Récemment, notre laboratoire a identifié un nouveau site commun d'intégration rétrovirale sur le chromosome X chez la souris (S. Landais et al., 2005). Ce site a été associé à un nouveau gène, appelé Kaplan integration site 2 (Kis2), dont l'expression est augmentée dans les cellules tumorales. De façon surprenante, il ne code pour aucune protéine, et produit cinq transcrits d'ARN non codant comportant le précurseur (primiARN) du groupe de six micro-ARN (miARN): miR-106-363 (S. Landais et al., 2007). La compréhension de la fonction des produits de ce gène ainsi que les voies métaboliques dans lesquelles ils sont impliqués pourraient approfondir notre connaissance de la régulation de l'expression des miARN regroupés. L'expression transitoire de ce locus dans des vecteurs d'expression eucaryotes s'est avérée non fructueuse. Afin de contourner cet obstacle, nous avons eu recours à l'infection des cellules par les rétrovirus recombinants contenant le groupe miR-106-363 comme outil permettant l'expression stable du gène d'intérêt. Dans ce travail nous avons établi deux lignées cellulaires, NIH 3T3 (fibroblastes murins) et Ti6 (lymphocytes), qui expriment le gène Kis2 et le groupe miR-106-363 à l'aide de trois constructions rétrovirales. Grâce à la construction pMSCV-Kis2, nous avons surexprimé les miARN du groupe miR-106-363 dans les NIH 3T3 et les Ti6. La construction pLXSN-Kis2 a permis de produire l'un des plus grands transcrits du gène Kis2 (1.7 kb) dans la lignée Ti6. Le test d'indépendance d'ancrage réalisé sur les cellules exprimant le groupe miR-106-363 de façon stable a confirmé son implication dans la transformation maligne et a établi une corrélation entre le niveau d'expression des ces miARN et la gravité de la transformation. L'obtention d'un système d'expression efficace de Kis2/miR-106-363 nous permettra d'étudier plus en détail la fonction de ces miARN, d'identifier leurs cibles et leurs partenaires d'interaction ainsi que d'étudier leur rôle in vivo chez la souris. De plus, les cellules qui expriment le gène de manière stable seront la source infinie du matériel permettant de conduire les expériences à plus grande échelle y compris l'étude des molécules inhibitrices pour le traitement de la leucémie de type T. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : oncogenèse, ARN non codant, miARN, système d'expression rétroviral.

L'objectif de ma thèse était de trouver de nouveaux oncogènes impliqués dans les leucémies de type T, en utilisant la méthode d'étiquetage rétroviral. Pour induire des leucémies de type T chez la souris, nous utilisons le rétrovirus RadLV qui induit la maladie en un temps de latence très court. La première étape de mon travail a consisté en la recherche de sites communs d'intégration (SCIs) de RadLV dans des thymomes de souris induits par ce rétrovirus. Nous avons trouvé un nouveau SCI que l'on a appelé Kis2, situé sur le chromosome X et impliqué dans 11 % des tumeurs analysées. Après avoir répertorié les gènes du locus, nous avons montré que les intégrations de RadLV au niveau du locus Kis2 provoquaient la surexpression de deux gènes. Le premier, situé très proche du SCl, correspond à un ARN non-codant que l'on a baptisé Kis2. Le deuxième, situé 300 kb en amont, correspond au gène Phf6, récemment impliqué dans un syndrome de retard mental. Nous avons donc mis en évidence que les intégrations rétrovirales pouvaient activer plusieurs gènes à la fois, et ce sur de longues distances. La deuxième étape de mon travail a consisté en la caractérisation du gène Kis2. Les intégrations rétrovirales provoquent la surexpression de cinq transcrits de ce gène, mettant en évidence un profil d'épissage complexe. Son caractère non-codant a rendu ce gène énigmatique, jusqu'à ce que l'on découvre en 3' du gène la présence du groupe de microARN (miARN) miR-106-363. Nous avons pu montrer qu'en définitive les ARN Kis2 correspondaient au pri-miARN de miR-106-363, qui se compose de six miARN (miR-106a, miR-18b, miR-20b, miR-19b, miR-92-2 et miR-363). La surexpression de ces pri-miARN dans les tumeurs de souris conduit à l'accumulation de miR-106a, miR-20b, miR-19b et miR92-2. Dans 46% des leucémies de type T