La bioinformatique constitue un outil de choix dans l'étude des plantes. Lorsqu'utilisées efficacement, la gestion ainsi que l'analyse informatique des données biologiques permettent de réduire considérablement la durée des expériences ainsi que les coûts liés à la recherche tout en élargissant le spectre d'analyses pouvant être effectuées. L'objectif de cette recherche est de définir un protocole efficace utilisant les outils actuels et mettant en oeuvre de nouvelles approches, dans le but de faire le prétraitement, le clustering et l'assemblage d'un ensemble d'EST. Ce mémoire traite des algorithmes et des techniques informatiques utilisés dans l'étude de l'expression différentielle à partir des EST. Les particularités du projet de FGAS sont présentées et une attention particulière est portée sur la manière dont les résultats ont été analysés. À travers la classification en sous-groupes fonctionnels et de l'analyse différentielle digitale, l'identification des gènes potentiellement impliqués dans le phénomène d'acclimatation du blé au froid est effectuée. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Bioinformatique, Clustering, Assemblage, Expressed Sequence Tags, Tolérance au froid.

Les microARNs sont de petits ARNs qui participent à la régulation de l'expression génique dans les organismes vivants. Depuis l'apparition des nouvelles techniques de séquençage à haut débit, leur identification et caractérisation dans les espèces animales et végétales font partie des défis actuels de la bioinformatique. Dans ce mémoire nous abordons ce problème en recherchant les microARNs exprimés chez le blé sous une dizaine de conditions environnementales différentes. Contrairement aux études antérieures similaires dans d'autres organismes, des difficultés additionnelles se sont ajoutées, associées à la partialité du génome du blé disponible, la multitude de conditions expérimentales et le peu de microARNs connus retrouvés par prédiction. Une nouvelle approche, employant une double validation par deux algorithmes de prédiction, a permis d'identifier plus de 3862 microARNs potentiels chez le blé ainsi que leurs gènes cibles. Parmi eux, 206 sont différentiellement exprimés entre les conditions expérimentales. Ces microARNs ont été répartis en 1222 familles en fonction des paramètres de leur similarité intra et intergroupe déduite des microARNs connus de mirBase. Pour minimiser le nombre de faux positifs, nous avons développé une méthode d'apprentissage machine (miRdup) pour valider la position des microARNs séquencés sur son pré-microARN en estimant plusieurs caractéristiques associées à ces petits ARNs. Ce dernier nous a permis d'établir 1016 microARNs avec un haut score de prédiction (502 familles). Pour chacun des microARNs prédits, en exploitant les données de leurs niveaux d'expression et l'identification des gènes ciblés, nous avons décrypté leurs rôles dans les différentes conditions expérimentales imposées au blé. Plusieurs microARNs sont en cours de validation expérimentale. Par ailleurs, pour faciliter l'implémentation de cette plateforme, nous avons intégré le pipeline de recherche conçu au cours de ce mémoire dans le logiciel Armadillo. Ce dernier permettra à l'avenir de faciliter la reproduction d'une telle étude chez d'autres plantes. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : microARNS, prédiction, séquençage haut débit, blé, apprentissage machine.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

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Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal. / Les études sur le climat familial des familles de personnes atteintes de schizophrénie (PAS) ont mesuré le concept de l'émotion exprimée et démontré que la présence d'un proche plus critique, plus hostile ou manifestant une surimplication émotionnelle plus intense est associée à un taux de rechute plus élevé chez la PAS. Dans ces études, l'émotion exprimée a été identifiée presqu'exclusivement comme un prédicteur de la rechute chez la PAS. Différemment, la présente recherche tente d'identifier certains déterminants de l'émotion exprimée. La théorie cognitive-motivationnelle relationnelle de l'émotion de Lazarus a guidé le choix des variables à l'étude en vue d'identifier la contribution des facteurs contextuels, de personnalité et cognitifs susceptibles d'influencer les émotions exprimées. Cette étude transversale, à l'aide d'une analyse de cheminement, a pour but de vérifier les effets directs et indirects de la condition clinique de la PAS, de la personnalité de la mère et du fardeau subjectif, sur deux dimensions de l'émotion exprimée, soit les commentaires critiques et la surimplication émotionnelle de mères de PAS. Un échantillon composé de 4l mères de PAS, âgées entre 43 et 81 ans, ont été recrutées dans quatre Centres hospitaliers du Montréal métropolitain. L'évaluation de la condition clinique de la PAS a été réalisée par le Positive And Negative Syndrome Scale et revaluation des mères par le Revised NEO-Personality Inventory, le Social Behaviour Assessment Schedule pour le fardeau subjectif, et le Camberwell Fainily Interview pour le niveau d'émotion exprimée. Suite aux analyses de corrélation (Pearson's r), des analyses de cheminement ont permis la vérification de rajustement de quatre modèles théoriques aux données. Un article, présenté en anglais, a été soumis pour publication quant aux résultats de cette étude. Les deux premiers modèles en regard des déterminants des commentaires critiques des mères expliquent respectivement 51% et 40% de la variance. Dans le premier modèle, on observe un effet direct du niveau d'agitation de la PAS, du niveau de névrotisme de la mère et du fardeau subjectif sur les commentaires critiques. Cependant, aucune de ces variables ne contribue au fardeau subjectif et en contrôlant pour le niveau d'agitation de la PAS et le névrotisme de la mère, le fardeau subjectif a un effet significatif sur les commentaires critiques de cette dernière. Les commentaires critiques de la mère sont expliqués par un niveau élevé d'agitation de la PAS, un bas niveau de névrotisme de la mère et un niveau élevé de fardeau subjectif. Dans le deuxième modèle, les commentaires critiques sont expliqués par un niveau élevé d'agitation de la PAS, un niveau bas d'impulsivité de la mère et un niveau élevé de fardeau subjectif. Le niveau faible d'impulsivité de la mère est associé à un fardeau subjectif; toutefois, cette dernière variable ne joue pas de rôle médiateur entre les variables de la mère et celles de la PAS. Les deux modèles concernant les déterminants de la surimplication émotionelle de la mère expliquent respectivement 36% et 35% de la variance. Dans le premier modèle, plus il y a d'ouverture à l'expérience et un sentiment de devoir élevé chez les mères, plus leur implication émotionnelle est élevée. L'agitation de la PAS n'a pas d'effet direct sur la surimplication émotionnelle. De plus, le fardeau subjectif n'a pas d'effet direct et médiateur sur la surimplication émotionnelle des mères. Dans le deuxième modèle, en présence d'une PAS plus déprimée, les mères qui sont plus ouvertes à l'expérience et qui ont un sens du devoir plus élevé manifestent plus de surimplication émotionelle. La perspective théorique utilisée nous a permis d'étudier le concept des émotions exprimées sous un angle novateur et théoriquement justifié. Des associations entre les symptômes chez la PAS et l'émotion exprimée chez la mère ont été démontrées, où d'autres auteurs ne l'ont pas fait. Ainsi, ces liens entre le comportement de la PAS et la réponse émotionnelle des mères nous informent davantage sur ce qui peut influencer cette réponse.