complexo. Estes dados constituem resultados inéditos a respeito da interação entre subunidades do exossomo. Os resultados evidenciam também a interação entre Rrp43p e uma proteína com função ainda não caracterizada em levedura (aqui denominada 137p). Esta interação foi detectada através do sistema do duplo híbrido, e depois confirmada por co-imunoprecipitação. A determinação da função desta nova proteína poderá ampliar as ferramentas de estudo da função e controle de atividade de Rrp43p e do exossomo. / In the yeast Saccharomyces cerevisiae, Rrp43p is one of the eleven subunits of the exosome, a complex involved in the processing of snoRNAs, snRNAs and rRNAs, and in mRNA degradation. The exosome participates in these processes through a 3\'-to-5\' exonucleolytic activity. Each of the eleven subunits is predominately active in one or few of the processes in which the complex takes part. Since the exosome is involved directly in rRNAs, and in some snRNAs and snoRNAs maturation, as well as in mRNA degradation, it plays an important role on the control of gene expression. Aiming to a better understanding of the Rrp43p subunit function on RNA processing, we started a screening for Rrp43p-interacting proteins through the yeast two hybrid system. In this study we expected to find proteins interacting with Rrp43p, which were involved in some aspects of RNA processing, and would improve the current knowledge on the exosome function. In order to obtain more information about the complex structure, we have also studied the interactions between Rrp43p and the other exosome subunits. The results shown here demonstrate that Rrp43p interacts with only one other exosome subunit, Rrp46p. These results can help elucidate the final exosome structure. We also found the interaction of Rrp43p with a protein of yet uncharacterized function (here named 137p). This interaction, identified in the two hybrid system, was also confirmed through co-immunoprecipitation analysis, and the study of 137p function might bring new insights on Rrp43p function and control.

O exossomo é um complexo multiproteico conservado evolutivamente de archaea a eucariotos superiores que desempenha funções celulares essenciais tais como: atividade exoribonucleolítica 3\'→5\', regulação dos níveis de mRNA, maturação de RNAs estruturais e controle de qualidade de RNAs durante os vários estágios do mecanismo de expressão gênica. Em Archaea, o exossomo é composto por até quatro subunidades diferentes, duas com domínios de RNase PH, aRrp41 e aRrp42, e duas com domínios de ligação a RNAs, aCsl4 e aRrp4. Três cópias das proteínas aRrp4 e/ou aCsl4 se associam com o núcleo hexamérico catalítico do anel de RNase PH e completam a formação do complexo. A proteína PaNip7 é um cofator de regulação do exossomo da archaea Pyrococcus abyssi e atua na inibição do complexo enzimático ligando-se simultaneamente ao exossomo e a RNAs. Neste projeto, a reconstituição in vitro do exossomo da archaea Pyrococcus abyssi formado pela proteína de topo PaCsl4 foi obtida. Para tanto foram realizadas análises de interação proteica usando as técnicas de cromatografia de afinidade, gel filtração e SDS-PAGE. Em adição à formação da isoforma PaCsl4-exossomo, um fragmento peptídico correspondente à região C-terminal da PaNip7 foi sintetizado pelo método da fase sólida, purificado por RP-HPLC e o purificado foi caracterizado por LC/ESI-MS almejando realizar futuros experimentos de interação com o exossomo. / The exosome is a multiprotein complex evolutionarily conserved from archaea to higher eukaryotes that performs essential cellular functions such as: 3\'→5\' exoribonucleolytic activity, regulation of mRNA levels, maturation of structural RNAs and quality control of RNAs during the various stages of the gene expression mechanism. In Archaea, the exosome is composed of up to four different subunits, two with RNase PH domains, aRrp41 and aRrp42, and two with RNAs binding domains, aCsl4 and aRrp4. Three copies of the aRrp4 and/or aCsl4 proteins associate with the hexameric catalytic core of the RNase PH ring and complete the formation of the complex. The PaNip7 protein is a regulating cofactor of the Pyrococcus abyssi archaeal exosome and acts in the inhibition of the enzyme complex by binding simultaneously to the exosome and RNAs. In this project, the reconstitution in vitro of the Pyrococcus abyssi archaeal exosome formed by the PaCsl4 top protein was achieved. To this end protein interaction analyses were performed using affinity chromatography, gel filtration and SDS-PAGE techniques. In addition to the formation of the PaCsl4-exosome isoform, a peptide fragment corresponding to the C-terminal region of PaNip7 was synthesized by solid-phase method, purified by RP-HPLC and the purified peptide was characterized by LC/ESI-MS aiming to perform future binding experiments with the exosome.

O exossomo é um complexo multiproteico conservado evolutivamente de archaea a eucariotos superiores que desempenha funções celulares essenciais tais como: atividade exoribonucleolítica 3\'→5\', regulação dos níveis de mRNA, maturação de RNAs estruturais e controle de qualidade de RNAs durante os vários estágios do mecanismo de expressão gênica. Em Archaea, o exossomo é composto por até quatro subunidades diferentes, duas com domínios de RNase PH, aRrp41 e aRrp42, e duas com domínios de ligação a RNAs, aCsl4 e aRrp4. Três cópias das proteínas aRrp4 e/ou aCsl4 se associam com o núcleo hexamérico catalítico do anel de RNase PH e completam a formação do complexo. A proteína PaNip7 é um cofator de regulação do exossomo da archaea Pyrococcus abyssi e atua na inibição do complexo enzimático ligando-se simultaneamente ao exossomo e a RNAs. Neste projeto, a reconstituição in vitro do exossomo da archaea Pyrococcus abyssi formado pela proteína de topo PaCsl4 foi obtida. Para tanto foram realizadas análises de interação proteica usando as técnicas de cromatografia de afinidade, gel filtração e SDS-PAGE. Em adição à formação da isoforma PaCsl4-exossomo, um fragmento peptídico correspondente à região C-terminal da PaNip7 foi sintetizado pelo método da fase sólida, purificado por RP-HPLC e o purificado foi caracterizado por LC/ESI-MS almejando realizar futuros experimentos de interação com o exossomo. / The exosome is a multiprotein complex evolutionarily conserved from archaea to higher eukaryotes that performs essential cellular functions such as: 3\'→5\' exoribonucleolytic activity, regulation of mRNA levels, maturation of structural RNAs and quality control of RNAs during the various stages of the gene expression mechanism. In Archaea, the exosome is composed of up to four different subunits, two with RNase PH domains, aRrp41 and aRrp42, and two with RNAs binding domains, aCsl4 and aRrp4. Three copies of the aRrp4 and/or aCsl4 proteins associate with the hexameric catalytic core of the RNase PH ring and complete the formation of the complex. The PaNip7 protein is a regulating cofactor of the Pyrococcus abyssi archaeal exosome and acts in the inhibition of the enzyme complex by binding simultaneously to the exosome and RNAs. In this project, the reconstitution in vitro of the Pyrococcus abyssi archaeal exosome formed by the PaCsl4 top protein was achieved. To this end protein interaction analyses were performed using affinity chromatography, gel filtration and SDS-PAGE techniques. In addition to the formation of the PaCsl4-exosome isoform, a peptide fragment corresponding to the C-terminal region of PaNip7 was synthesized by solid-phase method, purified by RP-HPLC and the purified peptide was characterized by LC/ESI-MS aiming to perform future binding experiments with the exosome.