humaines, le pri-miARN miR-106-363 est également surexprimé, conduisant à une surproduction de miR-19b et miR-92-2, et parfois de miR-106a. Nous montrons donc l'implication de miR-106-363 dans les leucémies humaines, et également l'existence d'une régulation post-transcriptionelle de ce groupe dont tous les miARN ne sont pas produits en même temps et dans les mêmes quantités. De façon intéressante, miR-106-363 est homologue au groupe miR-17-92, connu pour être impliqué entre autres dans des lymphomes de type B. Pour apprécier le potentiel oncogénique de miR-106-363, nous avons réalisé un test d'indépendance d'ancrage sur des cellules NIH3T3. Les résultats indiquent que miR-106a, miR-20b, miR-19b et miR-92-2 sont capables d'induire la formation de colonies. Nous avons par la suite procédé à l'identification de gènes cibles de ces miARN. Parmi une sélection de prédictions informatiques communes à miR-106a/20b, miR-19b et mir-92, nous avons choisi les gènes à caractère suppresseur de tumeur. Nous montrons que les gènes Mylip. Rbp1-like et possiblement Hipk3 sont ciblés par ces miARN, et que leur expression est inversement corrélée à celle de miR-106-363 dans les tumeurs de souris. Nos résultats constituent de nouveaux indices quant aux mécanismes oncogéniques relatifs à la surexpression de miR-106-363. Le dernier volet de ma thèse concerne l'identification de protéines interagissant avec les ARN Kis2. Ce travail était destiné à nous renseigner sur le rôle de ces ARN, alors que nous n'avions pas connaissance de miR-106-363. J'ai identifié par spectrométrie de masse trois protéines candidates: hnRNP A2/B1, hnRNP A3, KSRP, et possiblement PSF. Le rôle de ces protéines orienté vers la régulation de l'épissage m'a conduit à formuler l'hypothèse de l'implication de ces protéines dans la production des différents transcrits du gène Kis2. Finalement, ce profil d'épissage complexe pourrait être relié à l'expression différentielle des miARN de miR-106-363, et constituer un élément de régulation post-transcriptionelle de l'expression des miARN. Les interactions de ces protéines avec les ARN Kis2 restent toutefois à confirmer in vivo. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Leucémie, Étiquetage rétroviral, Oncogène, MicroARN.

Les microARNs (miARNs) participent à la régulation du destin et de la différenciation cellulaire. La littérature fait état d'une variété de miARNs exprimés dans le placenta dont plusieurs sont exprimés uniquement dans les trophoblastes. Par contre, peu de chercheurs ont exploré les fonctions des miARNs dans les cellules placentaires. Dans cette étude, nous avons mis au point une approche fonctionnelle reposant sur l'inhibition d'une enzyme impliquée dans la maturation des miARNs afin d'évaluer l'implication de ceux-ci dans la régulation de la différenciation des trophoblastes in vitro. Ainsi, grâce à la technologie de I'ARNi, l'expression protéique de l'enzyme Drosha a été inhibée jusqu'à 80% dans les choriocarcinomes de la lignée BeWo. Suite à l'inhibition de Drosha, une augmentation significative du taux de fusion cellulaire a été mesurée, mais celle-ci n'a pas été accompagnée d'une augmentation de la sécrétion d'hCG par les cellules BeWo. L'activité globale des miARNs favorise donc le maintien des CT dans un état prolifératif. Des analyses de qRT-PCR subséquentes ont révélé que l'augmentation de la fusion cellulaire mesurée était accompagnée d'un accroissement de l'expression du transcrit de Syncytine-2, une protéine fusiogène connue. Des analyses in silico réalisées à l'aide des logiciels libres MiRanda et TargetScan ont dévoilé que le transcrit de Syncytine-2 serait la cible d'une vingtaine de miARNs dont plusieurs sont membres des familles miR-17, miR-515 et miR-15. En conclusion, cette étude a permis de confirmer que les miARNs ont un rôle essentiel dans la régulation de la différenciation morphologique des cellules BeWo in vitro. Il reste cependant à élucider les mécanismes moléculaires exacts par lesquels les miARNs participent à la différenciation des cellules placentaires. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : placenta, trophoblaste, différenciation, microARNs, fusion, Syncytine-2.

