Två huvudsakliga metodprinciper används inom cytologi för diagnostisering av cellförändringar, nämligen konventionell och vätskebaserad metod. De kan båda appliceras på såväl gynekologiska som icke-gynekologiska prover, där den senare bland annat omfattar olika sorters exsudat. Syftet med den här studien var att utveckla metoden för den vätskebaserade metoden så att etanolfixerade exsudat kunde prepareras och även påvisa bättre resultat än då de preparerats med konventionell metod. För att göra detta har 61 unika prover kategoriserade som exsudat preparerats totalt, varav 61 med konventionell metod, 54 med vätskebaserad metod och 22 med vätskebaserad metod med tillsats av ättiksyra. De färdiga glasen bedömdes sedan i mikroskop och gavs scorevärden utifrån fyra parametrar: mängden celler exklusive inflammatoriska celler; bedömbarheten av cellmorfologin; mängden inflammatorisk komponent samt mängden bakgrundsmaterial. Resultaten visade ingen förbättring mellan de glas som preparerats med konventionell eller vätskebaserad metod. Däremot visade resultaten för de ättiksyrabehandlade proverna på förbättrade scorevärden jämfört med de andra metoderna. Som slutsats drogs att vätskebaserad metod med tillsats av ättiksyra uppnår syftet eftersom det reducerar mängden bakgrundsmaterial, förekomst av ring på objektglasen samt vidhåller en god cellmorfologi, vilket gör proverna lättare att diagnostisera för cytodiagnostikerna. / Two main principles is used within cytology in order to diagnose cytological abnormalities; conventional and liquid-based cytology. Both methods can be applied on both gynaecological and non-gynaecological samples of which the later includes samples categorized as exudate. The aim of this study was to develop the method for liquid-based cytology so that exudate fixated with ethanol could be prepared and also achieve better results compared to conventional method. In order to do so, 61 unique samples were prepared of which 61 with conventional method, 54 with liquid-based method and 22 with liquid-based method with added acetic acid. The slides was then examined in microscope and was given score values within four parameters: amount of cells; cell morphology; amount of inflammatory component and amount of background. The results indicated no difference between the slides prepared with conventional or liquid-based method. However, the slides prepared with addition of acetic acid indicated more opportunistic score values when compared. The conclusion was that liquid-based method with the addition of acetic acid did satisfy the aim of this study as it reduces the amount of background, reduces “ring formation” on the slides and preserve the cells morphology well, which makes the samples easier to diagnose.

Les problèmes phytosanitaires causés par les nématodes ont un impact mondial énorme au niveau économique, car ils s'attaquent aussi bien aux grandes cultures qu'aux cultures maraîchères, florales ou fruitières. Spécialiste de la culture de la pomme de terre, le nématode doré (Globodera rostochiensis) est un phytoparasite de quarantaine reconnu internationalement. Originaire d'Amérique du Sud et probablement introduit en Europe dans les années 1850, plusieurs hypothèses stipulent qu'il aurait été propagé par la suite à travers le monde à partir de ce deuxième centre d'exportation. Il a été découvert récemment au Québec en 2006 dans la région de St-Amable et dans quatre zones satellites. Ces sites infestés sont maintenant régis par de strictes réglementations de quarantaine afin d'éviter d'éventuelles introductions. Vu leur récente découverte au Québec, les nouvelles populations du nématode doré n'ont été le sujet que de très peu d'études génétiques. En conséquence, un manque de connaissances subsiste sur la structure et la diversité génétique de ces populations. Les marqueurs microsatellites ont déjà servi à déterminer la diversité et les liens génétiques entre diverses populations chez une autre espèce de nématode très proche génétiquement, le nématode à kyste pâle. Mes travaux de recherche visaient donc principalement à développer de nouveaux marqueurs microsatellites chez le nématode doré afin de génotyper diverses populations mondiales et de caractériser des liens génétiques entre elles. Douze nouveaux marqueurs microsatellites ont donc été développés afin de répondre à ces objectifs. Ils ont été employés pour le génotypage de quinze populations d'origines diverses, dont deux en provenance du Québec. À l'intérieur des populations, la plus grande diversité génétique a logiquement été observée chez les populations boliviennes, la région d'origine du nématode doré. Les deux populations québécoises se sont avérées très similaires entre elles, mais, de façon très surprenante, étaient sensiblement différentes à trois autres populations nord-américaines, celles de New York et de Colombie-Britannique. Elles se sont en fait révélées génétiquement plus proches de la population de Terre-Neuve et des populations européennes, et plus particulièrement d'une population écossaise. Selon les résultats, un minimum de deux introductions de nématode doré d'origines différentes aurait eu lieu en Amérique du Nord. Les nématodes à kyste de la pomme de terre éclosent suite à des stimulus contenus dans 1'exsudat racinaire de la plante hôte. Le deuxième objectif de mon étude était de standardiser la récolte et la conservation d'exsudat racinaire de pomme de terre pour des tests d'éclosion en laboratoire. Une dégradation de la qualité de l'exsudat racinaire a été détectée suite à sa conservation. Puisque celle-ci a été discernée à partir d'un mois chez l'un des deux réplicats, il est conseillé d'utiliser un exsudat récolté frais pour des tests d'éclosion en laboratoire. L'évaluation et la compréhension des liens génétiques unissant les populations mondiales du nématode doré permettent de mieux comprendre sa dispersion et d'éviter, dans le futur, de nouvelles introductions. Également, ces connaissances peuvent être appliquées dans les modes de contrôle de cette espèce en choisissant des méthodes de lutte adaptées aux populations. L'étude de la récolte et de la conservation d'exsudat racinaire permettra également dans de futures études d'obtenir des résultats plus fiables en ayant un exsudat standardisé.