Les microARNs sont de petits ARNs qui participent à la régulation de l'expression génique dans les organismes vivants. Depuis l'apparition des nouvelles techniques de séquençage à haut débit, leur identification et caractérisation dans les espèces animales et végétales font partie des défis actuels de la bioinformatique. Dans ce mémoire nous abordons ce problème en recherchant les microARNs exprimés chez le blé sous une dizaine de conditions environnementales différentes. Contrairement aux études antérieures similaires dans d'autres organismes, des difficultés additionnelles se sont ajoutées, associées à la partialité du génome du blé disponible, la multitude de conditions expérimentales et le peu de microARNs connus retrouvés par prédiction. Une nouvelle approche, employant une double validation par deux algorithmes de prédiction, a permis d'identifier plus de 3862 microARNs potentiels chez le blé ainsi que leurs gènes cibles. Parmi eux, 206 sont différentiellement exprimés entre les conditions expérimentales. Ces microARNs ont été répartis en 1222 familles en fonction des paramètres de leur similarité intra et intergroupe déduite des microARNs connus de mirBase. Pour minimiser le nombre de faux positifs, nous avons développé une méthode d'apprentissage machine (miRdup) pour valider la position des microARNs séquencés sur son pré-microARN en estimant plusieurs caractéristiques associées à ces petits ARNs. Ce dernier nous a permis d'établir 1016 microARNs avec un haut score de prédiction (502 familles). Pour chacun des microARNs prédits, en exploitant les données de leurs niveaux d'expression et l'identification des gènes ciblés, nous avons décrypté leurs rôles dans les différentes conditions expérimentales imposées au blé. Plusieurs microARNs sont en cours de validation expérimentale. Par ailleurs, pour faciliter l'implémentation de cette plateforme, nous avons intégré le pipeline de recherche conçu au cours de ce mémoire dans le logiciel Armadillo. Ce dernier permettra à l'avenir de faciliter la reproduction d'une telle étude chez d'autres plantes. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : microARNS, prédiction, séquençage haut débit, blé, apprentissage machine.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les miARN sont de petits ARN non codant dont la taille varie entre 21-24 nucléotides. Ils jouent un rôle de régulateurs post-transcriptionnels en utilisant leur complémentarité de séquence avec l’ARN messager (ARNm) cible afin d’induire sa répression. Grâce à la protéine Argonaute 2 (Ago2) dans laquelle les miARN sont incorporés formant ainsi le complexe miRISC, des cofacteurs sont recrutés afin d’induire la dégradation ou le blocage de la traduction de l’ARNm cible. Initialement connus pour réguler leurs cibles dans le cytoplasme, les miARN sont de plus en plus décrits comme étant des régulateurs de l’expression génique au niveau nucléaire. Dans ce travail, nous avons démontré la présence, au sein du noyau, d’un nouveau mécanisme de régulation post-transcriptionel par les miARN dont les facteurs majeurs sont Sfpq et Pspc1 / Micro-RNA, nuclear regulation, gene silencing, SfpqThere is a growing body of evidence about the presence and the activity of the miRISC in the nucleus of mammalian cells. Here we show by quantitative proteomic analysis that Ago2 interacts with the complex formed by Sfpq, Pspc1 and NonO in a RNA-dependent fashion. Sfpq mediates the interaction between miRISC with Pspc1 and NonO in the nucleoplasm. By HITS-CLIP coupled with transcriptomic analysis, we demonstrated that Sfpq specifically controls the downregulation of a subset of crucial let-7a-target mRNAs in stem cells, including Lin28a, Prtg, and Igf2bp1. Sfpq directly binds to specific sequence in the 3'UTR to promote the recruitment of selected nucleoplasmic miRNAs and triggers the decay, as we show for Lin28a mRNA. These results extend the miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing into the nucleus and indicate that a dual strategy

Certaines maladies neurodégénératives sont associées au mauvais repliement de la protéine prion (PrP[indice supérieur c]) et sont connues sous le nom de maladies à prion ou les encéphalopathies spongiformes transmissibles (ESTs). Récemment, il a été démontré que PrP[indice supérieur c] augmente l'efficacité des micro-ARN (miARN) via son interaction directe avec la protéine Argonaute 2 (Ago2) au niveau de la membrane des corps multivésiculaires (multivesicular bodies (MVBs)). Ago2 est une des protéines centrales du complexe RISC (RNA-induced silencing complex) qui est responsable de l'efficacité des ARNi. Certaines formes pathologiques de PrP[indice supérieur c] induisent l'activation de la réponse au stress eiF2a dépendante, une étape déterminante pour le développement de la pathologie. Cependant, l'activation de la réponse au stress eiF2a dépendante, favorise normalement la survie cellulaire via la formation de deux types de granules d'ARN, les granules de stress (GSs) et les P-Bodies. Aucune étude n'a investigué le rôle de ces deux types de granules d'ARN et de la régulation de l'efficacité des miARN par PrP[indice supérieur c] dans la