Hevea brasiliensis est la seule source commerciale du caoutchouc naturel. La maladie CLF (Corynespora Leaf Fall) provoquée par le champignon Corynespora cassiicola est une pathologie foliaire de l’hévéa importante en Asie et en Afrique. Les épidémies sont liées au développement de nouvelles variétés clonales très sensibles. Une méthode conductimétrique de phénotypage de la réponse de l’hévéa aux exsudats de C. cassiicola (filtrats de culture ou toxine purifiée) a été développée et caractérisée. Ce test toxinique, sans contact direct avec le champignon lui-même, peut être mis en œuvre sans risque sur les plantations. Après application de gouttes d’exsudats sur des folioles détachées d’un génotype d’hévéa, deux mesures de conductivité C1 et C2 sont réalisées avant et après autoclavage, et le pourcentage de fuite d’électrolyte dû au traitement, %FE = 100*C1/C2, est calculé. L’influence de différents facteurs tels que le stade foliaire et la durée d’incubation, a été précisée. Une corrélation positive a été trouvée entre les réponses au test toxinique et à l’inoculation par des conidies du champignon. La pertinence de la correction de C1 par C2 a été analysée.Deux études du test toxinique ont été réalisées pour une série de clones d’hévéa, d’une part en France avec des plantes en pots cultivées en serre, et d’autre part en Côte d’Ivoire, dans les conditions normalement envisagées pour ce test, avec des folioles provenant de jardins à bois de greffe. La répétabilité entre ces deux études est imparfaite mais néanmoins satisfaisante. Le critère %FE est apparu plus sensible et plus précis que la mesure de la surface de nécrose induite (SN). Une variabilité importante de la sensibilité des clones et de l’agressivité des exsudats a été observée, avec l’existence d’interactions. L’analyse du déterminisme génétique de la réponse au test toxinique a été menée par détection de QTL sur deux populations de la famille biparentale d’hévéa PB260 x RRIM600, analysées sur deux sites en Côte d’Ivoire. Une carte génétique a été construite au préalable avec 308 marqueurs SSR. Le phénotypage des deux populations a révélé un déterminisme polygénique, sans effet monolocus majeur, avec, pour l’ensemble des exsudats fongiques étudiés, 13 QTL répartis sur 10 groupes de liaison et présentant des pourcentages d’explication R2 variant de 10 à 20 %. Sur les deux sites, deux QTL ont été identifiés conjointement pour le filtrat CCP et pour la toxine Cas1 purifiée à partir du filtrat CCP, démontrant l’importance de Cas1 pour la toxicité de ce filtrat. Des corrélations positives entre certains filtrats ont été observées, avec des profils de réponse similaires et des QTL communsLe test toxinique pourrait remplacer avantageusement la méthode d’inoculation conidienne. Cependant, la valeur prédictive du test pour la sensibilité des clones d’hévéa à la maladie CLF en plantation reste à caractériser. Une meilleure connaissance de l’épidémiologie du pathosystème H. brasiliensis x C. cassiicola contribuerait à l’objectif de sélection, et plus largement à la conception de méthodes de lutte ou d’évitement. / Hevea brasiliensis is the only commercial source of natural rubber. The CLF (Corynespora Leaf Fall) disease caused by the fungus Corynespora cassiicola is an important foliar pathology of the rubber tree in Asia and Africa. The disease progression is related with the development of new highly sensitive clonal varieties. A phenotyping method based on the measurement of electrolyte leakage in response to C. cassiicola exudates (culture filtrates or purified toxin) was developed and characterized. This test, without direct contact with the fungus itself, can be implemented without risk for plantations. After application of exudate samples on detached leaflets, conductivity is measured before (C1) and after (C2) autoclaving, and the percentage of electrolyte leakage %FE=100*C1/C2 is calculated. The influence of different factors such as leaf stage or the duration of incubation has been clarified. A positive correlation was found between the responses to the toxin test and to conidial inoculation. The pertinence of C1 correction by C2 was analyzed.Two toxin test studies have been carried out for a set of rubber clones, in France, with potted plants in greenhouse, and also in Ivory Coast, under the conditions normally considered for this test, with leaflets from budwood gardens. Repeatability between these two experiments was not perfect but nevertheless satisfying. The %FE character was found more sensitive and accurate than surface necrosis (SN) measurement. A significant variability in clone susceptibility and treatment virulence was observed, with clone x treatment interactions. The genetic determinism of sensitivity to C. cassiicola exudates was analyzed using the toxin test, by QTL detection on two populations of the biparental rubber family PB260 x RRIM600, in two field trials in Ivory Coast. A genetic map was previously built, using 308 SSR markers. Phenotyping of the two progeny populations revealed a polygenic determinism, without major monolocus effect. Over all the fungal exudates, 13 QTL distributed over 10 different linkage groups were identified, with percentages of explanation R2 varying from 10 to 20 %. On both sites, two QTL have been identified jointly for both the culture filtrate CCP and the toxin Cas1 purified from CCP. Positive correlations have been observed between some of the filtrates, with similar response profiles and common QTL.The toxin test could usefully replace the conidial inoculation method. However, the value of the test for predicting rubber clones susceptibility to the CLF disease in field conditions remains to be better characterized. Better understanding of the epidemiology of the H. brasiliensis x C. cassiicola pathosystem would contribute to the breeding objective, and more broadly to the design of control or avoidance methods.