neurotoxicité associée aux ESTs. Mon premier objectif est d'approfondir nos connaissances sur le nouveau rôle de PrP[indice supérieur c] dans la régulation du système miARN et de l'implication des miARN et du système endosomal dans les ESTs génétiques. Mon second objectif est d'investiguer le rôle des GSs et des P-Bodies, dans la neurotoxicité reliée aux ESTs et établir un lien entre la dérégulation de la réponse au stress et du système ARNi. PrP[indice supérieur c] augmente l'efficacité des miARN via l'interaction de sa région octapeptidique répété (OR, octapeptide repeat region) avec la protéine Ago2. L'effet d'un mutant cytoplasmique artificiel nommé CyPrP (connu comme agent neurotoxique potentiel) et de cinq mutants familiaux de PrP[indice supérieur c] sur le système endosomal et miARN a été caractérisé. Les mutants de PrP[indice supérieur c] affectent la maturation des MVBs et, conséquemment, induisent une délocalisation de GW182, une diminution l'efficacité des miARN et de la production des exosomes. Nous proposons que cette dérégulation de la voie endosomale et miARN par les mutants familiaux de PrP[indice supérieur c] contribue à la neurodégénérescence observée dans les ESTs. Les mutants de PrP[indice supérieur c] induisent également l'expression de la protéine PACT qui est responsable de l'activation de la kinase de stress PKR et de la phosphorylation d'eiF2a. Cependant, malgré la phosphorylation d'eiF2a, les mutants familiaux de PrP[indice supérieur c] et PrP[indice supérieur Sc] inhibent la formation des GSs et des P-Bodies augmentant la susceptibilité des cellules aux différents stress. L'inhibition des P-bodies par les mutants confirment également que les mutants de PrP[indice supérieur c] induisent une diminution de l'efficacité des miARN. Je propose que le maintien de l'activation de la voie PACT-PKR-eiF2a et l'inhibition des GSs et des P-Bodies contribuent à la dérégulation du système d'ARNi, à la susceptibilité des neurones et à la neurodégénérescence observée dans les ESTs. Une meilleure compréhension des mécanismes de neurotoxicité plus particulièrement de l'inhibition du système ARNi et de la réponse au stress par les formes mal repliées de PrP[indice supérieur c] peut mener au développement de médicaments afin de contrer l'évolution de la pathologie. [symboles non conformes]

L’objectif de ce travail était de démontrer que les cellules de glioblastomes sont capables de se différencier et de se dédifférencier en fonction de leur environnement, d’explorer les mécanismes biologiques qui sous-tendent ces transitions, et d’évaluer in vivo les capacités de différenciation à distance des CIG par les CIG-miR-302-367 via la sécrétion de microvésicules. A partir de plusieurs glioblastomes fraichement réséqués, nous avons caractérisé les cellules tumorales sur le plan phénotypique et fonctionnel pour l’état souche et différencié. Nous avons extraits et analysés les microvésicules des milieux de culture de 2 lignées de CIG-miR-302-367. Selon les principes de la thérapie cellulaire, des co-injections de CIG+CIG-miR-302-367 ont été réalisées dans le cerveau des souris. La majorité des cellules tumorales avaient un phénotype et étaient fonctionnellement différenciées. Après 48 heures de culture en milieu EGF, elles acquéraient les propriétés souches phénotypiques et fonctionnelles. Ce processus de dédifférenciation était réversible en 4 jours de culture en milieu sérum et inhibé par l’adjonction dans le milieu EGF d’un anti-EGFR (cétuximab), suggérant un rôle primordial de la voie EGF/EGFR/ERK. Les microvésicules produites par les CIG-miR-302-367 ont permis une baisse significative de la tumorigénicité des CIG in vivo, et une augmentation de la survie des souris. Le concept de plasticité cellulaire remet en cause les dogmes établis sur la hiérarchie tumorale unidirectionnelle. La déplétion tumorale en CIG, en les forçant à se différencier, est une stratégie thérapeutique innovante, qui peut s’envisager par une approche de thérapie cellulaire. / There is great interest but little understanding in how cancer stem cells arise. Here we show that tumor cells exhibiting stem-like properties and expression of stemness(CD133) and pluripotency markers (SOX2, NANOG, OCT4), can arise from differentiated tumor cells that are isolated from human glioblastomas. These cells could transit from a more differentiated state that cannot self-renew to a self-renewing stem-like state upon EGF/EGFR signaling. This dedifferentiation process induced expression of pluripotency markers, and restored clonal and tumorigenic properties as well as resistance to temozolomide, the chemotherapy of reference. EGF/EGFR signaling including ERK activation was crucial for this cellular reprogramming. Interestingly, expression of pluripotency markers occurred before the cells re-entered the cell cycle, demonstrating that the cells have the capacity to change and reprogram before the cell division starts. Our findings support a model of tumor homeostasis in which tumor cells driven by environmental cues such as EGF, can spontaneously acquire stem-like properties contributing thus to the enrichment in tumor propagating cells.

Les mutations hétérozygotes du gène codant pour le facteur de transcription HNF1B sont à l'origine d'un syndrome multisystémique complexe connu sous le nom de « Renal Cysts and Diabetes » (RCAD). Un modèle de souris généré dans notre laboratoire s'est avéré reproduire plusieurs caractéristiques de la maladie humaine. Nous avons réalisé un séquençage ARNm-microARN à différents stades de développement (E14,5 ; E15,5 ; E17,5) de ce modèle. Nous avons montré que les gènes les plus dérégulés étaient impliqués dans les processus métaboliques de transport, de lipides et d’acides organiques et étaient exprimés dans les tubules proximaux et, dans une moindre mesure, dans l’anse de Henlé et les canaux collecteurs. Nous avons sélectionné quatre microARN (miR-802, 194-2, 192 et -30a), régulés à la baisse et potentiellement contrôlés par HNF1B. Des expériences de transactivation de gène rapporteur dans des cellules HEK-293 ont montré que HNF1B était capable de transactiver la transcription de ces microARN via des sites de liaison présents dans les séquences régulatrices de ces gènes. En utilisant des microARN MIMICS nous avons par la suite montré que mir-802, mir-194-2 et mir-192 étaient capables d'inhiber l’expression d’un gène rapporteur contenant la région 3'UTR de HNF1B. L'analyse d'échantillons d'urine de 22 patients RCAD et de 22 contrôles sains a permis d'identifier 146 peptides excrétés de manière différentielle et associés au syndrome. En utilisant ces résultats dans un modèle mathématique, classificateur prédit efficacement le syndrome RCAD avec une sensibilité de 91.7% et une spécificité de 91.1% sur une large population de patients. / Heterozygous mutations in the gene encoding the transcription factor HNF1B are the cause of a complex multisystem syndrome known as Renal Cysts And Diabetes (RCAD). A mouse model generated in our laboratory was shown to reproduce several features of the human disease. We performed high-throughput mRNA-microRNA sequencing at different developmental stages (E14.5, E15.5, E17.5). We showed that the most down-regulated genes were involved in transport, lipid and organic acid metabolic processes and expressed in proximal tubules and to a lesser extent in the loop of Henle and collecting ducts. We then selected four microRNAs (mir-802, 194-2, 192 and -30a), which were down-regulated and potentially controlled by HNF1B. Luciferase assays in HEK-293 cells showed that HNF1B was able to specifically transactivate in a dose response mode these microRNAs through binding HNF1B-binding sites in their regulatory promoter/enhancer upstream sequences. We subsequently showed by luciferase assays using miRNA MIMICS that mir-802, mir-194-2 and mir-192 were able to inhibit luciferase vectors containing the 3’UTR of Hnf1b. Analysis of urine samples from 22 RCAD patients and 22 healthy controls led to the identification of 146 peptides differentially excreted and associated with RCAD including a similarity regarding collagen and uromodulin fragments with the RCAD mouse model. Combining the peptides into a mathematical model we used independent cohorts of patients to validate the prediction of the RCAD syndrome. Our classifier efficiently predicted RCAD syndrome with 91.7% sensitivity and 91.1% specificity on a wide population.