Les exsudats des plantes sont des substances naturelles complexes. Ils sont utilisés par plusieurs populations d’Afrique et trouvent de nombreuses applications : en thérapeutique, en pharmacie galénique, en parfumerie, etc. Au Congo, une grande majorité de ces substances est encore mal connue. Ce travail de thèse a consisté à inventorier les plantes à exsudats du Congo et à mettre au point une méthodologie d’analyse physico-chimique permettant la caractérisation des exsudats d’arbres d’origine botanique certifiée.La méthodologie d’inventaire adoptée nous a permis de recenser 135 plantes à exsudats appartenant à 87 genres. Il en ressort de cette étude que les exsudats des plantes inventoriées ont multiples usages (glu, insectifuge, allume-feu, antidouleur, etc.).La stratégie mise en place pour leur caractérisation fait appel à plusieurs techniques analytiques (SPIR, SMIR, CPG-SM, GCxGC-MS) et de traitement d’échantillon (Hs-SPME, hydrodistillation, extraction au Soxhlet, silylation, méthylation, pyrolyse). Dans le cadre de ce travail deux exsudats ont été caractérisés. L’exsudat de D. edulis (G. Don) K.J. Lam qui est constitué de monoterpènes hydrocarbonés et de triterpènes, dont les majeurs sont : 3-épi-α et -β-amyrine. L’exsudat de G. demeusei (Harms) J. Léonard dont la fraction volatile est constituée essentiellement de sesquiterpènes et la fraction peu-volatile d’acides diterpéniques de type labdane (acide éperuique, cativique, copalique, ozique, etc.).Pour exploiter l’efficacité de séparation élevée de la GCxGC-MS, nous nous sommes confronté aux problèmes de la non-répétabilité des cartes chromatographiques obtenues en 2D. Nous avons alors mis en place une méthodologie permettant de vérifier l’épaisseur de film et l’homogénéité des dépôts de phases stationnaires afin de sélectionner des colonnes courtes identiques pour la GCxGC. Cependant, les résultats préliminaires ont montré que même avec des colonnes de deuxième dimension identiques, on pouvait avoir des différences au niveau de carte 2D. / Plant exudates are natural complex substances. They are used by several populations in Africa and have many applications: in therapeutics, in galenic pharmacy, in perfumery, etc. In Congo, a great majority of these substances are not yet well known. This thesis work aimed to make an inventory of plant exudates from Congo and to develop a methodology for performing physico-chemical analysis which may enable characterization of exudates from botanical certified trees.Through the methodology that we developed, 135 plant exudates belonging 87 genera were registered. It was observed in this study that these exudates are used for many purposes (glue, insect repellent, making fire, anti-pain, etc).The strategy implemented for characterizing the exudates included several analytical (SNIR, SMIR, GC-MS, GCxGC-MS) and sample processing (Hs-SPME, hydrodistillation, extraction using the Soxhlet, silylation, methylation pyrolyse) techniques. With regard to this work, two exudates were characterized. The exudates from D. edulis (G. Don) K.J. Lam which contained monoterpene hydrocarbons and triterpenes, with the major constituents being: 3-epi-α and -β-amyrine. The exudates from G. Demeusei (Harms) J. Léonard was found to have the sesquiterpenes as major constituents of the volatile fraction and the labdane-type diterpenes (eperuique acide, cativique acid, copalique acid, ozique acid, etc) as major constituents of the poor-volatile fraction.To explore the efficacy of elevated separation of the GCxGC-MS, we faced some problems related to the non-repeatability of chromatographic cards obtained in 2D. Therefore, we put in place a methodology which enables us to verify the film thickness and homogeneity of layers of stationary phases in order to select identical short columns for GCxGC. However, the preliminary results have shown that even using second identical dimension columns, we could observed differences in 2D cards