Les récepteurs nucléaires aux œstrogènes, ERα66 et ERβ1, sont les principaux médiateurs des effets des œstrogènes. Ces hormones régulent le développement physiologique de la glande mammaire mais participent aussi à la progression du cancer sein. L’expression d’ERα66 est d’ailleurs utilisée dans la classification moléculaire des tumeurs mammaires afin d’orienter la stratégie thérapeutique. Depuis son clonage, le variant des récepteurs alpha aux œstrogènes, ERα36, a été principalement décrit dans la littérature pour son rôle dans la progression des tumeurs mammaires et dans l’acquisition de résistances aux anti-œstrogènes comme le Tamoxifène. Si une forte expression d’ERα36 dans les cellules cancéreuses mammaires apparaît nettement comme un facteur de mauvais pronostic, peu de données sont disponibles concernant son rôle dans le développement de la glande mammaire saine. C’est pourquoi le premier objectif de ce travail était de déterminer le rôle d’ERα36 dans le développement physiologique de cette glande. Grâce à une approche pluridisciplinaire, incluant des études in vivo sur un modèle de souris transgéniques MMTV-ERα36 et des études in vitro et in silico sur des cellules épithéliales mammaires immortalisées, nous avons montré que l’expression d’ERα36 perturbe le phénotype des cellules épithéliales mammaires et conduit à l’apparition d’altérations structurales des canaux mammaires à l’âge adulte. De plus, nous avons mis en évidence que les alkylphénols, qui sont des perturbateurs endocriniens œstrogèno-mimétiques, stimulent l’expression endogène de ce variant dans les cellules MCF-10A et augmentent leurs capacités migratoires sans pour autant amplifier les effets d’ERα36 sur l’histologie des canaux mammaires. En parallèle, afin de mieux comprendre l’implication d’ERα36 au moment de l’initiation et de la progression tumorale, nous avons étudié les modalités de régulation de l’expression de ce variant dans les cellules cancéreuses mammaires. Les résultats obtenus indiquent que l’expression d’ERα36 est positivement corrélée au statut de méthylation de sa région promotrice et que l’ARNm codant ce variant est la cible d’hsa-miR136-5p. Enfin, le dernier objectif de ce travail était de développer une approche visant à identifier in silico de nouveaux partenaires d’ERα36. L’ensemble de ce travail s’inscrit dans une démarche de raffinement de la classification moléculaire actuelle des tumeurs mammaires en y ajoutant une composante associée à l’expression d’ERα36. / The estrogen nuclear receptors, represented by the canonical forms ERα66 and ERβ1, are the main mediators of the estrogenic effects in mammals. These hormones, which regulate the physiological development of the mammary gland, participate in the initiation and progression of breast cancer. In fact, ERα66 expression is a key molecular classifier of breast tumors used in order to guide the therapeutic strategies toward hormonotherapy. However, in 30% of cases, therapeutic failures are observed, which highlights the importance of identifying new biomarkers. The estrogen receptor variant, ERα36, has been cloned in 2005 and mainly described in the literature to be involved in the progression of mammary tumors and in the acquired resistance to anti-estrogen drugs, such as Tamoxifen. Even if a high expression of ERα36 in breast cancer cells appears to be associated with a poor prognosis, few data are available concerning its role in the normal development of the mammary gland. Therefore, the aim of this work was to determine the role of ERα36 in the physiological development of the mammary gland. Thanks to a multidisciplinary approach, that combines in vivo studies on MMTV-ERα36 transgenic mice, and in vitro and in silico studies on immortalized normal epithelial mammary cells (MCF-10A), we showed that ERα36 expression is sufficient to disturb the mammary epithelial cells phenotype, leading to the emergence of structural alterations of mammary ducts at adulthood. Moreover, we showed that exposure to the estrogen mimicking compounds alkylphenols stimulates the endogenous expression of this variant in MCF-10A cells, and increases their migratory ability. Then, in order to get a better understanding of ERα36 contribution to tumor initiation and/or progression, we studied classical and epigenetic regulation of this variant expression in breast cancer cells. Our results show that ERα36 expression is positively correlated with the methylation status of its promoter region, and that the ERα36 mRNA is the target of the microRNA, has-miR-136-5p. Finally, the last aim of this work was to develop a bioinformatic approach in order to study the ERα36 partners. To summarize, all of this work falls within a need of the current breast tumor molecular classification refinement by adding a component related with ERα36 expression.